Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_03948
• Subject: XR_245152.2
• Aligned Length: 2362
• Identities: 1713
• Gaps: 626

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GAAGTAGAAGGCGGTGGCTGAGGCGGTTCCGGAGGTTCTAGTGTCGGAGTTGGGTGCAGGCAGGTGCCATGGGC  74

Query    1  -------------------------------------ATGGCCGGCGCTCGGGCCGCCGCCGCCGCTGCCTCGG  37
                                                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCGCTTGAGGCACACTGAGGGGACGCGGGGCTGGGCCATGGCCGGCGCTCGGGCCGCCGCCGCCGCTGCCTCGG  148

Query   38  CGGGGTCCTCGGCCTCTTCAGGCAACCAGCCGCCTCAGGAGCTGGGGCTTGGGGAGCTGCTGGAGGAGTTCTCC  111
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CGGGGTCCTCGGCCTCTTCAGGCAACCAGCCGCCTCAGGAGCTGGGGCTTGGGGAGCTGCTGGAGGAGTTCTCC  222

Query  112  CGGACTCAGTACCGGGCCAAGGATGGCAGCGGGACCGGCGGCTCTAAGGTTGAGCGCATTGAGAAGAGATGTCT  185
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CGGACTCAGTACCGGGCCAAGGATGGCAGCGGGACCGGCGGCTCTAAGGTTGAGCGCATTGAGAAGAGATGTCT  296

Query  186  GGAGCTGTTTGGCCGAGACTACTGTTTCAGCGTGATTCCAAACACGAATGGGGATATCTGTGGCCACTATCCCC  259
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GGAGCTGTTTGGCCGAGACTACTGTTTCAGCGTGATTCCAAACACGAATGGGGATATCTGTGGCCACTATCCCC  370

Query  260  GGCACATCGTGTTCCTGGAGTATGAGAGTTCTGAGAAGGAGAAAGACACGTTTGAGAGTACCGTACAGGTGAGC  333
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GGCACATCGTGTTCCTGGAGTATGAGAGTTCTGAGAAGGAGAAAGACACGTTTGAGAGTACCGTACAGGTGAGC  444

Query  334  AAGTTGCAAGACCTCATCCACCGCAGCAAGATGGCCCGGTGCAGAGGACGGTTTGTCTGCCCAGTAATCCTGTT  407
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAGTTGCAAGACCTCATCCACCGCAGCAAGATGGCCCGGTGCAGAGGACGGTTTGTCTGCCCAGTAATCCTGTT  518

Query  408  CAAGGGCAAGCACATTTGCAGGTCGGCCACACTGGCTGGATGGGGAGAGCTGTATGGACGCTCAGGCTACAACT  481
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CAAGGGCAAGCACATTTGCAGGTCGGCCACACTGGCTGGATGGGGAGAGCTGTATGGACGCTCAGGCTACAACT  592

Query  482  ATTTTTTCTCAGGGGGTGCAGATGATGCCTGGGCAGATGTGGAGGACGTCACGGAGGAGGACTGTGCTCTTCGA  555
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATTTTTTCTCAGGGGGTGCAGATGATGCCTGGGCAGATGTGGAGGACGTCACGGAGGAGGACTGTGCTCTTCGA  666

Query  556  AGTGGTGACACGCATCTTTTTGATAAGGTCAGAGGCTATGACATCAAGCTGCTTCGATACCTGTCAGTCAAATA  629
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGTGGTGACACGCATCTTTTTGATAAGGTCAGAGGCTATGACATCAAGCTGCTTCGATACCTGTCAGTCAAATA  740

Query  630  CATCTGTGACCTGATGGTGGAGAACAAGAAGGTGAAGTTTGGCATGAATGTAACCTCCTCTGAGAAGGTGGACA  703
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CATCTGTGACCTGATGGTGGAGAACAAGAAGGTGAAGTTTGGCATGAATGTAACCTCCTCTGAGAAGGTGGACA  814

Query  704  AAGCCCAGCGCTATGCCGACTTCACTCTCCTCTCCATCCCGTATCCAGGCTGTGAATTTTTCAAGGAATATAAA  777
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAGCCCAGCGCTATGCCGACTTCACTCTCCTCTCCATCCCGTATCCAGGCTGTGAATTTTTCAAGGAATATAAA  888

Query  778  GATCGGGATTACATGGCAGAAGGGCTCATATTTAACTGGAAGCAGGACTACGTTGATGCCCCATTGAGCATCCC  851
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GATCGGGATTACATGGCAGAAGGGCTCATATTTAACTGGAAGCAGGACTACGTTGATGCCCCATTGAGCATCCC  962

Query  852  CGACTTCCTGACTCACTCTCTGAACATTGACTGGAGCCAGTATCAGTGTTGGGATCTGGTGCAACAAACACAAA  925
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CGACTTCCTGACTCACTCTCTGAACATTGACTGGAGCCAGTATCAGTGTTGGGATCTGGTGCAACAAACACAAA  1036

Query  926  ACTACCTGAAGCTGCTGCTTTCCTTAGTTAACAGTGATGATGACAGCGGGCTGCTGGTACACTGTATCTCAGGC  999
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ACTACCTGAAGCTGCTGCTTTCCTTAGTTAACAGTGATGATGACAGCGGGCTGCTGGTACACTGTATCTCAGGC  1110

Query 1000  TGGGATCGGACCCCCCTCTTCATCTCCCTCCTGCGCCTTTCCTTGTGGGCTGATGGGCTCATCCACACGTCCCT  1073
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TGGGATCGGACCCCCCTCTTCATCTCCCTCCTGCGCCTTTCCTTGTGGGCTGATGGGCTCATCCACACGTCCCT  1184

