Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroadEn_02745
Subject:
XM_006517342.3
Aligned Length:
3697
Identities:
2740
Gaps:
503

Alignment

Query    1  ATGAGCAAGTTAAAAGTGATACCAGAAAAAAGCCTTACCAATAATTCTAGGATCGTAGGACTCCTGGCTCAACT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGAGAAGATCAATGCTGAGCCTTCAGAATCAGACACTGCCCGATATGTTACATCAAAAATTCTTCATCTGGCTC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AGAGTCAAGAAAAAACAAGGAGAGAAATGACAGCCAAAGGTTCTACAGGAATGGAAATTCTGCTGTCAACATTA  222
                                      ||||||.||||||||||||||||.||||||.|||||.||||||||||.
Sbjct    1  --------------------------ATGACAACCAAAGGTTCTACAGGCATGGAAGTTCTGTTGTCAACATTG  48

Query  223  GAGAACACAAAAGATCTTCAAACTACACTTAATATCTTAAGCATTCTTGTTGAGCTGGTGTCAGCTGGTGGAGG  296
            ||||||||.|||||||||||.|||..||||||||||.||||||||||..||||||||||||||           
Sbjct   49  GAGAACACGAAAGATCTTCAGACTGTACTTAATATCCTAAGCATTCTCATTGAGCTGGTGTCA-----------  111

Query  297  TCGAAGAGTGAGTTTCTTAGTCACCAAAGGTGGTTCACAAATATTGTTGCAGTTACTTATGAATGCCAGCAAAG  370
            |||                                                                       
Sbjct  112  TCG-----------------------------------------------------------------------  114

Query  371  AATCTCCCCCACATGAGGACTTAATGGTACAGATTCATTCTATTCTTGCAAAGATTGGACCAAAAGATAAAAAA  444
                                                                             |||||.|||
Sbjct  115  -----------------------------------------------------------------GATAAGAAA  123

Query  445  TTTGGAGTAAAGGCTAGAATTAATGGGGCTCTGAATATAACCCTGAATTTGGTCAAGCAGAATTTGCAGAATCA  518
            ||||||||.||.|||.||.||||.|||||.||||.|.|.||.|||||.|||||.||||||.|.||.|||||..|
Sbjct  124  TTTGGAGTGAAAGCTCGAGTTAACGGGGCACTGACTGTGACTCTGAACTTGGTAAAGCAGCACTTTCAGAACTA  197

Query  519  TCGCTTGGTTCTACCTTGCCTTCAGCTTTTACGAGTATATTCTGCCAACTCTGTGAATTCAGTATCCTTAGGGA  592
            .|||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||.|||||||||||||.||||||||.|||||.|
Sbjct  198  CCGCTTGGTTCTTCCTTGTCTTCAGCTCTTGCGAGTCTATTCTACCAACTCTGTGAACTCAGTATCTTTAGGTA  271

Query  593  AAAATGGAGTTGTGGAACTGATGTTTAAAATCATTGGACCATTTAGTAAGAAGAATTCCAGTCTTATAAAGGTT  666
            ||||||||||||||||..|||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||..||||.||.||||||
Sbjct  272  AAAATGGAGTTGTGGAGTTGATGTTTAAAATCATTGGGCCATTCAGTAAGAAGAATTCGGGTCTCATGAAGGTT  345

Query  667  GCTTTAGACACTCTTGCTGCATTGCTAAAATCAAAAACAAATGCCAGGAGAGCTGTAGACAGAGGATATGTCCA  740
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||||||||.||.||.||
Sbjct  346  GCTTTAGACACTCTTGCTGCATTGCTAAAATCAAAGACAAACGCCAGGAGAGCGGTGGACAGAGGGTACGTTCA  419

Query  741  AGTGCTTTTAACAATTTATGTAGATTGGCACCGCCATGATAACCGGCATAGAAACATGCTCATTCGGAAAGGAA  814
            |||||||.||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct  420  AGTGCTTCTAACCATCTATGTAGATTGGCACCGGCATGATAATCGGCATAGAAACATGCTCATTCGGAAGGGGA  493

