Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_02521
• Subject: XR_002956256.1
• Aligned Length: 2652
• Identities: 1825
• Gaps: 827

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GGCGCAGAGGCCTGCGGGAAGCCAAGATGGCGCATAGGGGTTCTCCAGGCTGCAGTTGGCGCCTTATCAGTATC  74

Query    1  ---------------------------------------------------------ATGGCCCGGCATCGGAA  17
                                                                     |||||||||||||||||
Sbjct   75  TAAGCGGAGTGTTTTGGAAGGAGTTAAGGGGCTGTGGCAAACGCCCTCTCCGCCGTCATGGCCCGGCATCGGAA  148

Query   18  TGTTCGAGGCTATAACTACGATGAAGATTTTGAAGATGATGATCTCTACGGCCAGTCTGTAGAGGATGATTATT  91
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TGTTCGAGGCTATAACTACGATGAAGATTTTGAAGATGATGATCTCTACGGCCAGTCTGTAGAGGATGATTATT  222

Query   92  GTATTTCGCCGTCAACAGCTGCTCAGTTTATTTATTCACGGCGTGACAAACCTTCCGTTGAGCCTGTGGAAGAA  165
            ||||||||||||||||                                                          
Sbjct  223  GTATTTCGCCGTCAAC----------------------------------------------------------  238

Query  166  TATGATTATGAAGATCTGAAAGAATCTTCCAATTCTGTTTCAAACCATCAGCTCAGTGGATTTGATCAAGCTCG  239
                                                                                ||||||
Sbjct  239  --------------------------------------------------------------------AGCTCG  244

Query  240  TCTTTATTCATGCCTTGATCACATGAGAGAGGTACTTGGAGATGCTGTGCCAGATGAAATATTAATTGAAGCAG  313
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  245  TCTTTATTCATGCCTTGATCACATGAGAGAGGTACTTGGAGATGCTGTGCCAGATGAAATATTAATTGAAGCAG  318

Query  314  TTCTGAAGAACAAGTTTGATGTGCAGAAGGCTTTGTCAGGGGTTCTGGAACAAGATAGAGTGCAGAGTTTGAAG  387
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  319  TTCTGAAGAACAAGTTTGATGTGCAGAAGGCTTTGTCAGGGGTTCTGGAACAAGATAGAGTGCAGAGTTTGAAG  392

Query  388  GACAAGAATGAGGCAACAGTATCTACAGGAAAGATAGCAAAAGGAAAACCAGTAGATTCCCAGACATCGCGAAG  461
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  393  GACAAGAATGAGGCAACAGTATCTACAGGAAAGATAGCAAAAGGAAAACCAGTAGATTCCCAGACATCGCGAAG  466

Query  462  TGAATCTGAAATTGTGCCAAAAGTTGCTAAAATGACTGTATCTGGAAAGAAGCAAACTATGGGATTTGAAGTGC  535
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  467  TGAATCTGAAATTGTGCCAAAAGTTGCTAAAATGACTGTATCTGGAAAGAAGCAAACTATGGGATTTGAAGTGC  540

Query  536  CTGGAGTATCTTCTGAAGAAAATGGTCATAGTTTCCACACACCTCAAAAAGGACCGCCCATTGAAGATGCCATT  609
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  541  CTGGAGTATCTTCTGAAGAAAATGGTCATAGTTTCCACACACCTCAAAAAGGACCGCCCATTGAAGATGCCATT  614

Query  610  GCTTCTTCCGATGTTCTTGAGACTGCTTCTAAATCTGCTAATCCACCCCACACGATTCAAGCATCAGAAGAGCA  683
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  615  GCTTCTTCCGATGTTCTTGAGACTGCTTCTAAATCTGCTAATCCACCCCACACGATTCAAGCATCAGAAGAGCA  688

Query  684  GAGTTCAACCCCAGCACCGGTGAAAAAGTCTGGCAAGCTGAGGCAGCAAATAGATGTGAAGGCGGAACTGGAGA  757
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  689  GAGTTCAACCCCAGCACCGGTGAAAAAGTCTGGCAAGCTGAGGCAGCAAATAGATGTGAAGGCGGAACTGGAGA  762

