Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_00174
- Subject:
- XM_011241135.2
- Aligned Length:
- 2725
- Identities:
- 2133
- Gaps:
- 437
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGCGGGTGACGCCGTTGCCGCGGCGACTCCTCGTCGTCTCCGCCCCCTCCCCCCCCCAAATCCCCTCAGGCTC 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GGCTGCGCCGGGGCCGCCGGCGGGTTCCAGAGGTGGCCTCCGCCCCGGCCGCTCCGCCCACGCCCCCCGCGCCT 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 CCGCGCCCGCCTCCGCCCGCCCTGCGCCTCCCTTCCCCCTCCCCGCCCCGCGGCGGCCGCTCGGCCCGGCTCGC 222
Query 1 ---------ATGGCGGCGCTGA------------------------------------------------GCGG 17
||||||||||||| ||||
Sbjct 223 GCTTCGAAGATGGCGGCGCTGAGTGGCGGCGGTGGCAGCAGCAGCGGTGGCGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGG 296
Query 18 TGGCGGT---------GGTGGCGGCGCGGAGCCGGGCCAGGCTCTGTTCAACGGGGACATGGAGCCCGAGGCCG 82
||||||| ||.||||||||.||||.||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||
Sbjct 297 TGGCGGTGGCGACGGCGGCGGCGGCGCCGAGCAGGGCCAGGCTCTGTTCAATGGCGACATGGAGCCGGAG---- 366
Query 83 GCGCCGGCGCCGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCTGCCATTCCGGAGGAGGTGTGGAATATCAAACAA 156
||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||
Sbjct 367 --GCCGGCGCTGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCGGCCATTCCTGAAGAGGTATGGAATATCAAGCAA 438
Query 157 ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGGGAGCATAATCCACCATCAAT 230
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 439 ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGAGAGCATAACCCACCATCAAT 512
Query 231 ATATCTGGAGGCCTATGAAGAATACACCAGCAAGCTAGATGCACTCCAACAAAGAGAACAACAGTTATTGGAAT 304
|||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||.|.|||||||
Sbjct 513 ATACCTGGAGGCCTATGAAGAGTACACCAGCAAGCTAGATGCCCTTCAGCAAAGAGAACAGCAGCTTTTGGAAT 586
Query 305 CTCTGGGGAACGGAACTGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGATACCGTTACATCTTCTTCCTCTTCT 378
|.|||||.||.|||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 587 CCCTGGGTAATGGAGCAGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGACACCGTTACATCCTCCTCCTCTTCT 660
Query 379 AGCCTTTCAGTGCTACCTTCATCTCTTTCAGTTTTTCAAAATCCCACAGATGTGGCACGGAGCAACCCCAAGTC 452
|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||...||||||.||||||||||||
Sbjct 661 AGCCTTTCAGTGCTACCATCATCTCTTTCAGTTTTTCAAACTCCCACAGATGCATCACGGAACAACCCCAAGTC 734
Query 453 ACCACAAAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCTGCAAGGTGTGGAGTTA 526
||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||
Sbjct 735 ACCACAGAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCCGCAAGATGTGGTGTTA 808
Query 527 CAGTCCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTAATCCCAGAGTGCTGTGCTGTTTACAGAATT 600
||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 809 CAGTTCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTCATCCCAGAATGCTGTGCTGTTTACAGAATT 882
Query 601 CAGGATGG---------AGAGAAGAAACCAATTGGTTGGGACACTGATATTTCCTGGCTTACTGGAGAAGAATT 665
|||||||| ||||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.||
Sbjct 883 CAGGATGGGTATGGTTTAGAGAAGAAACCAATTGGCTGGGACACGGACATTTCCTGGCTTACTGGAGAGGAGTT 956
Query 666 GCATGTGGAAGTGTTGGAGAATGTTCCACTTACAACACACAACTTTGTACGAAAAACGTTTTTCACCTTAGCAT 739
.|||||.|||||..||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||
Sbjct 957 ACATGTTGAAGTACTGGAGAATGTCCCACTTACAACACACAACTTTGTACGGAAAACTTTTTTCACCTTAGCAT 1030
Query 740 TTTGTGACTTTTGTCGAAAGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGCTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGT 813
|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031 TTTGTGACTTTTGCCGAAAGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGTTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGT 1104
Query 814 TGTAGTACAGAAGTTCCACTGATGTGTGTTAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGA 887
|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 TGTAGTACAGAGGTTCCACTGATGTGTGTAAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGA 1178
Query 888 ACACCACCCAATACCACAGGAAGAGGCGTCCTTAGCAGAGACTGCCCTAACATCTGGATCATCCCCTTCCGCAC 961
.||.||||||.||||||||||.|||||.|||||..|||||||||||||..||||||| ||||.|||||||||
Sbjct 1179 GCATCACCCAGTACCACAGGAGGAGGCCTCCTTCCCAGAGACTGCCCTTCCATCTGG---ATCCTCTTCCGCAC 1249
Query 962 CCGCCTCGGACTCTATTGGGCCCCAAATTCTCACCAGTCCGTCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCC 1035
||.||||.|||||||.||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250 CCCCCTCAGACTCTACTGGGCCCCAAATCCTCACCAGTCCATCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCC 1323
Query 1036 TTCCGACCAGCAGATGAAGATCATCGAAATCAATTTGGGCAACGAGACCGATCCTCATCAGCTCCCAATGTGCA 1109
||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1324 TTCCGACCAGCAGATGAAGATCATCGCAATCAGTTTGGGCAACGAGACCGGTCCTCCTCAGCTCCCAATGTTCA 1397
