Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_03526
- Subject:
- NM_001122643.1
- Aligned Length:
- 2673
- Identities:
- 1829
- Gaps:
- 522
Alignment
Query 1 ATGAAGAAGCAGTTCAACCGCATGAAGCAGCTGGCTAACCAGACCGTGGGCAGAGCTGAGAAAACAGAAGTCCT 74
|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.||||||||||||||.||.||||||||
Sbjct 1 ATGAAGAAGCAATTCAACCGCATGAAGCAGCTGGCCAATCAGACTGTCGGCAGAGCTGAGAAGACCGAAGTCCT 74
Query 75 TAGTGAAGATCTATTACAGATTGAGAGACGCCTGGACACGGTGCGGTCAATATGCCACCATTCCCATAAGCGCT 148
.|||||||||||..||||||||||..|.|||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||.|
Sbjct 75 CAGTGAAGATCTGCTACAGATTGAACGTCGCCTGGACACTGTGCGTTCAATGTGCCACCATTCACATAAGCGTT 148
Query 149 TGGTGGCATGTTTCCAGGGCCAGCATGGCACCGATGCCGAGAGGAGACACAAAAAACTGCCTCTGACAGCTCTT 222
||.|.||.||.|||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||
Sbjct 149 TGATAGCCTGCTTCCAAGGTCAGCATGGCACTGATGCCGAGAGGAGACATAAAAAGCTTCCTCTGACAGCTCTT 222
Query 223 GCTCAAAATATGCAAGAAGCATCGACTCAGCTGGAAGACTCTCTCCTGGGGAAGATGCTGGAGACGTGTGGAGA 296
||.||.||.|||||.||.||.||..|.|||||||||||.||||||.|||||||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 223 GCCCAGAACATGCAGGAGGCTTCAGCCCAGCTGGAAGAGTCTCTCTTGGGGAAGATGCTGGAGACCTGTGGGGA 296
Query 297 TGCTGAGAATCAGCTGGCTCTCGAGCTCTCCCAGCACGAAGTCTTTGTTGAGAAGGAGATCGTGGACCCTCTGT 370
.||||||||.|||||||||||.||.|||||.||.||.|||||||||||.||||||||||||.||||||||||.|
Sbjct 297 CGCTGAGAACCAGCTGGCTCTTGAACTCTCACAACATGAAGTCTTTGTGGAGAAGGAGATCATGGACCCTCTCT 370
Query 371 ACGGCATAGCTGAGGTGGAGATTCCCAACATCCAGAAGCAGAGGAAGCAGCTTGCAAGATTGGTGTTAGACTGG 444
||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||
Sbjct 371 ACGGCATAGCAGAGGTGGAGATTCCCAATATCCAGAAGCAAAGGAAGCAGCTTGCTAGATTGGTGTTGGACTGG 444
Query 445 GATTCAGTCAGAGCCAGGTGGAACCAAGCTCACAAATCCTCAGGAACCAACTTTCAGGGGCTTCCATCAAAAAT 518
||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 445 GATTCAGTCAGAGCGAGATGGAACCAAGCACACAAGTCTTCAGGAACCAACTTTCAGGGGCTTCCATCCAAAAT 518
Query 519 AGATACTCTAAAGGAAGAGATGGATGAAGCTGGAAATAAAGTAGAACAGTGCAAGGATCAACTTGCAGCAGACA 592
||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 AGATACCCTAAAGGAAGAGATGGATGAAGCTGGGAATAAAGTTGAACAGTGCAAGGATCAACTTGCAGCAGACA 592
Query 593 TGTACAACTTTATGGCCAAAGAAGGGGAGTATGGCAAATTCTTTGTTACGTTATTAGAAGCCCAAGCAGATTAC 666
||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 TGTACAACTTCATGGCCAAAGAAGGGGAGTATGGCAAGTTCTTCGTGACGTTATTAGAAGCCCAAGCAGATTAC 666
Query 667 CATAGAAAAGCATTAGCAGTCTTAGAAAAGACCCTCCCCGAAATGCGAGCCCATCAAGATAAGTGGGCGGAAAA 740
||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||
Sbjct 667 CATAGAAAAGCATTAGCAGTCTTAGAAAAGGCCCTTCCCGAAATGCGCGCCCATCAAGATAAGTGGGCAGAGAA 740
Query 741 ACCAGCCTTTGGGACTCCCCTAGAAGAACACCTGAAGAGGAGCGGGCGCGAGATTGCGCTGCCCATTGAAGCCT 814
.||||||||.||.||.||.||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||.|||||.||||
Sbjct 741 GCCAGCCTTCGGCACACCTCTGGAGGAACACCTGAAGAGGAGTGGGCGTGAGATCGCCCTGCCTATTGAGGCCT 814
Query 815 GTGTCATGCTGCTTCTGGAGACAGGCATGAAGGAGGAGGGCCTTTTCCGAATTGGGGCTGGGGCCTCCAAGTTA 888
||||||||.||.|.||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||.
