Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_02745
- Subject:
- NM_001284219.1
- Aligned Length:
- 3697
- Identities:
- 2326
- Gaps:
- 977
Alignment
Query 1 ATGAGCAAGTTAAAAGTGATACCAGAAAAAAGCCTTACCAATAATTCTAGGATCGTAGGACTCCTGGCTCAACT 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GGAGAAGATCAATGCTGAGCCTTCAGAATCAGACACTGCCCGATATGTTACATCAAAAATTCTTCATCTGGCTC 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 AGAGTCAAGAAAAAACAAGGAGAGAAATGACAGCCAAAGGTTCTACAGGAATGGAAATTCTGCTGTCAACATTA 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 GAGAACACAAAAGATCTTCAAACTACACTTAATATCTTAAGCATTCTTGTTGAGCTGGTGTCAGCTGGTGGAGG 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 TCGAAGAGTGAGTTTCTTAGTCACCAAAGGTGGTTCACAAATATTGTTGCAGTTACTTATGAATGCCAGCAAAG 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 AATCTCCCCCACATGAGGACTTAATGGTACAGATTCATTCTATTCTTGCAAAGATTGGACCAAAAGATAAAAAA 444
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 445 TTTGGAGTAAAGGCTAGAATTAATGGGGCTCTGAATATAACCCTGAATTTGGTCAAGCAGAATTTGCAGAATCA 518
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 519 TCGCTTGGTTCTACCTTGCCTTCAGCTTTTACGAGTATATTCTGCCAACTCTGTGAATTCAGTATCCTTAGGGA 592
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 593 AAAATGGAGTTGTGGAACTGATGTTTAAAATCATTGGACCATTTAGTAAGAAGAATTCCAGTCTTATAAAGGTT 666
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 667 GCTTTAGACACTCTTGCTGCATTGCTAAAATCAAAAACAAATGCCAGGAGAGCTGTAGACAGAGGATATGTCCA 740
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 741 AGTGCTTTTAACAATTTATGTAGATTGGCACCGCCATGATAACCGGCATAGAAACATGCTCATTCGGAAAGGAA 814
||||||||||||||.||.|
Sbjct 1 -------------------------------------------------------ATGCTCATTCGGAAGGGGA 19
Query 815 TTTTACAGAGTTTAAAAAGTGTTACAAACATCAAGTTGGGAAGAAAAGCATTTATTGATGCCAATGGGATGAAA 888
||.|||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 20 TTCTACAGAGCTTAAAAAGTGTCACGAACATCAAGTTGGGCAGAAAAGCATTTATTGATGCGAATGGGATGAAA 93
Query 889 ATTCTGTATAATACTTC--------------------------------------------------------- 905
|||||||||||.|||||
Sbjct 94 ATTCTGTATAACACTTCTCAAGAGTGCTTGGCGGTCAGGACTCTTGATCCTCTTGTCAACACATCCAGTCTGAT 167
Query 906 ---------------------------------------------------------------GCAATTGCCTG 916
.||||||||..
Sbjct 168 AATGAGAAAATGCTTCCCCAAAAACCGCCTTCCGCTCCCCACCATTAAAAGTTCTTTCCACTTCCAATTGCCAA 241
Query 917 TTATTCCTGTGACTGGTCCTGTGGCTCAGCTCTACAGCTTACCTCCTGAAGTGGATGACGTAGTAGATGAAAGT 990
||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.||.||.|||
Sbjct 242 TTATCCCTGTGACTGGACCTGTGGCCCAGCTCTACAGCTTGCCGCCTGAAGTGGACGATGTGGTGGACGAGAGT 315
Query 991 GATGACAACGATGATATTGATGTAGAAGCTGAAAACGAAACT-GAGAATGAAGATGACCTAGATCAAAATTTTA 1063
||.||||||||.||.||||||.||||||..|||||.| |||| |||||||||||||||||||||||.|.|||||
Sbjct 316 GACGACAACGACGACATTGATTTAGAAGTGGAAAATG-AACTCGAGAATGAAGATGACCTAGATCAGAGTTTTA 388
Query 1064 AGAATGATGATATTGAAACAGATATTAACAAACTAAAACCCCAGCAAGAACCGGGACGAACAATAGAAGATCTA 1137
||||||||||||||||||||||||||||.|||.|||.|||.|||||||.|||.|||||||||||||||||.|||
