Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_02717
• Subject: NM_001039200.2
• Aligned Length: 2982
• Identities: 2632
• Gaps: 3

Alignment

Query    1  ATGGCGGCTGAGTGGGCTTCTCGTTTCTGGCTTTGGGCTAC---GCTGCTGATTCCTGCGGCCGCGGTCTACGA  71
            |||||||..|.|..|||.|||.|.||||||.|.||||||.|   ||||||..|.||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGGTCGCGGTGGCGTCTGGGTTCTGGATCTGGGCTGCTGTGCTGCTCGTCCCTGCGGCCGCGGTCTACGA  74

Query   72  AGACCAAGTGGGCAAGTTTGATTGGAGACAGCAATATGTTGGGAAGGTCAAGTTTGCCTCCTTGGAATTTTCCC  145
            |||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct   75  AGACCAAGTGGGCAAGTTTGACTGGAGACAGCAGTATGTTGGGAAGATCAAGTTTGCCTCCTTGGAGTTTTCCC  148

Query  146  CTGGATCCAAGAAGTTGGTTGTAGCCACAGAGAAGAATGTGATTGCAGCATTAAATTCCCGAACTGGGGAGATC  219
            ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.|||||.||||||
Sbjct  149  CTGGATCCAAGAAGTTGGTTGTGGCCACAGAGAAGAATGTGATTGCGGCGTTAAATTCTCGGACTGGAGAGATC  222

Query  220  TTGTGGCGCCATGTTGACAAGGGCACGGCAGAAGGGGCTGTGGATGCCATGCTGCTGCACGGACAGGATGTGAT  293
            ||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||.|.||.|||||.||||..||
Sbjct  223  TTGTGGCGCCATGTTGACAAAGGCACAGCAGAAGGAGCTGTGGATGCCATGCTGGTCCATGGACAAGATGCAAT  296

Query  294  CACTGTGTCCAATGGAGGCCGAATCATGCGTTCCTGGGAGACTAACATCGGGGGCCTGAACTGGGAGATAACCC  367
            ||||||.|||||.|||||.||..|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  297  CACTGTATCCAACGGAGGGCGCCTCATGCGTTCCTGGGAGACCAACATCGGGGGCCTGAACTGGGAGATAACTC  370

Query  368  TGGACAGTGGCAGTTTCCAGGCACTTGGGCTGGTTGGCCTGCAGGAGTCTGTAAGGTACATCGCAGTCCTGAAG  441
            ||||||.||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||.||||||||.|||||.||||||
Sbjct  371  TGGACACTGGCAGTTTCCAGGCACTTGGGCTAGTGGGCCTTCAGGAGTCAGTGAGGTACATTGCAGTTCTGAAG  444

Query  442  AAGACTACACTTGCCCTCCATCACCTCTCCAGTGGGCACCTCAAGTGGGTGGAACATCTCCCAGAAAGTGACAG  515
            |||||.||.||..|||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct  445  AAGACGACCCTCACCCTCCACCACCTCTCCAGTGGGCACCTGAAGTGGGTGGAGCATCTGCCAGAAAGTGACAG  518

Query  516  CATCCACTACCAGATGGTGTATTCTTACGGCTCTGGGGTGGTGTGGGCCCTCGGAGTTGTTCCCTTCAGCCATG  589
            |||||.||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||..|.||||||||||||||.|
Sbjct  519  CATCCTCTACCAGATGGTGTATTCCTACGGCTCCGGGGTGGTGTGGGCCCTTGGCATCGTTCCCTTCAGCCACG  592

Query  590  TGAACATTGTCAAGTTTAATGTGGAAGATGGAGAGATTGTTCAGCAGGTTAGGGTTTCAACTCCGTGGCTGCAG  663
            |||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||..|||||.|||||||||
Sbjct  593  TGAACATCGTCAAGTTTAACGTGGAGGATGGAGAGATTGTTCAGCAGGTCAGGGTTTGGACTCCATGGCTGCAG  666

Query  664  CACCTGTCTGGAGCCTGTGGTGTGGTGGATGAGGCTGTCCTGGTGTGTCCTGACCCGAGCTCACGTTCCCTCCA  737
            |||||..||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||||..||.|||||
Sbjct  667  CACCTCACTGGGGCCTGTGGTGTGGTAGATGAGGCTGTCCTGGTATGCCCCGACCCCAGCTCACACTCACTCCA  740

