Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_00174
• Subject: XM_011241138.2
• Aligned Length: 2641
• Identities: 2133
• Gaps: 353

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCGGGTGACGCCGTTGCCGCGGCGACTCCTCGTCGTCTCCGCCCCCTCCCCCCCCCAAATCCCCTCAGGCTC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GGCTGCGCCGGGGCCGCCGGCGGGTTCCAGAGGTGGCCTCCGCCCCGGCCGCTCCGCCCACGCCCCCCGCGCCT  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CCGCGCCCGCCTCCGCCCGCCCTGCGCCTCCCTTCCCCCTCCCCGCCCCGCGGCGGCCGCTCGGCCCGGCTCGC  222

Query    1  ---------ATGGCGGCGCTGA------------------------------------------------GCGG  17
                     |||||||||||||                                                ||||
Sbjct  223  GCTTCGAAGATGGCGGCGCTGAGTGGCGGCGGTGGCAGCAGCAGCGGTGGCGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGG  296

Query   18  TGGCGGT---------GGTGGCGGCGCGGAGCCGGGCCAGGCTCTGTTCAACGGGGACATGGAGCCCGAGGCCG  82
            |||||||         ||.||||||||.||||.||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||    
Sbjct  297  TGGCGGTGGCGACGGCGGCGGCGGCGCCGAGCAGGGCCAGGCTCTGTTCAATGGCGACATGGAGCCGGAG----  366

Query   83  GCGCCGGCGCCGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCTGCCATTCCGGAGGAGGTGTGGAATATCAAACAA  156
              ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||
Sbjct  367  --GCCGGCGCTGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCGGCCATTCCTGAAGAGGTATGGAATATCAAGCAA  438

Query  157  ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGGGAGCATAATCCACCATCAAT  230
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct  439  ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGAGAGCATAACCCACCATCAAT  512

Query  231  ATATCTGGAGGCCTATGAAGAATACACCAGCAAGCTAGATGCACTCCAACAAAGAGAACAACAGTTATTGGAAT  304
            |||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||.|.|||||||
Sbjct  513  ATACCTGGAGGCCTATGAAGAGTACACCAGCAAGCTAGATGCCCTTCAGCAAAGAGAACAGCAGCTTTTGGAAT  586

Query  305  CTCTGGGGAACGGAACTGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGATACCGTTACATCTTCTTCCTCTTCT  378
            |.|||||.||.|||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||
Sbjct  587  CCCTGGGTAATGGAGCAGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGACACCGTTACATCCTCCTCCTCTTCT  660

Query  379  AGCCTTTCAGTGCTACCTTCATCTCTTTCAGTTTTTCAAAATCCCACAGATGTGGCACGGAGCAACCCCAAGTC  452
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||...||||||.||||||||||||
Sbjct  661  AGCCTTTCAGTGCTACCATCATCTCTTTCAGTTTTTCAAACTCCCACAGATGCATCACGGAACAACCCCAAGTC  734

Query  453  ACCACAAAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCTGCAAGGTGTGGAGTTA  526
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||
Sbjct  735  ACCACAGAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCCGCAAGATGTGGTGTTA  808

Query  527  CAGTCCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTAATCCCAGAGTGCTGTGCTGTTTACAGAATT  600
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  809  CAGTTCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTCATCCCAGAATGCTGTGCTGTTTACAGAATT  882

Query  601  CAGGATGG---------AGAGAAGAAACCAATTGGTTGGGACACTGATATTTCCTGGCTTACTGGAGAAGAATT  665
            ||||||||         ||||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.||
Sbjct  883  CAGGATGGGTATGGTTTAGAGAAGAAACCAATTGGCTGGGACACGGACATTTCCTGGCTTACTGGAGAGGAGTT  956

Query  666  GCATGTGGAAGTGTTGGAGAATGTTCCACTTACAACACACAACTTTGTACGAAAAACGTTTTTCACCTTAGCAT  739
            .|||||.|||||..||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||
Sbjct  957  ACATGTTGAAGTACTGGAGAATGTCCCACTTACAACACACAACTTTGTACGGAAAACTTTTTTCACCTTAGCAT  1030

Query  740  TTTGTGACTTTTGTCGAAAGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGCTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGT  813
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031  TTTGTGACTTTTGCCGAAAGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGTTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGT  1104

Query  814  TGTAGTACAGAAGTTCCACTGATGTGTGTTAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGA  887
            |||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105  TGTAGTACAGAGGTTCCACTGATGTGTGTAAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGA  1178

Query  888  ACACCACCCAATACCACAGGAAGAGGCGTCCTTAGCAGAGACTGCCCTAACATCTGGATCATCCCCTTCCGCAC  961
            .||.||||||.||||||||||.|||||.|||||..|||||||||||||..|||||||   ||||.|||||||||
Sbjct 1179  GCATCACCCAGTACCACAGGAGGAGGCCTCCTTCCCAGAGACTGCCCTTCCATCTGG---ATCCTCTTCCGCAC  1249

Query  962  CCGCCTCGGACTCTATTGGGCCCCAAATTCTCACCAGTCCGTCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCC  1035
            ||.||||.|||||||.||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250  CCCCCTCAGACTCTACTGGGCCCCAAATCCTCACCAGTCCATCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCC  1323

