Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroadEn_02745
Subject:
XM_006517340.3
Aligned Length:
3697
Identities:
2866
Gaps:
356

Alignment

Query    1  ATGAGCAAGTTAAAAGTGATACCAGAAAAAAGCCTTACCAATAATTCTAGGATCGTAGGACTCCTGGCTCAACT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGAGAAGATCAATGCTGAGCCTTCAGAATCAGACACTGCCCGATATGTTACATCAAAAATTCTTCATCTGGCTC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AGAGTCAAGAAAAAACAAGGAGAGAAATGACAGCCAAAGGTTCTACAGGAATGGAAATTCTGCTGTCAACATTA  222
                                      ||||||.||||||||||||||||.||||||.|||||.||||||||||.
Sbjct    1  --------------------------ATGACAACCAAAGGTTCTACAGGCATGGAAGTTCTGTTGTCAACATTG  48

Query  223  GAGAACACAAAAGATCTTCAAACTACACTTAATATCTTAAGCATTCTTGTTGAGCTGGTGTCAGCTGGTGGAGG  296
            ||||||||.|||||||||||.|||..||||||||||.||||||||||..||||||||||||||.|.|||||.||
Sbjct   49  GAGAACACGAAAGATCTTCAGACTGTACTTAATATCCTAAGCATTCTCATTGAGCTGGTGTCATCGGGTGGGGG  122

Query  297  TCGAAGAGTGAGTTTCTTAGTCACCAAAGGTGGTTCACAAATATTGTTGCAGTTACTTATGAATGCCAGCAAAG  370
            ||||||||.||||||||||||..||||||||||||||||||||.|||||||..|.|||||||||||||||||||
Sbjct  123  TCGAAGAGCGAGTTTCTTAGTTGCCAAAGGTGGTTCACAAATACTGTTGCAACTGCTTATGAATGCCAGCAAAG  196

Query  371  AATCTCCCCCACATGAGGACTTAATGGTACAGATTCATTCTATTCTTGCAAAGATTGGACCAAAAGATAAAAAA  444
            |.|||||.|||||||||||..|.|||||.||||.|||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct  197  ACTCTCCTCCACATGAGGAGGTGATGGTGCAGACTCACTCCATTCTTGCCAAGATTGGGCCAAAAGATAAGAAA  270

Query  445  TTTGGAGTAAAGGCTAGAATTAATGGGGCTCTGAATATAACCCTGAATTTGGTCAAGCAGAATTTGCAGAATCA  518
            ||||||||.||.|||.||.||||.|||||.||||.|.|.||.|||||.|||||.||||||.|.||.|||||..|
Sbjct  271  TTTGGAGTGAAAGCTCGAGTTAACGGGGCACTGACTGTGACTCTGAACTTGGTAAAGCAGCACTTTCAGAACTA  344

Query  519  TCGCTTGGTTCTACCTTGCCTTCAGCTTTTACGAGTATATTCTGCCAACTCTGTGAATTCAGTATCCTTAGGGA  592
            .|||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||.|||||||||||||.||||||||.|||||.|
Sbjct  345  CCGCTTGGTTCTTCCTTGTCTTCAGCTCTTGCGAGTCTATTCTACCAACTCTGTGAACTCAGTATCTTTAGGTA  418

Query  593  AAAATGGAGTTGTGGAACTGATGTTTAAAATCATTGGACCATTTAGTAAGAAGAATTCCAGTCTTATAAAGGTT  666
            ||||||||||||||||..|||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||..||||.||.||||||
Sbjct  419  AAAATGGAGTTGTGGAGTTGATGTTTAAAATCATTGGGCCATTCAGTAAGAAGAATTCGGGTCTCATGAAGGTT  492

Query  667  GCTTTAGACACTCTTGCTGCATTGCTAAAATCAAAAACAAATGCCAGGAGAGCTGTAGACAGAGGATATGTCCA  740
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||||||||.||.||.||
Sbjct  493  GCTTTAGACACTCTTGCTGCATTGCTAAAATCAAAGACAAACGCCAGGAGAGCGGTGGACAGAGGGTACGTTCA  566

Query  741  AGTGCTTTTAACAATTTATGTAGATTGGCACCGCCATGATAACCGGCATAGAAACATGCTCATTCGGAAAGGAA  814
            |||||||.||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct  567  AGTGCTTCTAACCATCTATGTAGATTGGCACCGGCATGATAATCGGCATAGAAACATGCTCATTCGGAAGGGGA  640

