Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_16145
• Subject: XR_001747839.1
• Aligned Length: 1892
• Identities: 1348
• Gaps: 543

Alignment

Query    1  ATGGGTCCTGGGGCGCGGCTGGCGGCGCTGCTGGCGGTGCTGGCGCTCGGGACAGGAGACCCAGAAAGGGCTGC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGCTCGGGGCGACACGTTCTCGGCGCTGACCAGCGTGGCGCGCGCCCTGGCGCCCGAGCGCCGGCTGCTGGGGC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TGCTGAGGCGGTACCTGCGCGGGGAGGAGGCGCGGCTGCGGGACCTGACTAGATTCTACGACAAGGTACTTTCT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TTGCATGAGGATTCAACAACCCCTGTGGCTAACCCTCTGCTTGCATTTACTCTCATCAAACGCCTGCAGTCTGA  296
                                                                         |||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------------------------------------------GCCTGCAGTCTGA  13

Query  297  CTGGAGGAATGTGGTACATAGTCTGGAGGCCAGTGAGAACATCCGA-----------------------GCTCT  347
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       |||||
Sbjct   14  CTGGAGGAATGTGGTACATAGTCTGGAGGCCAGTGAGAACATCCGAGGTAATGAGGAGGAGGGCTGGAGGCTCT  87

Query  348  GAAGGATGGCTATGAGAAGGTGGAGCAAGACCTTCCAGCCTTTGAGGACCTTGAGGGAGCAGCAAGGGCCCTGA  421
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   88  GAAGGATGGCTATGAGAAGGTGGAGCAAGACCTTCCAGCCTTTGAGGACCTTGAGGGAGCAGCAAGGGCCCTGA  161

Query  422  TGCGGCTGCAGGACGTGTACATGCTCAATGTGAAAGGCCTGGCCCGAGGTGTCTTTCAGAGAGTCACTGGCTCT  495
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  162  TGCGGCTGCAGGACGTGTACATGCTCAATGTGAAAGGCCTGGCCCGAGGTGTCTTTCAGAGAGTCACTGGCTCT  235

Query  496  GCCATCACTGACCTGTACAGCCCCAAACGGCTCTTTTCTCTCACAGGGGATGACTGCTTCCAAGTTGGCAAGGT  569
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  236  GCCATCACTGACCTGTACAGCCCCAAACGGCTCTTTTCTCTCACAGGGGATGACTGCTTCCAAGTTGGCAAGGT  309

Query  570  GGCCTATGACATGGGGGATTATTACCATGCCATTCCATGGCTGGAGGAGGCTGTCAGTCTCTTCCGAGGATCTT  643
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  310  GGCCTATGACATGGGGGATTATTACCATGCCATTCCATGGCTGGAGGAGGCTGTCAGTCTCTTCCGAGGATCTT  383

Query  644  ACGGAGAGTGGAAGACAGAGGATGAGGCAAGTCTAGAAGATGCCTTGGATCACTTGGCCTTTGCTTATTTCCGG  717
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  384  ACGGAGAGTGGAAGACAGAGGATGAGGCAAGTCTAGAAGATGCCTTGGATCACTTGGCCTTTGCTTATTTCCGG  457

Query  718  GCAGGAAATGTTTCGTGTGCCCTCAGCCTCTCTCGGGAGTTTCTTCTCTACAGCCCAGATAATAAGAGGATGGC  791
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  458  GCAGGAAATGTTTCGTGTGCCCTCAGCCTCTCTCGGGAGTTTCTTCTCTACAGCCCAGATAATAAGAGGATGGC  531

Query  792  CAGGAATGTCTTGAAATATGAAAGGCTCTTGGCAGAGAGCCCCAACCACGTGGTAGCTGAGGCTGTCATCCAGA  865
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  532  CAGGAATGTCTTGAAATATGAAAGGCTCTTGGCAGAGAGCCCCAACCACGTGGTAGCTGAGGCTGTCATCCAGA  605

Query  866  GGCCCAATATACCCCACCTGCAGACCAGAGACACCTACGAGGGGCTATGTCAGACCCTGGGTTCCCAGCCCACT  939
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  606  GGCCCAATATACCCCACCTGCAGACCAGAGACACCTACGAGGGGCTATGTCAGACCCTGGGTTCCCAGCCCACT  679

