Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_00076
- Subject:
- NM_001310600.1
- Aligned Length:
- 2135
- Identities:
- 1319
- Gaps:
- 691
Alignment
Query 1 ATGTCTGTTCCATCATCACTGAGCCAGTCGGCCATTAATGCCAACAGCCACGGAGGCCCCGCACTGAGCCTACC 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 CCTGCCTCTGCACGCTGCCCACAACCAGCTGCTCAACGCCAAGCTGCAGGCCACAGCTGTGGGACCCAAGGACC 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 TGCGCAGCGCCATGGGGGAGGGTGGTGGGCCTGAGCCAGGCCCTGCCAATGCCAAGTGGCTAAAAGAGGGCCAG 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 AACCAGCTCCGGCGGGCCGCCACGGCCCACCGTGACCAGAATCGCAATGTGACCTTGACCTTGGCGGAGGAGGC 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 CAGCCAGGAGCCTGAGATGGCACCCTTGGGCCCCAAAGGCCTGATACACCTGTACTCTGAGCTGGAGCTCTCAG 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 CTCACAACGCAGCCAACCGAGGCCTACGAGGACCTGGCCTGATCATCAGCACTCAAGAGCAGGGGCCAGATGAG 444
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 445 GGAGAGGAGAAGGCGGCCGGGGAGGCCGAGGAGGAGGAGGAGGATGATGATGATGAAGAGGAGGAGGAGGACTT 518
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 519 ATCTTCTCCCCCAGGGCTGCCTGAGCCCCTGGAGAGTGTGGAGGCCCCTCCCAGGCCCCAAGCCCTTACAGATG 592
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 593 GCCCCCGGGAACACAGCAAGAGTGCCAGCCTCCTGTTTGGCATGCGGAACAGTGCAGCCAGTGATGAGGACTCA 666
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 667 AGCTGGGCTACCTTATCCCAGGGCAGCCCCTCCTATGGCT----CCCCAGAGGACA------CAGATTCCTTCT 730
|..||.||||||| |...|.||| ||||| .||...|||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ---------ATGTTCTCCCAGG--ACTTCTTCC--TGGCTATCATCCTGCAGGACAACAGTCCAGATTCCTTCT 61
Query 731 GGAACCCCAACGCCTTCGAGACGGATTCCGACCTGCCGGCTGGATGGATGAGGGTCCAGGACACCTCAGGGACC 804
|||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 62 GGAACCCCAACGCTTTCGAGACGGATTCCGATCTACCGGCTGGATGGATGAGGGTACAGGACACCTCAGGGACC 135
Query 805 TATTACTGGCACATCCCAACAGGGACCACCCAGTGGGAACCCCCCGGCCGGGCCTCCCCCTCACAGGGGAGCAG 878
||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 136 TACTACTGGCACATCCCAACAGGGACCACCCAGTGGGAACCCCCAGGCCGGGCCTCCCCCTCACAGGGGAGCAG 209
Query 879 CCCCCAAGAGGAGTCCCAGCTCACCTGGACAGGTTTTGCTCATGGAGAAGGCTTTGAGGATGGAGAATTTTGGA 952
|||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||...|||||||||||||||.|||||.|||||||
Sbjct 210 CCCCCAAGAAGAGTCCCAGCTCACCTGGACTGGCTTTGCTCACCAAGAAGGCTTTGAGGAAGGAGAGTTTTGGA 283
Query 953 AGGATGAACCCAGTGATGAGGCCCCAATGGAGCTGGGACTGAAGGAACCTGAGGAGGGGACGTTGACCTTCCCA 1026
||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||||.||.|||||||.|||.|||.||||||||
Sbjct 284 AGGATGAACCCAGTGAGGAGGCCCCAATGGAGTTGGGACTGAAGGACCCCGAGGAGGCGACATTGTCCTTCCCA 357
Query 1027 GCTCAGAGCCTCAGCCCAGAGCC-GTTGCCCCAAGAGGAGGAGAAGCTTCCCCCACGGAATACCAACCCAGGGA 1099
||||||||||||||||||||.|| ||| |||||.|||||.||||||||..|||.|||||||.||||||||||||
Sbjct 358 GCTCAGAGCCTCAGCCCAGAACCAGTT-CCCCAGGAGGAAGAGAAGCTGTCCCAACGGAATGCCAACCCAGGGA 430
Query 1100 TCAAGTGTTTCGCCGTGCGCTCCCTAGGCTGGGTAGAGATGACCGAGGAGGAGCTGGCCCCTGGACGCAGCAGT 1173
|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 431 TCAAGTGTTTCGCTGTGCGCTCCCTAGGCTGGGTAGAGATGACCGAGGAGGAGCTGGCCCCAGGACGCAGCAGT 504
Query 1174 GTGGCAGTCAACAATTGCATCCGTCAGCTCTCTTACCACAAAAACAACCTGCATGACCCCATGTCTGGGGGCTG 1247
