Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_03523
• Subject: NM_001159968.1
• Aligned Length: 1771
• Identities: 1466
• Gaps: 128

Alignment

Query    1  ATGGACCTAATGAACGGGCAGGCAAGCAGTGTCAATATTGCAGCTACTGCTTCTGAGAAAAGTAGCAGCTCTGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||.|||||.||||.|||.||                  
Sbjct    1  ATGGACCTAATGAACGGGCAGGCAAGCAGTGTTACTATCGCAGCCACTGTTTCCGA------------------  56

Query   75  ATCCTTAAGTGACAAAGGCTCTGAATTGAAGAAAAGCTTTGATGCTGTGGTATTCGATGTTCTTAAGGTTACAC  148
                                                                                      
Sbjct   57  --------------------------------------------------------------------------  56

Query  149  CAGAAGAATATGCGGGTCAGATAACATTAATGGATGTTCCAGTATTTAAAGCTATTCAACCAGATGAGCTTTCA  222
                         |||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct   57  -------------GGGTCAGATAACACTAATGGATGTTCCAGTGTTTAAAGCTATTCAGCCAGATGAACTTTCA  117

Query  223  AGTTGTGGATGGAATAAAAAAGAAAAATATAGTTCTGCACCAAATGCAGTTGCCTTCACAAGAAGATTCAATCA  296
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct  118  AGTTGTGGATGGAATAAAAAAGAAAAATATAGTTCTGCACCAAATGCAGTTGCTTTCACAAGAAGATTTAATCA  191

Query  297  TGTAAGCTTTTGGGTTGTTAGAGAGATTCTTCATGCTCAAACATTAAAAATTAGAGCAGAAGTTTTGAGCCACT  370
            .|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||.|.|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  192  CGTAAGCTTTTGGGTTGTAAGAGAGATTCTCCATGCTCAAACACTGAAAATAAGAGCAGAAGTTTTGAGCCACT  265

Query  371  ATATTAAAACTGCTAAGAAACTGTATGAGCTGAATAACCTTCATGCACTTATGGCAGTGGTTTCTGGCCTACAG  444
            |||||||.||||||||||||||.|||||.||.||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||.|||||
Sbjct  266  ATATTAAGACTGCTAAGAAACTATATGAACTTAACAACCTTCACGCACTTATGGCTGTGGTTTCTGGCTTACAG  339

Query  445  AGTGCCCCAATTTTCAGGTTGACTAAAACATGGGCGTTATTAAGTCGAAAAGACAAAACTACCTTTGAAAAATT  518
            |||||.||.||||||.||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  340  AGTGCGCCGATTTTCCGGTTGACTAAGACGTGGGCGTTATTAAGTCGAAAAGACAAAACTACCTTTGAAAAACT  413

Query  519  AGAATATGTAATGAGTAAAGAAGATAACTACAAAAGACTCAGAGACTATATAAGTAGCTTAAAGATGACACCTT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||
Sbjct  414  AGAATATGTAATGAGTAAAGAAGATAACTACAAAAGACTCAGAGACTATATAAGCAGCTTAAAGATGACTCCTT  487

Query  593  GCATTCCCTATTTAGGTATCTATTTGTCAGATTTAACATACATCGATTCAGCATACCCATCAACTGGCAGCATT  666
            ||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||.|||||.||.||.||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct  488  GCATTCCCTATTTAGGCATCTATTTGTCTGACTTGACCTACATTGACTCCGCGTACCCATCCACCGGCAGCATT  561

Query  667  CTAGAAAATGAGCAAAGATCAAATTTAATGAATAATATCCTTCGAATAATTTCTGATTTACAGCAGTCTTGTGA  740
            ||||||||||||||||||||||||.|.|||||.||.||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||
Sbjct  562  CTAGAAAATGAGCAAAGATCAAATCTGATGAACAACATTCTTCGAATAATTTCTGATTTGCAGCAGTCCTGTGA  635

Query  741  ATATGATATTCCCATGTTGCCTCATGTCCAAAAATATCTCAACTCTGTTCAGTATATAGAAGAACTACAAAAAT  814
            |||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  636  ATATGATATTCCCATATTGCCTCATGTCCAAAAATACCTGAACTCTGTTCAGTATATAGAAGAACTACAAAAGT  709

Query  815  TTGTGGAAGACGATAATTACAAGCTTTCATTAAAGATAGAACCAGGGACAAGCACCCCACGTTCTGCTGCTTCC  888
            |||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||..||||.||.|||||.||.|||||.|||
Sbjct  710  TTGTGGAAGACGATAATTACAAGCTCTCCTTAAAGATAGAACCAGGAGCAAGTACTCCACGCTCGGCTGCCTCC  783

Query  889  AGAGAAGATTTAGTAGGTCCTGAAGTAGGAGCGTCTCCACA--GAGTGGACGAAAA--AGT-------------  945
            ||.||.||..|||.|||||||||..||||.||.||.||.||  ||| |||.|||.|  |||             
Sbjct  784  AGGGAGGACCTAGCAGGTCCTGACATAGGCGCCTCACCCCAGGGAG-GGAGGAAGAGTAGTGCTGCTGCTGCTG  856

