Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroadEn_02745
Subject:
XM_006517339.2
Aligned Length:
3697
Identities:
2888
Gaps:
329

Alignment

Query    1  ATGAGCAAGTTAAAAGTGATACCAGAAAAAAGCCTTACCAATAATTCTAGGATCGTAGGACTCCTGGCTCAACT  74
            |||||||||.||||||||.|...|||.||||||||||||||||.||||.||.|.||.||||||||||||||.||
Sbjct    1  ATGAGCAAGCTAAAAGTGGTGGGAGAGAAAAGCCTTACCAATAGTTCTCGGGTTGTGGGACTCCTGGCTCAGCT  74

Query   75  GGAGAAGATCAATGCTGAGCCTTCAGAATCAGACACTGCCCGATATGTTACATCAAAAATTCTTCATCTGGCTC  148
            |||||||||||||.|.||..|..||||.|||||.||||||.|||||||||||||.||||||||||||.||||||
Sbjct   75  GGAGAAGATCAATACGGATTCCACAGAGTCAGATACTGCCAGATATGTTACATCCAAAATTCTTCATTTGGCTC  148

Query  149  AGAGTCAAGAAAAAACAAGGAGAGAAATGACAGCCAAAGGTTCTACAGGAATGGAAATTCTGCTGTCAACATTA  222
            |.|||||||||||||||||.||.|||||||||.||||||||||||||||.||||||.|||||.||||||||||.
Sbjct  149  AAAGTCAAGAAAAAACAAGAAGGGAAATGACAACCAAAGGTTCTACAGGCATGGAAGTTCTGTTGTCAACATTG  222

Query  223  GAGAACACAAAAGATCTTCAAACTACACTTAATATCTTAAGCATTCTTGTTGAGCTGGTGTCAGCTGGTGGAGG  296
            ||||||||.|||||||||||.|||..||||||||||.||||||||||..||||||||||||||           
Sbjct  223  GAGAACACGAAAGATCTTCAGACTGTACTTAATATCCTAAGCATTCTCATTGAGCTGGTGTCA-----------  285

Query  297  TCGAAGAGTGAGTTTCTTAGTCACCAAAGGTGGTTCACAAATATTGTTGCAGTTACTTATGAATGCCAGCAAAG  370
            |||                                                                       
Sbjct  286  TCG-----------------------------------------------------------------------  288

Query  371  AATCTCCCCCACATGAGGACTTAATGGTACAGATTCATTCTATTCTTGCAAAGATTGGACCAAAAGATAAAAAA  444
                                                                             |||||.|||
Sbjct  289  -----------------------------------------------------------------GATAAGAAA  297

Query  445  TTTGGAGTAAAGGCTAGAATTAATGGGGCTCTGAATATAACCCTGAATTTGGTCAAGCAGAATTTGCAGAATCA  518
            ||||||||.||.|||.||.||||.|||||.||||.|.|.||.|||||.|||||.||||||.|.||.|||||..|
Sbjct  298  TTTGGAGTGAAAGCTCGAGTTAACGGGGCACTGACTGTGACTCTGAACTTGGTAAAGCAGCACTTTCAGAACTA  371

Query  519  TCGCTTGGTTCTACCTTGCCTTCAGCTTTTACGAGTATATTCTGCCAACTCTGTGAATTCAGTATCCTTAGGGA  592
            .|||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||.|||||||||||||.||||||||.|||||.|
Sbjct  372  CCGCTTGGTTCTTCCTTGTCTTCAGCTCTTGCGAGTCTATTCTACCAACTCTGTGAACTCAGTATCTTTAGGTA  445

Query  593  AAAATGGAGTTGTGGAACTGATGTTTAAAATCATTGGACCATTTAGTAAGAAGAATTCCAGTCTTATAAAGGTT  666
            ||||||||||||||||..|||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||..||||.||.||||||
Sbjct  446  AAAATGGAGTTGTGGAGTTGATGTTTAAAATCATTGGGCCATTCAGTAAGAAGAATTCGGGTCTCATGAAGGTT  519

Query  667  GCTTTAGACACTCTTGCTGCATTGCTAAAATCAAAAACAAATGCCAGGAGAGCTGTAGACAGAGGATATGTCCA  740
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||||||||.||.||.||
Sbjct  520  GCTTTAGACACTCTTGCTGCATTGCTAAAATCAAAGACAAACGCCAGGAGAGCGGTGGACAGAGGGTACGTTCA  593