Query  738  AACTTTGGCTCTGGAGACGGAATGGGAGTTGAGACAGATCCCACTGCAGTCTCTCGACTTAGAATTTGGAAGTG  811
            .||||||||.|||||||||||.|||||..||.||||||||||.||||||||||..|||||||||||||||||||
Sbjct  741  CACTTTGGCCCTGGAGACGGAGTGGGAACTGCGACAGATCCCCCTGCAGTCTCCTGACTTAGAATTTGGAAGTG  814

Query  812  GATTCCAACCCCGGGTCCTGCCTACCCAGCCCAACCCAGTGGACGCTTCCCGGGCCCAGTTCTTCCTGCACTTG  885
            |||||||.||||..||.|||||.||.||.||||.||||||||...||||.||.|||||||||||||||||.|||
Sbjct  815  GATTCCAGCCCCAAGTGCTGCCCACACAACCCAGCCCAGTGGCTCCTTCTCGAGCCCAGTTCTTCCTGCAGTTG  888

Query  886  TCCCCAAGCCACTATGCTCTGCTGCAGTACCATTATGGAACGCTGAGTTTGCTTAAAAACTTCCCACAGACTGC  959
            ||||||||||||||.|||||.|||||.|||||..||||..|..|||.|.|||||||.||||||||.|||.|..|
Sbjct  889  TCCCCAAGCCACTACGCTCTACTGCACTACCACCATGGTGCCGTGACTCTGCTTAAGAACTTCCCCCAGGCCAC  962

Query  960  CCTAGTGAGCTTTGCCACCACTGGGGAGAAGACGGTGGCTGCAGTCATGGCCTGTCGGAATGAAGTGCAGAAAA  1033
            .||.||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.|.|||||||||.|||.
Sbjct  963  GCTCGTCAGCTTCGCCACCACAGGGGAGAAGACAGTGGCTGCAGTCATGACCTGTCGCACTGAAGTGCAAAAAC  1036

Query 1034  GTAGCAGTTCTGAAGATGGGTCAATGGGGAGCTTTTCGGAGAAGTCTAGTTCAAAGGACTCTCTGGCTTGCTTC  1107
            .|..||||.|||.|||||||||..|||..||||||.|.||||..|||.||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CTGTCAGTGCTGGAGATGGGTCTGTGGCAAGCTTTCCTGAGACATCTGGTGCACAGGACTCTCTGGCTTGCTTC  1110

Query 1108  AATCAGACCTACACCATTAACCTATACCTCGTGGAGACAGGTCGGCGGCTGCTGGACACCACGATAACATTTAG  1181
            ||.||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||||||||.||.|||||..|.||..|.||.||
Sbjct 1111  AACCAGACCTACACCATTAACCTGTACTTAGTGGAGACAGGTCGGCGGCTCCTAGACACTTCCATTTCCTTCAG  1184

Query 1182  CCTGGAACAGAGCGGCACTCGGCCTGAGCGGCTGTATATCCAGGTGTTCTTGAAGAAGGATGACTCAGTGGGCT  1255
            ||||||.||||..|||||.||.|||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||
Sbjct 1185  CCTGGAGCAGAAGGGCACGCGACCTGAGCAGCTGTACATCCAGGTGTTCTTGAAGAAGGACGACTCGGTGGGCT  1258

Query 1256  ACCGGGCTTTGGTGCAGACAGAGGATCATCTGCTACTTTTCCTGCAGCAGTTGGCAGGGAAGGTGGTGCTGTGG  1329
            |||||||.||||||||||||.||||.|||||||..||.||||||||||||.|.||.||||||||||||.|||||
Sbjct 1259  ACCGGGCCTTGGTGCAGACACAGGACCATCTGCAGCTGTTCCTGCAGCAGCTTGCTGGGAAGGTGGTGTTGTGG  1332

Query 1330  AGCCGTGAGGAGTCCCTGGCAGAAGTGGTGTGCCTAGAGATGGTGGACCTCCCCCTGACTGGGGCACAGGCCGA  1403
            |||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.||
Sbjct 1333  AGCCGAGAGGAGTCCCTGGCAGAAGTCGTGTGCCTGGAGATGGTGGATCTCCCCCTGACTGGAGCGCAGGCTGA  1406

Query 1404  GCTGGAAGGAGAATTTGGCAAAAAGGCAGATGGCTTGCTGGGGATGTTCCTGAAACGCCTCTCGTCTCAGCTTA  1477
            |.|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|
Sbjct 1407  GTTGGAAGGAGAATTTGGCAAGAAGGCAGATGGCTTGCTGGGGATGTTCCTGAAACGCCTGTCGTCCCAGCTCA  1480

