Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_03523
- Subject:
- NM_001159965.1
- Aligned Length:
- 1771
- Identities:
- 1560
- Gaps:
- 23
Alignment
Query 1 ATGGACCTAATGAACGGGCAGGCAAGCAGTGTCAATATTGCAGCTACTGCTTCTGAGAAAAGTAGCAGCTCTGA 74
||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||.|||||.||||.|||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGACCTAATGAACGGGCAGGCAAGCAGTGTTACTATCGCAGCCACTGTTTCCGAGAAGAGTAGCAGCTCTGA 74
Query 75 ATCCTTAAGTGACAAAGGCTCTGAATTGAAGAAAAGCTTTGATGCTGTGGTATTCGATGTTCTTAAGGTTACAC 148
.||..||||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 75 GTCACTAAGCGAGAAGGGCTCTGAATTGAAGAAAAGCTTTGATGCTGTGGTGTTTGATGTTCTTAAGGTTACGC 148
Query 149 CAGAAGAATATGCGGGTCAGATAACATTAATGGATGTTCCAGTATTTAAAGCTATTCAACCAGATGAGCTTTCA 222
||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 149 CAGAAGAATACGCGGGTCAGATAACACTAATGGATGTTCCAGTGTTTAAAGCTATTCAGCCAGATGAACTTTCA 222
Query 223 AGTTGTGGATGGAATAAAAAAGAAAAATATAGTTCTGCACCAAATGCAGTTGCCTTCACAAGAAGATTCAATCA 296
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct 223 AGTTGTGGATGGAATAAAAAAGAAAAATATAGTTCTGCACCAAATGCAGTTGCTTTCACAAGAAGATTTAATCA 296
Query 297 TGTAAGCTTTTGGGTTGTTAGAGAGATTCTTCATGCTCAAACATTAAAAATTAGAGCAGAAGTTTTGAGCCACT 370
.|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||.|.|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CGTAAGCTTTTGGGTTGTAAGAGAGATTCTCCATGCTCAAACACTGAAAATAAGAGCAGAAGTTTTGAGCCACT 370
Query 371 ATATTAAAACTGCTAAGAAACTGTATGAGCTGAATAACCTTCATGCACTTATGGCAGTGGTTTCTGGCCTACAG 444
|||||||.||||||||||||||.|||||.||.||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||.|||||
Sbjct 371 ATATTAAGACTGCTAAGAAACTATATGAACTTAACAACCTTCACGCACTTATGGCTGTGGTTTCTGGCTTACAG 444
Query 445 AGTGCCCCAATTTTCAGGTTGACTAAAACATGGGCGTTATTAAGTCGAAAAGACAAAACTACCTTTGAAAAATT 518
|||||.||.||||||.||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 445 AGTGCGCCGATTTTCCGGTTGACTAAGACGTGGGCGTTATTAAGTCGAAAAGACAAAACTACCTTTGAAAAACT 518
Query 519 AGAATATGTAATGAGTAAAGAAGATAACTACAAAAGACTCAGAGACTATATAAGTAGCTTAAAGATGACACCTT 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||
Sbjct 519 AGAATATGTAATGAGTAAAGAAGATAACTACAAAAGACTCAGAGACTATATAAGCAGCTTAAAGATGACTCCTT 592
Query 593 GCATTCCCTATTTAGGTATCTATTTGTCAGATTTAACATACATCGATTCAGCATACCCATCAACTGGCAGCATT 666
||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||.|||||.||.||.||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct 593 GCATTCCCTATTTAGGCATCTATTTGTCTGACTTGACCTACATTGACTCCGCGTACCCATCCACCGGCAGCATT 666
Query 667 CTAGAAAATGAGCAAAGATCAAATTTAATGAATAATATCCTTCGAATAATTTCTGATTTACAGCAGTCTTGTGA 740
||||||||||||||||||||||||.|.|||||.||.||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||
Sbjct 667 CTAGAAAATGAGCAAAGATCAAATCTGATGAACAACATTCTTCGAATAATTTCTGATTTGCAGCAGTCCTGTGA 740
Query 741 ATATGATATTCCCATGTTGCCTCATGTCCAAAAATATCTCAACTCTGTTCAGTATATAGAAGAACTACAAAAAT 814
|||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 741 ATATGATATTCCCATATTGCCTCATGTCCAAAAATACCTGAACTCTGTTCAGTATATAGAAGAACTACAAAAGT 814
Query 815 TTGTGGAAGACGATAATTACAAGCTTTCATTAAAGATAGAACCAGGGACAAGCACCCCACGTTCTGCTGCTTCC 888
|||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||..||||.||.|||||.||.|||||.|||
Sbjct 815 TTGTGGAAGACGATAATTACAAGCTCTCCTTAAAGATAGAACCAGGAGCAAGTACTCCACGCTCGGCTGCCTCC 888
Query 889 AGAGAAGATTTAGTAGGTCCTGAAGTAGGAGCGTCTCCACA--GAGTGGACGAAAA--AGT------------- 945
||.||.||..|||.|||||||||..||||.||.||.||.|| ||| |||.|||.| |||
Sbjct 889 AGGGAGGACCTAGCAGGTCCTGACATAGGCGCCTCACCCCAGGGAG-GGAGGAAGAGTAGTGCTGCTGCTGCTG 961
Query 946 -----GTGGCAGCTGAAGGAGCCTTGCTCCCACAGACACCGCCATCCCCTCGGAATCTGATTCCACATGGACAT 1014
|.|||.||.||.||||||||.||.||||||||.||.||.|||||||||||.||.||||||||.|||||.