|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||.||.|||.||||||||||
Sbjct 505 GTGGCAGTCAACAATTGTATCCGCCAGCTCTCCTACCACAAAAACAATCTACATGATCCGATGGCTGGGGGCTG 578
Query 1248 GGGGGAAGGAAAGGATCTGCTACTGCAGCTGGAGGATGAGACACTAAAGCTAGTGGAGCCACAGAGCCAGGCAC 1321
|||.||.||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||.||||||.|.|||||||||||||.||||.|.|
Sbjct 579 GGGAGAGGGAAAGGATCTGCTGCTCCAGCTGGAGGACGAGACTCTAAAGTTGGTGGAGCCACAGAACCAGACGC 652
Query 1322 TGCTGCACGCCCAACCCATCATCAGCATCCGCGTGTGGGGCGTCGGGCGGGACAGTGGAAGGGACTTTGCCTAC 1395
|||||||.||.||.||||||.|||||||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 653 TGCTGCATGCACAGCCCATCGTCAGCATTCGTGTGTGGGGCGTTGGGCGGGACAGTGGAAGGGACTTTGCCTAC 726
Query 1396 GTAGCTCGTGATAAGCTGACCCAGATGCTCAAGTGCCACGTGTTTCGCTGTGAGGCACCTGCCAAGAACATCGC 1469
||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 727 GTAGCTCGAGATAAGCTGACCCAGATGCTCAAGTGCCACGTGTTTCGCTGTGAGGCACCTGCCAAGAACATCGC 800
Query 1470 CACCAGCCTGCATGAGATCTGCTCTAAGATCATGGCCGAACGGCGTAATGCCCGCTGCTTGGTAAATGGACTCT 1543
||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|.||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct 801 CACCAGCCTGCATGAGATCTGCTCCAAGATCATGTCTGAACGGCGCAATGCTCGCTGCTTGGTCAATGGACTCT 874
Query 1544 CCCTGGACCACTCTAAACTTGTGGATGTCCCTTTCCAAGTGGAATTCCCAGCGCCTAAGAATGAGTTGGTCCAG 1617
||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||.||||.|||
Sbjct 875 CCCTAGACCACTCTAAACTCGTGGATGTCCCTTTCCAAGTGGAATTCCCAGCACCAAAGAATGAGCTGGTGCAG 948
Query 1618 AAGTTCCAAGTCTATTACCTGGGGAATGTACCTGTTGCTAAACCTGTTGGGGTAGATGTGATTAATGGGGCCCT 1691
|||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 949 AAGTTCCAAGTCTATTACCTGGGAAATGTGCCAGTTGCTAAACCTGTTGGGGTAGACGTGATTAATGGGGCCCT 1022
Query 1692 CGAGTCAGTCCTGTCCTCCAGCAGCCGTGAACAATGGACCCCAAGTCATGTCAGTGTGGCCCCTGCTACCCTCA 1765
.||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 1023 GGAGTCAGTCCTGTCTTCCAGTAGCCGTGAGCAGTGGACTCCAAGTCACGTCAGCGTGGCCCCTGCCACCCTCA 1096
Query 1766 CCATCTTGCACCAGCAGACAGAGGCAGTGCTGGGAGAGTGTCGGGTGCGTTTCCTCTCCTTCCTGGCCGTGGGC 1839
||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||.||||||
Sbjct 1097 CCATCTTGCACCAGCAGACAGAAGCGGTGCTGGGGGAGTGCCGGGTGCGGTTTCTCTCCTTCCTGGCTGTGGGC 1170
Query 1840 AGAGATGTCCACACGTTTGCATTCATCATGGCTGCCGGCCCAGCCTCCTTCTGCTGCCACATGTTCTGGTGCGA 1913
||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||
Sbjct 1171 AGAGATGTGCACACATTCGCGTTCATCATGGCTGCCGGCCCAGCCTCCTTCTGCTGTCACATGTTTTGGTGTGA 1244
Query 1914 GCCCAATGCTGCCAGCCTCTCAGAGGCTGTGCAGGCTGCGTGCATGCTTCGCTACCAGAAGTGTCTGGATGCCC 1987
|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1245 GCCCAATGCTGCCAGTCTCTCAGAGGCTGTGCAGGCTGCATGCATGCTCCGCTACCAGAAGTGTCTGGATGCTC 1318
Query 1988 GTTCCCAGGCCTCCACCTCCTGCCTCCCAGCACCCCCTGCTGAGTCTGTGGCACGGCGTGTAGGGTGGACTGTC 2061
|.||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||.|.||||||||||||||.|||
Sbjct 1319 GCTCCCAGACCTCCACCTCCTGCCTCCCAGCACCCCCTGCGGAGTCAGTTGCAAGACGTGTAGGGTGGACAGTC 1392
Query 2062 CGCAGGGGTGTTCAGTCGCTGTGGGGCTCCCTGAAGCCCAAACGGCTGGGGGCCCATACCCCA 2124
||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||..||||.||||||
Sbjct 1393 CGCAGGGGTGTTCAGTCGCTGTGGGGTTCCCTCAAGCCCAAACGTCTGGGATCCCAGACCCCA 1455