Query 1478  TCCTGCTGCAAGCATGGACTTCCCACCTCTGGAAAATGTTTTATGATGCTCGGAAGCCCCGGAGTCAGATTAAG  1551
            |||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 1481  TCCTGCTCCAGGCCTGGACTTCCCACCTCTGGAAAATGTTCTACGATGCTCGGAAGCCCCGAAGCCAGATTAAG  1554

Query 1552  AATGAGATCAACATTGACACCCTGGCCAGAGATGAATTCAACCTCCAGAAGATGATGGTGATGGTAACAGCCTC  1625
            ||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||.|||||.||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1555  AATGAGATCAACATCGACACACTGGCTAGAGATGAGTTCAACCTGCAGAAAATGATGGTGACGGTAACAGCCTC  1628

Query 1626  AGGCAAGCTTTTTGGCATTGAGAGCAGCTCTGGCACCATCCTGTGGAAACAGTATCTACCCAATGTCAAGCCAG  1699
            |||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||||
Sbjct 1629  AGGCAAGCTCTTTGGCATCGAGAGCAGCTCTGGAACCATTCTGTGGAAGCAGTATCTGCCCAATGTTAAGCCAG  1702

Query 1700  ACTCCTCCTTTAAACTGATGGTCCAGAGAACTACTGCTCATTTCCCCCATCCCCCACAGTGCACCCTGCTGGTG  1773
            |||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||
Sbjct 1703  ACTCCTCCTTTAAGCTGATGGTGCAGAGGACTACTGCCCATTTCCCCCATCCACCCCAGTGCACGCTGCTGGTG  1776

Query 1774  AAGGACAAGGAGTCGGGAATGAGTTCTCTGTATGTCTTCAATCCCATTTTTGGGAAGTGGAGTCAGGTAGCTCC  1847
            ||||||||||||.|.||||||||.|||||||.|||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 1777  AAGGACAAGGAGACAGGAATGAGCTCTCTGTTTGTCTTCAACCCCATTTTTGGCAAGTGGAGCCAGGTAGCTCC  1850

Query 1848  CCCAGTGCTGAAGCGCCCCATCTTGCAGTCCTTGCTTCTCCCAGTCATGGATCAAGACTACGCCAAGGTGTTGC  1921
            ||||||||||||||||||||||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1851  CCCAGTGCTGAAGCGCCCCATCTTGCAGTCACTGCTTCTCCCAGTCATGGATCAAGACTATGCCAAGGTGTTGC  1924

Query 1922  TGTTGATAGATGATGAATACAAGGTCACAGCTTTTCCAGCCACTCGGAATGTCTTGCGACAGCTACATGAGCTT  1995
            |||||.|.|||||.||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||
Sbjct 1925  TGTTGGTGGATGACGAATACAAGGTCACAGCTTTCCCAGCTACGCGGAATGTCTTGCGGCAGCTGCATGAACTT  1998

Query 1996  GCCCCTTCCATCTTCTTCTATTTGGTGGATGCAGAGCAGGGACGGCTGTGTGGATATCGGCTTCGAAAGGATCT  2069
            |||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||..||||.||||.|||||||||||||||
Sbjct 1999  GCCCCCTCCATCTTCTTCTACTTGGTGGATGCAGAGCAGGGGCGGCTCAGTGGGTATCAGCTTCGAAAGGATCT  2072

Query 2070  CACCACTGAGCTGAGTTGGGAGCTGACCATTCCCCCAGAAGTACAGCGGATCGTCAAGGTGAAGGGGAAACGCA  2143
            |||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||..||||||||||.||||||||.||||
Sbjct 2073  CACTACAGAACTGAGTTGGGAGCTGACCATCCCCCCAGAAGTGCAGCGCGTCGTCAAGGTCAAGGGGAAGCGCA  2146

Query 2144  GCAGTGAGCACGTTCATTCCCAGGGCCGTGTGATGGGGGACCGCAGTGTGCTCTACAAGAGCCTGAACCCCAAC  2217
            ||||.||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 2147  GCAGCGAGCACGTACACTCCCAGGGCCGGGTGATGGGGGATCGAAGTGTGCTCTACAAGAGTCTGAACCCCAAC  2220

