Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_00105
- Subject:
- XR_001747876.2
- Aligned Length:
- 3088
- Identities:
- 1875
- Gaps:
- 1213
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ACAGAATTAGGCCAATTTATTTAATTCCATTTGTTCATGTATCCAGCCAACAGATATTTATGGTGCACTTGTTG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GGTGCCAGCCCCGCCCCCACCACTCCACCCTACCCCAGCAGGCGCTAAAGGAGAGCTGACATGATGGATAACGA 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 AAAAGAAGACGCTGTCCTTCTATTCAGGGAGTTTAACATCTGGAAGAGCCGGGAGTTCTTTGTGCTAAAGGCCC 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 TCTACAAAGTGCCTGAGATGCAAAAATAAGTCACTTTCTCTGTCCTCTCAGCAACCGAGTCGCATGTCGTTATC 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 AAATTTTTATTTTCTGTAACTGTTTCCTTCCGTCTTGCTCCGTAGACAGCTTTTTGCAGCAGAGAGCGCTGCCG 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 CGGGGCTGGTGTCTACTCTTCAGTAAGTGGTCAAAACCTGGCTACTGGAAGGAAATGCAATGGAATCGCTCCGC 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 GCTCGAGTATTCTCTTTGGAACTACGGGAATGACAGCTCCAGTGGGACACTTGGAGGTCATGATGAACGCAAAG 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 AACGTGGTGCTGGCTAGAGTGTATACGTTTGGACCCAAGCTTAACTTTTCCAATGTGGAATCCTGGGCCTTCAT 592
Query 1 ----------ATGGCAGACCAGAGAATGGACATTTCTTCAACCATCAGTGATTTCATGTCCCCGGGCCCCACCG 64
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 TGATCATCCAATGGCAGACCAGAGAATGGACATTTCTTCAACCATCAGTGATTTCATGTCCCCGGGCCCCACCG 666
Query 65 ACCTGCTTTCCAGCTCTCTTGGTACCAGTGGTGTGGATTGCAACCGCAAACGGAAAGGCAGCTCCACTGACTAC 138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 ACCTGCTTTCCAGCTCTCTTGGTACCAGTGGTGTGGATTGCAACCGCAAACGGAAAGGCAGCTCCACTGACTAC 740
Query 139 CAAGAAAGCATGGACACAGACAAAGATGACCCTCATGGAAGGTTAGAATATACAGAACACCAAGGAAGGATAAA 212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 CAAGAAAGCATGGACACAGACAAAGATGACCCTCATGGAAGGTTAGAATATACAGAACACCAAGGAAGGATAAA 814
Query 213 AAATGCAAGGGAAGCTCACAGTCAGATTGAAAAGCGGCGTCGGGATAAAATGAACAGTTTTATAGATGAATTGG 286
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 AAATGCAAGGGAAGCTCACAGTCAGATTGAAAAGCGGCGTCGGGATAAAATGAACAGTTTTATAGATGAATTGG 888
Query 287 CTTCTTTGGTACCAACATGCAACGCAATGTCCAGGAAATTAGATAAACTTACTGTGCTAAGGATGGCTGTTCAG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 CTTCTTTGGTACCAACATGCAACGCAATGTCCAGGAAATTAGATAAACTTACTGTGCTAAGGATGGCTGTTCAG 962
Query 361 CACATGAAAACATTAAGAGGTGCCACCAATCCATACACAGAAGCAAACTACAAACCAACTTTTCTATCAGACGA 434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 CACATGAAAACATTAAGAGGTGCCACCAATCCATACACAGAAGCAAACTACAAACCAACTTTTCTATCAGACGA 1036
Query 435 TGAATTGAAACACCTCATTCTCAGGGCAGCAGATGGATTTTTGTTTGTCGTAGGATGTGACCGAGGGAAGATAC 508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 TGAATTGAAACACCTCATTCTCAGGGCAGCAGATGGATTTTTGTTTGTCGTAGGATGTGACCGAGGGAAGATAC 1110
Query 509 TCTTTGTCTCAGAGTCTGTCTTCAAGATCCTCAACTACAGCCAGAATGATCTGATTGGTCAGAGTTTGTTTGAC 582