Query  741  AGTGCTTTTAACAATTTATGTAGATTGGCACCGCCATGATAACCGGCATAGAAACATGCTCATTCGGAAAGGAA  814
            |||||||.||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct  594  AGTGCTTCTAACCATCTATGTAGATTGGCACCGGCATGATAATCGGCATAGAAACATGCTCATTCGGAAGGGGA  667

Query  815  TTTTACAGAGTTTAAAAAGTGTTACAAACATCAAGTTGGGAAGAAAAGCATTTATTGATGCCAATGGGATGAAA  888
            ||.|||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  668  TTCTACAGAGCTTAAAAAGTGTCACGAACATCAAGTTGGGCAGAAAAGCATTTATTGATGCGAATGGGATGAAA  741

Query  889  ATTCTGTATAATACTTC---------------------------------------------------------  905
            |||||||||||.|||||                                                         
Sbjct  742  ATTCTGTATAACACTTCTCAAGAGTGCTTGGCGGTCAGGACTCTTGATCCTCTTGTCAACACATCCAGTCTGAT  815

Query  906  ---------------------------------------------------------------GCAATTGCCTG  916
                                                                           .||||||||..
Sbjct  816  AATGAGAAAATGCTTCCCCAAAAACCGCCTTCCGCTCCCCACCATTAAAAGTTCTTTCCACTTCCAATTGCCAA  889

Query  917  TTATTCCTGTGACTGGTCCTGTGGCTCAGCTCTACAGCTTACCTCCTGAAGTGGATGACGTAGTAGATGAAAGT  990
            ||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.||.||.|||
Sbjct  890  TTATCCCTGTGACTGGACCTGTGGCCCAGCTCTACAGCTTGCCGCCTGAAGTGGACGATGTGGTGGACGAGAGT  963

Query  991  GATGACAACGATGATATTGATGTAGAAGCTGAAAACGAAACT-GAGAATGAAGATGACCTAGATCAAAATTTTA  1063
            ||.||||||||.||.||||||.||||||..|||||.| |||| |||||||||||||||||||||||.|.|||||
Sbjct  964  GACGACAACGACGACATTGATTTAGAAGTGGAAAATG-AACTCGAGAATGAAGATGACCTAGATCAGAGTTTTA  1036

Query 1064  AGAATGATGATATTGAAACAGATATTAACAAACTAAAACCCCAGCAAGAACCGGGACGAACAATAGAAGATCTA  1137
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||.|||.|||.|||||||.|||.|||||||||||||||||.|||
Sbjct 1037  AGAATGATGATATTGAAACAGATATTAATAAATTAAGACCTCAGCAAGTACCAGGACGAACAATAGAAGAACTA  1110

Query 1138  AAAATGTATGAACACCTTTTCCCTGAGCTTGTTGATGATTTTCAGGACTATGATTTAATCTCCAAAGAACCAAA  1211
            ||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||..|.|||||.||.|||||.||
Sbjct 1111  AAAATGTACGAGCACCTTTTCCCCGAGCTTGTTGATGATTTTCAGGACTATGAACTGATCTCTAAGGAACCCAA  1184

Query 1212  GCCTTTTGTATTTGAGGGAAAAGTACGTGGTCCTATTGTTGTTCCTACGGCAGGCGAGGAAACATCTGGGAATT  1285
            .||||||||.||||||||.||.|..||.||.||.|||||.|||||.||.||.||.|||||...|.|||||||||
Sbjct 1185  ACCTTTTGTGTTTGAGGGGAAGGCTCGGGGCCCCATTGTAGTTCCCACAGCTGGAGAGGAGGTACCTGGGAATT  1258

Query 1286  CTGGCA-ATTTAAGAAA--AGTTGTAATGAAG--GAGAACATATCTTCTAAAGGAGATGAAGGTGAAAAGAAGT  1354
            |.||.| ..|.||||||  |||.|||||||||  ||||.||..||  ||||||||||.||              
Sbjct 1259  CAGGGAGCGTAAAGAAAGGAGTGGTAATGAAGGAGAGAGCAAGTC--CTAAAGGAGAGGA--------------  1316