Query  815  TTTTACAGAGTTTAAAAAGTGTTACAAACATCAAGTTGGGAAGAAAAGCATTTATTGATGCCAATGGGATGAAA  888
            ||.|||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  494  TTCTACAGAGCTTAAAAAGTGTCACGAACATCAAGTTGGGCAGAAAAGCATTTATTGATGCGAATGGGATGAAA  567

Query  889  ATTCTGTATAATACTTC---------------------------------------------------------  905
            |||||||||||.|||||                                                         
Sbjct  568  ATTCTGTATAACACTTCTCAAGAGTGCTTGGCGGTCAGGACTCTTGATCCTCTTGTCAACACATCCAGTCTGAT  641

Query  906  ---------------------------------------------------------------GCAATTGCCTG  916
                                                                           .||||||||..
Sbjct  642  AATGAGAAAATGCTTCCCCAAAAACCGCCTTCCGCTCCCCACCATTAAAAGTTCTTTCCACTTCCAATTGCCAA  715

Query  917  TTATTCCTGTGACTGGTCCTGTGGCTCAGCTCTACAGCTTACCTCCTGAAGTGGATGACGTAGTAGATGAAAGT  990
            ||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.||.||.|||
Sbjct  716  TTATCCCTGTGACTGGACCTGTGGCCCAGCTCTACAGCTTGCCGCCTGAAGTGGACGATGTGGTGGACGAGAGT  789

Query  991  GATGACAACGATGATATTGATGTAGAAGCTGAAAACGAAACT-GAGAATGAAGATGACCTAGATCAAAATTTTA  1063
            ||.||||||||.||.||||||.||||||..|||||.| |||| |||||||||||||||||||||||.|.|||||
Sbjct  790  GACGACAACGACGACATTGATTTAGAAGTGGAAAATG-AACTCGAGAATGAAGATGACCTAGATCAGAGTTTTA  862

Query 1064  AGAATGATGATATTGAAACAGATATTAACAAACTAAAACCCCAGCAAGAACCGGGACGAACAATAGAAGATCTA  1137
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||.|||.|||.|||||||.|||.|||||||||||||||||.|||
Sbjct  863  AGAATGATGATATTGAAACAGATATTAATAAATTAAGACCTCAGCAAGTACCAGGACGAACAATAGAAGAACTA  936

Query 1138  AAAATGTATGAACACCTTTTCCCTGAGCTTGTTGATGATTTTCAGGACTATGATTTAATCTCCAAAGAACCAAA  1211
            ||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||..|.|||||.||.|||||.||
Sbjct  937  AAAATGTACGAGCACCTTTTCCCCGAGCTTGTTGATGATTTTCAGGACTATGAACTGATCTCTAAGGAACCCAA  1010

Query 1212  GCCTTTTGTATTTGAGGGAAAAGTACGTGGTCCTATTGTTGTTCCTACGGCAGGCGAGGAAACATCTGGGAATT  1285
            .||||||||.||||||||.||.|..||.||.||.|||||.|||||.||.||.||.|||||...|.|||||||||
Sbjct 1011  ACCTTTTGTGTTTGAGGGGAAGGCTCGGGGCCCCATTGTAGTTCCCACAGCTGGAGAGGAGGTACCTGGGAATT  1084

Query 1286  CTGGCA-ATTTAAGAAA--AGTTGTAATGAAG--GAGAACATATCTTCTAAAGGAGATGAAGGTGAAAAGAAGT  1354
            |.||.| ..|.||||||  |||.|||||||||  ||||.||..||  ||||||||||.||              
Sbjct 1085  CAGGGAGCGTAAAGAAAGGAGTGGTAATGAAGGAGAGAGCAAGTC--CTAAAGGAGAGGA--------------  1142

Query 1355  CTACCTTTATGGATCTAGCAAAAGAAGATATTAAAGATAATGATAGAACATTACAACAGCAGCCAGGTGATCAA  1428
                            |||.||.|||||...|||.|...|.||.||.|||.|.|..|||||||..||||..||.
Sbjct 1143  ----------------AGCCAAGGAAGACCCTAAGGGCCACGACAGGACACTGCCGCAGCAGCTGGGTGGCCAG  1200