Sbjct 389 AGAATGATGATATTGAAACAGATATTAATAAATTAAGACCTCAGCAAGTACCAGGACGAACAATAGAAGAACTA 462
Query 1138 AAAATGTATGAACACCTTTTCCCTGAGCTTGTTGATGATTTTCAGGACTATGATTTAATCTCCAAAGAACCAAA 1211
||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||..|.|||||.||.|||||.||
Sbjct 463 AAAATGTACGAGCACCTTTTCCCCGAGCTTGTTGATGATTTTCAGGACTATGAACTGATCTCTAAGGAACCCAA 536
Query 1212 GCCTTTTGTATTTGAGGGAAAAGTACGTGGTCCTATTGTTGTTCCTACGGCAGGCGAGGAAACATCTGGGAATT 1285
.||||||||.||||||||.||.|..||.||.||.|||||.|||||.||.||.||.|||||...|.|||||||||
Sbjct 537 ACCTTTTGTGTTTGAGGGGAAGGCTCGGGGCCCCATTGTAGTTCCCACAGCTGGAGAGGAGGTACCTGGGAATT 610
Query 1286 CTGGCA-ATTTAAGAAA--AGTTGTAATGAAG--GAGAACATATCTTCTAAAGGAGATGAAGGTGAAAAGAAGT 1354
|.||.| ..|.|||||| |||.||||||||| ||||.||..|| ||||||||||.||
Sbjct 611 CAGGGAGCGTAAAGAAAGGAGTGGTAATGAAGGAGAGAGCAAGTC--CTAAAGGAGAGGA-------------- 668
Query 1355 CTACCTTTATGGATCTAGCAAAAGAAGATATTAAAGATAATGATAGAACATTACAACAGCAGCCAGGTGATCAA 1428
|||.||.|||||...|||.|...|.||.||.|||.|.|..|||||||..||||..||.
Sbjct 669 ----------------AGCCAAGGAAGACCCTAAGGGCCACGACAGGACACTGCCGCAGCAGCTGGGTGGCCAG 726
Query 1429 AATAGAACTATTT-----CATCAGTCCATGGTTTAAACAATGATATTGTAAAGGCCTTGGACCGAATTACATTG 1497
|..||| .| |.||||.|||..|.||.|||||||||.||||.||||||.|.||||||||.|||.||
Sbjct 727 AGCAGA-----GTGGCCCCCTCAGCCCACAGCTTCAACAATGATCTTGTGAAGGCCCTAGACCGAATCACACTG 795
Query 1498 CAGAATATTCCTTCTCAAACAGCCCCAGGTTTTACTGCAGAAATGAAGAAGGACTGCAGTCTTCCTCTTACTGT 1571
||||||.|||||||.|||..||||.|.||.||.|..||||.|||||.||||||||...||||.|||||.|||||
Sbjct 796 CAGAATGTTCCTTCGCAAGTAGCCTCGGGCTTGAACGCAGGAATGAGGAAGGACTTTGGTCTCCCTCTCACTGT 869
Query 1572 CCTTACCTGTGCTAAAGCATGTCCACACATGGCTACTTGTGGAAATGTTCTGTTTGAGGGAAGAACAGTTCAGC 1645
|||..|.||..|.|||||.|||||.|||.||||||..|||||||.|..|||.|||||.||..|.||.||.||.|
Sbjct 870 CCTCTCATGCACGAAAGCTTGTCCTCACGTGGCTAAGTGTGGAAGTACTCTCTTTGAAGGGCGGACGGTACATC 943
Query 1646 TAGGGAAGCTTTGCTGCACTGGAGTTGAAACTGAAGATGATGAAGATACTGAGTCAAATTCATCGGTAGAACA- 1718
|.||||||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||..|.||||| ||||
Sbjct 944 TTGGGAAGCTGTGTTGTACTGGAGTTGAAACGGAAGATGACGAAGACACTGAGTCCCACTCATC-----AACAG 1012
Query 1719 AGCA-------TCGGTTGAAGTACCTGATGGACCAACACTCCATGACCCAGACCTCTATATTGAGATTGTGAAA 1785
|||| ||.|||||||...||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 AGCAGGCCCCCTCTGTTGAAGCCTCTGATGGACCAACACTGCACGACCCAGACCTCTATATTGAGATTGTGAAA 1086
Query 1786 AATACGAAGTCTGTCCCAGAATATTCAGAGGTGGCTTATCCCGATTATTTTGGTCACATTCCGCCTCCATTCAA 1859
|||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1087 AATACGAAGTCCGTTCCAGAATACTCAGAGGTGGCTTATCCTGATTATTTTGGTCACATTCCACCTCCCTTCAA 1160
Query 1860 AGAGCCTATTTTAGAAAGGCCTTATGGTGTACAAAGGACAAAAATTGCTCAAGATATTGAAAGGCTAATACATC 1933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||.|||||.|
Sbjct 1161 AGAGCCTATTTTAGAAAGGCCTTATGGTGTACAAAGGACAAAAATTGCCCAAGACATCGAGAGGCTGATACACC 1234
Query 1934 AGAGTGATATCATAGATCGTGTGGTATATGACTTGGATAACCCAAATTACACCATTCCAGAAGAGGGAGATATT 2007
|||..|||||||||||.||.|||||.||||||||.||.|||||.|..||.||||.|||||||||.|||||||.|