Query  946  -----GTGGCAGCTGAAGGAGCCTTGCTCCCACAGACACCGCCATCCCCTCGGAATCTGATTCCACATGGACAT  1014
                 |.|||.||.||.||||||||.||.||||||||.||.||.|||||||||||.||.||||||||.|||||.
Sbjct  857  CCGCCGCGGCTGCCGAGGGAGCCTTACTGCCACAGACGCCACCTTCCCCTCGGAACCTCATTCCACACGGACAC  930

Query 1015  AGGAAGTGCCATAGTTTGGGTTATAATTTCATTCATAAAATGAACACAGCAGAATTTAAGAGTGCAACGTTTCC  1088
            |||||||||||.||..|||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||.||
Sbjct  931  AGGAAGTGCCACAGCCTGGGTTACAATTTCATTCATAAGATGAACACAGCAGAGTTTAAGAGCGCAACGTTCCC  1004

Query 1089  AAATGCAGGACCAAGACATCTGTTAGATGATAGCGTCATGGAGCCCCATGCGCCATCTCGAGGCCAAGCTGAAA  1162
            |||.|||||.|||.|.||.|||.|.||||||||.|||||||||||.||.||.||.||.||||||||.|||||.|
Sbjct 1005  AAACGCAGGGCCACGGCACCTGCTGGATGATAGTGTCATGGAGCCGCACGCACCGTCGCGAGGCCAGGCTGAGA  1078

Query 1163  GTTCTACTCTTTCTAGTGGAATATCAATAGGTAGCAGCGATGGTTCTGAACTAAGTGAAGAGACCTCATGGCCT  1236
            |.|||||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.
Sbjct 1079  GCTCTACACTTTCCAGTGGAATATCCATAGGGAGCAGTGATGGTTCTGAACTAAGCGAAGAGACCTCATGGCCG  1152

Query 1237  GCTTTTGAAAGGAACAGATTATACCATTCTCTCGGCCCGGTGACAAGAGTGGCACGAAATGGCTATCGAAGTCA  1310
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.||
Sbjct 1153  GCTTTTGAAAGGAACAGATTATACCATTCTCTCGGCCCGGTGACAAGAGTGCCGCGAAATGGCTATCGAAGCCA  1226

Query 1311  CATGAAGGCCAGCAGTTCTGCAGAATCAGAAGATTTGGCAGTACATTTATATCCAGGAGCTGTTACTATTCAAG  1384
            ||.||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||.||.|||.|.||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1227  CACGAAGGCCAGCAGCTCTGCGGAGTCGGAAGATTTGGCGGTGCATCTGTACCCCGGAGCTGTTACTATTCAAG  1300

Query 1385  GTGTTCTCAGGAGAAAAACTTTGTTAAAAGAAGGCAAAAAGCCTACAGTAGCATCTTGGACAAAATATTGGGCA  1458
            ||||.|||.||||.|||||.|||.|||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1301  GTGTGCTCCGGAGGAAAACCTTGCTAAAAGAAGGCAAGAAACCCACAGTAGCATCTTGGACAAAGTATTGGGCA  1374

Query 1459  GCTTTGTGTGGGACACAGCTTTTTTACTATGCTGCCAAATCTCTAAAGGCTACCGAAAGAAAACATTTCAAATC  1532
            ||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 1375  GCCTTGTGTGGAACACAGCTTTTTTACTATGCCGCCAAATCTCTGAAGGCTACAGAAAGAAAGCATTTCAAATC  1448

Query 1533  AACATCCAATAAGAACGTATCTGTGATAGGATGGATGGTGATGATGGCTGATGACCCTGAACATCCTGATCTCT  1606
            |||.||.||||||||.||.||||||.|.||.||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.||.||||
Sbjct 1449  AACGTCAAATAAGAATGTGTCTGTGGTGGGCTGGATGGTGATGATGGCTGACGACCCAGAGCATCCAGACCTCT  1522

Query 1607  TCCTGCTGACTGACTCTGAGAAAGGAAATTCGTACAAGTTTCAAGCTGGCAATAGAATGAATGCAATGTTATGG  1680
            |.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||..||.||||||||||||.|.|||
Sbjct 1523  TTCTGCTGACTGACTCCGAGAAAGGAAATTCATACAAGTTTCAAGCTGGCAGCAGGATGAATGCAATGCTGTGG  1596

Query 1681  TTTAAGCATTTGAGTGCAGCCTGCCAAAGTAACAAACAACAGGTTCCTACAAACTTGATGACTTTTGAG  1749
            |||||.||.|||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1597  TTTAAACACTTGAGCGCGGCCTGCCAGAGTAACAAGCAACAGGTTCCTACAAACTTGATGACTTTTGAG  1665