Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_01346
• Subject: NM_001161840.1
• Aligned Length: 1240
• Identities: 1086
• Gaps: 8

Alignment

Query    1  ATGATTCTTTACAGATTAAAAGAAAGATTTCAGCTTTCCTTAAGACAAGACAAAGAGAAAAACCAGGAGATCCA  74
            ||||||.|||||||.|||||||||||..||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGATTATTTACAGGTTAAAAGAAAGGCTTCAGCTTTCCTTAAGACAAGATAAAGAGAAAAACCAGGAGATCCA  74

Query   75  CCTATCGCCCATCACATTACAGCCAGCACTGTCCGAGGCAAAGACAGTCCACAGCATGGTCCAACCTGAGCAGG  148
            ||||||.|||||..||...||||.|||||..||.|||||.|||||...|||||||||||||||.||.||.||||
Sbjct   75  CCTATCACCCATTGCACGGCAGCAAGCACAATCGGAGGCCAAGACGACCCACAGCATGGTCCAGCCCGATCAGG  148

Query  149  CCCCAAAGGTACTGAATGTTGTCGTGGACCCTCAAGGCCGAGGTGCTCCTGAGATCAGAGCTACCACCGCTACC  222
            |.||||||||.|||||.||.||.||||||||||||||||.|.|..||||||||||..||...|.||||.|.|||
Sbjct  149  CGCCAAAGGTGCTGAACGTGGTTGTGGACCCTCAAGGCCAATGCACTCCTGAGATTCGAAACAGCACCTCCACC  222

Query  223  TCTGTTTGCCCTTCTCCTTTCAAAATGAAGCCCATAGGACTTCAAGAGAGAAGAGGGTCCAACGTATCTCTTAC  296
            |||||.|||||||||||.||||.||||||||||||||||||.||.|||.||.||||.|||||.|||||||||||
Sbjct  223  TCTGTCTGCCCTTCTCCCTTCAGAATGAAGCCCATAGGACTCCAGGAGCGACGAGGTTCCAATGTATCTCTTAC  296

Query  297  ATTGGACATGAGTAGCTTGGGGAACATTGAACCCTTTGT----GTCTATACCAACACCACGGGAGAAGGTAGCA  366
            ..||||||||||||||.||||.|...|.|||||||||||    ||||    ||||.||.||||||||||||||.
Sbjct  297  GCTGGACATGAGTAGCCTGGGCAGTGTGGAACCCTTTGTGGCCGTCT----CAACCCCCCGGGAGAAGGTAGCC  366

Query  367  ATGGAGTATCTGCAGTCAGCCAGCCGAATTCTCACAAGGTCTCAGCTGAGGGACGTCGTGGCAAGTTCACATTT  440
            |||||.||.||||||||||||||||||.||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||.||..|
Sbjct  367  ATGGAATACCTGCAGTCAGCCAGCCGAGTTCTCACACGGTCACAGCTGAGGGACGTCGTGGCAAGTTCCCACCT  440

Query  441  ACTCCAAAGTGAATTCATGGAAATACCAATGAACTTTGTGGATCCCAAAGAAATTGATATTCCGCGTCATGGAA  514
            |||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||
Sbjct  441  ACTTCAAAGTGAATTCATGGAAATACCAATGAATTTTGTGGATCCCAAAGAAATTGATATTCCACGTCACGGAA  514

Query  515  CTAAAAATCGCTATAAGACCATTTTACCAAATCCCCTCAGCAGAGTGTGTTTAAGACCAAAAAATGTAACCGAT  588
            ||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||||||
Sbjct  515  CTAAAAATCGTTATAAGACCATTTTGCCAAATCCCCTCAGCAGAGTGTGCTTAAGACCAAAAAATATAACCGAT  588

Query  589  TCATTGAGCACCTACATTAATGCTAATTATATTAGGGGCTACAGTGGCAAGGAGAAAGCCTTCATTGCCACGCA  662
            ||.|||||.||.|||||.||||||||.||||||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  589  TCCTTGAGTACTTACATAAATGCTAACTATATTCGGGGCTACAGTGGTAAGGAGAAAGCCTTCATTGCCACCCA  662

Query  663  GGGCCCCATGATCAACACCGTGGATGATTTCTGGCAGATGGTTTGGCAGGAAGACAGCCCTGTGATTGTTATGA  736
            ||||||||||||||||||.|||.||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||.||||
Sbjct  663  GGGCCCCATGATCAACACTGTGAATGACTTCTGGCAGATGGTGTGGCAAGAAGACAGTCCCGTGATTGTGATGA  736

Query  737  TCACAAAACTCAAAGAAAAAAATGAGAAATGTGTGCTATACTGGCCGGAAAAGAGAGGGATATATGGAAAAGTT  810
            ||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.||.||.|||
Sbjct  737  TCACGAAACTCAAAGAGAAAAATGAGAAATGTGTGCTCTACTGGCCAGAAAAGAGAGGGATTTACGGCAAGGTT  810

Query  811  GAGGTTCTGGTTATCAGTGTAAATGAATGTGATAACTACACCATTCGAAACCTTGTCTTAAAGCAAGGAAGCCA  884
            |||||||||||.|.|.||||.|..||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct  811  GAGGTTCTGGTCACCGGTGTGACCGAATGTGATAACTACACCATCCGCAACCTCGTCTTAAAGCAAGGAAGTCA  884

Query  885  CACCCAACATGTGAAGCATTACTGGTACACCTCATGGCCTGATCACAAGACTCCAGACAGTGCCCAGCCCCTCC  958
            ||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  885  CACCCAACATGTGAAGCACTACTGGTACACTTCATGGCCGGATCATAAGACTCCAGACAGTGCCCAGCCCCTTC  958

Query  959  TACAGCTCATGCTGGATGTAGAAGAAGACAGACTTGCTTCCCAGGGCCGAGGGCCTGTGGTTGTCCACTGCAGT  1032
            |.|||||||||.|||||||.||||||||||||||.||.||..|.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  959  TGCAGCTCATGTTGGATGTGGAAGAAGACAGACTGGCCTCTGAAGGCCGAGGGCCTGTGGTTGTCCACTGCAGT  1032

Query 1033  GCAGGAATAGGTAGAACAGGGTGTTTTATTGCTACATCCATTGGCTGTCAACAGCTGAAAGAAGAAGGAGTTGT  1106
            ||.||.||.||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||
Sbjct 1033  GCGGGGATTGGGAGAACTGGGTGTTTCATCGCTACATCCATTGGCTGTCAACAATTGAAAGAAGAAGGAGTTGT  1106

Query 1107  GGATGCACTAAGCATTGTCTGCCAGCTTCGTATGGATAGAGGTGGAATGGTGCAAACCAGTGAGCAGTATGAAT  1180
            .||.||||||||.||||||||||||||||||.|.||.||.|||||.|||||.||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1107  AGACGCACTAAGTATTGTCTGCCAGCTTCGTGTAGACAGGGGTGGTATGGTCCAAACCAGCGAGCAGTATGAAT  1180

Query 1181  TTGTGCACCATGCTCTGTGCCTGTATGAGAGCAGACTTTCAGCAGAGACTGTCCAG  1236
            ||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||.||||.||||||.||
Sbjct 1181  TTGTGCACCATGCTCTGTGCCTGTTCGAGAGCAGACTTTCACCAGAAACTGTCGAG  1236