Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_00999
• Subject: NM_001159568.1
• Aligned Length: 1437
• Identities: 1066
• Gaps: 300

Alignment

Query    1  ---------------------------------------ATGGACGGAGTAGGGGTTCCCGCTTCCATGTACGG  35
                                                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGCAAAGGTACGATGAGCTGCCCCATTACGGCGGGATGGACGGAGTAGGGGTTCCCGCTTCCATGTACGG  74

Query   36  AGACCCTCACGCGCCGCGGCCGATCCCCCCGGTTCACCACCTGAACCACGGGCCGCCGCTCCACGCCACACAGC  109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct   75  AGACCCTCACGCGCCGCGGCCGATCCCCCCGGTTCACCACCTAAACCACGGGCCGCCGCTCCACGCCACGCAGC  148

Query  110  ACTACGGCGCGCACGCCCCGCACCCCAATGTCATGCCGGCCAGTATGGGATCCGCTGTCAACGACGCCTTGAAG  183
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct  149  ACTACGGCGCGCACGCCCCGCACCCCAATGTCATGCCAGCCAGCATGGGATCTGCTGTCAACGACGCCTTGAAA  222

Query  184  CGGGACAAGGACGCGATCTATGGGCACCCGTTGTTTCCTCTGTTAGCTCTGGTCTTTGAGAAGTGCGAGCTGGC  257
            .|.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AGAGACAAGGACGCAATCTATGGGCACCCGTTGTTTCCTCTGTTAGCTCTGGTTTTTGAGAAGTGCGAGCTGGC  296

Query  258  GACCTGCACTCCCCGGGAACCTGGAGTGGCTGGCGGAGACGTCTGCTCCTCCGACTCCTTCAACGAGGACATCG  331
            |||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GACCTGCACTCCCCGGGAACCCGGAGTGGCCGGCGGAGACGTCTGTTCCTCTGACTCCTTCAACGAGGACATCG  370

Query  332  CGGTCTTCGCCAAGCAGGTTCGCGCCGAAAAGCCACTTTTTTCCTCAAATCCAGAGCTGGACAATTTGATGATA  405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||
Sbjct  371  CGGTCTTCGCCAAGCAGGTTCGCGCCGAAAAGCCTCTTTTTTCCTCAAACCCAGAGCTGGATAATTTGATGATA  444

Query  406  CAAGCAATACAAGTACTAAGGTTTCATCTTTTGGAGTTAGAAAAGGTCCACGAACTGTGCGATAACTTCTGCCA  479
            ||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct  445  CAAGCAATTCAAGTACTAAGGTTTCATCTTCTGGAGTTAGAAAAGGTCCACGAACTATGTGATAACTTCTGCCA  518

Query  480  CCGATACATTAGCTGTTTGAAGGGGAAAATGCCCATCGACCTCGTCATTGATGAAAGAGACGGCAGCTCCAAGT  553
            |||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||||
Sbjct  519  CCGGTACATTAGCTGTTTGAAGGGAAAAATGCCCATTGACCTCGTGATTGATGAGAGAGATGGAAGCTCCAAGT  592

Query  554  CAGATCATGAAGAACTTTCAGGCTCCTCCACAAATCTCGCTGACCATAACCCTTCTTCTTGGCGAGACCACGAT  627
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||
Sbjct  593  CAGATCATGAAGAACTTTCAGGCTCCTCCACAAATCTCGCCGACCACAACCCTTCATCCTGGCGAGACCACGAT  666

Query  628  GATGCAACCTCAACCCACTCAGCAGGCACCCCAGGGCCCTCCAGTGGGGGCCATGCTTCCCAGAGCGGAGACAA  701
            ||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  667  GACGCAACCTCAACGCACTCCGCAGGCACCCCAGGACCCTCCAGTGGGGGCCATGCTTCCCAGAGTGGAGACAA  740

Query  702  CAGCAGTGAGCAAGGGGATGGTTTAGACAACAGTGTAGCTTCACCTGGTACAGGTGACGATGATGATCCGGATA  775
            |||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||.||.|
Sbjct  741  CAGCAGTGAGCAAGGCGATGGGTTAGACAACAGCGTAGCTTCACCTGGCACAGGTGATGACGACGATCCAGACA  814

Query  776  AGGACAAAAAACGCCAGAAGAAAAGAGGCATTTTCCCCAAAGTAGCAACAAATATCATGAGAGCATGGCTCTTC  849
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  815  AGGACAAAAAACGCCAGAAGAAAAGAGGCATATTCCCCAAAGTCGCGACAAATATCATGAGAGCGTGGCTCTTC  888

Query  850  CAGCATCTCACACATCCGTACCCTTCCGAAGAGCAGAAGAAACAGTTAGCGCAAGACACAGGACTTACAATTCT  923
            ||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct  889  CAGCATCTCACACACCCGTACCCTTCAGAAGAACAGAAGAAACAGTTAGCGCAAGACACGGGACTGACAATTCT  962

Query  924  CCAAGTAAACAACTGGTTTATTAATGCCAGAAGAAGAATAGTACAGCCCATGATTGACCAGTCAAATCGAG---  994
            .|||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||   
Sbjct  963  GCAAGTGAACAACTGGTTTATCAATGCCAGAAGAAGAATAGTGCAGCCCATGATTGACCAGTCAAATCGAGCAG  1036

Query  995  ------------------CAGTGAGCCAAGGAGCAGCATATAGTCCAGAGGGTCAGCCCATGGGGAGCTTTGTG  1050
                              |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GTTTTCTTCTTGATCCTTCAGTGAGCCAAGGAGCAGCGTATAGTCCAGAGGGTCAGCCCATGGGGAGCTTTGTG  1110

Query 1051  TTGGATGGTCAGCAACACATGGGGATCCGGCCTGCA--------------------GGAC-------CTATGAG  1097
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    ||||       ||..|.|
Sbjct 1111  TTGGATGGTCAGCAACACATGGGGATCCGGCCTGCAGGTTTGCAGAGCATGCCAGGGGACTACGTTTCTCAGGG  1184

Query 1098  TGG---AATGGGCATGAATATGG-GCATGGATGGGCAA-TGGCACT-------ACATG----------------  1143
            |||   ||||||.|||..||||| .||      |.||| |..||||       |.|||                
Sbjct 1185  TGGTCCAATGGGAATGGGTATGGCCCA------GCCAAGTTACACTCCTCCCCAGATGACCCCACACCCTACTC  1252

Query 1144  --------------------------------------------------------------------------  1143
                                                                                      
Sbjct 1253  AGTTAAGACATGGACCCCCAATGCATTCATATTTGCCAAGCCATCCCCACCACCCAGCCATGGTGATGCACGGA  1326

Query 1144  --------------------------------------------------------------------------  1143
                                                                                      
Sbjct 1327  GGACCCCCTACCCACCCTGGAATGACTATGTCAGCACAGAGCCCCACAATGTTAAATTCTGTAGATCCCAATGT  1400

Query 1144  -------------------------------  1143
                                           
Sbjct 1401  TGGCGGACAGGTTATGGACATTCATGCCCAA  1431