Query  815  TTTTACAGAGTTTAAAAAGTGTTACAAACATCAAGTTGGGAAGAAAAGCATTTATTGATGCCAATGGGATGAAA  888
            ||.|||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  641  TTCTACAGAGCTTAAAAAGTGTCACGAACATCAAGTTGGGCAGAAAAGCATTTATTGATGCGAATGGGATGAAA  714

Query  889  ATTCTGTATAATACTTC---------------------------------------------------------  905
            |||||||||||.|||||                                                         
Sbjct  715  ATTCTGTATAACACTTCTCAAGAGTGCTTGGCGGTCAGGACTCTTGATCCTCTTGTCAACACATCCAGTCTGAT  788

Query  906  ---------------------------------------------------------------GCAATTGCCTG  916
                                                                           .||||||||..
Sbjct  789  AATGAGAAAATGCTTCCCCAAAAACCGCCTTCCGCTCCCCACCATTAAAAGTTCTTTCCACTTCCAATTGCCAA  862

Query  917  TTATTCCTGTGACTGGTCCTGTGGCTCAGCTCTACAGCTTACCTCCTGAAGTGGATGACGTAGTAGATGAAAGT  990
            ||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.||.||.|||
Sbjct  863  TTATCCCTGTGACTGGACCTGTGGCCCAGCTCTACAGCTTGCCGCCTGAAGTGGACGATGTGGTGGACGAGAGT  936

Query  991  GATGACAACGATGATATTGATGTAGAAGCTGAAAACGAAACT-GAGAATGAAGATGACCTAGATCAAAATTTTA  1063
            ||.||||||||.||.||||||.||||||..|||||.| |||| |||||||||||||||||||||||.|.|||||
Sbjct  937  GACGACAACGACGACATTGATTTAGAAGTGGAAAATG-AACTCGAGAATGAAGATGACCTAGATCAGAGTTTTA  1009

Query 1064  AGAATGATGATATTGAAACAGATATTAACAAACTAAAACCCCAGCAAGAACCGGGACGAACAATAGAAGATCTA  1137
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||.|||.|||.|||||||.|||.|||||||||||||||||.|||
Sbjct 1010  AGAATGATGATATTGAAACAGATATTAATAAATTAAGACCTCAGCAAGTACCAGGACGAACAATAGAAGAACTA  1083

Query 1138  AAAATGTATGAACACCTTTTCCCTGAGCTTGTTGATGATTTTCAGGACTATGATTTAATCTCCAAAGAACCAAA  1211
            ||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||..|.|||||.||.|||||.||
Sbjct 1084  AAAATGTACGAGCACCTTTTCCCCGAGCTTGTTGATGATTTTCAGGACTATGAACTGATCTCTAAGGAACCCAA  1157

Query 1212  GCCTTTTGTATTTGAGGGAAAAGTACGTGGTCCTATTGTTGTTCCTACGGCAGGCGAGGAAACATCTGGGAATT  1285
            .||||||||.||||||||.||.|..||.||.||.|||||.|||||.||.||.||.|||||...|.|||||||||
Sbjct 1158  ACCTTTTGTGTTTGAGGGGAAGGCTCGGGGCCCCATTGTAGTTCCCACAGCTGGAGAGGAGGTACCTGGGAATT  1231

Query 1286  CTGGCA-ATTTAAGAAA--AGTTGTAATGAAG--GAGAACATATCTTCTAAAGGAGATGAAGGTGAAAAGAAGT  1354
            |.||.| ..|.||||||  |||.|||||||||  ||||.||..||  ||||||||||.||              
Sbjct 1232  CAGGGAGCGTAAAGAAAGGAGTGGTAATGAAGGAGAGAGCAAGTC--CTAAAGGAGAGGA--------------  1289

Query 1355  CTACCTTTATGGATCTAGCAAAAGAAGATATTAAAGATAATGATAGAACATTACAACAGCAGCCAGGTGATCAA  1428
                            |||.||.|||||...|||.|...|.||.||.|||.|.|..|||||||..||||..||.
Sbjct 1290  ----------------AGCCAAGGAAGACCCTAAGGGCCACGACAGGACACTGCCGCAGCAGCTGGGTGGCCAG  1347

