Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_00361
• Subject: NM_001284370.1
• Aligned Length: 1557
• Identities: 1137
• Gaps: 339

Alignment

Query    1  ATGAAATTCAAGTTACATGTGAATTCTGCCAGGCAATACAAGGACCTGTGGAATATGAGTGATGACAAACCCTT  74
                                                                  ||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ------------------------------------------------------ATGAGTGATGACAAACCCTT  20

Query   75  TCTATGTACTGCGCCTGGATGTGGCCAGCGTTTTACCAACGAGGATCATTTGGCTGTCCATAAACATAAACATG  148
            ||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   21  TCTATGCACTGCCCCTGGGTGTGGCCAGCGTTTTACCAACGAGGATCATTTGGCTGTCCATAAACATAAACATG  94

Query  149  AGATGACACTGAAATTTGGTCCAGCACGTAATGACAGTGTCATTGTGGCTGATCAGACCCCAACACCAACAAGA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct   95  AGATGACACTGAAATTTGGTCCAGCACGTAATGACAGTGTCATTGTGGCTGATCAGACTCCAACGCCAACAAGA  168

Query  223  TTCTTGAAAAACTGTGAAGAAGTGGGTTTGTTTAATGAGTTGGCGAGTCCATTTGAGAATGAATTCAAGAAAGC  296
            |||.|.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct  169  TTCCTAAAAAACTGTGAAGAAGTGGGTTTGTTCAATGAGTTGGCAAGTCCATTTGAAAATGAATTCAAGAAGGC  242

Query  297  TTCAGAAGATGACATTAAAAAAATGCCTCTAGATTTATCCCCTCTTGCAACACCTATCATAAGAAGCAAAATTG  370
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  243  TTCCGAAGATGACATTAAAAAAATGCCTCTAGATTTGTCCCCTCTTGCAACACCCATCATAAGAAGCAAAATTG  316

Query  371  AGGAGCCTTCTGTTGTAGAAACAACTCACCAGGATAGTCCTTTACCTCACCCAGAGTCTACTACCAGTGATGAG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.
Sbjct  317  AGGAGCCTTCTGTTGTAGAAACAACTCACCAGGACAGCCCTTTACCTCACCCCGAGTCGACTACCAGTGATGAA  390

Query  445  AAGGAAGTACCATTGGCACAAACTGCACAGCCCACATCAGCTATTGTTCGTCCAGCATCATTACAGGTTCCCAA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  391  AAGGAAGTACCATTGGCACAAACTGCACAGCCCACATCAGCTATCGTTCGTCCAGCATCATTACAGGTTCCCAA  464

Query  519  TGTGCTGCTTACAAGTTCTGACTCAAGTGTAATTATTCAGCAGGCAGTACCTTCACCAACCTCAAGTACTGTAA  592
            |||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  465  TGTGCTGCTCACAAGTTCTGACTCAAGTGTAATTATTCAACAAGCAGTACCTTCACCAACCTCAAGTACTGTAA  538

Query  593  TCACCCAGGCACCATCCTCTAACAGGCCAATTGTCCCTGTACCAGGCCCATTTCCTCTTCTGTTACATCTTCCT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  539  TCACCCAGGCACCATCCTCTAACAGGCCAATTGTTCCTGTACCAGGCCCATTTCCTCTTCTCTTACATCTTCCT  612

Query  667  AATGGACAAACCATGCCTGTTGCTATTCCTGCATCAATTACAAGTTCTAATGTGCATGTTCCAGCTGCAGTCCC  740
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  613  AATGGACAAACCATGCCCGTTGCTATTCCTGCATCAATTACAAGTTCTAATGTGCATGTTCCAGCTGCAGTCCC  686

Query  741  ACTCGTTCGACCAGTCACCATGGTGCCTAGTGTTCCAGGAATCCCAGGTCCTTCCTCTCCCCAACCAGTACAGT  814
            |||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||
Sbjct  687  ACTTGTTCGGCCAGTCACCATGGTGCCTAGTGTTCCAGGAATCCCAGGCCCTTCCTCTCCTCAACCAGTCCAGT  760

