Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_03660
- Subject:
- NM_001288991.3
- Aligned Length:
- 2039
- Identities:
- 1847
- Gaps:
- 175
Alignment
Query 1 ATGGGTGGGCACCTGTCCCCA-TGGC----CCACA---------------------TACA-CCAGTGGCC---- 43
|||| ||||.|..|| |.|| ||||| |||| ||| .||||
Sbjct 1 ATGG-------CCTGCCAGCAGTCGCGGTACCACAGCTTCTCGTCCGCGTCGAGATTACAGCCA-CGGCCTTCA 66
Query 44 ----AGACCAT----------TTT--------------------GCAAAATCGAAAACCCTGTTCAGATGACTA 83
.|||||| ||| .||.||||| .||.|.|.|||||| .||
Sbjct 67 GGAGTGACCATAGACGAATCCTTTCTCACAGAAGACAAGAGCACCCAGAATCG-CAAGCTTCTTCAGA-AAC-- 136
Query 84 CCGGAAGCGAGTAGGGAGCTGCCAGCAGCACCCCTTTCGCACTGCCAAGCCCCAGTACTTGGAGGAACTGGAAA 157
|||| ||....||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 137 ---GAAG-GACGCTGGAGCTGCCAGCAGCACCCCTTTCGCACTGCCAAGCCCCAGTACTTGGAGGAACTGGAAA 206
Query 158 ACTACCTACGCAAGGAGCTCCTCCTGCTGGACCTGGGCACAGATTCCACCCAGGAACTAAGGCTGCAGCCTTAC 231
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 207 ACTACCTACGCAAGGAGCTCCTCCTGCTGGACCTGGGCACAGATTCCACCCAGGAACTAAGGCTGCA------- 273
Query 232 AGAGAGATCTTTGAGTTCTTCATAGAGGACTTCAAAACGTACAAGCCATTACTATCCTCCATCAAGAATGCGTA 305
Sbjct 274 -------------------------------------------------------------------------- 273
Query 306 TGAGGGGATGCTGGCCCACCAAAGGGAGAAGATTCGGGCTCTGGAGCCCCTGAAGGCCAAGCTTGTCACTGTGA 379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 274 -------------GCCCACCAAAGGGAGAAGATTCGGGCTCTGGAGCCCCTGAAGGCCAAGCTTGTCACTGTGA 334
Query 380 ATGAGGACTGCAATGAGAGGATCCTGGCCATGAGAGCTGAGGAGAAATATGAAATCTCCCTGCTCAAGAAAGAG 453
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 335 ATGAGGACTGCAATGAGAGGATCCTGGCCATGAGAGCTGAGGAGAAATATGAAATCTCCCTGCTCAAGAAAGAG 408
Query 454 AAGATGAACTTGCTAAAACTCATCGACAAAAAGAATGAGGAGAAGATTTCATTGCAGAGCGAGGTGACCAAACT 527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 409 AAGATGAACTTGCTAAAACTCATCGACAAAAAGAATGAGGAGAAGATTTCATTGCAGAGCGAGGTGACCAAACT 482
Query 528 GAGGAAGAACTTGGCTGAGGAGTACCTGCACTACCTCAGTGAGCGAGATGCCTGTAAGATCCTCATCGCAGACC 601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 GAGGAAGAACTTGGCTGAGGAGTACCTGCACTACCTCAGTGAGCGAGATGCCTGTAAGATCCTCATCGCAGACC 556
Query 602 TGAATGAGCTGCGGTACCAGCGGGAGGACATGTCATTAGCCCAGTCGCCAGGCATCTGGGGGGAGGACCCTGTG 675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 557 TGAATGAGCTGCGGTACCAGCGGGAGGACATGTCATTAGCCCAGTCGCCAGGCATCTGGGGGGAGGACCCTGTG 630
Query 676 AAGTTAACCCTGGCTCTTAAGATGACCCGGCAAGACCTGACCCGCACGCAGATGGAACTCAACAACATGAAGGC 749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 631 AAGTTAACCCTGGCTCTTAAGATGACCCGGCAAGACCTGACCCGCACGCAGATGGAACTCAACAACATGAAGGC 704
Query 750 CAACTTTGGAGATGTGGTCCCCAGGAGGGACTTTGAAATGCAGGAGAAGACCAACAAGGATCTTCAGGAGCAGC 823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 705 CAACTTTGGAGATGTGGTCCCCAGGAGGGACTTTGAAATGCAGGAGAAGACCAACAAGGATCTTCAGGAGCAGC 778
Query 824 TGGACACCCTGAGAGCCAGCTACGAGGAGGTTCGCAAGGAGCATGAGATCCTCATGCAGCTGCACATGAGCACG 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGGACACCCTGAGAGCCAGCTACGAGGAGGTTCGCAAGGAGCATGAGATCCTCATGCAGCTGCACATGAGCACG 852
Query 898 CTGAAGGAACGGGACCAATTCTTCTCTGAGCTGCAGGAGATCCAGCGCACTTCCACGCCGCGGCCTGACTGGAC 971
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 853 CTGAAGGAACGGGACCAATTCTTCTCTGAGCTGCAGGAGATCCAGCGCACTTCCACGCCGCGGCCTGACTGGAC 926
