Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_00999
• Subject: NM_001346038.1
• Aligned Length: 1434
• Identities: 1066
• Gaps: 297

Alignment

Query    1  ------------------------------------ATGGACGGAGTAGGGGTTCCCGCTTCCATGTACGGAGA  38
                                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTTTCTGTACGATGAGCTGCCCCATTACGGCGGGATGGACGGAGTAGGGGTTCCCGCTTCCATGTACGGAGA  74

Query   39  CCCTCACGCGCCGCGGCCGATCCCCCCGGTTCACCACCTGAACCACGGGCCGCCGCTCCACGCCACACAGCACT  112
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct   75  CCCTCACGCGCCGCGGCCGATCCCCCCGGTTCACCACCTAAACCACGGGCCGCCGCTCCACGCCACGCAGCACT  148

Query  113  ACGGCGCGCACGCCCCGCACCCCAATGTCATGCCGGCCAGTATGGGATCCGCTGTCAACGACGCCTTGAAGCGG  186
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||..|.
Sbjct  149  ACGGCGCGCACGCCCCGCACCCCAATGTCATGCCAGCCAGCATGGGATCTGCTGTCAACGACGCCTTGAAAAGA  222

Query  187  GACAAGGACGCGATCTATGGGCACCCGTTGTTTCCTCTGTTAGCTCTGGTCTTTGAGAAGTGCGAGCTGGCGAC  260
            |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GACAAGGACGCAATCTATGGGCACCCGTTGTTTCCTCTGTTAGCTCTGGTTTTTGAGAAGTGCGAGCTGGCGAC  296

Query  261  CTGCACTCCCCGGGAACCTGGAGTGGCTGGCGGAGACGTCTGCTCCTCCGACTCCTTCAACGAGGACATCGCGG  334
            ||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CTGCACTCCCCGGGAACCCGGAGTGGCCGGCGGAGACGTCTGTTCCTCTGACTCCTTCAACGAGGACATCGCGG  370

Query  335  TCTTCGCCAAGCAGGTTCGCGCCGAAAAGCCACTTTTTTCCTCAAATCCAGAGCTGGACAATTTGATGATACAA  408
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  371  TCTTCGCCAAGCAGGTTCGCGCCGAAAAGCCTCTTTTTTCCTCAAACCCAGAGCTGGATAATTTGATGATACAA  444

Query  409  GCAATACAAGTACTAAGGTTTCATCTTTTGGAGTTAGAAAAGGTCCACGAACTGTGCGATAACTTCTGCCACCG  482
            |||||.|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct  445  GCAATTCAAGTACTAAGGTTTCATCTTCTGGAGTTAGAAAAGGTCCACGAACTATGTGATAACTTCTGCCACCG  518

Query  483  ATACATTAGCTGTTTGAAGGGGAAAATGCCCATCGACCTCGTCATTGATGAAAGAGACGGCAGCTCCAAGTCAG  556
            .||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||||
Sbjct  519  GTACATTAGCTGTTTGAAGGGAAAAATGCCCATTGACCTCGTGATTGATGAGAGAGATGGAAGCTCCAAGTCAG  592

Query  557  ATCATGAAGAACTTTCAGGCTCCTCCACAAATCTCGCTGACCATAACCCTTCTTCTTGGCGAGACCACGATGAT  630
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.
Sbjct  593  ATCATGAAGAACTTTCAGGCTCCTCCACAAATCTCGCCGACCACAACCCTTCATCCTGGCGAGACCACGATGAC  666

Query  631  GCAACCTCAACCCACTCAGCAGGCACCCCAGGGCCCTCCAGTGGGGGCCATGCTTCCCAGAGCGGAGACAACAG  704
            |||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct  667  GCAACCTCAACGCACTCCGCAGGCACCCCAGGACCCTCCAGTGGGGGCCATGCTTCCCAGAGTGGAGACAACAG  740

Query  705  CAGTGAGCAAGGGGATGGTTTAGACAACAGTGTAGCTTCACCTGGTACAGGTGACGATGATGATCCGGATAAGG  778
            ||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||.||.||||
Sbjct  741  CAGTGAGCAAGGCGATGGGTTAGACAACAGCGTAGCTTCACCTGGCACAGGTGATGACGACGATCCAGACAAGG  814

Query  779  ACAAAAAACGCCAGAAGAAAAGAGGCATTTTCCCCAAAGTAGCAACAAATATCATGAGAGCATGGCTCTTCCAG  852
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  815  ACAAAAAACGCCAGAAGAAAAGAGGCATATTCCCCAAAGTCGCGACAAATATCATGAGAGCGTGGCTCTTCCAG  888

Query  853  CATCTCACACATCCGTACCCTTCCGAAGAGCAGAAGAAACAGTTAGCGCAAGACACAGGACTTACAATTCTCCA  926
            |||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||
Sbjct  889  CATCTCACACACCCGTACCCTTCAGAAGAACAGAAGAAACAGTTAGCGCAAGACACGGGACTGACAATTCTGCA  962

Query  927  AGTAAACAACTGGTTTATTAATGCCAGAAGAAGAATAGTACAGCCCATGATTGACCAGTCAAATCGAG------  994
            |||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||      
Sbjct  963  AGTGAACAACTGGTTTATCAATGCCAGAAGAAGAATAGTGCAGCCCATGATTGACCAGTCAAATCGAGCAGGTT  1036

Query  995  ---------------CAGTGAGCCAAGGAGCAGCATATAGTCCAGAGGGTCAGCCCATGGGGAGCTTTGTGTTG  1053
                           |||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TTCTTCTTGATCCTTCAGTGAGCCAAGGAGCAGCGTATAGTCCAGAGGGTCAGCCCATGGGGAGCTTTGTGTTG  1110

Query 1054  GATGGTCAGCAACACATGGGGATCCGGCCTGCA--------------------GGAC-------CTATGAGTGG  1100
            |||||||||||||||||||||||||||||||||                    ||||       ||..|.||||
Sbjct 1111  GATGGTCAGCAACACATGGGGATCCGGCCTGCAGGTTTGCAGAGCATGCCAGGGGACTACGTTTCTCAGGGTGG  1184

Query 1101  ---AATGGGCATGAATATGG-GCATGGATGGGCAA-TGGCACT-------ACATG-------------------  1143
               ||||||.|||..||||| .||      |.||| |..||||       |.|||                   
Sbjct 1185  TCCAATGGGAATGGGTATGGCCCA------GCCAAGTTACACTCCTCCCCAGATGACCCCACACCCTACTCAGT  1252

Query 1144  --------------------------------------------------------------------------  1143
                                                                                      
Sbjct 1253  TAAGACATGGACCCCCAATGCATTCATATTTGCCAAGCCATCCCCACCACCCAGCCATGGTGATGCACGGAGGA  1326

Query 1144  --------------------------------------------------------------------------  1143
                                                                                      
Sbjct 1327  CCCCCTACCCACCCTGGAATGACTATGTCAGCACAGAGCCCCACAATGTTAAATTCTGTAGATCCCAATGTTGG  1400

Query 1144  ----------------------------  1143
                                        
Sbjct 1401  CGGACAGGTTATGGACATTCATGCCCAA  1428