Sbjct 962 CCGCCGCGGCTGCCGAGGGAGCCTTACTGCCACAGACGCCACCTTCCCCTCGGAACCTCATTCCACACGGACAC 1035
Query 1015 AGGAAGTGCCATAGTTTGGGTTATAATTTCATTCATAAAATGAACACAGCAGAATTTAAGAGTGCAACGTTTCC 1088
|||||||||||.||..|||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||.||
Sbjct 1036 AGGAAGTGCCACAGCCTGGGTTACAATTTCATTCATAAGATGAACACAGCAGAGTTTAAGAGCGCAACGTTCCC 1109
Query 1089 AAATGCAGGACCAAGACATCTGTTAGATGATAGCGTCATGGAGCCCCATGCGCCATCTCGAGGCCAAGCTGAAA 1162
|||.|||||.|||.|.||.|||.|.||||||||.|||||||||||.||.||.||.||.||||||||.|||||.|
Sbjct 1110 AAACGCAGGGCCACGGCACCTGCTGGATGATAGTGTCATGGAGCCGCACGCACCGTCGCGAGGCCAGGCTGAGA 1183
Query 1163 GTTCTACTCTTTCTAGTGGAATATCAATAGGTAGCAGCGATGGTTCTGAACTAAGTGAAGAGACCTCATGGCCT 1236
|.|||||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.
Sbjct 1184 GCTCTACACTTTCCAGTGGAATATCCATAGGGAGCAGTGATGGTTCTGAACTAAGCGAAGAGACCTCATGGCCG 1257
Query 1237 GCTTTTGAAAGGAACAGATTATACCATTCTCTCGGCCCGGTGACAAGAGTGGCACGAAATGGCTATCGAAGTCA 1310
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.||
Sbjct 1258 GCTTTTGAAAGGAACAGATTATACCATTCTCTCGGCCCGGTGACAAGAGTGCCGCGAAATGGCTATCGAAGCCA 1331
Query 1311 CATGAAGGCCAGCAGTTCTGCAGAATCAGAAGATTTGGCAGTACATTTATATCCAGGAGCTGTTACTATTCAAG 1384
||.||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||.||.|||.|.||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1332 CACGAAGGCCAGCAGCTCTGCGGAGTCGGAAGATTTGGCGGTGCATCTGTACCCCGGAGCTGTTACTATTCAAG 1405
Query 1385 GTGTTCTCAGGAGAAAAACTTTGTTAAAAGAAGGCAAAAAGCCTACAGTAGCATCTTGGACAAAATATTGGGCA 1458
||||.|||.||||.|||||.|||.|||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1406 GTGTGCTCCGGAGGAAAACCTTGCTAAAAGAAGGCAAGAAACCCACAGTAGCATCTTGGACAAAGTATTGGGCA 1479
Query 1459 GCTTTGTGTGGGACACAGCTTTTTTACTATGCTGCCAAATCTCTAAAGGCTACCGAAAGAAAACATTTCAAATC 1532
||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 1480 GCCTTGTGTGGAACACAGCTTTTTTACTATGCCGCCAAATCTCTGAAGGCTACAGAAAGAAAGCATTTCAAATC 1553
Query 1533 AACATCCAATAAGAACGTATCTGTGATAGGATGGATGGTGATGATGGCTGATGACCCTGAACATCCTGATCTCT 1606
|||.||.||||||||.||.||||||.|.||.||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.||.||||
Sbjct 1554 AACGTCAAATAAGAATGTGTCTGTGGTGGGCTGGATGGTGATGATGGCTGACGACCCAGAGCATCCAGACCTCT 1627
Query 1607 TCCTGCTGACTGACTCTGAGAAAGGAAATTCGTACAAGTTTCAAGCTGGCAATAGAATGAATGCAATGTTATGG 1680
|.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||..||.||||||||||||.|.|||
Sbjct 1628 TTCTGCTGACTGACTCCGAGAAAGGAAATTCATACAAGTTTCAAGCTGGCAGCAGGATGAATGCAATGCTGTGG 1701
Query 1681 TTTAAGCATTTGAGTGCAGCCTGCCAAAGTAACAAACAACAGGTTCCTACAAACTTGATGACTTTTGAG 1749
|||||.||.|||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702 TTTAAACACTTGAGCGCGGCCTGCCAGAGTAACAAGCAACAGGTTCCTACAAACTTGATGACTTTTGAG 1770