Sbjct 815 GTGTCATGTTGTTGCTGGAGACTGGCATGAAAGAGGAGGGCCTTTTTCGGATTGGAGCTGGAGCCTCCAAGTTG 888
Query 889 AAGAAGCTGAAAGCTGCTTTGGACTGTTCTACTTCTCACCTGGATGAGTTCTATTCAGACCCCCATGCTGTAGC 962
||||||||||||||||||.|.|||||.||.||.||.||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||
Sbjct 889 AAGAAGCTGAAAGCTGCTCTCGACTGCTCCACATCGCATCTGGATGAATTCTATTCTGATCCCCATGCTGTCGC 962
Query 963 AGGTGCTTTAAAATCCTATTTACGGGAATTGCCTGAACCTTTGATGACTTTTAATCTGTATGAAGAATGGACAC 1036
||||||||||||.||||||.|.|||||.||||||||.||.||.||||||||.|.||||||||||||||||||||
Sbjct 963 AGGTGCTTTAAAGTCCTATCTGCGGGAGTTGCCTGAGCCCTTAATGACTTTCAGTCTGTATGAAGAATGGACAC 1036
Query 1037 AAGTTGCAAGTGTGCAGGATCAAGACAAAAAACTTCAAGACTTGTGGAGAACATGTCAGAAGTTGCCACCACAA 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.||.||||.||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1037 AAGTTGCAAGTGTGCAGGATCAAGACAAAAAACTTCAATATTTATGGACAACATGTCAGAAGTTGCCGCCACAA 1110
Query 1111 AATTTTGTTAACTTTAGATATTTGATCAAGTTCCTTGCAAAGCTTGCTCAGACCAGCGATGTGAATAAAATGAC 1184
|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||
Sbjct 1111 AATTTTGTTAACTTTAGGTATTTAATCAAGTTCCTTGCAAAGCTTGCCCAGACCAGTGACGTTAATAAAATGAC 1184
Query 1185 TCCCAGCAACATTGCGATTGTGTTAGGCCCTAACTTGTTATGGGCCAGAAATGAAGGAACACTTGCTGAAATGG 1258
|||.||||||||.||.|||||..|.|||||||||.|..|.|||||||.|.|.||||||||.||.||||||||.|
Sbjct 1185 TCCTAGCAACATAGCCATTGTCCTGGGCCCTAACCTCCTGTGGGCCAAACAAGAAGGAACGCTGGCTGAAATAG 1258
Query 1259 CAGCAGCCACATCCGTCCATGTGGTTGCAGTGATTGAACCCATCATTCAGCATGCCGACTGGTTCTTCCCTGAA 1332
|.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||||.|
Sbjct 1259 CGGCTGCCACATCGGTCCACGTGGTTGCAGTGATTGAGCCCATCATCCAGCATGCAGATTGGTTCTTCCCTGGA 1332
Query 1333 GAGGTGGAATTTAATGTATCAGAAGCATTTGTACCTCTCACCACCCCGAGTTCTAATCACTCATTCCACACTGG 1406
|||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.||..|.|||||||.||||||||||||||.|||.|||||
Sbjct 1333 GAGGTAGAATTCAATGTATCAGAAGCATTTGTGCCACTTGCTACCCCGAATTCTAATCACTCATCCCATACTGG 1406
Query 1407 AAACGACTCTGACTCGGGGACCCTGGAGAGGAAGCGGCCTGCTAGCATGGCGGTGATGGAAGGAGACTTGGTGA 1480
|||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct 1407 AAATGACTCTGACTCGGGGACTCTGGAGAGGAAGCGACCTGCCAGCATGGCAGTGATGGAAGGGGACTTGGTGA 1480
Query 1481 AGAAGGAAAGCTTTGGTGTGAAGCTTATGGACTTCCAGGCCCACCGGCGGGGTGGCACTCTAAATAGAAAGCAC 1554
|||||||
Sbjct 1481 AGAAGGA------------------------------------------------------------------- 1487
Query 1555 ATATCCCCCGCTTTCCAGCCGCCACTTCCGCCCACAGATGGCAGCACCGTGGTGCCCGCTGGCCCAGAGCCCCC 1628
Sbjct 1488 -------------------------------------------------------------------------- 1487
Query 1629 TCCCCAGAGCTCTAGGGCTGAAAGCAGCTCTGGGGGTGGGACTGTCCCCTCTTCCGCGGGCATACTGGAGCAGG 1702
Sbjct 1488 -------------------------------------------------------------------------- 1487
Query 1703 GGCCGAGCCCAGGCGACGGCAGTCCTCCCAAACCGAAGGACCCTGTATCTGCAGCTGTGCCAGCACCAGGGAGA 1776
.||||||||.|||||.||.|||.|.||.|||||||||||.||.|||.||||.||.
Sbjct 1488 -------------------GAGTCCTCCAAAACCCAAAGACTCCGTGTCTGCAGCTGTCCCTGCAGCAGGAAGG 1542
Query 1777 AACAACAGTCAGAT-AGCATCTGGCCAAAATCAGCCCCAGGCAGCTGCTGGCTCCCACCAGCTCTCCATGGGCC 1849
||||.||..||||| |.|| |.|.||.|||.|||.|.|||.|||.||....||||||.||||||||..|..||.