Query 1355  CTACCTTTATGGATCTAGCAAAAGAAGATATTAAAGATAATGATAGAACATTACAACAGCAGCCAGGTGATCAA  1428
                            |||.||.|||||...|||.|...|.||.||.|||.|.|..|||||||..||||..||.
Sbjct 1317  ----------------AGCCAAGGAAGACCCTAAGGGCCACGACAGGACACTGCCGCAGCAGCTGGGTGGCCAG  1374

Query 1429  AATAGAACTATTT-----CATCAGTCCATGGTTTAAACAATGATATTGTAAAGGCCTTGGACCGAATTACATTG  1497
            |..|||     .|     |.||||.|||..|.||.|||||||||.||||.||||||.|.||||||||.|||.||
Sbjct 1375  AGCAGA-----GTGGCCCCCTCAGCCCACAGCTTCAACAATGATCTTGTGAAGGCCCTAGACCGAATCACACTG  1443

Query 1498  CAGAATATTCCTTCTCAAACAGCCCCAGGTTTTACTGCAGAAATGAAGAAGGACTGCAGTCTTCCTCTTACTGT  1571
            ||||||.|||||||.|||..||||.|.||.||.|..||||.|||||.||||||||...||||.|||||.|||||
Sbjct 1444  CAGAATGTTCCTTCGCAAGTAGCCTCGGGCTTGAACGCAGGAATGAGGAAGGACTTTGGTCTCCCTCTCACTGT  1517

Query 1572  CCTTACCTGTGCTAAAGCATGTCCACACATGGCTACTTGTGGAAATGTTCTGTTTGAGGGAAGAACAGTTCAGC  1645
            |||..|.||..|.|||||.|||||.|||.||||||..|||||||.|..|||.|||||.||..|.||.||.||.|
Sbjct 1518  CCTCTCATGCACGAAAGCTTGTCCTCACGTGGCTAAGTGTGGAAGTACTCTCTTTGAAGGGCGGACGGTACATC  1591

Query 1646  TAGGGAAGCTTTGCTGCACTGGAGTTGAAACTGAAGATGATGAAGATACTGAGTCAAATTCATCGGTAGAACA-  1718
            |.||||||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||..|.|||||     |||| 
Sbjct 1592  TTGGGAAGCTGTGTTGTACTGGAGTTGAAACGGAAGATGACGAAGACACTGAGTCCCACTCATC-----AACAG  1660

Query 1719  AGCA-------TCGGTTGAAGTACCTGATGGACCAACACTCCATGACCCAGACCTCTATATTGAGATTGTGAAA  1785
            ||||       ||.|||||||...||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1661  AGCAGGCCCCCTCTGTTGAAGCCTCTGATGGACCAACACTGCACGACCCAGACCTCTATATTGAGATTGTGAAA  1734

Query 1786  AATACGAAGTCTGTCCCAGAATATTCAGAGGTGGCTTATCCCGATTATTTTGGTCACATTCCGCCTCCATTCAA  1859
            |||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1735  AATACGAAGTCCGTTCCAGAATACTCAGAGGTGGCTTATCCTGATTATTTTGGTCACATTCCACCTCCCTTCAA  1808

Query 1860  AGAGCCTATTTTAGAAAGGCCTTATGGTGTACAAAGGACAAAAATTGCTCAAGATATTGAAAGGCTAATACATC  1933
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||.|||||.|
Sbjct 1809  AGAGCCTATTTTAGAAAGGCCTTATGGTGTACAAAGGACAAAAATTGCCCAAGACATCGAGAGGCTGATACACC  1882

Query 1934  AGAGTGATATCATAGATCGTGTGGTATATGACTTGGATAACCCAAATTACACCATTCCAGAAGAGGGAGATATT  2007
            |||..|||||||||||.||.|||||.||||||||.||.|||||.|..||.||||.|||||||||.|||||||.|
Sbjct 1883  AGAACGATATCATAGACCGCGTGGTGTATGACTTAGACAACCCTACCTATACCACTCCAGAAGAAGGAGATACT  1956

Query 2008  TTGAAATTTAACTCCAAATTTGAGTCTGGGAATCTGCGCAAAGTAATTCAAATTAGAAAAAATGAATATGATCT  2081
            |||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||.||.||.||
Sbjct 1957  TTGAAGTTTAACTCAAAATTCGAATCTGGGAATCTGCGCAAAGTAATTCAAATTAGAAAAAGCGAGTACGACCT  2030