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 TCTTTGTCTCAGAGTCTGTCTTCAAGATCCTCAACTACAGCCAGAATGATCTGATTGGTCAGAGTTTGTTTGAC 1184
Query 583 TACCTGCATCCTAAAGATATTGCCAAAGTCAAGGAGCAGCTCTCCTCCTCTGACACCGCACCCCGGGAGCGGCT 656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TACCTGCATCCTAAAGATATTGCCAAAGTCAAGGAGCAGCTCTCCTCCTCTGACACCGCACCCCGGGAGCGGCT 1258
Query 657 CATAGATGCAAAAACTGGACTTCCAGTTAAAACAGATATAACCCCTGGGCCATCTCGATTATGTTCTGGAGCAC 730
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CATAGATGCAAAAACTGGACTTCCAGTTAAAACAGATATAACCCCTGGGCCATCTCGATTATGTTCTGGAGCAC 1332
Query 731 GACGTTCTTTCTTCTGTAGGATGAAGTGTAACAGGCCTTCAGTAAAGGTTGAAGACAAGGACTTCCCCTCTACC 804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 GACGTTCTTTCTTCTGTAGGATGAAGTGTAACAGGCCTTCAGTAAAGGTTGAAGACAAGGACTTCCCCTCTACC 1406
Query 805 TGCTCAAAGAAAAA---AGATCGAAAAAGCTTCTGCACAATCCACAGCACAGGCTATTTGAAAAGCTGGCCACC 875
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 TGCTCAAAGAAAAAAGCAGATCGAAAAAGCTTCTGCACAATCCACAGCACAGGCTATTTGAAAAGCTGGCCACC 1480
Query 876 CACAAAGATGGGGCTGGATGAAGACAACGAACCAGACAATGAGGGGTGTAACCTCAGCTGCCTCGTCGCAATTG 949
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 CACAAAGATGGGGCTGGATGAAGACAACGAACCAGACAATGAGGGGTGTAACCTCAGCTGCCTCGTCGCAATTG 1554
Query 950 GACGACTGCATTCTCATGTAGTTCCACAACCAGTGAACGGGGAAATCAGGGTGAAATCTATGGAATATGTTTCT 1023
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GACGACTGCATTCTCATGTAGTTCCACAACCAGTGAACGGGGAAATCAGGGTGAAATCTATGGAATATGTTTCT 1628
Query 1024 CGGCACGCGATAGATGGAAAGTTTGTTTTTGTAGACCAGAGGGCAACAGCTATTTTGGCATATTTACCACAAGA 1097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 CGGCACGCGATAGATGGAAAGTTTGTTTTTGTAGACCAGAGGGCAACAGCTATTTTGGCATATTTACCACAAGA 1702
Query 1098 ACTTCTAGGCACATCGTGTTATGAATATTTTCACCAAGATGACATAGGACATCTTGCAGAATGTCATAGGCAAG 1171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 ACTTCTAGGCACATCGTGTTATGAATATTTTCACCAAGATGACATAGGACATCTTGCAGAATGTCATAGGCAAG 1776
Query 1172 TTTTACAGACGAGAGAAAAAATTACAACTAATTGCTATAAATTTAAAATCAAAGATGGTTCTTTTATCACACTA 1245
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 TTTTACAGACGAGAGAAAAAATTACAACTAATTGCTATAAATTTAAAATCAAAGATGGTTCTTTTATCACACTA 1850
Query 1246 CGGAGTCGATGGTTCAGTTTCATGAACCCTTGGACCAAGGAAGTAGAATATATTGTCTCAACTAACACTGTTGT 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 CGGAGTCGATGGTTCAGTTTCATGAACCCTTGGACCAAGGAAGTAGAATATATTGTCTCAACTAACACTGTTGT 1924
Query 1320 TTT----------------------------------------------------------------------- 1322
|||
Sbjct 1925 TTTGTCCAGAGTGGACACCGGACACCTTGGCCAAGTTGAATGGTGCACAGTTCTGAGCAGGCCTGACTCACGTT 1998
Query 1323 ------------------------AGCCAACGTCCTGGAAGGCGGGGACCCAACCTTCCCACAGCTCACAGCAT 1372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 TCCTTATTGCTGGGATGTTCACAGAGCCAACGTCCTGGAAGGCGGGGACCCAACCTTCCCACAGCTCACAGCAT 2072