Sbjct 1235 AGAACGATATCATAGACCGCGTGGTGTATGACTTAGACAACCCTACCTATACCACTCCAGAAGAAGGAGATACT 1308
Query 2008 TTGAAATTTAACTCCAAATTTGAGTCTGGGAATCTGCGCAAAGTAATTCAAATTAGAAAAAATGAATATGATCT 2081
|||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||.||.||.||
Sbjct 1309 TTGAAGTTTAACTCAAAATTCGAATCTGGGAATCTGCGCAAAGTAATTCAAATTAGAAAAAGCGAGTACGACCT 1382
Query 2082 TATTCTGAACTCAGACATAAACAGCAATCATTATCATCAGTGGTTTTACTTTGAAGTCAGTGGAATGCGACCAG 2155
|||.||||||||.||.||||||||.||.|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.|
Sbjct 1383 TATCCTGAACTCTGATATAAACAGTAACCATTACCACCAGTGGTTCTACTTTGAAGTCAGTGGGATGCGGCCTG 1456
Query 2156 GTGTTGCTTACAGGTTTAACATCATTAACTGTGAAAAGTCCAACAGTCAGTTTAATTATGGTATGCAACCACTC 2229
||||.||.||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct 1457 GTGTGGCATATAGGTTCAACATCATCAACTGTGAGAAGTCCAACAGTCAGTTTAATTATGGTATGCAGCCACTT 1530
Query 2230 ATGTATTCGGTTCAGGAAGCATTAAATGCCAGACCATGGTGGATTCGTATGGGGACTGACATTTGTTACTATAA 2303
||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 1531 ATGTATTCAGTTCAGGAAGCACTAAATGCCAGACCATGGTGGATCCGTATGGGCACTGACATTTGTTACTACAA 1604
Query 2304 AAATCATTTCTCAAGAAGTTCAGTTGCTGCAGGTGGGCAAAAGGGAAAATCCTACTATACAATTACATTTACTG 2377
||||||.||||||.||||.||||||||.|||||.||.||.|||||.||.||||||||.||.||.||.||.||.|
Sbjct 1605 AAATCACTTCTCACGAAGCTCAGTTGCCGCAGGCGGACAGAAGGGCAAGTCCTACTACACCATCACCTTCACCG 1678
Query 2378 TCAATTTTCCACATAAAGATGATGTTTGCTACTTTGCTTATCACTATCCATATACGTATTCAACTTTACAGATG 2451
|.||.||.||.||.||.||.|||||.|||||.||.||.||||||||||||||.|||||.||.|||.|.||||||
Sbjct 1679 TGAACTTCCCGCACAAGGACGATGTCTGCTATTTCGCCTATCACTATCCATACACGTACTCGACTCTGCAGATG 1752
Query 2452 CATCTTCAAAAATTGGAATCAGCACACAATCCTCAGCAAATCTATTTTCGGAAAGATGTGTTATGTGAAACCCT 2525
||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||.|
Sbjct 1753 CATCTTCAAAAATTGGAATCGGCACACAATCCTCAACAAATCTATTTTCGAAAAGACGTGTTGTGTGAAACCTT 1826
Query 2526 GTCTGGAAACAGCTGCCCCTTGGTGACTATAACAGCAATGCCAGAGTCTAATTATTATGAACATATCTGCCATT 2599
|||||||||||.|||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|
Sbjct 1827 GTCTGGAAACATCTGTCCTTTGGTGACCATAACAGCAATGCCAGAGTCCAATTACTATGAACATATCTGTCAGT 1900
Query 2600 TCAGAAATCGCCCTTACGTTTTCTTGTCTGCTCGGGTACATCCTGGAGAAACTAATGCAAGTTGGGTTATGAAA 2673
||||||.|||||||||..|||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||
Sbjct 1901 TCAGAACTCGCCCTTATATTTTCTTGTCTGCTCGGGTCCATCCTGGAGAAACCAATGCAAGCTGGGTAATGAAA 1974
Query 2674 GGAACGTTGGAATATCTCATGAGCAATAACCCCACTGCTCAGAGCTTACGAGAATCTTATATTTTTAAAATTGT 2747
|||||..||||.||.|||||||||||||.|||.|||||.||||||.||||.||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 1975 GGAACACTGGAGTACCTCATGAGCAATAGCCCGACTGCCCAGAGCCTACGGGAGTCTTACATTTTTAAAATTGT 2048
Query 2748 CCCTATGTTAAATCCAGATGGTGTCATCAATGGAAATCATCGCTGTTCTTTAAGTGGAGAGGATTTGAATAGGC 2821
|||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 2049 CCCCATGCTAAATCCAGATGGTGTCATCAATGGAAATCACCGCTGCTCCTTAAGTGGAGAGGATTTGAACAGAC 2122
Query 2822 AGTGGCAAAGTCCAAGTCCGGATTTACATCCTACAATTTACCATGCTAAGGGGCTGTTGCAATACTTGGCTGCA 2895
|||||||||||||||..||.||.|||||.||.||.|||||.|||||.|||||||||.||||.|||.||||.||.