Query 1036  TTCCGACCAGCAGATGAAGATCATCGAAATCAATTTGGGCAACGAGACCGATCCTCATCAGCTCCCAATGTGCA  1109
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1324  TTCCGACCAGCAGATGAAGATCATCGCAATCAGTTTGGGCAACGAGACCGGTCCTCCTCAGCTCCCAATGTTCA  1397

Query 1110  TATAAACACAATAGAACCTGTCAATATTGAT------------------------------------GACTTGA  1147
            ||||||||||||.||.|||||.|||||.|||                                    ||.||||
Sbjct 1398  TATAAACACAATTGAGCCTGTGAATATCGATGAAAAATTCCCAGAAGTGGAATTACAGGATCAAAGGGATTTGA  1471

Query 1148  TTAGAGACCAAGGATTTCGTGGTGATGGAGGATCAACCACAGGTTTGTCTGCTACCCCCCCTGCCTCATTACCT  1221
            ||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct 1472  TTAGAGACCAGGGGTTTCGTGGTGATGGAGGGTCAACCACAGGCTTGTCCGCCACCCCGCCTGCCTCATTACCT  1545

Query 1222  GGCTCACTAACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTCCAGGACCTCAGCGAGAAAGGAAGTCATCT------TC  1289
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||      ||
Sbjct 1546  GGCTCACTCACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTCCAGGTCCTCAGCGGGAAAGGAAGTCATCTTCTTCCTC  1619

Query 1290  ATCCTCAGAAGACAGGAATCGAATGAAAACACTTGGTAGACGGGACTCGAGTGATGATTGGGAGATTCCTGATG  1363
            ||||||.||.|||||.|.|||.||||||||||||||||||.|.||.||.||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1620  ATCCTCGGAGGACAGAAGTCGGATGAAAACACTTGGTAGAAGAGATTCAAGTGATGACTGGGAGATTCCTGATG  1693

Query 1364  GGCAGATTACAGTGGGACAAAGAATTGGATCTGGATCATTTGGAACAGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGAT  1437
            |.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1694  GACAGATTACAGTGGGACAGAGAATTGGATCTGGGTCATTTGGAACTGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGAT  1767

Query 1438  GTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCTACACCTCAGCAGTTACAAGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGT  1511
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||.||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1768  GTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCCACACCTCAACAGCTACAGGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGT  1841

Query 1512  ACTCAGGAAAACACGACATGTGAATATCCTACTCTTCATGGGCTATTCCACAAAGCCACAACTGGCTATTGTTA  1585
            .|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1842  GCTCAGGAAAACTCGACATGTGAATATCCTCCTTTTCATGGGCTATTCTACAAAGCCACAACTGGCAATTGTTA  1915

Query 1586  CCCAGTGGTGTGAGGGCTCCAGCTTGTATCACCATCTCCATATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTT  1659
            |.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916  CACAGTGGTGTGAGGGCTCCAGCTTATATCACCATCTCCACATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTT  1989

Query 1660  ATAGATATTGCACGACAGACTGCACAGGGCATGGATTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAA  1733
            |||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1990  ATAGATATTGCTCGGCAGACTGCACAGGGCATGGATTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAA  2063

Query 1734  GAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACAGTAAAAATAGGTGATTTTGGTCTAGCTACAGTGAAATCTC  1807
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 2064  GAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACGGTAAAAATAGGTGACTTTGGTCTAGCCACAGTGAAATCTC  2137

Query 1808  GATGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTGGATCCATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTCATCAGAATG  1881
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 2138  GGTGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTGGATCTATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTAATCAGAATG  2211

Query 1882  CAAGATAAAAATCCATACAGCTTTCAGTCAGATGTATATGCATTTGGAATTGTTCTGTATGAATTGATGACTGG  1955
            |||||||||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||.|||.|||||||.||
Sbjct 2212  CAAGATAAAAACCCGTATAGCTTTCAGTCAGACGTGTATGCGTTTGGGATTGTTCTGTACGAACTGATGACCGG  2285

Query 1956  ACAGTTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGACCAGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTGTCTCCAG  2029
            .|||.||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2286  CCAGCTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGATCAGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTATCTCCAG  2359

Query 2030  ATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGA  2103
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2360  ATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGA  2433

Query 2104  GATGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCTATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCG  2177
            ||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2434  GACGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCCATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCG  2507

Query 2178  CAGTGCATCAGAACCCTCCTTGAATCGGGCTGGTTTCCAAACAGAGGATTTTAGTCTATATGCTTGTGCTTCTC  2251
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2508  CAGTGCATCAGAACCTTCCTTGAATCGGGCTGGTTTCCAAACAGAAGATTTTAGTCTGTATGCTTGTGCTTCTC  2581

Query 2252  CAAAAACACCCATCCAGGCAGGGGGATATGGTGCGTTT----CCTGTCCAC  2298
            |.||||||||||||||.||||||||||||||.|..|||    ||| ||.|.
Sbjct 2582  CGAAAACACCCATCCAAGCAGGGGGATATGGAGAATTTGCAGCCT-TCAAG  2631