Query 1429  AATAGAACTATTT-----CATCAGTCCATGGTTTAAACAATGATATTGTAAAGGCCTTGGACCGAATTACATTG  1497
            |..|||     .|     |.||||.|||..|.||.|||||||||.||||.||||||.|.||||||||.|||.||
Sbjct 1348  AGCAGA-----GTGGCCCCCTCAGCCCACAGCTTCAACAATGATCTTGTGAAGGCCCTAGACCGAATCACACTG  1416

Query 1498  CAGAATATTCCTTCTCAAACAGCCCCAGGTTTTACTGCAGAAATGAAGAAGGACTGCAGTCTTCCTCTTACTGT  1571
            ||||||.|||||||.|||..||||.|.||.||.|..||||.|||||.||||||||...||||.|||||.|||||
Sbjct 1417  CAGAATGTTCCTTCGCAAGTAGCCTCGGGCTTGAACGCAGGAATGAGGAAGGACTTTGGTCTCCCTCTCACTGT  1490

Query 1572  CCTTACCTGTGCTAAAGCATGTCCACACATGGCTACTTGTGGAAATGTTCTGTTTGAGGGAAGAACAGTTCAGC  1645
            |||..|.||..|.|||||.|||||.|||.||||||..|||||||.|..|||.|||||.||..|.||.||.||.|
Sbjct 1491  CCTCTCATGCACGAAAGCTTGTCCTCACGTGGCTAAGTGTGGAAGTACTCTCTTTGAAGGGCGGACGGTACATC  1564

Query 1646  TAGGGAAGCTTTGCTGCACTGGAGTTGAAACTGAAGATGATGAAGATACTGAGTCAAATTCATCGGTAGAACA-  1718
            |.||||||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||..|.|||||     |||| 
Sbjct 1565  TTGGGAAGCTGTGTTGTACTGGAGTTGAAACGGAAGATGACGAAGACACTGAGTCCCACTCATC-----AACAG  1633

Query 1719  AGCA-------TCGGTTGAAGTACCTGATGGACCAACACTCCATGACCCAGACCTCTATATTGAGATTGTGAAA  1785
            ||||       ||.|||||||...||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1634  AGCAGGCCCCCTCTGTTGAAGCCTCTGATGGACCAACACTGCACGACCCAGACCTCTATATTGAGATTGTGAAA  1707

Query 1786  AATACGAAGTCTGTCCCAGAATATTCAGAGGTGGCTTATCCCGATTATTTTGGTCACATTCCGCCTCCATTCAA  1859
            |||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1708  AATACGAAGTCCGTTCCAGAATACTCAGAGGTGGCTTATCCTGATTATTTTGGTCACATTCCACCTCCCTTCAA  1781

Query 1860  AGAGCCTATTTTAGAAAGGCCTTATGGTGTACAAAGGACAAAAATTGCTCAAGATATTGAAAGGCTAATACATC  1933
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||.|||||.|
Sbjct 1782  AGAGCCTATTTTAGAAAGGCCTTATGGTGTACAAAGGACAAAAATTGCCCAAGACATCGAGAGGCTGATACACC  1855

Query 1934  AGAGTGATATCATAGATCGTGTGGTATATGACTTGGATAACCCAAATTACACCATTCCAGAAGAGGGAGATATT  2007
            |||..|||||||||||.||.|||||.||||||||.||.|||||.|..||.||||.|||||||||.|||||||.|
Sbjct 1856  AGAACGATATCATAGACCGCGTGGTGTATGACTTAGACAACCCTACCTATACCACTCCAGAAGAAGGAGATACT  1929

Query 2008  TTGAAATTTAACTCCAAATTTGAGTCTGGGAATCTGCGCAAAGTAATTCAAATTAGAAAAAATGAATATGATCT  2081
            |||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||.||.||.||
Sbjct 1930  TTGAAGTTTAACTCAAAATTCGAATCTGGGAATCTGCGCAAAGTAATTCAAATTAGAAAAAGCGAGTACGACCT  2003