Query 1429  AATAGAACTATTT-----CATCAGTCCATGGTTTAAACAATGATATTGTAAAGGCCTTGGACCGAATTACATTG  1497
            |..|||     .|     |.||||.|||..|.||.|||||||||.||||.||||||.|.||||||||.|||.||
Sbjct 1201  AGCAGA-----GTGGCCCCCTCAGCCCACAGCTTCAACAATGATCTTGTGAAGGCCCTAGACCGAATCACACTG  1269

Query 1498  CAGAATATTCCTTCTCAAACAGCCCCAGGTTTTACTGCAGAAATGAAGAAGGACTGCAGTCTTCCTCTTACTGT  1571
            ||||||.|||||||.|||..||||.|.||.||.|..||||.|||||.||||||||...||||.|||||.|||||
Sbjct 1270  CAGAATGTTCCTTCGCAAGTAGCCTCGGGCTTGAACGCAGGAATGAGGAAGGACTTTGGTCTCCCTCTCACTGT  1343

Query 1572  CCTTACCTGTGCTAAAGCATGTCCACACATGGCTACTTGTGGAAATGTTCTGTTTGAGGGAAGAACAGTTCAGC  1645
            |||..|.||..|.|||||.|||||.|||.||||||..|||||||.|..|||.|||||.||..|.||.||.||.|
Sbjct 1344  CCTCTCATGCACGAAAGCTTGTCCTCACGTGGCTAAGTGTGGAAGTACTCTCTTTGAAGGGCGGACGGTACATC  1417

Query 1646  TAGGGAAGCTTTGCTGCACTGGAGTTGAAACTGAAGATGATGAAGATACTGAGTCAAATTCATCGGTAGAACA-  1718
            |.||||||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||..|.|||||     |||| 
Sbjct 1418  TTGGGAAGCTGTGTTGTACTGGAGTTGAAACGGAAGATGACGAAGACACTGAGTCCCACTCATC-----AACAG  1486

Query 1719  AGCA-------TCGGTTGAAGTACCTGATGGACCAACACTCCATGACCCAGACCTCTATATTGAGATTGTGAAA  1785
            ||||       ||.|||||||...||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1487  AGCAGGCCCCCTCTGTTGAAGCCTCTGATGGACCAACACTGCACGACCCAGACCTCTATATTGAGATTGTGAAA  1560

Query 1786  AATACGAAGTCTGTCCCAGAATATTCAGAGGTGGCTTATCCCGATTATTTTGGTCACATTCCGCCTCCATTCAA  1859
            |||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1561  AATACGAAGTCCGTTCCAGAATACTCAGAGGTGGCTTATCCTGATTATTTTGGTCACATTCCACCTCCCTTCAA  1634

Query 1860  AGAGCCTATTTTAGAAAGGCCTTATGGTGTACAAAGGACAAAAATTGCTCAAGATATTGAAAGGCTAATACATC  1933
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||.|||||.|
Sbjct 1635  AGAGCCTATTTTAGAAAGGCCTTATGGTGTACAAAGGACAAAAATTGCCCAAGACATCGAGAGGCTGATACACC  1708

Query 1934  AGAGTGATATCATAGATCGTGTGGTATATGACTTGGATAACCCAAATTACACCATTCCAGAAGAGGGAGATATT  2007
            |||..|||||||||||.||.|||||.||||||||.||.|||||.|..||.||||.|||||||||.|||||||.|
Sbjct 1709  AGAACGATATCATAGACCGCGTGGTGTATGACTTAGACAACCCTACCTATACCACTCCAGAAGAAGGAGATACT  1782

Query 2008  TTGAAATTTAACTCCAAATTTGAGTCTGGGAATCTGCGCAAAGTAATTCAAATTAGAAAAAATGAATATGATCT  2081
            |||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||.||.||.||
Sbjct 1783  TTGAAGTTTAACTCAAAATTCGAATCTGGGAATCTGCGCAAAGTAATTCAAATTAGAAAAAGCGAGTACGACCT  1856

Query 2082  TATTCTGAACTCAGACATAAACAGCAATCATTATCATCAGTGGTTTTACTTTGAAGTCAGTGGAATGCGACCAG  2155
            |||.||||||||.||.||||||||.||.|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.|
Sbjct 1857  TATCCTGAACTCTGATATAAACAGTAACCATTACCACCAGTGGTTCTACTTTGAAGTCAGTGGGATGCGGCCTG  1930

