Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_04249
• Subject: NM_001258368.2
• Aligned Length: 3369
• Identities: 2540
• Gaps: 822

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGAACGGCACCAGCCGCGGCTGCACCACCCGGCCCAAGGCTCAGCCGCTGGGACTCCCTACCCTTCCTCAGC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CTCTCTCCGCGGCTGCCGGGAAAGCAAGATGCCGCGCAGGAAGGGCCCCCAACACCCTCCGCCGCCCAGTGGCC  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CCGAGGAGCCTGGGGAGAAGCGCCCCAAGTTTGAAGATATGAATTTAAATGAAGATAAAAAGGCACCATTGCGG  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GAAAAGGACTTCAGTATCAAAAAAGAAATGGTGATGCAGTACATTAATACTGCTTCTAAGACAGGAAGTCTTAA  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  GAGAAGCCGACAGATCTCACCTCAGGAATTCATTCATGAGCTGAAAATGGGGTCTGCAGATGAGAGACTTGTCA  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  CATGCCTGGAGTCTCTCCGAGTGTCTTTGACCAGCAATCCTGTGAGTTGGGTGGAAAGCTTTGGACATGAAGGG  444

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  445  CTTGGATTATTATTAGACATTTTGGAAAAACTGATTAGTGGAAAAATCCAAGAAAAAGTTGTAAAGAAAAATCA  518

Query    1  -------------------------------------------------------------ATGAGTGAGGAGA  13
                                                                         |||||||||||||
Sbjct  519  ACATAAAGTCATACAGTGTCTAAAAGCCCTGATGAATACGCAGTATGGCTTGGAAAGAATTATGAGTGAGGAGA  592

Query   14  GGAGCCTTTCCTTATTGGCCAAAGCCGTGGATCCCAGACACCCCAATATGATGACAGATGTGGTTAAACTTCTC  87
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GGAGCCTTTCCTTATTGGCCAAAGCCGTGGATCCCAGACACCCCAATATGATGACAGATGTGGTTAAACTTCTC  666

Query   88  TCTGCGGTATGCATTGTAGGGGAAGAAAGCATCCTTGAAGAAGTTTTAGAAGCTTTAACTTCAGCTGGTGAAGA  161
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TCTGCGGTATGCATTGTAGGGGAAGAAAGCATCCTTGAAGAAGTTTTAGAAGCTTTAACTTCAGCTGGTGAAGA  740

Query  162  AAAAAAAATTGACAGATTTTTTTGTATTGTGGAAGGCCTCCGGCACAATTCAGTTCAACTGCAAGTAGCTTGTA  235
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AAAAAAAATTGACAGATTTTTTTGTATTGTGGAAGGCCTCCGGCACAATTCAGTTCAACTGCAAGTAGCTTGTA  814

Query  236  TGCAGCTCATCAATGCCCTGGTTACATCTCCTGATGATTTGGATTTCAGGCTTCACATCAGAAATGAATTTATG  309
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TGCAGCTCATCAATGCCCTGGTTACATCTCCTGATGATTTGGATTTCAGGCTTCACATCAGAAATGAATTTATG  888

Query  310  CGTTGTGGATTGAAAGAGATATTGCCAAATTTAAAATGCATTAAGAATGATGGCCTGGATATCCAACTTAAAGT  383
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CGTTGTGGATTGAAAGAGATATTGCCAAATTTAAAATGCATTAAGAATGATGGCCTGGATATCCAACTTAAAGT  962

Query  384  CTTTGATGAGCATAAAGAAGAAGATTTGTTTGAGTTATCCCATCGCCTTGAAGATATTAGAGCTGAACTTGATG  457
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CTTTGATGAGCATAAAGAAGAAGATTTGTTTGAGTTATCCCATCGCCTTGAAGATATTAGAGCTGAACTTGATG  1036

Query  458  AAGCATATGATGTTTACAACATGGTGTGGAGCACAGTTAAAGAAACTAGAGCAGAGGGATATTTTATTTCTATT  531
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AAGCATATGATGTTTACAACATGGTGTGGAGCACAGTTAAAGAAACTAGAGCAGAGGGATATTTTATTTCTATT  1110

Query  532  CTTCAGCATCTTTTGCTGATTCGAAATGATTATTTTATAAGGCAACAATACTTCAAATTAATTGATGAGTGTGT  605
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CTTCAGCATCTTTTGCTGATTCGAAATGATTATTTTATAAGGCAACAATACTTCAAATTAATTGATGAGTGTGT  1184

Query  606  ATCCCAGATTGTATTGCATAGAGATGGAATGGATCCAGACTTCACATATCGAAAAAGACTAGATTTAGATTTAA  679
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ATCCCAGATTGTATTGCATAGAGATGGAATGGATCCAGACTTCACATATCGAAAAAGACTAGATTTAGATTTAA  1258

Query  680  CCCAGTTTGTAGACATTTGCATAGATCAAGCAAAACTAGAAGAGTTTGAAGAGAAAGCATCAGAACTTTACAAG  753
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCCAGTTTGTAGACATTTGCATAGATCAAGCAAAACTAGAAGAGTTTGAAGAGAAAGCATCAGAACTTTACAAG  1332