Query  758  AGCGGCAAGGAGGGAAGCAGCTACTCAACTTAGTGGTCATTGGTCATGTTGATGCTGGGAAAAGTACTCTGATG  831
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  763  AGCGGCAAGGAGGGAAGCAGCTACTCAACTTAGTGGTCATTGGTCATGTTGATGCTGGGAAAAGTACTCTGATG  836

Query  832  GGCCATATGCTTTATCTTCTGGGTAATATAAACAAAAGAACTATGCATAAGTATGAACAGGAGTCTAAAAAGGC  905
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  837  GGCCATATGCTTTATCTTCTGGGTAATATAAACAAAAGAACTATGCATAAGTATGAACAGGAGTCTAAAAAGGC  910

Query  906  TGGCAAAGCTTCGTTTGCATATGCATGGGTCTTGGATGAAACTGGCGAAGAAAGGGAAAGGGGAGTAACCATGG  979
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  911  TGGCAAAGCTTCGTTTGCATATGCATGGGTCTTGGATGAAACTGGCGAAGAAAGGGAAAGGGGAGTAACCATGG  984

Query  980  ATGTTGGTATGACAAAGTTTGAAACCACAACCAAAGTTATTACATTAATGGATGCTCCAGGCCATAAGGACTTC  1053
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  985  ATGTTGGTATGACAAAGTTTGAAACCACAACCAAAGTTATTACATTAATGGATGCTCCAGGCCATAAGGACTTC  1058

Query 1054  ATTCCAAATATGATTACAGGAGCAGCCCAGGCGGATGTAGCTGTTTTAGTTGTAGATGCCAGCAGGGGAGAGTT  1127
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1059  ATTCCAAATATGATTACAGGAGCAGCCCAGGCGGATGTAGCTGTTTTAGTTGTAGATGCCAGCAGGGGAGAGTT  1132

Query 1128  TGAAGCTGGATTTGAGACTGGAGGACAAACACGAGAGCATGGACTCTTGGTCCGTTCTCTGGGAGTGACGCAGC  1201
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133  TGAAGCTGGATTTGAGACTGGAGGACAAACACGAGAGCATGGACTCTTGGTCCGTTCTCTGGGAGTGACGCAGC  1206

Query 1202  TTGCAGTTGCAGTTAATAAAATGGATCAGGTTAATTGGCAACAAGAAAGGTTTCAAGAGATTACTGGAAAACTT  1275
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1207  TTGCAGTTGCAGTTAATAAAATGGATCAGGTTAATTGGCAACAAGAAAGGTTTCAAGAGATTACTGGAAAACTT  1280

Query 1276  GGGCACTTTCTTAAGCAAGCAGGTTTTAAGGAGAGTGATGTAGGTTTTATTCCTACAAGTGGTCTCAGTGGTGA  1349
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1281  GGGCACTTTCTTAAGCAAGCAGGTTTTAAGGAGAGTGATGTAGGTTTTATTCCTACAAGTGGTCTCAGTGGTGA  1354

Query 1350  AAATCTAATCACAAGATCTCAGTCAAGTGAACTCACAAAATGGTATAAAGGACTATGTTTATTAGAACAAATTG  1423
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1355  AAATCTAATCACAAGATCTCAGTCAAGTGAACTCACAAAATGGTATAAAGGACTATGTTTATTAGAACAAATTG  1428

Query 1424  ATTCCTTTAAGCCTCCCCAGCGATCTATTGACAAACCTTTTAGATTATGTGTGTCCGATGTTTTCAAAGATCAA  1497
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429  ATTCCTTTAAGCCTCCCCAGCGATCTATTGACAAACCTTTTAGATTATGTGTGTCCGATGTTTTCAAAGATCAA  1502

Query 1498  GGATCTGGATTTTGCATAACTGGTAAAATAGAAGCTGGTTATATCCAAACTGGTGACCGACTACTGGCAATGCC  1571
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503  GGATCTGGATTTTGCATAACTGGTAAAATAGAAGCTGGTTATATCCAAACTGGTGACCGACTACTGGCAATGCC  1576

