Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_00998
- Subject:
- NM_001346047.1
- Aligned Length:
- 1501
- Identities:
- 1100
- Gaps:
- 332
Alignment
Query 1 ----------------------------------------------------------ATGGCGCAAAGG---- 12
|| |||.|
Sbjct 1 ATGCCAAACATCCCCAACGCGACCCAGTTAGGCAGGAGCCAAGAGGAGTGGTGGGGAAAT-----AAACGAGAA 69
Query 13 TACGATGAGCTGCCCCATTACGGCGGGATGGACGGAGTAGGGGTTCCCGCTTCCATGTACGGAGACCCTCACGC 86
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 70 TACGATGAGCTGCCCCATTACGGCGGGATGGACGGAGTAGGGGTTCCCGCTTCCATGTACGGAGACCCTCACGC 143
Query 87 GCCGCGGCCGATCCCCCCGGTTCACCACCTGAACCACGGGCCGCCGCTCCACGCCACACAGCACTACGGCGCGC 160
||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 144 GCCGCGGCCGATCCCCCCGGTTCACCACCTAAACCACGGGCCGCCGCTCCACGCCACGCAGCACTACGGCGCGC 217
Query 161 ACGCCCCGCACCCCAATGTCATGCCGGCCAGTATGGGATCCGCTGTCAACGACGCCTTGAAGCGGGACAAGGAC 234
|||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||..|.|||||||||
Sbjct 218 ACGCCCCGCACCCCAATGTCATGCCAGCCAGCATGGGATCTGCTGTCAACGACGCCTTGAAAAGAGACAAGGAC 291
Query 235 GCGATCTATGGGCACCCGTTGTTTCCTCTGTTAGCTCTGGTCTTTGAGAAGTGCGAGCTGGCGACCTGCACTCC 308
||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 GCAATCTATGGGCACCCGTTGTTTCCTCTGTTAGCTCTGGTTTTTGAGAAGTGCGAGCTGGCGACCTGCACTCC 365
Query 309 CCGGGAACCTGGAGTGGCTGGCGGAGACGTCTGCTCCTCCGACTCCTTCAACGAGGACATCGCGGTCTTCGCCA 382
|||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 366 CCGGGAACCCGGAGTGGCCGGCGGAGACGTCTGTTCCTCTGACTCCTTCAACGAGGACATCGCGGTCTTCGCCA 439
Query 383 AGCAGGTTCGCGCCGAAAAGCCACTTTTTTCCTCAAATCCAGAGCTGGACAATTTGATGATACAAGCAATACAA 456
||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 440 AGCAGGTTCGCGCCGAAAAGCCTCTTTTTTCCTCAAACCCAGAGCTGGATAATTTGATGATACAAGCAATTCAA 513
Query 457 GTACTAAGGTTTCATCTTTTGGAGTTAGAAAAGGTCCACGAACTGTGCGATAACTTCTGCCACCGATACATTAG 530
||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 514 GTACTAAGGTTTCATCTTCTGGAGTTAGAAAAGGTCCACGAACTATGTGATAACTTCTGCCACCGGTACATTAG 587
Query 531 CTGTTTGAAGGGGAAAATGCCCATCGACCTCGTCATTGATGAAAGAGACGGCAGCTCCAAGTCAGATCATGAAG 604
||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 CTGTTTGAAGGGAAAAATGCCCATTGACCTCGTGATTGATGAGAGAGATGGAAGCTCCAAGTCAGATCATGAAG 661
Query 605 AACTTTCAGGCTCCTCCACAAATCTCGCTGACCATAACCCTTCTTCTTGGCGAGACCACGATGATGCAACCTCA 678
||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 662 AACTTTCAGGCTCCTCCACAAATCTCGCCGACCACAACCCTTCATCCTGGCGAGACCACGATGACGCAACCTCA 735
Query 679 ACCCACTCAGCAGGCACCCCAGGGCCCTCCAGTGGGGGCCATGCTTCCCAGAGCGGAGACAACAGCAGTGAGCA 752
||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 736 ACGCACTCCGCAGGCACCCCAGGACCCTCCAGTGGGGGCCATGCTTCCCAGAGTGGAGACAACAGCAGTGAGCA 809
Query 753 AGGGGATGGTTTAGACAACAGTGTAGCTTCACCTGGTACAGGTGACGATGATGATCCGGATAAGGACAAAAAAC 826
|||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||.||.|||||||||||||
Sbjct 810 AGGCGATGGGTTAGACAACAGCGTAGCTTCACCTGGCACAGGTGATGACGACGATCCAGACAAGGACAAAAAAC 883
Query 827 GCCAGAAGAAAAGAGGCATTTTCCCCAAAGTAGCAACAAATATCATGAGAGCATGGCTCTTCCAGCATCTCACA 900
|||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 884 GCCAGAAGAAAAGAGGCATATTCCCCAAAGTCGCGACAAATATCATGAGAGCGTGGCTCTTCCAGCATCTCACA 957
Query 901 CATCCGTACCCTTCCGAAGAGCAGAAGAAACAGTTAGCGCAAGACACAGGACTTACAATTCTCCAAGTAAACAA 974
||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||||
Sbjct 958 CACCCGTACCCTTCAGAAGAACAGAAGAAACAGTTAGCGCAAGACACGGGACTGACAATTCTGCAAGTGAACAA 1031
Query 975 CTGGTTTATTAATGCCAGAAGAAGAATAGTACAGCCCATGATTGACCAGTCAAATCGAG--------------- 1033
|||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1032 CTGGTTTATCAATGCCAGAAGAAGAATAGTGCAGCCCATGATTGACCAGTCAAATCGAGCAGGTTTTCTTCTTG 1105
Query 1034 ------CAGTGAGCCAAGGAGCAGCATATAGTCCAGAGGGTCAGCCCATGGGGAGCTTTGTGTTGGATGGTCAG 1101
|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 ATCCTTCAGTGAGCCAAGGAGCAGCGTATAGTCCAGAGGGTCAGCCCATGGGGAGCTTTGTGTTGGATGGTCAG 1179
Query 1102 CAACACATGGGGATCCGGCCTGCAGGTTTGCAGA-GCATGCCAGGGGACTACGTTTCTCAGGGTGGTCCTATGG 1174
||||||||||||||||||||||||| || .|||| ||.||| ||||
Sbjct 1180 CAACACATGGGGATCCGGCCTGCAG-------GACCCATG--AGTGGA----------------------ATGG 1222
Query 1175 GAATGAGTATGGCACA-------GCCAAGTTACACTCCTCCCCAGATGACCCCACACCCTACTCAATTAAGACA 1241
|.||||.||||| .|| || |||..|||| |.|||
Sbjct 1223 GCATGAATATGG-GCATGGATGGGC--AGTGGCACT-------ATATG-------------------------- 1260
Query 1242 TGGACCCCCAATGCATTCATATTTGCCAAGCCATCCCCACCACCCAGCCATGATGATGCACGGAGGACCCCCTA 1315
Sbjct 1261 -------------------------------------------------------------------------- 1260
Query 1316 CCCACCCTGGAATGACTATGTCAGCACAGAGCCCCACAATGTTAAATTCTGTAGATCCCAATGTTGGCGGACAG 1389
Sbjct 1261 -------------------------------------------------------------------------- 1260
Query 1390 GTTATGGACATTCATGCCCAA 1410
Sbjct 1261 --------------------- 1260