Query  754  AAATTTGAAAAAGAGTTTACCGACCACCAAGAAACTCAGGCTGAATTGCAGAAAAAAGAGGCAAAGATTAATGA  827
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AAATTTGAAAAAGAGTTTACCGACCACCAAGAAACTCAGGCTGAATTGCAGAAAAAAGAGGCAAAGATTAATGA  1406

Query  828  GCTTCAAGCAGAGCTACAAGCTTTTAAGTCTCAGTTTGGTGCCTTGCCAGCTGATTGTAATATTCCTTTGCCTC  901
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCTTCAAGCAGAGCTACAAGCTTTTAAGTCTCAGTTTGGTGCCTTGCCAGCTGATTGTAATATTCCTTTGCCTC  1480

Query  902  CCTCTAAAGAAGGTGGAACTGGCCACTCAGCACTTCCTCCTCCGCCTCCACTGCCTTCTGGTGGAGGGGTGCCG  975
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CCTCTAAAGAAGGTGGAACTGGCCACTCAGCACTTCCTCCTCCGCCTCCACTGCCTTCTGGTGGAGGGGTGCCG  1554

Query  976  CCTCCACCTCCTCCCCCACCACCTCCTCCACTTCCAGGAATGCGGATGCCATTCAGTGGTCCTGTGCCTCCACC  1049
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CCTCCACCTCCTCCCCCACCACCTCCTCCACTTCCAGGAATGCGGATGCCATTCAGTGGTCCTGTGCCTCCACC  1628

Query 1050  ACCTCCCCTGGGATTCCTTGGAGGACAAAATTCTCCTCCTCTACCAATCCTGCCATTTGGGTTGAAACCAAAGA  1123
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ACCTCCCCTGGGATTCCTTGGAGGACAAAATTCTCCTCCTCTACCAATCCTGCCATTTGGGTTGAAACCAAAGA  1702

Query 1124  AAGAATTTAAACCTGAAATCAGCATGAGAAGATTGAATTGGTTAAAGATCAGACCTCATGAAATGACTGAAAAC  1197
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AAGAATTTAAACCTGAAATCAGCATGAGAAGATTGAATTGGTTAAAGATCAGACCTCATGAAATGACTGAAAAC  1776

Query 1198  TGTTTCTGGATAAAAGTAAATGAAAATAAGTATGAAAACGTGGATTTGCTTTGTAAACTTGAGAATACATTTTG  1271
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TGTTTCTGGATAAAAGTAAATGAAAATAAGTATGAAAACGTGGATTTGCTTTGTAAACTTGAGAATACATTTTG  1850

Query 1272  TTGCCAACAAAAAGAGAGAAGAGAAGAGGAAGATATTGAAGAGAAGAAATCGATTAAGAAAAAAATTAAAGAAC  1345
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TTGCCAACAAAAAGAGAGAAGAGAAGAGGAAGATATTGAAGAGAAGAAATCGATTAAGAAAAAAATTAAAGAAC  1924

Query 1346  TTAAGTTTTTAGATTCTAAAATTGCCCAGAACCTTTCAATCTTCCTGAGCTCTTTTCGGGTGCCATATGAGGAA  1419
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TTAAGTTTTTAGATTCTAAAATTGCCCAGAACCTTTCAATCTTCCTGAGCTCTTTTCGGGTGCCATATGAGGAA  1998

Query 1420  ATCAGAATGATGATATTGGAAGTAGATGAAACACGGTTGGCAGAGTCTATGATTCAGAACTTAATAAAGCATCT  1493
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  ATCAGAATGATGATATTGGAAGTAGATGAAACACGGTTGGCAGAGTCTATGATTCAGAACTTAATAAAGCATCT  2072

Query 1494  TCCTGATCAAGAGCAATTAAATTCATTGTCTCAGTTCAAGAGTGAATATAGCAACTTATGTGAACCTGAGCAGT  1567
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TCCTGATCAAGAGCAATTAAATTCATTGTCTCAGTTCAAGAGTGAATATAGCAACTTATGTGAACCTGAGCAGT  2146

Query 1568  TTGTGGTTGTGATGAGCAATGTGAAGAGACTACGGCCACGGCTCAGTGCTATTCTCTTTAAGCTTCAGTTTGAA  1641
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TTGTGGTTGTGATGAGCAATGTGAAGAGACTACGGCCACGGCTCAGTGCTATTCTCTTTAAGCTTCAGTTTGAA  2220

Query 1642  GAGCAGGTGAACAACATCAAACCTGACATCATGGCTGTCAGTACTGCCTGCGAAGAGATAAAGAAGAGCAAAAG  1715
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GAGCAGGTGAACAACATCAAACCTGACATCATGGCTGTCAGTACTGCCTGCGAAGAGATAAAGAAGAGCAAAAG  2294

