Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_00303
• Subject: NM_175752.3
• Aligned Length: 1389
• Identities: 891
• Gaps: 399

Alignment

Query    1  ATGGCCCTGACCCTGTTTGATACAGATGAATATAGACCTCCTGTTTGGAAATCTTACTTATATCAGCTACAACA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGAAGCCCCTCATCCTCGAAGAATTACCTGTACTTGCGAGGTGGAAAACAGACCAAAGTATTATGGAAGAGAGT  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TTCATGGCATGATCTCCAGAGAAGCAGCCGACCAGCTCTTGATTGTGGCTGAGGGGAGCTACCTCATCCGGGAG  222
               |||.||     ||||.|||             .|||||   ||.|..||||..|||||.|         ||
Sbjct    1  ---ATGCCA-----TCCAAAGA-------------GTCTTG---GTCGGGGAGGAAAGCTAAC---------AG  41

Query  223  AGCCAGCGGCAG-CCAGGGACCTACACTTTGGCTTTAAGATTTGGAAGTCAAACCAGA--------AACTTCAG  287
            |||||    ||| ||        |||                   |||..|||||.||        |.|  .||
Sbjct   42  AGCCA----CAGTCC--------ACA-------------------AAGCAAAACCCGAGGGCCGGCAGC--AAG  82

Query  288  GCTCTACTACGATGGCAAGCACTTTGTTGGGGA--GAAACGCTTTGAGTCCATCCACGATCTGGTGACTGATGG  359
            ||| ||||  |||.|| ||| |||     ||||  ||||                     ||||          
Sbjct   83  GCT-TACT--GATAGC-AGC-CTT-----GGGAATGAAA---------------------CTGG----------  115

Query  360  CTTGATTACTCTCTATATTGAAACCAAGGCAGCAGAATACATTGCCAAGATGACGATAAACCCAATTTATGAGC  433
                   .|||||.|          |||.||.|.|               |||         ||||.|      
Sbjct  116  -------GCTCTCAA----------AAGTCATCTG---------------TGA---------CAATCT------  142

Query  434  ACGTAGGATACACAACCTTAAACAGAGAGCCAGCATACAAAAAACATATGCCAGTCCTGAAAGAGACAC-ATGA  506
                 ||     ||||||                                      |||||    ||.| .||.
Sbjct  143  -----GG-----CAACCT--------------------------------------CTGAA----ACTCTTTGC  164

Query  507  TGAGAGAGATTCTACAGGCCAGGATGGGGTGTCAGAGAAAAGGTTGACATCACTTGTTAGAAGAGCAACTCTGA  580
            |      .||||     ||                      .||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  165  T------TATTC-----GC----------------------AGTTGACATCACTTGTTAGAAGAGCAACTCTGA  205

Query  581  AAGAAAACGAGCAAATTCCAAAATATGAAAAGATTCACAATTTCAAGGTGCATACATTCAGAGGGCCACACTGG  654
            |||||||.||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||
Sbjct  206  AAGAAAATGAACAAATTCCAAAATATGAAAAGGTTCACAATTTCAAGGTGCATACGTTCCGAGGGCCACACTGG  279

Query  655  TGTGAATACTGTGCCAACTTTATGTGGGGTCTCATTGCTCAGGGAGTGAAATGTGCAGATTGTGGTTTGAATGT  728
            ||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  280  TGTGAATACTGTGCCAACTTCATGTGGGGCCTCATTGCTCAGGGAGTGAAATGTGCAGATTGTGGGTTGAATGT  353

Query  729  TCATAAGCAGTGTTCCAAGATGGTCCCAAATGACTGTAAGCCAGACTTGAAGCATGTCAAAAAGGTGTACAGCT  802
            |||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||..|||||||.||.||.|||||||||||||
Sbjct  354  TCACAAGCAGTGTTCCAAGATGGTCCCCAATGACTGTAAGCCAGATCTGAAGCACGTGAAGAAGGTGTACAGCT  427

Query  803  GTGACCTTACGACGCTCGTGAAAGCACATACCACTAAGCGGCCAATGGTGGTAGACATGTGCATCAGGGAGATT  876
            |||||||.||.||||||||||||||.||.|.|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  428  GTGACCTGACAACGCTCGTGAAAGCTCACATCACCAAGCGGCCAATGGTGGTAGACATGTGCATCAGGGAGATC  501

Query  877  GAGTCTAGAGGTCTTAATTCTGAAGGACTATACCGAGTATCAGGATTTAGTGACCTAATTGAAGATGTCAAGAT  950
            |||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  502  GAGTCCAGAGGTCTTAATTCTGAAGGACTCTACCGAGTGTCAGGATTTAGTGACCTGATTGAAGATGTCAAGAT  575

Query  951  GGCTTTCGACAGAGATGGTGAGAAGGCAGATATTTCTGTGAACATGTATGAAGATATCAACATTATCACTGGTG  1024
            ||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct  576  GGCTTTTGATAGAGATGGTGAGAAGGCGGATATTTCTGTGAACATGTATGAGGACATCAACATTATCACTGGTG  649

Query 1025  CACTTAAACTGTACTTCAGGGATTTGCCAATTCCACTCATTACATATGATGCCTACCCTAAGTTTATAGAATCT  1098
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.||.|||
Sbjct  650  CACTTAAACTGTACTTCAGGGATCTGCCAATTCCTCTCATCACATACGATGCCTACCCCAAGTTCATTGAGTCT  723

Query 1099  GCCAAAATTATGGATCCGGATGAGCAATTGGAAACCCTTCATGAAGCACTGAAACTACTGCCACCTGCTCACTG  1172
            ||||||||||||||.||.||.|||||||||||.||||||||.||||||||||.|...|||||.|||||.|||||
Sbjct  724  GCCAAAATTATGGACCCTGACGAGCAATTGGAGACCCTTCACGAAGCACTGAGATCGCTGCCGCCTGCCCACTG  797

Query 1173  CGAAACCCTCCGGTACCTCATGGCACATCTAAAGAGAGTGACCCTCCACGAAAAGGAGAATCTTATGAATGCAG  1246
            |||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.||.|||||||||||.||||.|||||
Sbjct  798  CGAGACGCTCCGGTACCTCATGGCGCATCTCAAGAGAGTGACCCTTCATGAGAAGGAGAATCTGATGAGTGCAG  871

Query 1247  AGAACCTTGGAATCGTCTTTGGACCCACCCTTATGAGATCTCCAGAACTAGACGCCATGGCTGCATTGAATGAT  1320
            ||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.||.|||.|||||||.||..||||.||.
Sbjct  872  AGAACCTTGGGATCGTGTTTGGACCAACCCTCATGAGATCCCCAGAGCTCGACCCCATGGCCGCCCTGAACGAC  945

Query 1321  ATACGGTATCAGAGACTGGTGGTGGAGCTGCTTATCAAAAACGAAGACATTTTATTT  1377
            |||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  946  ATACGCTATCAGAGACTGGTGGTGGAGCTGCTTATCAAAAACGAAGACATTTTATTT  1002