Query 972 CAAGTGCAAAGATGTGGTGGCTGGGGGCCCAGAGCGCTGGCAGATGCTGGCTGAGGGCAAGAACAGCGACCAGC 1045
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 927 CAAGTGCAAAGATGTGGTGGCTGGGGGCCCAGAGCGCTGGCAGATGCTGGCTGAGGGCAAGAACAGCGACCAGC 1000
Query 1046 TGGTGGACGTGCTCCTGGAAGAGATTGGTTCGGGGCTGCTGCGGGAGAAAGACTTCTTCCCTGGTCTGGGCTAT 1119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1001 TGGTGGACGTGCTCCTGGAAGAGATTGGTTCGGGGCTGCTGCGGGAGAAAGACTTCTTCCCTGGTCTGGGCTAT 1074
Query 1120 GGGGAAGCCATCCCTGCTTTTCTTCGGTTTGATGGCCTCGTGGAGAACAAGAAGCCAAGCAAGAAGGACGTGGT 1193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 GGGGAAGCCATCCCTGCTTTTCTTCGGTTTGATGGCCTCGTGGAGAACAAGAAGCCAAGCAAGAAGGACGTGGT 1148
Query 1194 CAACCTCCTCAAGGATGCCTGGAAGGAACGTCTTGCTGAGGAGCAGAAAGAGACGTTCCCAGATTTCTTCTTCA 1267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1149 CAACCTCCTCAAGGATGCCTGGAAGGAACGTCTTGCTGAGGAGCAGAAAGAGACGTTCCCAGATTTCTTCTTCA 1222
Query 1268 ATTTCCTGGAGCATCGCTTTGGGCCCAGTGATGCCATGGCCTGGGCTTATACTATTTTTGAAAATATCAAGATC 1341
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1223 ATTTCCTGGAGCATCGCTTTGGGCCCAGTGATGCCATGGCCTGGGCTTATACTATTTTTGAAAATATCAAGATC 1296
Query 1342 TTCCACTCCAACGAGGTTATGAGTCAGTTCTATGCAGTCTTGATGGGAAAGCGGAGTGAGAATGTGTATGTCAC 1415
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1297 TTCCACTCCAACGAGGTTATGAGTCAGTTCTATGCAGTCTTGATGGGAAAGCGGAGTGAGAATGTGTATGTCAC 1370
Query 1416 CCAGAAGGAGACAGTAGCCCAGCTGCTGAAGGAGATGACAAATGCTGACAGTCAGAACGAGGGGCTACTAACCA 1489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 CCAGAAGGAGACAGTAGCCCAGCTGCTGAAGGAGATGACAAATGCTGACAGTCAGAACGAGGGGCTACTAACCA 1444
Query 1490 TGGAGCAGTTCAACACTGTCCTCAAGAGTACCTTCCCTCTCAAGACAGAAGAGCAAATCCAGGAGCTGATGGAG 1563
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1445 TGGAGCAGTTCAACACTGTCCTCAAGAGTACCTTCCCTCTCAAGACAGAAGAGCAAATCCAGGAGCTGATGGAG 1518
Query 1564 GCAGGGGGCTGGCATCCCAGCAGCAGCAATGCAGACTTGCTCAACTACCGCTCACTGTTTATGGAGGATGAGGA 1637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1519 GCAGGGGGCTGGCATCCCAGCAGCAGCAATGCAGACTTGCTCAACTACCGCTCACTGTTTATGGAGGATGAGGA 1592
Query 1638 GGGCCAGAGTGAGCCCTTTGTGCAAAAACTCTGGGAACAATACATGGATGAGAAGGACGAGTACTTACAGCAGC 1711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1593 GGGCCAGAGTGAGCCCTTTGTGCAAAAACTCTGGGAACAATACATGGATGAGAAGGACGAGTACTTACAGCAGC 1666
Query 1712 TAAAGCAGGAGCTTGGCATAGAACTCCATGAGGAAGTGACTCTGCCCAAGCTGCGAGGGGGCCTGATGACCATC 1785
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 TAAAGCAGGAGCTTGGCATAGAACTCCATGAGGAAGTGACTCTGCCCAAGCTGCGAGGGGGCCTGATGACCATC 1740
Query 1786 GACCCCAGCCTGGACAAGCAGACAGTGAACACCTACATGAGCCAGGCCTTCCAGCTCCCTGAGTCGGAAATGCC 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 GACCCCAGCCTGGACAAGCAGACAGTGAACACCTACATGAGCCAGGCCTTCCAGCTCCCTGAGTCGGAAATGCC 1814
Query 1860 AGAGGAGGGTGACGAGAAGGAAGAAGCCGTGGTGGAAATCCTCCAGACTGCCCTGGAGCGGCTTCAGGTGATTG 1933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1815 AGAGGAGGGTGACGAGAAGGAAGAAGCCGTGGTGGAAATCCTCCAGACTGCCCTGGAGCGGCTTCAGGTGATTG 1888
Query 1934 ACATCAGGCGTGTGGGACCTCGAGAGCCAGAGCCTGCAAGC 1974
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1889 ACATCAGGCGTGTGGGACCTCGAGAGCCAGAGCCTGCAAGC 1929