Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_01083
• Subject: NM_001145109.1
• Aligned Length: 2460
• Identities: 2427
• Gaps: 27

Alignment

Query    1  ATGGA-----GTCTCGGGT-CT----TACTGAGAACATT--CTGTTTGATCTTCGGTCTCGGAGCAGTTTGGGG  62
            |||||     |.|| |||| ||    ||.|.| ||..||  ||| .||||||            ||||||||||
Sbjct    1  ATGGAAACGGGACT-GGGTGCTCCGCTATTTA-AAGCTTGGCTG-CTGATCT------------CAGTTTGGGG  59

Query   63  GCTTGGTGTGGACCCTTCCCTACAGATTGACGTCTTAACAGAGTTAGAACTTGGGGAGTCCACGACCGGAGTGC  136
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   60  GCTTGGTGTGGACCCTTCCCTACAGATTGACGTCTTAACAGAGTTAGAACTTGGGGAGTCCACGACCGGAGTGC  133

Query  137  GTCAGGTCCCGGGGCTGCATAATGGGACGAAAGCCTTTCTCTTTCAAGATACTCCCAGAAGCATAAAAGCATCC  210
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  134  GTCAGGTCCCGGGGCTGCATAATGGGACGAAAGCCTTTCTCTTTCAAGATACTCCCAGAAGCATAAAAGCATCC  207

Query  211  ACTGCTACAGCTGAACAGTTTTTTCAGAAGCTGAGAAATAAACATGAATTTACTATTTTGGTGACCCTAAAACA  284
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  208  ACTGCTACAGCTGAACAGTTTTTTCAGAAGCTGAGAAATAAACATGAATTTACTATTTTGGTGACCCTAAAACA  281

Query  285  GACCCACTTAAATTCAGGAGTTATTCTCTCAATTCACCACTTGGATCACAGGTACCTGGAACTGGAAAGTAGTG  358
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  282  GACCCACTTAAATTCAGGAGTTATTCTCTCAATTCACCACTTGGATCACAGGTACCTGGAACTGGAAAGTAGTG  355

Query  359  GCCATCGGAATGAAGTCAGACTGCATTACCGCTCAGGCAGTCACCGCCCTCACACAGAAGTGTTTCCTTACATT  432
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  356  GCCATCGGAATGAAGTCAGACTGCATTACCGCTCAGGCAGTCACCGCCCTCACACAGAAGTGTTTCCTTACATT  429

Query  433  TTGGCTGATGACAAGTGGCACAAGCTCTCCTTAGCCATCAGTGCTTCCCATTTGATTTTACACATTGACTGCAA  506
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  430  TTGGCTGATGACAAGTGGCACAAGCTCTCCTTAGCCATCAGTGCTTCCCATTTGATTTTACACATTGACTGCAA  503

Query  507  TAAAATTTATGAAAGGGTAGTAGAAAAGCCCTCCACAGACTTGCCTCTAGGCACAACATTTTGGCTAGGACAGA  580
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  504  TAAAATTTATGAAAGGGTAGTAGAAAAGCCCTCCACAGACTTGCCTCTAGGCACAACATTTTGGCTAGGACAGA  577

Query  581  GAAATAATGCGCATGGATATTTTAAGGGTATAATGCAAGATGTCCAATTACTTGTCATGCCCCAGGGATTTATT  654
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  578  GAAATAATGCGCATGGATATTTTAAGGGTATAATGCAAGATGTCCAATTACTTGTCATGCCCCAGGGATTTATT  651

Query  655  GCTCAGTGCCCAGATCTTAATCGCACCTGTCCAACTTGCAATGACTTCCATGGACTTGTGCAGAAAATCATGGA  728
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  652  GCTCAGTGCCCAGATCTTAATCGCACCTGTCCAACTTGCAATGACTTCCATGGACTTGTGCAGAAAATCATGGA  725

Query  729  GCTACAGGATATTTTAGCCAAAACATCAGCCAAGCTGTCTCGAGCTGAACAGCGAATGAATAGATTGGATCAGT  802
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  726  GCTACAGGATATTTTAGCCAAAACATCAGCCAAGCTGTCTCGAGCTGAACAGCGAATGAATAGATTGGATCAGT  799