Query 1716  CTTTAGCAAGTTGCTGGAACTTGTATTGCTAATGGGAAACTACATGAATGCTGGCTCCCGGAATGCTCAAACCT  1789
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CTTTAGCAAGTTGCTGGAACTTGTATTGCTAATGGGAAACTACATGAATGCTGGCTCCCGGAATGCTCAAACCT  2368

Query 1790  TCGGATTTAACCTTAGCTCTCTCTGTAAACTAAAGGACACAAAATCAGCAGATCAGAAAACAACGCTACTTCAT  1863
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TCGGATTTAACCTTAGCTCTCTCTGTAAACTAAAGGACACAAAATCAGCAGATCAGAAAACAACGCTACTTCAT  2442

Query 1864  TTCCTGGTAGAAATATGTGAAGAGAAGTACCCTGATATACTGAATTTTGTGGATGATTTGGAACCTTTAGACAA  1937
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  TTCCTGGTAGAAATATGTGAAGAGAAGTACCCTGATATACTGAATTTTGTGGATGATTTGGAACCTTTAGACAA  2516

Query 1938  AGCTAGTAAAGTCTCTGTAGAAACGCTGGAAAAGAATTTGAGGCAGATGGGAAGGCAGCTTCAACAGCTTGAGA  2011
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  AGCTAGTAAAGTCTCTGTAGAAACGCTGGAAAAGAATTTGAGGCAGATGGGAAGGCAGCTTCAACAGCTTGAGA  2590

Query 2012  AGGAATTGGAAACCTTTCCCCCTCCTGAGGACTTGCATGACAAGTTTGTGACAAAGATGTCCAGATTTGTTATC  2085
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  AGGAATTGGAAACCTTTCCCCCTCCTGAGGACTTGCATGACAAGTTTGTGACAAAGATGTCCAGATTTGTTATC  2664

Query 2086  AGTGCAAAAGAACAATATGAGACACTTTCGAAGTTACACGAAAACATGGAAAAGTTATACCAGAGTATAATAGG  2159
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  AGTGCAAAAGAACAATATGAGACACTTTCGAAGTTACACGAAAACATGGAAAAGTTATACCAGAGTATAATAGG  2738

Query 2160  ATACTATGCCATTGATGTGAAGAAGGTGTCTGTGGAAGACTTTCTTACTGACCTGAATAACTTCAGAACCACAT  2233
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  ATACTATGCCATTGATGTGAAGAAGGTGTCTGTGGAAGACTTTCTTACTGACCTGAATAACTTCAGAACCACAT  2812

Query 2234  TCATGCAAGCAATAAAGGAGAATATCAAAAAAAGAGAAGCAGAGGAAAAAGAAAAACGTGTCAGAATAGCTAAA  2307
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  TCATGCAAGCAATAAAGGAGAATATCAAAAAAAGAGAAGCAGAGGAAAAAGAAAAACGTGTCAGAATAGCTAAA  2886

Query 2308  GAATTAGCAGAGCGAGAAAGACTCGAACGCCAACAAAAGAAAAAGCGTTTATTAGAAATGAAGACTGAGGGTGA  2381
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  GAATTAGCAGAGCGAGAAAGACTCGAACGCCAACAAAAGAAAAAGCGTTTATTAGAAATGAAGACTGAGGGTGA  2960

Query 2382  TGAGACAGGAGTGATGGATAATCTGCTGGAGGCCTTGCAGTCCGGGGCTGCCTTCCGCGACAGAAGAAAAAGGA  2455
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  TGAGACAGGAGTGATGGATAATCTGCTGGAGGCCTTGCAGTCCGGGGCTGCCTTCCGCGACAGAAGAAAAAGGA  3034

Query 2456  CACCGATGCCAAAAGATGTTCGGCAGAGTCTCAGTCCAATGTCTCAGAGGCCTGTTCTGAAAGTTTGTAACCAT  2529
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  CACCGATGCCAAAAGATGTTCGGCAGAGTCTCAGTCCAATGTCTCAGAGGCCTGTTCTGAAAGTTTGTAACCAT  3108

Query 2530  GGTAAT---AAACCGTATTTA-----------------------------------------------------  2547
            |..|||   |||..|.|.||.                                                     
Sbjct 3109  GAAAATCAGAAAGTGCAGTTGACAGAAGGGTCACGTTCACACTACAATATCAATTGCAACTCAACAAGGACTCC  3182

Query 2548  --------------------------------------------------------------------------  2547
                                                                                      
Sbjct 3183  AGTCGCCAAGGAGCTTAATTATAATCTAGACACTCATACGTCTACTGGGAGGATCAAGGCAGCTGAGAAGAAGG  3256

Query 2548  --------------------------------------------------------------------------  2547
                                                                                      
Sbjct 3257  AAGCGTGTAATGTAGAAAGCAACAGAAAAAAGGAAACGGAACTTCTTGGCTCTTTTTCTAAAAATGAATCAGTT  3330

Query 2548  ---------------------------------------  2547
                                                   
Sbjct 3331  CCCGAAGTTGAAGCCCTGCTGGCAAGATTACGAGCTTTA  3369