Query 2156  GTGTTGCTTACAGGTTTAACATCATTAACTGTGAAAAGTCCAACAGTCAGTTTAATTATGGTATGCAACCACTC  2229
            ||||.||.||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct 1931  GTGTGGCATATAGGTTCAACATCATCAACTGTGAGAAGTCCAACAGTCAGTTTAATTATGGTATGCAGCCACTT  2004

Query 2230  ATGTATTCGGTTCAGGAAGCATTAAATGCCAGACCATGGTGGATTCGTATGGGGACTGACATTTGTTACTATAA  2303
            ||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 2005  ATGTATTCAGTTCAGGAAGCACTAAATGCCAGACCATGGTGGATCCGTATGGGCACTGACATTTGTTACTACAA  2078

Query 2304  AAATCATTTCTCAAGAAGTTCAGTTGCTGCAGGTGGGCAAAAGGGAAAATCCTACTATACAATTACATTTACTG  2377
            ||||||.||||||.||||.||||||||.|||||.||.||.|||||.||.||||||||.||.||.||.||.||.|
Sbjct 2079  AAATCACTTCTCACGAAGCTCAGTTGCCGCAGGCGGACAGAAGGGCAAGTCCTACTACACCATCACCTTCACCG  2152

Query 2378  TCAATTTTCCACATAAAGATGATGTTTGCTACTTTGCTTATCACTATCCATATACGTATTCAACTTTACAGATG  2451
            |.||.||.||.||.||.||.|||||.|||||.||.||.||||||||||||||.|||||.||.|||.|.||||||
Sbjct 2153  TGAACTTCCCGCACAAGGACGATGTCTGCTATTTCGCCTATCACTATCCATACACGTACTCGACTCTGCAGATG  2226

Query 2452  CATCTTCAAAAATTGGAATCAGCACACAATCCTCAGCAAATCTATTTTCGGAAAGATGTGTTATGTGAAACCCT  2525
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||.|
Sbjct 2227  CATCTTCAAAAATTGGAATCGGCACACAATCCTCAACAAATCTATTTTCGAAAAGACGTGTTGTGTGAAACCTT  2300

Query 2526  GTCTGGAAACAGCTGCCCCTTGGTGACTATAACAGCAATGCCAGAGTCTAATTATTATGAACATATCTGCCATT  2599
            |||||||||||.|||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|
Sbjct 2301  GTCTGGAAACATCTGTCCTTTGGTGACCATAACAGCAATGCCAGAGTCCAATTACTATGAACATATCTGTCAGT  2374

Query 2600  TCAGAAATCGCCCTTACGTTTTCTTGTCTGCTCGGGTACATCCTGGAGAAACTAATGCAAGTTGGGTTATGAAA  2673
            ||||||.|||||||||..|||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||
Sbjct 2375  TCAGAACTCGCCCTTATATTTTCTTGTCTGCTCGGGTCCATCCTGGAGAAACCAATGCAAGCTGGGTAATGAAA  2448

Query 2674  GGAACGTTGGAATATCTCATGAGCAATAACCCCACTGCTCAGAGCTTACGAGAATCTTATATTTTTAAAATTGT  2747
            |||||..||||.||.|||||||||||||.|||.|||||.||||||.||||.||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 2449  GGAACACTGGAGTACCTCATGAGCAATAGCCCGACTGCCCAGAGCCTACGGGAGTCTTACATTTTTAAAATTGT  2522

Query 2748  CCCTATGTTAAATCCAGATGGTGTCATCAATGGAAATCATCGCTGTTCTTTAAGTGGAGAGGATTTGAATAGGC  2821
            |||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 2523  CCCCATGCTAAATCCAGATGGTGTCATCAATGGAAATCACCGCTGCTCCTTAAGTGGAGAGGATTTGAACAGAC  2596

Query 2822  AGTGGCAAAGTCCAAGTCCGGATTTACATCCTACAATTTACCATGCTAAGGGGCTGTTGCAATACTTGGCTGCA  2895
            |||||||||||||||..||.||.|||||.||.||.|||||.|||||.|||||||||.||||.|||.||||.||.
Sbjct 2597  AGTGGCAAAGTCCAAACCCAGAGTTACACCCCACGATTTATCATGCCAAGGGGCTGCTGCAGTACCTGGCCGCG  2670