Query 1373 CCCCCCACAGCATGGACAGCATGCTGCCCTCTGGAGAAGGTGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACTGTTCCAGGG 1446
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 CCCCCCACAGCATGGACAGCATGCTGCCCTCTGGAGAAGGTGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACTGTTCCAGGG 2146
Query 1447 ATTCCAGGGGGAACCCGGGCTGGGGCAGGAAAAATAGGCCGAATGATTGCTGAGGAAATCATGGAAATCCACAG 1520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 ATTCCAGGGGGAACCCGGGCTGGGGCAGGAAAAATAGGCCGAATGATTGCTGAGGAAATCATGGAAATCCACAG 2220
Query 1521 GATAAGAGGGTCATCGCCTTCTAGCTGTGGCTCCAGCCCATTGAACATCACGAGTACGCCTCCCCCTGATGCCT 1594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GATAAGAGGGTCATCGCCTTCTAGCTGTGGCTCCAGCCCATTGAACATCACGAGTACGCCTCCCCCTGATGCCT 2294
Query 1595 CTTCTCCAGGAGGCAAGAAGATTTTAAATGGAGGGACTCCAGACATTCCTTCCAGTGGCCTACTATCAGGCCAG 1668
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 CTTCTCCAGGAGGCAAGAAGATTTTAAATGGAGGGACTCCAGACATTCCTTCCAGTGGCCTACTATCAGGCCAG 2368
Query 1669 GCTCAGGAGAACCCAGGTTATCCATATTCTGATAGTTCTTCTATTCTTGGTGAGAACCCCCACATAGGTATAGA 1742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 GCTCAGGAGAACCCAGGTTATCCATATTCTGATAGTTCTTCTATTCTTGGTGAGAACCCCCACATAGGTATAGA 2442
Query 1743 CATGATTGACAACGACCAAGGATCAAGTAGTCCCAGTAATGATGAGGCAGCAATGGCTGTCATCATGAGCCTCT 1816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 CATGATTGACAACGACCAAGGATCAAGTAGTCCCAGTAATGATGAGGCAGCAATGGCTGTCATCATGAGCCTCT 2516
Query 1817 TGGAAGCAGATGCTGGACTGGGTGGCCCTGTTGACTTTAGTGACTTGCCATGGCCGCTG--------------- 1875
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 TGGAAGCAGATGCTGGACTGGGTGGCCCTGTTGACTTTAGTGACTTGCCATGGCCGCTGTAAACACTACATGTT 2590
Query 1876 -------------------------------------------------------------------------- 1875
Sbjct 2591 GCTTTGGCAACAGCTATAGTATCAAAGTGCATTACTGGTGGAGTTTTACAGTCTGTGAAGCTTACTGGATAAGG 2664
Query 1876 -------------------------------------------------------------------------- 1875
Sbjct 2665 AGAGAATAGCTTTTATGTACTGACTTCATAAAAGCCATCTCAGAGCCATTGATACAAGTCAATCTTACTATATG 2738
Query 1876 -------------------------------------------------------------------------- 1875
Sbjct 2739 TAACTTCAGACAAAGTGGAACTAAGCCTGCTCCAGTGTTTCCTCATCATTGATTATTGGGCTAGCTGTGGATAG 2812
Query 1876 -------------------------------------------------------------------------- 1875
Sbjct 2813 CTTGCATTAATTGTATATTTTGGATTCTGTTTGTGTTGAATTTTTTAATCATTGTGCACAGAAGCATCATTGGT 2886
Query 1876 -------------------------------------------------------------------------- 1875
Sbjct 2887 AGCTTTTATATGCAAATGGTCATTTCAGATGTATGGTGTTTTTACACTACAAAGAAGTCCCCCATGTGGATATT 2960
Query 1876 -------------------------------------------------------------------------- 1875
Sbjct 2961 TCTTATACTAATTGTATCATAAAGCCGTTTATTCTTCCTTGTAAGAATCCTTTACTATAAATATGGGTTAAAGT 3034
Query 1876 ------------------------------------------------------ 1875
Sbjct 3035 ATAATGTACTAGACAGTTAAATATTTTTAATAAATGTTTCCCTTGTTCTATAAA 3088