Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_03880
• Subject: NM_001253732.2
• Aligned Length: 2282
• Identities: 1854
• Gaps: 418

Alignment

Query    1  ATGACATCTGGTTCTGTCTTCTTCTACATCTTAATTTTTGGAAAATATTTTTCTCATGGGGGTGGACAGGATGT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CAAGTGCTCCCTTGGCTATTTCCCCTGTGGGAACATCACAAAGTGCTTGCCTCAGCTCCTGCACTGTAACGGTG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TGGACGACTGCGGGAATCAGGCCGATGAGGACAACTGTGGAGACAACAATGGATGGTCTCTGCAATTTGACAAA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TATTTTGCCAGTTACTACAAAATGACTTCCCAATATCCTTTTGAGGCAGAAACACCTGAATGTTTGGTCGGTTC  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  TGTGCCAGTGCAATGTCTTTGCCAAGGTCTGGAGCTTGACTGTGATGAAACCAATTTACGAGCTGTTCCATCGG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  TTTCTTCAAAT-GTGA-CTGCAATGTCACTTCAGTGGAACTTAATAAGAAAGCTTCCTCCTGA-----TTGCTT  437
                     || |||| |||||       .||||        ||.|.|||.||..|||  |||     ||.|| 
Sbjct    1  ---------ATGGTGACCTGCA-------CTCAG--------AACATGAAGGCAGCCT--TGAAATCCTTACT-  47

Query  438  CAAGAATTATCATGATCTTCAG-AAGCT---GTACCTGCAAAACAATAAGATTACATCCATCTCCATCTATGCT  507
                  |||||||    |.|.| ||.||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   48  ------TTATCAT----TCCCGCAATCTGGGGTACCTGCAAAACAATAAGATTACATCCATCTCCATCTATGCT  111

Query  508  TTCAGAGGACTGAATAGCCTTACTAAACTGTATCTCAGTCATAACAGAATAACCTTCCTGAAGCCGGGTGTTTT  581
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  112  TTCAGAGGACTGAATAGCCTTACTAAACTGTATCTCAGTCATAACAGAATAACCTTCCTGAAGCCGGGTGTTTT  185

Query  582  TGAAGATCTTCACAGACTAGAATGGCTGATAATTGAAGATAATCACCTCAGTCGAATTTCCCCACCAACATTTT  655
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  186  TGAAGATCTTCACAGACTAGAATGGCTGATAATTGAAGATAATCACCTCAGTCGAATTTCCCCACCAACATTTT  259

Query  656  ATGGACTAAATTCTCTTATTCTCTTAGTCCTGATGAATAACGTCCTCACCCGTTTACCTGATAAACCTCTCTGT  729
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  260  ATGGACTAAATTCTCTTATTCTCTTAGTCCTGATGAATAACGTCCTCACCCGTTTACCTGATAAACCTCTCTGT  333

Query  730  CAACACATGCCAAGACTACATTGGCTGGACCTTGAAGGCAACCATATCCATAATTTAAGAAATTTGACTTTTAT  803
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  334  CAACACATGCCAAGACTACATTGGCTGGACCTTGAAGGCAACCATATCCATAATTTAAGAAATTTGACTTTTAT  407

Query  804  TTCCTGCAGTAATTTAACTGTTTTAGTGATGAGGAAAAACAAAATTAATCACTTAAATGAAAATACTTTTGCAC  877
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  408  TTCCTGCAGTAATTTAACTGTTTTAGTGATGAGGAAAAACAAAATTAATCACTTAAATGAAAATACTTTTGCAC  481

Query  878  CTCTCCAGAAACTGGATGAATTGGATTTAGGAAGTAATAAGATTGAAAATCTTCCACCGCTTATATTCAAGGAC  951
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  482  CTCTCCAGAAACTGGATGAATTGGATTTAGGAAGTAATAAGATTGAAAATCTTCCACCGCTTATATTCAAGGAC  555

Query  952  CTGAAGGAGCTGTCACAATTGAATCTTTCCTATAATCCAATCCAGAAAATTCAAGCAAACCAATTTGATTATCT  1025
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  556  CTGAAGGAGCTGTCACAATTGAATCTTTCCTATAATCCAATCCAGAAAATTCAAGCAAACCAATTTGATTATCT  629

Query 1026  TGTCAAACTCAAGTCTCTCAGCCTAGAAGGGATTGAAATTTCAAATATCCAACAAAGGATGTTTAGACCTCTTA  1099
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  630  TGTCAAACTCAAGTCTCTCAGCCTAGAAGGGATTGAAATTTCAAATATCCAACAAAGGATGTTTAGACCTCTTA  703

Query 1100  TGAATCTCTCTCACATATATTTTAAGAAATTCCAGTACTGTGGGTATGCACCACATGTTCGCAGCTGTAAACCA  1173
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  704  TGAATCTCTCTCACATATATTTTAAGAAATTCCAGTACTGTGGGTATGCACCACATGTTCGCAGCTGTAAACCA  777

Query 1174  AACACTGATGGAATTTCATCTCTAGAGAATCTCTTGGCAAGCATTATTCAGAGAGTATTTGTCTGGGTTGTATC  1247
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  778  AACACTGATGGAATTTCATCTCTAGAGAATCTCTTGGCAAGCATTATTCAGAGAGTATTTGTCTGGGTTGTATC  851