Sbjct 2123 AGTGGCAAAGTCCAAACCCAGAGTTACACCCCACGATTTATCATGCCAAGGGGCTGCTGCAGTACCTGGCCGCG 2196
Query 2896 GTGAAGCGTTTACCCTTGGTTTATTGTGATTATCATGGCCATTCCCGAAAGAAGAATGTATTTATGTATGGTTG 2969
||||||||..||||..||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.||
Sbjct 2197 GTGAAGCGCCTACCTCTGGTTTATTGTGATTACCATGGCCATTCTCGAAAAAAGAATGTATTCATGTACGGCTG 2270
Query 2970 CAGCATCAAAGAGACAGTGTGGCATACCAATGATAATGCAACTTCATGTGATGTTGTGGAGGATACGGGATACA 3043
|||||||||||||||.||||||||.|||.||||.||..|..||||.||||||.|||||||.||.|.||||||||
Sbjct 2271 CAGCATCAAAGAGACGGTGTGGCACACCCATGACAACTCGGCTTCCTGTGATATTGTGGAAGACATGGGATACA 2344
Query 3044 GGACATTGCCTAAGATACTGAGCCATATCGCCCCAGCATTTTGCATGAGCAGCTGTAGCTTCGTAGTGGAAAAA 3117
||||.||||||||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct 2345 GGACTTTGCCTAAGATACTGAGCCACATTGCTCCGGCATTTTGCATGAGCAGTTGTAGCTTTGTGGTGGAAAAA 2418
Query 3118 TCTAAAGAATCCACAGCACGTGTTGTAGTTTGGAGGGAAATAGGAGTACAAAGAAGTTATACCATGGAGAGTAC 3191
|||||||||||||||||.||.|||||.||.|||.|||||||.|||||.||.||.||.||.||||||||||||||
Sbjct 2419 TCTAAAGAATCCACAGCTCGGGTTGTCGTGTGGCGGGAAATTGGAGTTCAGAGGAGCTACACCATGGAGAGTAC 2492
Query 3192 TTTATGTGGCTGTGATCAGGGAAAATACAAGGGTTTACAGATTGGTACCCGAGAACTGGAAGAGATGGGAGCAA 3265
||||||||||||.||||||||.|.|||||||||||||||||||||.||.||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 2493 TTTATGTGGCTGCGATCAGGGTAGATACAAGGGTTTACAGATTGGGACTCGAGAATTGGAAGAGATGGGAGCAA 2566
Query 3266 AATTTTGTGTTGGTCTTTTACGTTTGAAAAGACTGACCTCTCCATTGGAGTATAATCTGCCTTCCAGCCTGCTT 3339
||||||||||||||.|.||.|||||||||.|||||||.|||.|||||||.|||||||||||.||||.|||||||
Sbjct 2567 AATTTTGTGTTGGTTTATTGCGTTTGAAACGACTGACTTCTTCATTGGAATATAATCTGCCCTCCAACCTGCTT 2640
Query 3340 GACTTTGAAAATGATTTAATTGAATCAAGCTGCAAAGTAACTAGCCCTACCACTTATGTCTTGGATGAAGATGA 3413
||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct 2641 GACTTTGAAAATGACTTAATTGAATCAAGCTGTAAAGTGACTAGCCCCACCACTTACGTTTTGGATGAAGATGA 2714
Query 3414 ACCTCGATTCCTTGAAGAAGTTGATTACAGTGCAGAAAGTAATGATGAGTTAGATATTGAGTTGGCTGAAAATG 3487
||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||.||.||.||.||..
Sbjct 2715 ACCTCGGTTCCTTGAAGAAGTTGATTACAGTGCAGAAAGCAATGATGAGTTAGATGTTGAATTAGCGGAGAACA 2788
Query 3488 TAGGAGATTATGAACCTTCTGCTCAAGAAGAAGTACTTTCTGACTCTGAATTATCAAGAACATACCTACCT 3558
.|||.||||||||.||||||||.||||||||||..||||||||||||||..|||||||||||.||||...|
Sbjct 2789 CAGGTGATTATGAGCCTTCTGCCCAAGAAGAAGCCCTTTCTGACTCTGAGGTATCAAGAACACACCTGATT 2859