Query 2082  TATTCTGAACTCAGACATAAACAGCAATCATTATCATCAGTGGTTTTACTTTGAAGTCAGTGGAATGCGACCAG  2155
            |||.||||||||.||.||||||||.||.|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.|
Sbjct 2031  TATCCTGAACTCTGATATAAACAGTAACCATTACCACCAGTGGTTCTACTTTGAAGTCAGTGGGATGCGGCCTG  2104

Query 2156  GTGTTGCTTACAGGTTTAACATCATTAACTGTGAAAAGTCCAACAGTCAGTTTAATTATGGTATGCAACCACTC  2229
            ||||.||.||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct 2105  GTGTGGCATATAGGTTCAACATCATCAACTGTGAGAAGTCCAACAGTCAGTTTAATTATGGTATGCAGCCACTT  2178

Query 2230  ATGTATTCGGTTCAGGAAGCATTAAATGCCAGACCATGGTGGATTCGTATGGGGACTGACATTTGTTACTATAA  2303
            ||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 2179  ATGTATTCAGTTCAGGAAGCACTAAATGCCAGACCATGGTGGATCCGTATGGGCACTGACATTTGTTACTACAA  2252

Query 2304  AAATCATTTCTCAAGAAGTTCAGTTGCTGCAGGTGGGCAAAAGGGAAAATCCTACTATACAATTACATTTACTG  2377
            ||||||.||||||.||||.||||||||.|||||.||.||.|||||.||.||||||||.||.||.||.||.||.|
Sbjct 2253  AAATCACTTCTCACGAAGCTCAGTTGCCGCAGGCGGACAGAAGGGCAAGTCCTACTACACCATCACCTTCACCG  2326

Query 2378  TCAATTTTCCACATAAAGATGATGTTTGCTACTTTGCTTATCACTATCCATATACGTATTCAACTTTACAGATG  2451
            |.||.||.||.||.||.||.|||||.|||||.||.||.||||||||||||||.|||||.||.|||.|.||||||
Sbjct 2327  TGAACTTCCCGCACAAGGACGATGTCTGCTATTTCGCCTATCACTATCCATACACGTACTCGACTCTGCAGATG  2400

Query 2452  CATCTTCAAAAATTGGAATCAGCACACAATCCTCAGCAAATCTATTTTCGGAAAGATGTGTTATGTGAAACCCT  2525
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||.|
Sbjct 2401  CATCTTCAAAAATTGGAATCGGCACACAATCCTCAACAAATCTATTTTCGAAAAGACGTGTTGTGTGAAACCTT  2474

Query 2526  GTCTGGAAACAGCTGCCCCTTGGTGACTATAACAGCAATGCCAGAGTCTAATTATTATGAACATATCTGCCATT  2599
            |||||||||||.|||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|
Sbjct 2475  GTCTGGAAACATCTGTCCTTTGGTGACCATAACAGCAATGCCAGAGTCCAATTACTATGAACATATCTGTCAGT  2548

Query 2600  TCAGAAATCGCCCTTACGTTTTCTTGTCTGCTCGGGTACATCCTGGAGAAACTAATGCAAGTTGGGTTATGAAA  2673
            ||||||.|||||||||..|||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||
Sbjct 2549  TCAGAACTCGCCCTTATATTTTCTTGTCTGCTCGGGTCCATCCTGGAGAAACCAATGCAAGCTGGGTAATGAAA  2622

Query 2674  GGAACGTTGGAATATCTCATGAGCAATAACCCCACTGCTCAGAGCTTACGAGAATCTTATATTTTTAAAATTGT  2747
            |||||..||||.||.|||||||||||||.|||.|||||.||||||.||||.||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 2623  GGAACACTGGAGTACCTCATGAGCAATAGCCCGACTGCCCAGAGCCTACGGGAGTCTTACATTTTTAAAATTGT  2696

Query 2748  CCCTATGTTAAATCCAGATGGTGTCATCAATGGAAATCATCGCTGTTCTTTAAGTGGAGAGGATTTGAATAGGC  2821
            |||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 2697  CCCCATGCTAAATCCAGATGGTGTCATCAATGGAAATCACCGCTGCTCCTTAAGTGGAGAGGATTTGAACAGAC  2770