Query 2082  TATTCTGAACTCAGACATAAACAGCAATCATTATCATCAGTGGTTTTACTTTGAAGTCAGTGGAATGCGACCAG  2155
            |||.||||||||.||.||||||||.||.|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.|
Sbjct 2004  TATCCTGAACTCTGATATAAACAGTAACCATTACCACCAGTGGTTCTACTTTGAAGTCAGTGGGATGCGGCCTG  2077

Query 2156  GTGTTGCTTACAGGTTTAACATCATTAACTGTGAAAAGTCCAACAGTCAGTTTAATTATGGTATGCAACCACTC  2229
            ||||.||.||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct 2078  GTGTGGCATATAGGTTCAACATCATCAACTGTGAGAAGTCCAACAGTCAGTTTAATTATGGTATGCAGCCACTT  2151

Query 2230  ATGTATTCGGTTCAGGAAGCATTAAATGCCAGACCATGGTGGATTCGTATGGGGACTGACATTTGTTACTATAA  2303
            ||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 2152  ATGTATTCAGTTCAGGAAGCACTAAATGCCAGACCATGGTGGATCCGTATGGGCACTGACATTTGTTACTACAA  2225

Query 2304  AAATCATTTCTCAAGAAGTTCAGTTGCTGCAGGTGGGCAAAAGGGAAAATCCTACTATACAATTACATTTACTG  2377
            ||||||.||||||.||||.||||||||.|||||.||.||.|||||.||.||||||||.||.||.||.||.||.|
Sbjct 2226  AAATCACTTCTCACGAAGCTCAGTTGCCGCAGGCGGACAGAAGGGCAAGTCCTACTACACCATCACCTTCACCG  2299

Query 2378  TCAATTTTCCACATAAAGATGATGTTTGCTACTTTGCTTATCACTATCCATATACGTATTCAACTTTACAGATG  2451
            |.||.||.||.||.||.||.|||||.|||||.||.||.||||||||||||||.|||||.||.|||.|.||||||
Sbjct 2300  TGAACTTCCCGCACAAGGACGATGTCTGCTATTTCGCCTATCACTATCCATACACGTACTCGACTCTGCAGATG  2373

Query 2452  CATCTTCAAAAATTGGAATCAGCACACAATCCTCAGCAAATCTATTTTCGGAAAGATGTGTTATGTGAAACCCT  2525
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||.|
Sbjct 2374  CATCTTCAAAAATTGGAATCGGCACACAATCCTCAACAAATCTATTTTCGAAAAGACGTGTTGTGTGAAACCTT  2447

Query 2526  GTCTGGAAACAGCTGCCCCTTGGTGACTATAACAGCAATGCCAGAGTCTAATTATTATGAACATATCTGCCATT  2599
            |||||||||||.|||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|
Sbjct 2448  GTCTGGAAACATCTGTCCTTTGGTGACCATAACAGCAATGCCAGAGTCCAATTACTATGAACATATCTGTCAGT  2521

Query 2600  TCAGAAATCGCCCTTACGTTTTCTTGTCTGCTCGGGTACATCCTGGAGAAACTAATGCAAGTTGGGTTATGAAA  2673
            ||||||.|||||||||..|||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||
Sbjct 2522  TCAGAACTCGCCCTTATATTTTCTTGTCTGCTCGGGTCCATCCTGGAGAAACCAATGCAAGCTGGGTAATGAAA  2595

Query 2674  GGAACGTTGGAATATCTCATGAGCAATAACCCCACTGCTCAGAGCTTACGAGAATCTTATATTTTTAAAATTGT  2747
            |||||..||||.||.|||||||||||||.|||.|||||.||||||.||||.||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 2596  GGAACACTGGAGTACCTCATGAGCAATAGCCCGACTGCCCAGAGCCTACGGGAGTCTTACATTTTTAAAATTGT  2669

Query 2748  CCCTATGTTAAATCCAGATGGTGTCATCAATGGAAATCATCGCTGTTCTTTAAGTGGAGAGGATTTGAATAGGC  2821
            |||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 2670  CCCCATGCTAAATCCAGATGGTGTCATCAATGGAAATCACCGCTGCTCCTTAAGTGGAGAGGATTTGAACAGAC  2743

Query 2822  AGTGGCAAAGTCCAAGTCCGGATTTACATCCTACAATTTACCATGCTAAGGGGCTGTTGCAATACTTGGCTGCA  2895
            |||||||||||||||..||.||.|||||.||.||.|||||.|||||.|||||||||.||||.|||.||||.||.
Sbjct 2744  AGTGGCAAAGTCCAAACCCAGAGTTACACCCCACGATTTATCATGCCAAGGGGCTGCTGCAGTACCTGGCCGCG  2817

