Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_03880
• Subject: NM_001253730.1
• Aligned Length: 2271
• Identities: 1878
• Gaps: 393

Alignment

Query    1  ATGACATCTGGTTCTGTCTTCTTCTACATCTTAATTTTTGGAAAATATTTTTCTCATGGGGGTGGACAGGATGT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CAAGTGCTCCCTTGGCTATTTCCCCTGTGGGAACATCACAAAGTGCTTGCCTCAGCTCCTGCACTGTAACGGTG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TGGACGACTGCGGGAATCAGGCCGATGAGGACAACTGTGGAGACAACAATGGATGGTCTCTGCAATTTGACAAA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TATTTTGCCAGTTACTACAAAATGACTTCCCAATATCCTTTTGAGGCAGAAACACCTGAATGTTTGGTCGGTTC  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  TGTGCCAGTGCAATGTCTTTGCCAAGGTCTGGAGCTTGACTGTGATGAAACCAATTTACGAGCTGTTCCATCGG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  TTTCTTCAAATGTGACTGCAATGTCACTTCAGTGGAACTTAATAAGAAAGCTTCCTCCTGATTGCTTCAAGAAT  444
                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  --------------------ATGTCACTTCAGTGGAACTTAATAAGAAAGCTTCCTCCTGATTGCTTCAAGAAT  54

Query  445  TATCATGATCTTCAGAAGCTGTACCTGCAAAACAATAAGATTACATCCATCTCCATCTATGCTTTCAGAGGACT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   55  TATCATGATCTTCAGAAGCTGTACCTGCAAAACAATAAGATTACATCCATCTCCATCTATGCTTTCAGAGGACT  128

Query  519  GAATAGCCTTACTAAACTGTATCTCAGTCATAACAGAATAACCTTCCTGAAGCCGGGTGTTTTTGAAGATCTTC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  129  GAATAGCCTTACTAAACTGTATCTCAGTCATAACAGAATAACCTTCCTGAAGCCGGGTGTTTTTGAAGATCTTC  202

Query  593  ACAGACTAGAATGGCTGATAATTGAAGATAATCACCTCAGTCGAATTTCCCCACCAACATTTTATGGACTAAAT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  203  ACAGACTAGAATGGCTGATAATTGAAGATAATCACCTCAGTCGAATTTCCCCACCAACATTTTATGGACTAAAT  276

Query  667  TCTCTTATTCTCTTAGTCCTGATGAATAACGTCCTCACCCGTTTACCTGATAAACCTCTCTGTCAACACATGCC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  277  TCTCTTATTCTCTTAGTCCTGATGAATAACGTCCTCACCCGTTTACCTGATAAACCTCTCTGTCAACACATGCC  350

Query  741  AAGACTACATTGGCTGGACCTTGAAGGCAACCATATCCATAATTTAAGAAATTTGACTTTTATTTCCTGCAGTA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  351  AAGACTACATTGGCTGGACCTTGAAGGCAACCATATCCATAATTTAAGAAATTTGACTTTTATTTCCTGCAGTA  424

Query  815  ATTTAACTGTTTTAGTGATGAGGAAAAACAAAATTAATCACTTAAATGAAAATACTTTTGCACCTCTCCAGAAA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  425  ATTTAACTGTTTTAGTGATGAGGAAAAACAAAATTAATCACTTAAATGAAAATACTTTTGCACCTCTCCAGAAA  498

Query  889  CTGGATGAATTGGATTTAGGAAGTAATAAGATTGAAAATCTTCCACCGCTTATATTCAAGGACCTGAAGGAGCT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  499  CTGGATGAATTGGATTTAGGAAGTAATAAGATTGAAAATCTTCCACCGCTTATATTCAAGGACCTGAAGGAGCT  572

Query  963  GTCACAATTGAATCTTTCCTATAATCCAATCCAGAAAATTCAAGCAAACCAATTTGATTATCTTGTCAAACTCA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  573  GTCACAATTGAATCTTTCCTATAATCCAATCCAGAAAATTCAAGCAAACCAATTTGATTATCTTGTCAAACTCA  646

Query 1037  AGTCTCTCAGCCTAGAAGGGATTGAAATTTCAAATATCCAACAAAGGATGTTTAGACCTCTTATGAATCTCTCT  1110
            |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  647  AGTCTCT---CCTAGAAGGGATTGAAATTTCAAATATCCAACAAAGGATGTTTAGACCTCTTATGAATCTCTCT  717

Query 1111  CACATATATTTTAAGAAATTCCAGTACTGTGGGTATGCACCACATGTTCGCAGCTGTAAACCAAACACTGATGG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  718  CACATATATTTTAAGAAATTCCAGTACTGTGGGTATGCACCACATGTTCGCAGCTGTAAACCAAACACTGATGG  791

Query 1185  AATTTCATCTCTAGAGAATCTCTTGGCAAGCATTATTCAGAGAGTATTTGTCTGGGTTGTATCTGCAGTTACCT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  792  AATTTCATCTCTAGAGAATCTCTTGGCAAGCATTATTCAGAGAGTATTTGTCTGGGTTGTATCTGCAGTTACCT  865

