Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_00606
• Subject: NM_001271470.1
• Aligned Length: 1193
• Identities: 953
• Gaps: 160

Alignment

Query    1  ATGTCCCTGGTAGATTTGGGAAAGAAGCTTTTAGAAGCGGCACGAGCAGGTCAAGATGATGAAGTTCGTATTTT  74
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct    1  ATGTCCCTGGTAGATTTGGGGAAGAAGCTTTTAGAAGCGGCACGAGCCGGTCAAGATGATGAAGTTCGCATTTT  74

Query   75  GATGGCAAATGGAGCTCCCTTTACTACAGACTGGCTGGGAACTTCTCCACTTCATCTAGCAGCACAGTATGGTC  148
            ||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|
Sbjct   75  GATGGCAAATGGAGCTCCTTTTACTACAGACTGGTTGGGAACTTCTCCACTTCATCTGGCCGCACAGTATGGGC  148

Query  149  ATTATTCCACCACAGAGGTACTGCTGCGAGCTGGTGTGAGCAGAGATGCCAGAACCAAAGTGGACCGAACACCA  222
            |||..||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||
Sbjct  149  ATTTCTCTACCACAGAGGTTCTTCTCCGAGCCGGTGTAAGTAGAGATGCCAGGACCAAAGTGGACCGGACACCA  222

Query  223  TTACATATGGCAGCTTCTGAGGGCCATGCCAGCATAGTAGAGGTTTTACTTAAGCATGGTGCTGATGTCAATGC  296
            .|.||.|||||.|||||||||||||||||||.|||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  223  CTGCACATGGCGGCTTCTGAGGGCCATGCCAACATAGTAGAAGTTTTGCTTAAGCATGGTGCTGACGTCAATGC  296

Query  297  AAAGGACATGTTAAAGATGACAGCTCTCCATTGGGCCACAGAACACAATCATCAAGAGGTGGTGGAACTTTTAA  370
            ||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  297  AAAGGATATGTTAAAGATGACAGCTCTGCATTGGGCAACAGAACATAATCATCAAGAGGTGGTGGAGCTTTTAA  370

Query  371  TCAAATATGGTGCTGATGTACACACGCAAAGTAAATTTTGTAAAACTGCATTTGATATTTCAATAGACAATGGA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TCAAATATGGTGCTGATGTACACACGCAGAGTAAATTTTGTAAAACTGCATTTGATATTTCAATAGACAATGGA  444

Query  445  AATGAAGATTTAGCAGAGATATTACAGATTGCTATGCAGAACCAAATCAACACAAACCCAGAGAGTCCTGACAC  518
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct  445  AATGAAGATTTAGCAGAGATATTACAGATTGCTATGCAGAACCAAATCAACACCAACCCGGAGAGTCCTGACAC  518

Query  519  TGTGACAATACATGCTGCAACACCACAGTTTATCATTGGACCTGGAGGGGTGGTGAACCTAACAGGTCTGGTAT  592
            ||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||              
Sbjct  519  TGTGACAATACACGCTGCCACACCACAGTTCATCATTGGACCCGGAGGGGTGGTGAACCT--------------  578

Query  593  CTTCAGAAAATTCATCCAAGGCAACAGATGAAACGGGTGTATCTGCTGTTCAGTTTGGAAACTCTTCTACATCA  666
                                  .|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||
Sbjct  579  ----------------------CACAGATGAAACAGGAGTATCTGCTGTTCAGTTTGGAAACTCCTCTACGTCA  630

Query  667  GTATTAGCTACATTAGCTGCCTTAGCTGAAGCATCTGCTCCATTGTCCAATTCTTCAGAAACTCCAGTAGTGGC  740
            |||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||   ||||||
Sbjct  631  GTATTAGCTACGTTAGCTGCCTTAGCTGAAGCTTCTGCCCCATTGTCCAATTCTTCAGAAACTCC---AGTGGC  701

Query  741  CACAGAAGAAGTAGTTACTGCAGAATCTGTGGATGGTGCCATTCAGCAAGTAGTTAGTTCAGGGGGTCAGCAAG  814
            ||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  702  CACAGAGGAAGTGGTTACCGCAGAATCTGTGGATGGTGCAATTCAGCAAGTAGTTAGCTCAGGGGGTCAGCAAG  775

Query  815  TCATCACAATAGTTACAGATGGAATTCAGCTTGGAAATTTGCACTCTATTCCAACCAGTGGAATTGGTCAGCCC  888
            |||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.|||||||||
Sbjct  776  TCATCACGATAGTTACAGATGGAATCCAGCTGGGGAATTTGCACTCCATACCAACCAGTGGGATGGGTCAGCCC  849

Query  889  ATCATTGTGACCATGCCAGATGGACAACAAGTATTAACAGTACCAGCAACAGACATTGCTGAAGAAACTGTTAT  962
            |||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  850  ATCATTGTGACGATGCCCGATGGACAGCAAGTATTGACAGTACCAGCAACAGACATTGCTGAAGAAACTGTCAT  923

Query  963  AAGTGAAGAACCACCAGCTAAGAGACAATGTATCGAAATAATTGAAAACCGGGTGGAATCTGCAGAAATAGAAG  1036
            .||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|.|||||||||||.|||||||||.||||
Sbjct  924  CAGTGAAGAGCCACCAGCTAAGAGACAGTGTATGGAAATAATTGAGAGCCGGGTGGAATGTGCAGAAATTGAAG  997

Query 1037  -AGAGAGAAGCTCTTCAGA-AACAGCTG------GATGAAGCAAATCGAGAAGCACAAAAATATCGACAGCAGC  1102
             |   ||.||| |||   | |.|.|.||      |.||.||| .|||        |||||              
Sbjct  998  TA---AGGAGC-CTT---ATACCCGGTGTGTTTTGCTGCAGC-CATC--------CAAAA--------------  1041

Query 1103  TCCTAAAGAAAGAACAGGAAGCAGAGGCCTACAGACAGAAGTTGGAAGCTATGACTCGTCTTCAGACTAATAAA  1176
                                                                                      
Sbjct 1042  --------------------------------------------------------------------------  1041

Query 1177  GAAGCTGTT  1185
                     
Sbjct 1042  ---------  1041