Query 2896  GTGAAGCGTTTACCCTTGGTTTATTGTGATTATCATGGCCATTCCCGAAAGAAGAATGTATTTATGTATGGTTG  2969
            ||||||||..||||..||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.||
Sbjct 2818  GTGAAGCGCCTACCTCTGGTTTATTGTGATTACCATGGCCATTCTCGAAAAAAGAATGTATTCATGTACGGCTG  2891

Query 2970  CAGCATCAAAGAGACAGTGTGGCATACCAATGATAATGCAACTTCATGTGATGTTGTGGAGGATACGGGATACA  3043
            |||||||||||||||.||||||||.|||.||||.||..|..||||.||||||.|||||||.||.|.||||||||
Sbjct 2892  CAGCATCAAAGAGACGGTGTGGCACACCCATGACAACTCGGCTTCCTGTGATATTGTGGAAGACATGGGATACA  2965

Query 3044  GGACATTGCCTAAGATACTGAGCCATATCGCCCCAGCATTTTGCATGAGCAGCTGTAGCTTCGTAGTGGAAAAA  3117
            ||||.||||||||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct 2966  GGACTTTGCCTAAGATACTGAGCCACATTGCTCCGGCATTTTGCATGAGCAGTTGTAGCTTTGTGGTGGAAAAA  3039

Query 3118  TCTAAAGAATCCACAGCACGTGTTGTAGTTTGGAGGGAAATAGGAGTACAAAGAAGTTATACCATGGAGAGTAC  3191
            |||||||||||||||||.||.|||||.||.|||.|||||||.|||||.||.||.||.||.||||||||||||||
Sbjct 3040  TCTAAAGAATCCACAGCTCGGGTTGTCGTGTGGCGGGAAATTGGAGTTCAGAGGAGCTACACCATGGAGAGTAC  3113

Query 3192  TTTATGTGGCTGTGATCAGGGAAAATACAAGGGTTTACAGATTGGTACCCGAGAACTGGAAGAGATGGGAGCAA  3265
            ||||||||||||.||||||||.|.|||||||||||||||||||||.||.||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 3114  TTTATGTGGCTGCGATCAGGGTAGATACAAGGGTTTACAGATTGGGACTCGAGAATTGGAAGAGATGGGAGCAA  3187

Query 3266  AATTTTGTGTTGGTCTTTTACGTTTGAAAAGACTGACCTCTCCATTGGAGTATAATCTGCCTTCCAGCCTGCTT  3339
            ||||||||||||||.|.||.|||||||||.|||||||.|||.|||||||.|||||||||||.||||.|||||||
Sbjct 3188  AATTTTGTGTTGGTTTATTGCGTTTGAAACGACTGACTTCTTCATTGGAATATAATCTGCCCTCCAACCTGCTT  3261

Query 3340  GACTTTGAAAATGATTTAATTGAATCAAGCTGCAAAGTAACTAGCCCTACCACTTATGTCTTGGATGAAGATGA  3413
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct 3262  GACTTTGAAAATGACTTAATTGAATCAAGCTGTAAAGTGACTAGCCCCACCACTTACGTTTTGGATGAAGATGA  3335

Query 3414  ACCTCGATTCCTTGAAGAAGTTGATTACAGTGCAGAAAGTAATGATGAGTTAGATATTGAGTTGGCTGAAAATG  3487
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||.||.||.||.||..
Sbjct 3336  ACCTCGGTTCCTTGAAGAAGTTGATTACAGTGCAGAAAGCAATGATGAGTTAGATGTTGAATTAGCGGAGAACA  3409

Query 3488  TAGGAGATTATGAACCTTCTGCTCAAGAAGAAGTACTTTCTGACTCTGAATTATCAAGAACATACCTACCT  3558
            .|||.||||||||.||||||||.||||||||||..||||||||||||||..|||||||||||.||||...|
Sbjct 3410  CAGGTGATTATGAGCCTTCTGCCCAAGAAGAAGCCCTTTCTGACTCTGAGGTATCAAGAACACACCTGATT  3480