Query 1259  GCTTTGGAAACATTTTTGTCATTTGCATGCGACCTTATATCAGGTCTGAGAACAAGCTGTATGCCATGTCAATC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  866  GCTTTGGAAACATTTTTGTCATTTGCATGCGACCTTATATCAGGTCTGAGAACAAGCTGTATGCCATGTCAATC  939

Query 1333  ATTTCTCTCTGCTGTGCCGACTGCTTAATGGGAATATATTTATTCGTGATCGGAGGCTTTGACCTAAAGTTTCG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  940  ATTTCTCTCTGCTGTGCCGACTGCTTAATGGGAATATATTTATTCGTGATCGGAGGCTTTGACCTAAAGTTTCG  1013

Query 1407  TGGAGAATACAATAAGCATGCGCAGCTGTGGATGGAGAGTACTCATTGTCAGCTTGTAGGATCTTTGGCCATTC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1014  TGGAGAATACAATAAGCATGCGCAGCTGTGGATGGAGAGTACTCATTGTCAGCTTGTAGGATCTTTGGCCATTC  1087

Query 1481  TGTCCACAGAAGTATCAGTTTTACTGTTAACATTTCTGACATTGGAAAAATACATCTGCATTGTCTATCCTTTT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088  TGTCCACAGAAGTATCAGTTTTACTGTTAACATTTCTGACATTGGAAAAATACATCTGCATTGTCTATCCTTTT  1161

Query 1555  AGATGTGTGAGACCTGGAAAATGCAGAACAATTACAGTTCTGATTCTCATTTGGATTACTGGTTTTATAGTGGC  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162  AGATGTGTGAGACCTGGAAAATGCAGAACAATTACAGTTCTGATTCTCATTTGGATTACTGGTTTTATAGTGGC  1235

Query 1629  TTTCATTCCATTGAGCAATAAGGAATTTTTCAAAAACTACTATGGCACCAATGGAGTATGCTTCCCTCTTCATT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1236  TTTCATTCCATTGAGCAATAAGGAATTTTTCAAAAACTACTATGGCACCAATGGAGTATGCTTCCCTCTTCATT  1309

Query 1703  CAGAAGATACAGAAAGTATTGGAGCCCAGATTTATTCAGTGGCAATTTTTCTTGGTATTAATTTGGCCGCATTT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1310  CAGAAGATACAGAAAGTATTGGAGCCCAGATTTATTCAGTGGCAATTTTTCTTGGTATTAATTTGGCCGCATTT  1383

Query 1777  ATCATCATAGTTTTTTCCTATGGAAGCATGTTTTATAGTGTTCATCAAAGTGCCATAACAGCAACTGAAATACG  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1384  ATCATCATAGTTTTTTCCTATGGAAGCATGTTTTATAGTGTTCATCAAAGTGCCATAACAGCAACTGAAATACG  1457

Query 1851  GAATCAAGTTAAAAAAGAGATGATCCTTGCCAAACGTTTTTTCTTTATAGTATTTACTGATGCATTATGCTGGA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1458  GAATCAAGTTAAAAAAGAGATGATCCTTGCCAAACGTTTTTTCTTTATAGTATTTACTGATGCATTATGCTGGA  1531

Query 1925  TACCCATTTTTGTAGTGAAATTTCTTTCACTGCTTCAGGTAGAAATACCAGGTACCATAACCTCTTGGGTAGTG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1532  TACCCATTTTTGTAGTGAAATTTCTTTCACTGCTTCAGGTAGAAATACCAGGTACCATAACCTCTTGGGTAGTG  1605

Query 1999  ATTTTTATTCTGCCCATTAACAGTGCTTTGAACCCAATTCTCTATACTCTGACCACAAGACCATTTAAAGAAAT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1606  ATTTTTATTCTGCCCATTAACAGTGCTTTGAACCCAATTCTCTATACTCTGACCACAAGACCATTTAAAGAAAT  1679

Query 2073  GATTCATCGGTTTTGGTATAACTACAGACAAAGAAAATCTATGGACAGCAAAGGTCAGAAAACATATGCTCCAT  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680  GATTCATCGGTTTTGGTATAACTACAGACAAAGAAAATCTATGGACAGCAAAGGTCAGAAAACATATGCTCCAT  1753

Query 2147  CATTCATCTGGGTGGAAATGTGGCCACTGCAGGAGATGCCACCTGAGTTAATGAAGCCGGACCTTTTCACATAC  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1754  CATTCATCTGGGTGGAAATGTGGCCACTGCAGGAGATGCCACCTGAGTTAATGAAGCCGGACCTTTTCACATAC  1827

Query 2221  CCCTGTGAAATGTCACTGATTTCTCAATCAACGAGACTCAATTCCTATTCA  2271
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1828  CCCTGTGAAATGTCACTGATTTCTCAATCAACGAGACTCAATTCCTATTCA  1878