Query 1110 TATAAACACAATAGAACCTGTCAATATTGATGACTTGATTAGAGACCAAGGATTTCGTGGTGATG--------- 1174
||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct 1398 TATAAACACAATTGAGCCTGTGAATATCGATGATTTGATTAGAGACCAGGGGTTTCGTGGTGATGGAGCCCCCT 1471
Query 1175 -------------------------------------------------------------------------- 1174
Sbjct 1472 TGAACCAACTGATGCGCTGTCTTCGGAAATACCAATCCCGGACTCCCAGCCCCCTCCTCCATTCTGTCCCCAGT 1545
Query 1175 -------------------------------------GAGGATCAACCACAGGTTTGTCTGCTACCCCCCCTGC 1211
||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.|||||
Sbjct 1546 GAAATAGTGTTTGATTTTGAGCCTGGCCCAGTGTTCAGAGGGTCAACCACAGGCTTGTCCGCCACCCCGCCTGC 1619
Query 1212 CTCATTACCTGGCTCACTAACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTCCAGGACCTCAGCGAGAAAGGAAGTCAT 1285
||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1620 CTCATTACCTGGCTCACTCACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTCCAGGTCCTCAGCGGGAAAGGAAGTCAT 1693
Query 1286 CT------TCATCCTCAGAAGACAGGAATCGAATGAAAACACTTGGTAGACGGGACTCGAGTGATGATTGGGAG 1353
|| ||||||||.||.|||||.|.|||.||||||||||||||||||.|.||.||.||||||||.||||||
Sbjct 1694 CTTCTTCCTCATCCTCGGAGGACAGAAGTCGGATGAAAACACTTGGTAGAAGAGATTCAAGTGATGACTGGGAG 1767
Query 1354 ATTCCTGATGGGCAGATTACAGTGGGACAAAGAATTGGATCTGGATCATTTGGAACAGTCTACAAGGGAAAGTG 1427
|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1768 ATTCCTGATGGACAGATTACAGTGGGACAGAGAATTGGATCTGGGTCATTTGGAACTGTCTACAAGGGAAAGTG 1841
Query 1428 GCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCTACACCTCAGCAGTTACAAGCCTTCAAAAATG 1501
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||.||||.|||||||||||||
Sbjct 1842 GCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCCACACCTCAACAGCTACAGGCCTTCAAAAATG 1915
Query 1502 AAGTAGGAGTACTCAGGAAAACACGACATGTGAATATCCTACTCTTCATGGGCTATTCCACAAAGCCACAACTG 1575
||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1916 AAGTAGGAGTGCTCAGGAAAACTCGACATGTGAATATCCTCCTTTTCATGGGCTATTCTACAAAGCCACAACTG 1989
Query 1576 GCTATTGTTACCCAGTGGTGTGAGGGCTCCAGCTTGTATCACCATCTCCATATCATTGAGACCAAATTTGAGAT 1649
||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1990 GCAATTGTTACACAGTGGTGTGAGGGCTCCAGCTTATATCACCATCTCCACATCATTGAGACCAAATTTGAGAT 2063
Query 1650 GATCAAACTTATAGATATTGCACGACAGACTGCACAGGGCATGGATTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACA 1723
|||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2064 GATCAAACTTATAGATATTGCTCGGCAGACTGCACAGGGCATGGATTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACA 2137
Query 1724 GAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACAGTAAAAATAGGTGATTTTGGTCTAGCTACA 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct 2138 GAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACGGTAAAAATAGGTGACTTTGGTCTAGCCACA 2211
Query 1798 GTGAAATCTCGATGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTGGATCCATTTTGTGGATGGCACCAGAAGT 1871
|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 GTGAAATCTCGGTGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTGGATCTATTTTGTGGATGGCACCAGAAGT 2285
Query 1872 CATCAGAATGCAAGATAAAAATCCATACAGCTTTCAGTCAGATGTATATGCATTTGGAATTGTTCTGTATGAAT 1945
.||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||.|||.
Sbjct 2286 AATCAGAATGCAAGATAAAAACCCGTATAGCTTTCAGTCAGACGTGTATGCGTTTGGGATTGTTCTGTACGAAC 2359
Query 1946 TGATGACTGGACAGTTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGACCAGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATAC 2019
|||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2360 TGATGACCGGCCAGCTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGATCAGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATAC 2433
Query 2020 CTGTCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAA 2093
||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2434 CTATCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAA 2507
Query 2094 AAAGAAAAGAGATGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCTATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAA 2167
||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2508 AAAGAAAAGAGACGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCCATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAA 2581
Query 2168 AAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCCTCCTTGAATCGGGCTGGTTTCCAAACAGAGGATTTTAGTCTATATGCT 2241
|||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||
Sbjct 2582 AAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCTTCCTTGAATCGGGCTGGTTTCCAAACAGAAGATTTTAGTCTGTATGCT 2655
Query 2242 TGTGCTTCTCCAAAAACACCCATCCAGGCAGGGGGATATGGTGCGTTT----CCTGTCCAC 2298
|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|..||| ||| ||.|.
Sbjct 2656 TGTGCTTCTCCGAAAACACCCATCCAAGCAGGGGGATATGGAGAATTTGCAGCCT-TCAAG 2715