Query 1074  GAAGCCCACTGAGATCCTCTACCTCACTGTGGCCTATGACTGGTTCCTCTTCGGGCACATGTTGGTAGATCGGC  1147
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GAAGCCCACTGAGATCCTCTACCTCACTGTGGCCTATGACTGGTTCCTCTTCGGGCACATGTTGGTAGATCGGC  1258

Query 1148  TCAGCAAAGGGGAGGAGATTTTCTTCTTCTGCTTCAATTTTTTGAAGCATATTACCTCCGAGGAGTTCTCTGCT  1221
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TCAGCAAAGGGGAGGAGATTTTCTTCTTCTGCTTCAATTTTTTGAAGCATATTACCTCCGAGGAGTTCTCTGCT  1332

Query 1222  CTGAAGACCCAGAGGAGGAAGAGTTTGCCAGCCCGGGATGGAGGCTTCACCCTGGAAGACATCTGCATGCTGAG  1295
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTGAAGACCCAGAGGAGGAAGAGTTTGCCAGCCCGGGATGGAGGCTTCACCCTGGAAGACATCTGCATGCTGAG  1406

Query 1296  ACGAAAGGACCGTGGCAGCACCACCAGCCTTGGCAGCGACTTCTCCCTGGTCATGGAGAGTTCCCCAGGAGCCA  1369
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  ACGAAAGGACCGTGGCAGCACCACCAGCCTTGGCAGCGACTTCTCCCTGGTCATGGAGAGTTCCCCAGGAGCCA  1480

Query 1370  CTGGGAGCTTCACCTATGAGGCCGTGGAGCTGGTCCCAGCAGGAGCGCCAACTCAGGCAGCTTG----GAGGAA  1439
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |.|||.
Sbjct 1481  CTGGGAGCTTCACCTATGAGGCCGTGGAGCTGGTCCCAGCAGGAGCGCCAACTCAGGCAGCTTGATCAGTGGAC  1554

Query 1440  GAGCCACT-----CATC----CTCTCCACAGAGTGTCCTCTGGAACCGGCCA-----CAACCCTCAGAGGACCG  1499
            .|.||.||     .|||    |||||||||||     ||.|||.|.|.|.||     .|||       ||   |
Sbjct 1555  CATCCCCTGCCCGGATCCTCTCTCTCCACAGA-----CTATGGCAGCTGGCAGATGGTAAC-------GG---G  1613

Query 1500  CT-TGCC----TTCCCAGCAG-GGGCTGGCGGAAGCCAGGTCTTC---CAG-CTCCTCTTCCTCAAACCATTCT  1563
            || ||.|    ||  |||.|| ||||||.|           ||.|   ||| |||||||  |||   ||.|||.
Sbjct 1614  CTGTGGCAGTATT--CAGGAGCGGGCTGTC-----------CTGCACACAGACTCCTCT--CTC---CCTTTCA  1669

Query 1564  GATAACTTTTTCAGGATGGGTAGCAGTCCCCTGGAGGTCCCCAAACCCAG------GCTTGCAGCCCTGAGTGA  1631
            |      .||.|.||||                |||.||||.||   |||      ||||||||||||||||||
Sbjct 1670  G------CTTCCCGGAT----------------GAGCTCCCTAA---CAGTTGTCTGCTTGCAGCCCTGAGTGA  1718

Query 1632  TCGAGAGACTCGGCTGCAGGAGGTGCGCTCAGCCTTCTTGGCTGCGTACAGCAGCACAGTGGGGCTTCGGGCAG  1705
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1719  TCGAGAGACTCGGCTGCAGGAGGTGCGCTCAGCCTTCTTGGCTGCGTACAGCAGCACAGTGGGGCTTCGGGCAG  1792

Query 1706  TAGCCCCCAGTCCTTCCGGTGCCATCGGGGGCCTGCTGGAGCAATTTGCCCGTGGTGTTGGACTCCGGAGCATC  1779
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793  TAGCCCCCAGTCCTTCCGGTGCCATCGGGGGCCTGCTGGAGCAATTTGCCCGTGGTGTTGGACTCCGGAGCATC  1866

Query 1780  AGCAGCAATGCCTTG-----------------------------------------------------------  1794
            |||||||||||||||                                                           
Sbjct 1867  AGCAGCAATGCCTTGTGAAGAAGCCAGCCCATGACATTTTCCTGCTCCTCTCTCAGCTGAGCCCTTAGCAGAGA  1940

Query 1795  --------------------------------------------------------------------------  1794
                                                                                      
Sbjct 1941  ATCAAAGCCATGCCTGGCCGAAGGGGTACTTCCAGGTCAGGGGAAATTTCAGTCCCCCATCTCCATCATGAACA  2014

Query 1795  --------------------------------------------------------------------------  1794
                                                                                      
Sbjct 2015  TGGCAGCCCCAAAGCTGAGCAAGGCCAAAGACAGGGTTTTCCAACCCCCAGCCTCTTGACTGGTGACCACCACC  2088

Query 1795  --------------------------------------------------------------------------  1794
                                                                                      
Sbjct 2089  CCTTCTTGTCACTGTCTCCCACCCACCCCATCTTTGCTGGGATTCCCATCAACTCTCAGAACTGTGTGGGGTTT  2162

Query 1795  --------------------------------------------------------------------------  1794
                                                                                      
Sbjct 2163  CCCTGGGGCCTTGTGGAAGCCATGACTTCACAAAGACCCTACCTGTCAGTTCTTGTTTCTGGGGAGGAGGGATC  2236

Query 1795  --------------------------------------------------------------------  1794
                                                                                
Sbjct 2237  ACCTGCACTGAGAATGAGGCAGTTTGACACAGATCACAAAATAAAATCAAAGTCTTTTTGAATAGCCA  2304