Query  803  GCTATTGTGAAAGGACTTGCACCATGAAGGGAACCACCTACCGAGAATTTGAGTCCTGGATAGACGGCTGTAAG  876
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  800  GCTATTGTGAAAGGACTTGCACCATGAAGGGAACCACCTACCGAGAATTTGAGTCCTGGATAGACGGCTGTAAG  873

Query  877  AACTGCACATGCCTGAATGGAACCATCCAGTGTGAAACTCTAATCTGCCCAAATCCTGACTGCCCACTTAAGTC  950
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  874  AACTGCACATGCCTGAATGGAACCATCCAGTGTGAAACTCTAATCTGCCCAAATCCTGACTGCCCACTTAAGTC  947

Query  951  GGCTCTTGCGTATGTGGATGGCAAATGCTGTAAGGAATGCAAATCGATATGCCAATTTCAAGGACGAACCTACT  1024
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  948  GGCTCTTGCGTATGTGGATGGCAAATGCTGTAAGGAATGCAAATCGATATGCCAATTTCAAGGACGAACCTACT  1021

Query 1025  TTGAAGGAGAAAGAAATACAGTCTATTCCTCTTCTGGAGTATGTGTTCTCTATGAGTGCAAGGACCAGACCATG  1098
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022  TTGAAGGAGAAAGAAATACAGTCTATTCCTCTTCTGGAGTATGTGTTCTCTATGAGTGCAAGGACCAGACCATG  1095

Query 1099  AAACTTGTTGAGAGTTCAGGCTGTCCAGCTTTGGATTGTCCAGAGTCTCATCAGATAACCTTGTCTCACAGCTG  1172
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1096  AAACTTGTTGAGAGTTCAGGCTGTCCAGCTTTGGATTGTCCAGAGTCTCATCAGATAACCTTGTCTCACAGCTG  1169

Query 1173  TTGCAAAGTTTGTAAAGGTTATGACTTTTGTTCTGAAAGGCATAACTGCATGGAGAATTCCATCTGCAGAAATC  1246
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1170  TTGCAAAGTTTGTAAAGGTTATGACTTTTGTTCTGAAAGGCATAACTGCATGGAGAATTCCATCTGCAGAAATC  1243

Query 1247  TGAATGACAGGGCTGTTTGTAGCTGTCGAGATGGTTTTAGGGCTCTTCGAGAGGATAATGCCTACTGTGAAGAC  1320
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244  TGAATGACAGGGCTGTTTGTAGCTGTCGAGATGGTTTTAGGGCTCTTCGAGAGGATAATGCCTACTGTGAAGAC  1317

Query 1321  ATCGATGAGTGTGCTGAAGGGCGCCATTACTGTCGTGAAAATACAATGTGTGTCAACACCCCGGGTTCTTTTAT  1394
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318  ATCGATGAGTGTGCTGAAGGGCGCCATTACTGTCGTGAAAATACAATGTGTGTCAACACCCCGGGTTCTTTTAT  1391

Query 1395  GTGCATCTGCAAAACTGGATACATCAGAATTGATGATTATTCATGTACAGAACATGATGAGTGTATCACAAATC  1468
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392  GTGCATCTGCAAAACTGGATACATCAGAATTGATGATTATTCATGTACAGAACATGATGAGTGTATCACAAATC  1465

Query 1469  AGCACAACTGTGATGAAAATGCTTTATGCTTCAACACTGTTGGAGGACACAACTGTGTTTGCAAGCCGGGCTAT  1542
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1466  AGCACAACTGTGATGAAAATGCTTTATGCTTCAACACTGTTGGAGGACACAACTGTGTTTGCAAGCCGGGCTAT  1539

Query 1543  ACAGGGAATGGAACGACATGCAAAGCATTTTGCAAAGATGGCTGTAGGAATGGAGGAGCCTGTATTGCCGCTAA  1616
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1540  ACAGGGAATGGAACGACATGCAAAGCATTTTGCAAAGATGGCTGTAGGAATGGAGGAGCCTGTATTGCCGCTAA  1613