Query 2218  CTGCTGGCCGTGGTGACAGAGAGCACAGACGCGCACCATGAGCGCACCTTTATTGGCATCTTCCTCATTGATGG  2291
            .|||||||||||||||||||||||||.||.|..|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  TTGCTGGCCGTGGTGACAGAGAGCACGGATGTCCACCACGAGCGCACCTTTATTGGCATCTTCCTCATTGATGG  2294

Query 2292  CGTCACTGGGCGTATCATTCACTCCTCTGTGCAGAAGAAAGCCAAAGGCCCTGTCCATATCGTGCATTCAGAGA  2365
            .||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||.||||..|||||||||||..|.|||||||||||||
Sbjct 2295  TGTCACTGGCCGCATCATCCACTCCTCCGTGCAGAAGAAGGCCAGGGGCCCTGTCCACCTTGTGCATTCAGAGA  2368

Query 2366  ACTGGGTGGTGTACCAGTACTGGAACACCAAGGCTCGGCGCAACGAGTTTACCGTACTGGAGCTCTATGAGGGC  2439
            |||||||||||||||||||||||||..|.||||||||||||||.|||.|.||.|..|||||||||||.||||||
Sbjct 2369  ACTGGGTGGTGTACCAGTACTGGAATTCTAAGGCTCGGCGCAATGAGCTGACGGCCCTGGAGCTCTACGAGGGC  2442

Query 2440  ACTGAGCAATACAACGCCACCGCCTTCAGCTCCCTGGACCGCCCCCAGCTGCCCCAGGTCCTCCAGCAGTCCTA  2513
            |||||.||.|||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  ACTGAACAGTACAATGCCACTGCCTTCAGCTCTCTAGACCGACCCCAGCTGCCCCAGGTCCTCCAGCAGTCCTA  2516

Query 2514  TATCTTCCCGTCCTCCATCAGTGCCATGGAGGCCACCATCACCGAACGGGGCATCACCAGCCGACACCTGCTGA  2587
            .||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||..||||||||||||||||.|||.||||.|
Sbjct 2517  CATCTTCCCCTCCTCCATCAGTGCCATGGAAGCTACCATCACCGAGAGGGGCATCACCAGCCGGCACTTGCTCA  2590

Query 2588  TTGGACTACCTTCTGGAGCAATTCTTTCCCTTCCTAAGGCTTTGCTGGATCCCCGCCGCCCCGAGATCCCAACA  2661
            ||||.||.||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||
Sbjct 2591  TTGGGCTGCCTTCTGGAGCAATCCTTTCCCTCCCCAAGGCCTTGCTGGATCCCCGGCGCCCAGAGATCCCAACA  2664

Query 2662  GAACAAAGCAGAGAGGAGAACTTAATCCCGTATTCTCCAGATGTACAGATACACGCAGAGCGATTCATCAACTA  2735
            ||.|||||||||||.||||||.|.|||||.||||||||||||||.|||.|.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  GAGCAAAGCAGAGAAGAGAACCTGATCCCATATTCTCCAGATGTTCAGGTCCATGCAGAGCGATTCATCAACTA  2738

Query 2736  TAACCAGACAGTTTCTCGAATGCGAGGTATCTACACAGCTCCCTCGGGTCTGGAGTCCACTTGTTTGGTTGTGG  2809
            ||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  TAACCAGACAGTCTCTCGAATGCGAGGCATCTATACAGCGCCCTCAGGCCTGGAGTCCACTTGTTTGGTTGTGG  2812

Query 2810  CCTATGGTTTGGACATTTACCAAACTCGAGTCTACCCATCCAAGCAGTTTGACGTTCTGAAGGATGACTATGAC  2883
            ||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.||||||||.|||
Sbjct 2813  CCTACGGTTTGGATATTTACCAAACTCGAGTTTACCCGTCCAAGCAGTTTGATGTCCTGAAAGATGACTACGAC  2886

Query 2884  TACGTGTTAATCAGCAGCGTCCTCTTTGGCCTGGTTTTTGCCACCATGATCACTAAGAGACTGGCACAGGTGAA  2957
            ||.|||.|.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 2887  TATGTGCTCATCAGCAGTGTCCTTTTTGGCCTGGTTTTTGCCACCATGATCACAAAGAGGCTGGCACAGGTGAA  2960

Query 2958  GCTCCTGAATCGGGCCTGGCGA  2979
            .|||||.|||||.||||||||.
Sbjct 2961  ACTCCTCAATCGAGCCTGGCGG  2982