Query  815  CAGAAGCAAAAATGAGATTAAAAGCTGCTTTGACCCAGCAACATCCTCCAGTTACCAATGGTGATACTGTCAAA  888
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  761  CAGAAGCAAAAATGAGATTAAAAGCTGCTTTGACCCAGCAACACCCTCCAGTTACCAATGGTGATACTGTAAAA  834

Query  889  GGTCATGGTAGCGGATTGGTTAGGACTCAGTCAGAGGAATCTCGACCGCAGTCATTACAACAGCCAGCCACATC  962
            ||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||.||.||.|||||||||||.||
Sbjct  835  GGCCATGGCAGTGGATTGGTTAGGACTCAGTCAGAAGAGTCTCGCCCACAGTCCTTGCAGCAGCCAGCCACCTC  908

Query  963  CACTACAGAAACTCCGGCTTCTCCAGCTCACACAACTCCACAGACCCAAAGTACAAGTGGTCGTCGGAGAAGAG  1036
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||.|||||.|||||||
Sbjct  909  CACTACAGAAACTCCGGCTTCTCCAGCTCACACAACTCCTCAGACCCAAAATACAAGTGGCCGTCGAAGAAGAG  982

Query 1037  CAGCTAACGAAGATCCTGATGAAAAAAGGAGAAAGTTTTTAGAGCGAAATAGAGCAGCAGCTTCAAGATGCCGA  1110
            |||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  983  CAGCTAATGAAGATCCTGATGAGAAAAGGAGGAAGTTTCTAGAACGAAATAGAGCAGCAGCTTCAAGATGCCGA  1056

Query 1111  CAAAAAAGGAAAGTCTGGGTTCAGTCTTTAGAGAAGAAAGCTGAAGACTTGAGTTCATTAAATGGTCAGCTGCA  1184
            ||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.||||||||
Sbjct 1057  CAAAAAAGGAAAGTGTGGGTTCAGTCCTTAGAGAAGAAAGCAGAAGACTTGAGTTCACTAAATGGCCAGCTGCA  1130

Query 1185  GAGTGAAGTCACCCTGCTGAGAAATGAAGTGGCACAGCTGAAACAGCTT-CTTCTGGCTCATA------AAGAT  1251
            | ||                   |||    |||||     ||.|||.|| |||||...|..||      ||.||
Sbjct 1131  G-GT-------------------ATG----GGCAC-----AAGCAGTTTGCTTCTATTTATTAGTTAGCAACAT  1175

Query 1252  TGCCCTGTAACCGCCATGCAGAAGAAATCTGGCTATCATACTGCTGATAAAGATGATAGTTCAG----------  1315
            .|  .|||        |||         .|||.|       ||.||.|...|.|  |.|||..|          
Sbjct 1176  AG--GTGT--------TGC---------TTGGTT-------TGTTGGTTTGGTT--TGGTTTGGTTTGGTTTGG  1221

Query 1316  --------------------AAGACA-----TTTCAGTGCCGAGTAGTCCACATACAGAAGCTATACAGCATAG  1364
                                ||||||     |.||.|||                                   
Sbjct 1222  TTTTTTGTGTGTAGCTTTGCAAGACAGGGTTTCTCTGTG-----------------------------------  1260

Query 1365  TTCGGTCAGCACATCCAATGGAGTCAGTTCAACCTCCAAGGCAGAAGCTGTAGCCACTTCAGTCCTCACCCAGA  1438
                                                                                      
Sbjct 1261  --------------------------------------------------------------------------  1260

Query 1439  TGGCGGACCAGAGTACAGAGCCTGCTCTTTCACAGATCGTTATGGCTCCTTCCTCCCAGTCACAGCCCTCAGGA  1512
                                                                                      
Sbjct 1261  --------------------------------------------------------------------------  1260

Query 1513  AGT  1515
               
Sbjct 1261  ---  1260