Query 1617  TGTGTGTGCCTGCCCACAAGGCTTCACTGGACCCAGCTGTGAAACGGACATTGATGAATGCTCTGATGGTTTTG  1690
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614  TGTGTGTGCCTGCCCACAAGGCTTCACTGGACCCAGCTGTGAAACGGACATTGATGAATGCTCTGATGGTTTTG  1687

Query 1691  TTCAATGTGACAGTCGTGCTAATTGCATTAACCTGCCTGGATGGTACCACTGTGAGTGCAGAGATGGCTACCAT  1764
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1688  TTCAATGTGACAGTCGTGCTAATTGCATTAACCTGCCTGGATGGTACCACTGTGAGTGCAGAGATGGCTACCAT  1761

Query 1765  GACAATGGGATGTTTTCACCAAGTGGAGAATCGTGTGAAGATATTGATGAGTGTGGGACCGGGAGGCACAGCTG  1838
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1762  GACAATGGGATGTTTTCACCAAGTGGAGAATCGTGTGAAGATATTGATGAGTGTGGGACCGGGAGGCACAGCTG  1835

Query 1839  TGCCAATGATACCATTTGCTTCAATTTGGATGGCGGATATGATTGTCGATGTCCTCATGGAAAGAATTGCACAG  1912
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1836  TGCCAATGATACCATTTGCTTCAATTTGGATGGCGGATATGATTGTCGATGTCCTCATGGAAAGAATTGCACAG  1909

Query 1913  GGGACTGCATCCATGATGGAAAAGTTAAGCACAATGGTCAGATTTGGGTGTTGGAAAATGACAGGTGCTCTGTG  1986
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1910  GGGACTGCATCCATGATGGAAAAGTTAAGCACAATGGTCAGATTTGGGTGTTGGAAAATGACAGGTGCTCTGTG  1983

Query 1987  TGCTCATGTCAGAATGGATTCGTTATGTGTCGACGGATGGTCTGTGACTGTGAGAATCCCACAGTTGATCTTTT  2060
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1984  TGCTCATGTCAGAATGGATTCGTTATGTGTCGACGGATGGTCTGTGACTGTGAGAATCCCACAGTTGATCTTTT  2057

Query 2061  TTGCTGCCCTGAATGTGACCCAAGGCTTAGTAGTCAGTGCCTCCATCAAAATGGGGAAACTTTGTATAACAGTG  2134
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2058  TTGCTGCCCTGAATGTGACCCAAGGCTTAGTAGTCAGTGCCTCCATCAAAATGGGGAAACTTTGTATAACAGTG  2131

Query 2135  GTGACACCTGGGTCCAGAATTGTCAACAGTGCCGCTGCTTGCAAGGGGAAGTTGATTGTTGGCCCCTGCCTTGC  2208
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2132  GTGACACCTGGGTCCAGAATTGTCAACAGTGCCGCTGCTTGCAAGGGGAAGTTGATTGTTGGCCCCTGCCTTGC  2205

Query 2209  CCAGATGTGGAGTGTGAATTCAGCATTCTCCCAGAGAATGAGTGCTGCCCGCGCTGTGTCACAGACCCTTGCCA  2282
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2206  CCAGATGTGGAGTGTGAATTCAGCATTCTCCCAGAGAATGAGTGCTGCCCGCGCTGTGTCACAGACCCTTGCCA  2279

Query 2283  GGCTGACACCATCCGCAATGACATCACCAAGACTTGCCTGGACGAAATGAATGTGGTTCGCTTCACCGGGTCCT  2356
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280  GGCTGACACCATCCGCAATGACATCACCAAGACTTGCCTGGACGAAATGAATGTGGTTCGCTTCACCGGGTCCT  2353

Query 2357  CTTGGATCAAACATGGCACTGAGTGTACTCTCTGCCAGTGCAAGAATGGCCACATCTGTTGCTCAGTGGATCCA  2430
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2354  CTTGGATCAAACATGGCACTGAGTGTACTCTCTGCCAGTGCAAGAATGGCCACATCTGTTGCTCAGTGGATCCA  2427

Query 2431  CAGTGCCTTCAGGAACTG  2448
            ||||||||||||||||||
Sbjct 2428  CAGTGCCTTCAGGAACTG  2445