Query 1572  TCCTAATGAAACTTGTACCGTGAAAGGAATCACTCTGCATGATGAACCTGTCGACTGGGCGGCAGCAGGCGATC  1645
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1577  TCCTAATGAAACTTGTACCGTGAAAGGAATCACTCTGCATGATGAACCTGTCGACTGGGCGGCAGCAGGCGATC  1650

Query 1646  ATGTTAGTCTTACTTTGGTTGGGATGGATATCATCAAAATCAATGTTGGCTGCATATTTTGTGGCCCCAAAGTA  1719
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1651  ATGTTAGTCTTACTTTGGTTGGGATGGATATCATCAAAATCAATGTTGGCTGCATATTTTGTGGCCCCAAAGTA  1724

Query 1720  CCCATTAAAGCTTGCACTCGTTTCAGAGCCCGAATCCTCATCTTTAATATTGAAATTCCTATCACTAAAGGATT  1793
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1725  CCCATTAAAGCTTGCACTCGTTTCAGAGCCCGAATCCTCATCTTTAATATTGAAATTCCTATCACTAAAGGATT  1798

Query 1794  TCCTGTGCTGTTACACTACCAAACTGTCAGTGAACCCGCCGTTATTAAACGATTGATTAGTGTCTTAAACAAAA  1867
            ||||                                                                      
Sbjct 1799  TCCT----------------------------------------------------------------------  1802

Query 1868  GCACGGGTGAAGTCACAAAGAAAAAGCCTAAGTTTTTGACTAAAGGCCAGAATGCATTGGTAGAGCTACAGACA  1941
                                           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803  -------------------------------GTTTTTGACTAAAGGCCAGAATGCATTGGTAGAGCTACAGACA  1845

Query 1942  CAAAGACCAATAGCTCTTGAGCTATATAAAGACTTTAAAGAGCTGGGGAGGTTCATGCTACGTTACGGTGGTTC  2015
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846  CAAAGACCAATAGCTCTTGAGCTATATAAAGACTTTAAAGAGCTGGGGAGGTTCATGCTACGTTACGGTGGTTC  1919

Query 2016  TACAATAGCTGCTGGTGTTGTCACTGAGATAAAAGAA-------------------------------------  2052
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                     
Sbjct 1920  TACAATAGCTGCTGGTGTTGTCACTGAGATAAAAGAATGATGGGTCAGAATTTCTACCACGTTTCTGGATACAG  1993

Query 2053  --------------------------------------------------------------------------  2052
                                                                                      
Sbjct 1994  TGAAATAGCTAACCTCTGTTTCAAGAATGCAGTTATTAAGTCAAAGGAACAATGTGCAATTGATATGTTTTTAG  2067

Query 2053  --------------------------------------------------------------------------  2052
                                                                                      
Sbjct 2068  ATGAGAGAGAAAAATTAAAGCTAAAATTAGCTGCAAAGAAGTATTAATAATCACCTCTGCAAAAATTCTAAGTT  2141

Query 2053  --------------------------------------------------------------------------  2052
                                                                                      
Sbjct 2142  GCCAACTGGCAAAGAAAGTCTAATGTTAAAAACAACTTTGCCTTTGAAACGTTAATAAATGGATTTACTTTGCT  2215

Query 2053  --------------------------------------------------------------------------  2052
                                                                                      
Sbjct 2216  AAGATTTATGGCAAGTGTCAAAAATAGTATCTGAAGATACTGAATCATCATGAAATGAACTCTACTTCTGGCCA  2289

Query 2053  --------------------------------------------------------------------------  2052
                                                                                      
Sbjct 2290  AAGCACAATGTATTTGCAGTTTTCTCTTTTGATTCAATTATACTGCACATGTTTTAAGGAAAAGTAACTTAATT  2363

Query 2053  --------------------------------------------------------------  2052
                                                                          
Sbjct 2364  GGGTTTTTCAGGCAGTTGATATTTGACCTAAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCAGTTAATG  2425