Sbjct 1543 AACAGCAACCAGATGACCA-CGGTCCCAAACCAGGCTCAGACAGGTGGCAACTCCCATCAGCTCTCAGTAAGCA 1615
Query 1850 AACCTCACAATGCTGCAGGGCCCAGCCCGCATACACTGCGCCGAGCTGTTAAAAAACCCGCTCCAGCACCCCCG 1923
.||||||||.|||.||.||.|||||||||||.||.|||||.||.|||||.||.|||||.||.||.||||||||.
Sbjct 1616 CACCTCACAGTGCAGCCGGTCCCAGCCCGCACACTCTGCGTCGGGCTGTGAAGAAACCTGCCCCCGCACCCCCC 1689
Query 1924 AAACCGGGCAACCCACCTCCTGGCCACCCCGGGGGCCAGAGTTCTTCAGGAACATCTCAGCATCCACCCAGTCT 1997
|||||.||.||||.|||||||||||||||.||.||.|||||.|||.|.||.||| .||| ||
Sbjct 1690 AAACCAGGAAACCTACCTCCTGGCCACCCTGGAGGACAGAGCTCTCCTGGCACA----GGCA--CA-------- 1749
Query 1998 GTCACCAAAGCCACCCACCCGAAGCCCCTCTCCTCC-CACC--CAGCACACGGGC--CAGC--CTCCAGGCCAG 2064
||.|||||||||..|.||||||||||.||.||.|| ||.| ||||| || |||| |..||| |||
Sbjct 1750 -TCCCCAAAGCCAAGCGCCCGAAGCCCATCACCGCCTCAGCAGCAGCA-----GCAGCAGCAACAACAG--CAG 1815
Query 2065 C--CCTCCGCCCCCTCCCAGCTCTCAGC-----ACCCCGGAGG----------TACTCCAGCAGCTTGTCTCCA 2121
| |..|.| ||| |||| ||||| ||| |.||||||||||.||.||||.
Sbjct 1816 CAACAACAG--------CAG----CAGCAGCAGACCCC--AGGCATGCGCCGCTGCTCCAGCAGCCTGCCTCCC 1875
Query 2122 ATCCAAGCTCCCAATCACCCACCGCCGCAGCCCCCTACGCAGGCCACGCCACTGATGCACACCAAACCCAATAG 2195
|||||.||.||||..||||||||.||.|||||||| ||||| ||
Sbjct 1876 ATCCAGGCACCCAGCCACCCACCACCACAGCCCCC----------------------CACAC----------AG 1917
Query 2196 CCAGGGCCCTCCCAACCCCATGGCATTGCCCAGTGAGCATGGACTTGAG-CAGCCATCTCACACCCCTCCCCAG 2268
||..|| ||| .||||.||.||||..||| |||.| |.|||.||.||.||.
Sbjct 1918 CCTCGG-------------------TTG---GGTGAACAGGGACCAGAGCCAGGC----CCCACGCCACCTCAA 1965
Query 2269 ACTCCAACGCCCCCCAGTACTCCGCCCCTAGGAAAACAGAACCCCAGTCTGCCAGCTCC-TCAGACCCTGGCAG 2341
||.||.||.||.||.||.||.||.|||||.|..||.||||| ||| || |||.
Sbjct 1966 ACCCCCACACCACCTAGCACCCCACCCCTGGCCAAGCAGAA---------------TCCATC--------GCAA 2016
Query 2342 GGGGTAACCCTGAAACTGCACAGC--CACATGCTGGAACCTTACCGAGACCGAGACCAGTACCAAAGCCAAGGA 2413
.| |||.||..|||||| ||| ||||||.|.||.|||||..|.|||||.||.|||||..|.|
Sbjct 2017 AG--------TGAGACCACACAGCTGCAC-----GGAACCCTCCCAAGACCACGGCCAGTGCCCAAGCCCCGCA 2077
Query 2414 ACCGGCCCAGCGTGCCCCCACCCCCCCAACCTCCTGGTGTCCACTCA-GCTGGGGACAGCAGCCTCACCAACAC 2486
|||||||.||||||||.||||||||.||.||.||||| |||.|| .|.|.|||..|..||||.||...|.|
Sbjct 2078 ACCGGCCTAGCGTGCCACCACCCCCACATCCACCTGG----CACCCACACGGTGGATGGTGGCCTTACATCCTC 2147
Query 2487 AGCACCAACAGCTTCCAAGATAGTAACAGACTCCAATTCCAGGGTTTCAGAACCGCATCGCAGCATCTTTCCTG 2560
||..||.|||||.||||..||.||.||.|| |..|
Sbjct 2148 AGTGCCCACAGCCTCCAGAATCGTCACTGA-TGTA--------------------------------------- 2181
Query 2561 AAATGCACTCAGACTCAGCCAGCAAAGACGTGCCTGGCCGCATCCTGCTGGATATAGACAATGATACCGAGAGC 2634
Sbjct 2182 -------------------------------------------------------------------------- 2181
Query 2635 ACTGCCCTG 2643
Sbjct 2182 --------- 2181