Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_00361
• Subject: NM_001284373.1
• Aligned Length: 1515
• Identities: 1092
• Gaps: 348

Alignment

Query    1  ATGAAATTCAAGTTACATGTGAATTCTGCCAGGCAATACAAGGACCTGTGGAATATGAGTGATGACAAACCCTT  74
                                                                  ||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ------------------------------------------------------ATGAGTGATGACAAACCCTT  20

Query   75  TCTATGTACTGCGCCTGGATGTGGCCAGCGTTTTACCAACGAGGATCATTTGGCTGTCCATAAACATAAACATG  148
            ||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   21  TCTATGCACTGCCCCTGGGTGTGGCCAGCGTTTTACCAACGAGGATCATTTGGCTGTCCATAAACATAAACATG  94

Query  149  AGATGACACTGAAATTTGGTCCAGCACGTAATGACAGTGTCATTGTGGCTGATCAGACCCCAACACCAACAAGA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct   95  AGATGACACTGAAATTTGGTCCAGCACGTAATGACAGTGTCATTGTGGCTGATCAGACTCCAACGCCAACAAGA  168

Query  223  TTCTTGAAAAACTGTGAAGAAGTGGGTTTGTTTAATGAGTTGGCGAGTCCATTTGAGAATGAATTCAAGAAAGC  296
            |||.|.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct  169  TTCCTAAAAAACTGTGAAGAAGTGGGTTTGTTCAATGAGTTGGCAAGTCCATTTGAAAATGAATTCAAGAAGGC  242

Query  297  TTCAGAAGATGACATTAAAAAAATGCCTCTAGATTTATCCCCTCTTGCAACACCTATCATAAGAAGCAAAATTG  370
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  243  TTCCGAAGATGACATTAAAAAAATGCCTCTAGATTTGTCCCCTCTTGCAACACCCATCATAAGAAGCAAAATTG  316

Query  371  AGGAGCCTTCTGTTGTAGAAACAACTCACCAGGATAGTCCTTTACCTCACCCAGAGTCTACTACCAGTGATGAG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.
Sbjct  317  AGGAGCCTTCTGTTGTAGAAACAACTCACCAGGACAGCCCTTTACCTCACCCCGAGTCGACTACCAGTGATGAA  390

Query  445  AAGGAAGTACCATTGGCACAAACTGCACAGCCCACATCAGCTATTGTTCGTCCAGCATCATTACAGGTTCCCAA  518
            |||                                                                       
Sbjct  391  AAG-----------------------------------------------------------------------  393

Query  519  TGTGCTGCTTACAAGTTCTGACTCAAGTGTAATTATTCAGCAGGCAGTACCTTCACCAACCTCAAGTACTGTAA  592
                                                                                      
Sbjct  394  --------------------------------------------------------------------------  393

Query  593  TCACCCAGGCACCATCCTCTAACAGGCCAATTGTCCCTGTACCAGGCCCATTTCCTCTTCTGTTACATCTTCCT  666
                                                                                      
Sbjct  394  --------------------------------------------------------------------------  393

Query  667  AATGGACAAACCATGCCTGTTGCTATTCCTGCATCAATTACAAGTTCTAATGTGCATGTTCCAGCTGCAGTCCC  740
                                                                                      
Sbjct  394  --------------------------------------------------------------------------  393

Query  741  ACTCGTTCGACCAGTCACCATGGTGCCTAGTGTTCCAGGAATCCCAGGTCCTTCCTCTCCCCAACCAGTACAGT  814
             ||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||
Sbjct  394  -CTTGTTCGGCCAGTCACCATGGTGCCTAGTGTTCCAGGAATCCCAGGCCCTTCCTCTCCTCAACCAGTCCAGT  466

Query  815  CAGAAGCAAAAATGAGATTAAAAGCTGCTTTGACCCAGCAACATCCTCCAGTTACCAATGGTGATACTGTCAAA  888
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  467  CAGAAGCAAAAATGAGATTAAAAGCTGCTTTGACCCAGCAACACCCTCCAGTTACCAATGGTGATACTGTAAAA  540

Query  889  GGTCATGGTAGCGGATTGGTTAGGACTCAGTCAGAGGAATCTCGACCGCAGTCATTACAACAGCCAGCCACATC  962
            ||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||.||.||.|||||||||||.||
Sbjct  541  GGCCATGGCAGTGGATTGGTTAGGACTCAGTCAGAAGAGTCTCGCCCACAGTCCTTGCAGCAGCCAGCCACCTC  614

Query  963  CACTACAGAAACTCCGGCTTCTCCAGCTCACACAACTCCACAGACCCAAAGTACAAGTGGTCGTCGGAGAAGAG  1036
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||.|||||.|||||||
Sbjct  615  CACTACAGAAACTCCGGCTTCTCCAGCTCACACAACTCCTCAGACCCAAAATACAAGTGGCCGTCGAAGAAGAG  688

Query 1037  CAGCTAACGAAGATCCTGATGAAAAAAGGAGAAAGTTTTTAGAGCGAAATAGAGCAGCAGCTTCAAGATGCCGA  1110
            |||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  689  CAGCTAATGAAGATCCTGATGAGAAAAGGAGGAAGTTTCTAGAACGAAATAGAGCAGCAGCTTCAAGATGCCGA  762

Query 1111  CAAAAAAGGAAAGTCTGGGTTCAGTCTTTAGAGAAGAAAGCTGAAGACTTGAGTTCATTAAATGGTCAGCTGCA  1184
            ||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.||||||||
Sbjct  763  CAAAAAAGGAAAGTGTGGGTTCAGTCCTTAGAGAAGAAAGCAGAAGACTTGAGTTCACTAAATGGCCAGCTGCA  836

Query 1185  GAGTGAAGTCACCCTGCTGAGAAATGAAGTGGCACAGCTGAAACAGCTTCTTCTGGCTCATAAAGATTGCCCTG  1258
            |||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  837  GAGCGAAGTCACCCTGCTGAGAAATGAAGTGGCCCAGCTGAAACAGCTTCTTCTGGCTCATAAAGATTGCCCTG  910

Query 1259  TAACCGCCATGCAGAAGAAATCTGGCTATCATACTGCTGATAAAGATGATAGTTCAGAAGACATTTCAGTGCCG  1332
            ||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||.|||||.
Sbjct  911  TAACTGCCATGCAGAAGAAGTCTGGCTATCATACTGCTGATAAAGATGACAGTTCAGAAGACCTTTCTGTGCCA  984

Query 1333  AGTAGTCCACATACAGAAGCTATACAGCATAGTTCGGTCAGCACATCCAATGGAGTCAGTTCAACCTCCAAGGC  1406
            ||.|||||||||||||||||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||
Sbjct  985  AGCAGTCCACATACAGAAGCGATCCAGCACAGCTCTGTCAGCACATCCAATGGAGTCAGTTCAACATCAAAAGC  1058

Query 1407  AGAAGCTGTAGCCACTTCAGTCCTCACCCAGATGGCGGACCAGAGTACAGAGCCTGCTCTTTCACAGATCGTTA  1480
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||.||.|
Sbjct 1059  AGAAGCTGTAGCCACTTCAGTCCTCACCCAGATGGCGGACCAGAGCACGGAGCCTGCACTTTCACAGATTGTCA  1132

Query 1481  TGGCTCCTTCCTCCCAGTCACAGCCCTCAGGAAGT  1515
            ||||||||.||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1133  TGGCTCCTCCCTCCCAGGCACAGCCCTCAGGAAGT  1167