Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_01666
• Subject: NM_001312869.1
• Aligned Length: 1388
• Identities: 1018
• Gaps: 238

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGATCTAAAGTCACTTATCATGGTGATGATGGAAGACTATAAGGATATAACTCCCTTAAAGAAATTACAGGA  74

Query    1  --ATGGAGG-------------CGGCGGTC-GCTGCTCCGCGTCCCCGGCTGCTCCTCCTCGTGCTGGCGGCGG  58
              ||..|||             ..||.||| ||||    ||.|       ||.|||| .|.|.||||||.||  
Sbjct   75  GAATAAAGGACCTTTTTCAGAAAAGCAGTCAGCTG----GCCT-------TGGTCCT-GTGGAGCTGGCAGC--  134

Query   59  CGGCGGCGGCGGCGGCGGCGCTGCTCCCGGGGGCGACGGCGTTACAGTGTTTCTGCCACCTCTGTACAAAAGAC  132
                        .|.|...||||.|||.|                      |||||..|.||||          
Sbjct  135  ------------TGTCATTGCTGGTCCAG----------------------TCTGCTTCGTCTG----------  164

Query  133  AATTTTACTTGTGTGACAGATGGGCTCTGCTTTGTCTCTGTCACAGAGACCACAGACAAAGTTATACACAACAG  206
            .|||..||||.||   |.|||||       |.|.|.||||.||.|   |||    .||..||.||.|||  ||.
Sbjct  165  CATTGCACTTATG---CTGATGG-------TCTATATCTGCCATA---ACC----GCACTGTCATTCAC--CAC  219

Query  207  CATGTGTATAGC----TGAA----AT---TGACTTAATTCCTCGAGATAGGCCGTTTGTAT----GTGCACCCT  265
            |.|||     ||    ||||    ||   |.|||          ||||.|.||.||..|.|    |.|||||..
Sbjct  220  CGTGT-----GCCAAATGAAGAGGATCCATCACT----------AGATCGCCCTTTCATTTCAGAGGGCACCAC  278

Query  266  CTTCAAAAACTGGGTCTGTGACT---ACAACATATTGCTGCA--ATCAGGACCATTGCAATAAAATAGAACTTC  334
            |||.|||.|.|...|.|.||| |   |||||||       ||  .||.|||.||                    
Sbjct  279  CTTAAAAGATTTAATTTATGA-TATGACAACAT-------CAGGGTCTGGATCA--------------------  324

Query  335  CAACTACTGGTTTACCATTGCTTGTTCAGAGAACAATTGCGAGAACTATTGTGTTACAAGAAAGCATTGGCAAA  408
                    |||||||||.||||||||||.|||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  325  --------GGTTTACCACTGCTTGTTCAAAGAACAATTGCCAGGACCATTGTGTTACAAGAAAGCATTGGCAAA  390

Query  409  GGTCGATTTGGAGAAGTTTGGAGAGGAAAGTGGCGGGGAGAAGAAGTTGCTGTTAAGATATTCTCCTCTAGAGA  482
            |||||.|||||||||||||||.||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct  391  GGTCGGTTTGGAGAAGTTTGGCGAGGCAAATGGCGGGGAGAAGAAGTTGCTGTGAAGATATTCTCTTCTAGAGA  464

Query  483  AGAACGTTCGTGGTTCCGTGAGGCAGAGATTTATCAAACTGTAATGTTACGTCATGAAAACATCCTGGGATTTA  556
            |||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||
Sbjct  465  AGAGCGTTCATGGTTCCGAGAGGCAGAGATTTATCAGACTGTAATGTTACGCCATGAAAATATCCTGGGATTTA  538

Query  557  TAGCAGCAGACAATAAAGACAATGGTACTTGGACTCAGCTCTGGTTGGTGTCAGATTATCATGAGCATGGATCC  630
            |||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  539  TAGCAGCAGACAACAAAGACAATGGGACATGGACGCAGCTGTGGTTGGTGTCAGATTATCATGAGCATGGATCC  612

Query  631  CTTTTTGATTACTTAAACAGATACACAGTTACTGTGGAAGGAATGATAAAACTTGCTCTGTCCACGGCGAGCGG  704
            |||||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||.||.||
Sbjct  613  CTTTTCGATTACTTGAATAGATACACTGTTACTGTGGAAGGAATGATCAAGCTTGCTCTGTCCACAGCAAGTGG  686

Query  705  TCTTGCCCATCTTCACATGGAGATTGTTGGTACCCAAGGAAAGCCAGCCATTGCTCATAGAGATTTGAAATCAA  778
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  687  TCTTGCCCATCTTCACATGGAGATTGTTGGTACCCAAGGAAAACCAGCTATTGCCCATAGAGATTTGAAATCAA  760

Query  779  AGAATATCTTGGTAAAGAAGAATGGAACTTGCTGTATTGCAGACTTAGGACTGGCAGTAAGACATGATTCAGCC  852
            |||||||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||.|||
Sbjct  761  AGAATATCTTGGTGAAGAAAAATGGAACCTGTTGTATTGCAGACTTGGGACTTGCTGTGAGACATGATTCTGCC  834

Query  853  ACAGATACCATTGATATTGCTCCAAACCACAGAGTGGGAACAAAAAGGTACATGGCCCCTGAAGTTCTCGATGA  926
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  835  ACAGATACAATTGATATTGCTCCAAACCACAGAGTAGGCACTAAAAGGTACATGGCCCCTGAAGTTCTAGATGA  908

Query  927  TTCCATAAATATGAAACATTTTGAATCCTTCAAACGTGCTGACATCTATGCAATGGGCTTAGTATTCTGGGAAA  1000
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct  909  TTCCATAAATATGAAACATTTTGAATCCTTCAAACGCGCTGACATCTATGCAATGGGCTTAGTGTTCTGGGAAA  982

Query 1001  TTGCTCGACGATGTTCCATTGGTGGAATTCATGAAGATTACCAACTGCCTTATTATGATCTTGTACCTTCTGAC  1074
            ||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||.||.||..||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  983  TTGCTCGACGCTGTTCTATTGGTGGAATCCATGAAGACTATCAGTTGCCTTATTATGATCTTGTACCTTCTGAT  1056

Query 1075  CCATCAGTTGAAGAAATGAGAAAAGTTGTTTGTGAACAGAAGTTAAGGCCAAATATCCCAAACAGATGGCAGAG  1148
            |||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1057  CCATCGGTTGAAGAAATGAGAAAAGTAGTTTGCGAACAGAAGTTAAGGCCAAATATTCCAAACAGATGGCAGAG  1130

Query 1149  CTGTGAAGCCTTGAGAGTAATGGCTAAAATTATGAGAGAATGTTGGTATGCCAATGGAGCAGCTAGGCTTACAG  1222
            ||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||
Sbjct 1131  CTGTGAGGCCTTGAGAGTGATGGCTAAAATTATGAGAGAATGCTGGTATGCCAATGGAGCAGCAAGGCTGACAG  1204

Query 1223  CATTGCGGATTAAGAAAACATTATCGCAACTCAGTCAACAGGAAGGCATCAAAATG  1278
            |.|||||.|||||.||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1205  CTTTGCGAATTAAAAAAACATTGTCACAACTCAGCCAACAGGAAGGCATCAAAATG  1260