Query 1248  TGCAGTTACCTGCTTTGGAAACATTTTTGTCATTTGCATGCGACCTTATATCAGGTCTGAGAACAAGCTGTATG  1321
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  852  TGCAGTTACCTGCTTTGGAAACATTTTTGTCATTTGCATGCGACCTTATATCAGGTCTGAGAACAAGCTGTATG  925

Query 1322  CCATGTCAATCATTTCTCTCTGCTGTGCCGACTGCTTAATGGGAATATATTTATTCGTGATCGGAGGCTTTGAC  1395
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  926  CCATGTCAATCATTTCTCTCTGCTGTGCCGACTGCTTAATGGGAATATATTTATTCGTGATCGGAGGCTTTGAC  999

Query 1396  CTAAAGTTTCGTGGAGAATACAATAAGCATGCGCAGCTGTGGATGGAGAGTACTCATTGTCAGCTTGTAGGATC  1469
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1000  CTAAAGTTTCGTGGAGAATACAATAAGCATGCGCAGCTGTGGATGGAGAGTACTCATTGTCAGCTTGTAGGATC  1073

Query 1470  TTTGGCCATTCTGTCCACAGAAGTATCAGTTTTACTGTTAACATTTCTGACATTGGAAAAATACATCTGCATTG  1543
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074  TTTGGCCATTCTGTCCACAGAAGTATCAGTTTTACTGTTAACATTTCTGACATTGGAAAAATACATCTGCATTG  1147

Query 1544  TCTATCCTTTTAGATGTGTGAGACCTGGAAAATGCAGAACAATTACAGTTCTGATTCTCATTTGGATTACTGGT  1617
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148  TCTATCCTTTTAGATGTGTGAGACCTGGAAAATGCAGAACAATTACAGTTCTGATTCTCATTTGGATTACTGGT  1221

Query 1618  TTTATAGTGGCTTTCATTCCATTGAGCAATAAGGAATTTTTCAAAAACTACTATGGCACCAATGGAGTATGCTT  1691
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222  TTTATAGTGGCTTTCATTCCATTGAGCAATAAGGAATTTTTCAAAAACTACTATGGCACCAATGGAGTATGCTT  1295

Query 1692  CCCTCTTCATTCAGAAGATACAGAAAGTATTGGAGCCCAGATTTATTCAGTGGCAATTTTTCTTGGTATTAATT  1765
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296  CCCTCTTCATTCAGAAGATACAGAAAGTATTGGAGCCCAGATTTATTCAGTGGCAATTTTTCTTGGTATTAATT  1369

Query 1766  TGGCCGCATTTATCATCATAGTTTTTTCCTATGGAAGCATGTTTTATAGTGTTCATCAAAGTGCCATAACAGCA  1839
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370  TGGCCGCATTTATCATCATAGTTTTTTCCTATGGAAGCATGTTTTATAGTGTTCATCAAAGTGCCATAACAGCA  1443

Query 1840  ACTGAAATACGGAATCAAGTTAAAAAAGAGATGATCCTTGCCAAACGTTTTTTCTTTATAGTATTTACTGATGC  1913
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444  ACTGAAATACGGAATCAAGTTAAAAAAGAGATGATCCTTGCCAAACGTTTTTTCTTTATAGTATTTACTGATGC  1517

Query 1914  ATTATGCTGGATACCCATTTTTGTAGTGAAATTTCTTTCACTGCTTCAGGTAGAAATACCAGGTACCATAACCT  1987
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1518  ATTATGCTGGATACCCATTTTTGTAGTGAAATTTCTTTCACTGCTTCAGGTAGAAATACCAGGTACCATAACCT  1591

Query 1988  CTTGGGTAGTGATTTTTATTCTGCCCATTAACAGTGCTTTGAACCCAATTCTCTATACTCTGACCACAAGACCA  2061
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1592  CTTGGGTAGTGATTTTTATTCTGCCCATTAACAGTGCTTTGAACCCAATTCTCTATACTCTGACCACAAGACCA  1665

Query 2062  TTTAAAGAAATGATTCATCGGTTTTGGTATAACTACAGACAAAGAAAATCTATGGACAGCAAAGGTCAGAAAAC  2135
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1666  TTTAAAGAAATGATTCATCGGTTTTGGTATAACTACAGACAAAGAAAATCTATGGACAGCAAAGGTCAGAAAAC  1739

Query 2136  ATATGCTCCATCATTCATCTGGGTGGAAATGTGGCCACTGCAGGAGATGCCACCTGAGTTAATGAAGCCGGACC  2209
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740  ATATGCTCCATCATTCATCTGGGTGGAAATGTGGCCACTGCAGGAGATGCCACCTGAGTTAATGAAGCCGGACC  1813

Query 2210  TTTTCACATACCCCTGTGAAATGTCACTGATTTCTCAATCAACGAGACTCAATTCCTATTCA  2271
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1814  TTTTCACATACCCCTGTGAAATGTCACTGATTTCTCAATCAACGAGACTCAATTCCTATTCA  1875