Query 2896  GTGAAGCGTTTACCCTTGGTTTATTGTGATTATCATGGCCATTCCCGAAAGAAGAATGTATTTATGTATGGTTG  2969
            ||||||||..||||..||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.||
Sbjct 2671  GTGAAGCGCCTACCTCTGGTTTATTGTGATTACCATGGCCATTCTCGAAAAAAGAATGTATTCATGTACGGCTG  2744

Query 2970  CAGCATCAAAGAGACAGTGTGGCATACCAATGATAATGCAACTTCATGTGATGTTGTGGAGGATACGGGATACA  3043
            |||||||||||||||.||||||||.|||.||||.||..|..||||.||||||.|||||||.||.|.||||||||
Sbjct 2745  CAGCATCAAAGAGACGGTGTGGCACACCCATGACAACTCGGCTTCCTGTGATATTGTGGAAGACATGGGATACA  2818

Query 3044  GGACATTGCCTAAGATACTGAGCCATATCGCCCCAGCATTTTGCATGAGCAGCTGTAGCTTCGTAGTGGAAAAA  3117
            ||||.||||||||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct 2819  GGACTTTGCCTAAGATACTGAGCCACATTGCTCCGGCATTTTGCATGAGCAGTTGTAGCTTTGTGGTGGAAAAA  2892

Query 3118  TCTAAAGAATCCACAGCACGTGTTGTAGTTTGGAGGGAAATAGGAGTACAAAGAAGTTATACCATGGAGAGTAC  3191
            |||||||||||||||||.||.|||||.||.|||.|||||||.|||||.||.||.||.||.||||||||||||||
Sbjct 2893  TCTAAAGAATCCACAGCTCGGGTTGTCGTGTGGCGGGAAATTGGAGTTCAGAGGAGCTACACCATGGAGAGTAC  2966

Query 3192  TTTATGTGGCTGTGATCAGGGAAAATACAAGGGTTTACAGATTGGTACCCGAGAACTGGAAGAGATGGGAGCAA  3265
            ||||||||||||.||||||||.|.|||||||||||||||||||||.||.||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 2967  TTTATGTGGCTGCGATCAGGGTAGATACAAGGGTTTACAGATTGGGACTCGAGAATTGGAAGAGATGGGAGCAA  3040

Query 3266  AATTTTGTGTTGGTCTTTTACGTTTGAAAAGACTGACCTCTCCATTGGAGTATAATCTGCCTTCCAGCCTGCTT  3339
            ||||||||||||||.|.||.|||||||||.|||||||.|||.|||||||.|||||||||||.||||.|||||||
Sbjct 3041  AATTTTGTGTTGGTTTATTGCGTTTGAAACGACTGACTTCTTCATTGGAATATAATCTGCCCTCCAACCTGCTT  3114

Query 3340  GACTTTGAAAATGATTTAATTGAATCAAGCTGCAAAGTAACTAGCCCTACCACTTATGTCTTGGATGAAGATGA  3413
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct 3115  GACTTTGAAAATGACTTAATTGAATCAAGCTGTAAAGTGACTAGCCCCACCACTTACGTTTTGGATGAAGATGA  3188

Query 3414  ACCTCGATTCCTTGAAGAAGTTGATTACAGTGCAGAAAGTAATGATGAGTTAGATATTGAGTTGGCTGAAAATG  3487
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||.||.||.||.||..
Sbjct 3189  ACCTCGGTTCCTTGAAGAAGTTGATTACAGTGCAGAAAGCAATGATGAGTTAGATGTTGAATTAGCGGAGAACA  3262

Query 3488  TAGGAGATTATGAACCTTCTGCTCAAGAAGAAGTACTTTCTGACTCTGAATTATCAAGAACATACCTACCT  3558
            .|||.||||||||.||||||||.||||||||||..||||||||||||||..|||||||||||.||||...|
Sbjct 3263  CAGGTGATTATGAGCCTTCTGCCCAAGAAGAAGCCCTTTCTGACTCTGAGGTATCAAGAACACACCTGATT  3333