Query  940  CTCTACCAGATCCCTAGCCTCTACTGTTCCTATGAGACCAATTCCAACGCCTACCTGCTGCTCCAGCCCATCCG  1013
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  680  CTCTACCAGATCCCTAGCCTCTACTGTTCCTATGAGACCAATTCCAACGCCTACCTGCTGCTCCAGCCCATCCG  753

Query 1014  GAAGGAGGTCATCCACCTGGAGCCCTACATTGCTCTCTACCATGACTTCGTCAGTGACTCAGAGGCTCAGAAAA  1087
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  754  GAAGGAGGTCATCCACCTGGAGCCCTACATTGCTCTCTACCATGACTTCGTCAGTGACTCAGAGGCTCAGAAAA  827

Query 1088  TTAGAGAACTTGCAGAACCATGGCTACAGAGGTCAGTGGTGGCATCAGGGGAGAAGCAGTTACAAGTGGAGTAC  1161
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  828  TTAGAGAACTTGCAGAACCATGGCTACAGAGGTCAGTGGTGGCATCAGGGGAGAAGCAGTTACAAGTGGAGTAC  901

Query 1162  CGCATCAGCAAAAGTGCCTGGCTGAAGGACACTGTTAACCCAAAACTGGTGACCCTCAACCACCGCATTGCTGC  1235
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  902  CGCATCAGCAAAAGTGCCTGGCTGAAGGACACTGTTGACCCAAAACTGGTGACCCTCAACCACCGCATTGCTGC  975

Query 1236  CCTCACAGGCCTTGATGTCCGGCCTCCCTATGCAGAGTATCTGCAGGTGGTGAACTATGGCATCGGAGGACACT  1309
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  976  CCTCACAGGCCTTGATGTCCGGCCTCCCTATGCAGAGTATCTGCAGGTGGTGAACTATGGCATCGGAGGACACT  1049

Query 1310  ATGAGCCTCACTTTGACCATGCTACGTCACCAAGCAGCCCCCTCTACAGAATGAAGTCAGGAAACCGAGTTGCA  1383
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1050  ATGAGCCTCACTTTGACCATGCTACGTCACCAAGCAGCCCCCTCTACAGAATGAAGTCAGGAAACCGAGTTGCA  1123

Query 1384  ACATTTATGATCTATCTGAGCTCGGTGGAAGCTGGAGGAGCCACAGCCTTCATCTATGCCAACCTCAGCGTGCC  1457
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124  ACATTTATGATCTATCTGAGCTCGGTGGAAGCTGGAGGAGCCACAGCCTTCATCTATGCCAACCTCAGCGTGCC  1197

Query 1458  TGTGGTTAGGAATGCAGCACTGTTTTGGTGGAACCTGCACAGGAGTGGTGAAGGGGACAGTGACACACTTCATG  1531
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198  TGTGGTTAGGAATGCAGCACTGTTTTGGTGGAACCTGCACAGGAGTGGTGAAGGGGACAGTGACACACTTCATG  1271

Query 1532  CTGGCTGTCCTGTCCTGGTGGGAGATAAGTG-------------------------------------------  1562
            |||||||||||||||||||||||||||||||                                           
Sbjct 1272  CTGGCTGTCCTGTCCTGGTGGGAGATAAGTGGGTGCTCCCCATGAGGAGGTGGGAAAACAAAGAAGAGATCAAT  1345

Query 1563  --------------------------------------------------------------------------  1562
                                                                                      
Sbjct 1346  AAGCAGATGGACGTGTTTATGTCACATATACATCCAGGAGCACTTAGCTCTGAAACAGAAAGAGAAGTGGAAGG  1419

Query 1563  --------------------------------------------------------------------------  1562
                                                                                      
Sbjct 1420  GGGCTCATAAGCTGAGGTGGAGGCTGCCAGGAGATGCCACCCGTTTTTCTCTCAGTACTCTGGAATGGCTTCAT  1493

Query 1563  -------------------------GGTGGCCAACAAGTGGATACATGAGTATGGACAGGAATTCCGCAGACCC  1611
                                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494  GGGGAACATGGGCTTCTAAAATGAAGGTGGCCAACAAGTGGATACATGAGTATGGACAGGAATTCCGCAGACCC  1567

Query 1612  TGCAGCTCCAGCCCTGAAGAC---------------------  1632
            |||||||||||||||||||||                     
Sbjct 1568  TGCAGCTCCAGCCCTGAAGACTGAACTGTTGGCAGAGAGAAG  1609