Query 2822  AGTGGCAAAGTCCAAGTCCGGATTTACATCCTACAATTTACCATGCTAAGGGGCTGTTGCAATACTTGGCTGCA  2895
            |||||||||||||||..||.||.|||||.||.||.|||||.|||||.|||||||||.||||.|||.||||.||.
Sbjct 2771  AGTGGCAAAGTCCAAACCCAGAGTTACACCCCACGATTTATCATGCCAAGGGGCTGCTGCAGTACCTGGCCGCG  2844

Query 2896  GTGAAGCGTTTACCCTTGGTTTATTGTGATTATCATGGCCATTCCCGAAAGAAGAATGTATTTATGTATGGTTG  2969
            ||||||||..||||..||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.||
Sbjct 2845  GTGAAGCGCCTACCTCTGGTTTATTGTGATTACCATGGCCATTCTCGAAAAAAGAATGTATTCATGTACGGCTG  2918

Query 2970  CAGCATCAAAGAGACAGTGTGGCATACCAATGATAATGCAACTTCATGTGATGTTGTGGAGGATACGGGATACA  3043
            |||||||||||||||.||||||||.|||.||||.||..|..||||.||||||.|||||||.||.|.||||||||
Sbjct 2919  CAGCATCAAAGAGACGGTGTGGCACACCCATGACAACTCGGCTTCCTGTGATATTGTGGAAGACATGGGATACA  2992

Query 3044  GGACATTGCCTAAGATACTGAGCCATATCGCCCCAGCATTTTGCATGAGCAGCTGTAGCTTCGTAGTGGAAAAA  3117
            ||||.||||||||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct 2993  GGACTTTGCCTAAGATACTGAGCCACATTGCTCCGGCATTTTGCATGAGCAGTTGTAGCTTTGTGGTGGAAAAA  3066

Query 3118  TCTAAAGAATCCACAGCACGTGTTGTAGTTTGGAGGGAAATAGGAGTACAAAGAAGTTATACCATGGAGAGTAC  3191
            |||||||||||||||||.||.|||||.||.|||.|||||||.|||||.||.||.||.||.||||||||||||||
Sbjct 3067  TCTAAAGAATCCACAGCTCGGGTTGTCGTGTGGCGGGAAATTGGAGTTCAGAGGAGCTACACCATGGAGAGTAC  3140

Query 3192  TTTATGTGGCTGTGATCAGGGAAAATACAAGGGTTTACAGATTGGTACCCGAGAACTGGAAGAGATGGGAGCAA  3265
            ||||||||||||.||||||||.|.|||||||||||||||||||||.||.||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 3141  TTTATGTGGCTGCGATCAGGGTAGATACAAGGGTTTACAGATTGGGACTCGAGAATTGGAAGAGATGGGAGCAA  3214

Query 3266  AATTTTGTGTTGGTCTTTTACGTTTGAAAAGACTGACCTCTCCATTGGAGTATAATCTGCCTTCCAGCCTGCTT  3339
            ||||||||||||||.|.||.|||||||||.|||||||.|||.|||||||.|||||||||||.||||.|||||||
Sbjct 3215  AATTTTGTGTTGGTTTATTGCGTTTGAAACGACTGACTTCTTCATTGGAATATAATCTGCCCTCCAACCTGCTT  3288

Query 3340  GACTTTGAAAATGATTTAATTGAATCAAGCTGCAAAGTAACTAGCCCTACCACTTATGTCTTGGATGAAGATGA  3413
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct 3289  GACTTTGAAAATGACTTAATTGAATCAAGCTGTAAAGTGACTAGCCCCACCACTTACGTTTTGGATGAAGATGA  3362

Query 3414  ACCTCGATTCCTTGAAGAAGTTGATTACAGTGCAGAAAGTAATGATGAGTTAGATATTGAGTTGGCTGAAAATG  3487
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||.||.||.||.||..
Sbjct 3363  ACCTCGGTTCCTTGAAGAAGTTGATTACAGTGCAGAAAGCAATGATGAGTTAGATGTTGAATTAGCGGAGAACA  3436

Query 3488  TAGGAGATTATGAACCTTCTGCTCAAGAAGAAGTACTTTCTGACTCTGAATTATCAAGAACATACCTACCT  3558
            .|||.||||||||.||||||||.||||||||||..||||||||||||||..|||||||||||.||||...|
Sbjct 3437  CAGGTGATTATGAGCCTTCTGCCCAAGAAGAAGCCCTTTCTGACTCTGAGGTATCAAGAACACACCTGATT  3507