Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_04697
• Subject: NM_001177789.1
• Aligned Length: 1697
• Identities: 1419
• Gaps: 55

Alignment

Query    1  ATGGCCGCGTCGGAGGACGGGAGCGGC-TGCCTCGTGTCGCGGGGCCGCTCGCAGAGTGACCCCAGCGTCCTCA  73
            |||  ||.|.|..|||..|||   ||| .|||      |||.||.||||          .||.|.|||  ||||
Sbjct    1  ATG--CGTGGCCAAGGCAGGG---GGCACGCC------CGCTGGCCCGC----------GCCTCTGCG--CTCA  51

Query   74  CCGACTCC-------TCGGC-------CACCTCCTCCGCGGACGCCGGGGAGAACCCAGATGAGATGGACCAAA  133
            |.| ||.|       |.|||       ||||.||.|  ||||.||..||    |.|.|||||||||||||||||
Sbjct   52  CTG-CTGCGTGCCTTTGGGCCCCAAGACACCACCAC--CGGAGGCTTGG----AGCAAGATGAGATGGACCAAA  118

Query  134  CGCCCCCGGCGCGTCCTGAATATCTGGTCTCAGGGATTCGAACTCCCCCTGTGAGGAGGAACAGCAAACTGGCC  207
            |.|||||.||.||..|.||...|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  119  CTCCCCCAGCACGCTCAGAGCCTCTGGTCTCAGGGATTCGAACTCCCCCTGTGAGGAGGAACAGCAAGCTGGCC  192

Query  208  ACCCTGGGCAGGATCTTCAAACCCTGGAAATGGAGGAAAAAGAAAAACGAAAAACTGAAGCAGACAACGTCAGC  281
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||
Sbjct  193  ACCCTGGGCAGGATCTTCAAACCTTGGAAATGGAGGAAAAAGAAAAACGAGAAACTGAAGCAGACGACGTCAGC  266

Query  282  GCTGGAGAAGAAGATGGCCGGCAGGCAAGGCCGAGAGGAGCTCATCAAGAAGGGGCTGCTGGAGATGATGGAGC  355
            ||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||.||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  267  GCTGGAGAAGAAGATGGCTGGCAGGCAAGGCCGGGAGGAACTCATCAAGCAGGGACTGCTGGAGATGATGGAGC  340

Query  356  AGGATGCTGAAAGCAAAACTTGCAACCCCGATGGAGGACCCCGATCTGTACAGAGTGAACCACCCACTCCCAAG  429
            |.|||.||||||..||..|.||||..|||.|.|.|||..|||.|.||||.||||||||.||.|||.||..|.||
Sbjct  341  AAGATTCTGAAAATAAGGCATGCAGTCCCAAGGAAGGCTCCCAACCTGTGCAGAGTGAGCCGCCCGCTGGCGAG  414

Query  430  TCGGAGACGCTGACTTCAGAAGATGCCCAGCCCGGAAGCCCCTTGGCCACTGGGACGGACCAGGTCTCCCTGGA  503
            ..||||||||||||.||.||.|..|||||||||||||||||||.|||||.|||.||.||.|||||.||||.|||
Sbjct  415  CAGGAGACGCTGACCTCGGAGGGCGCCCAGCCCGGAAGCCCCTCGGCCAGTGGAACAGATCAGGTGTCCCAGGA  488

Query  504  CAAGCCACTGTCCTCAGCTGCCCACTTGGACGATGCAGCCAAGATGCCTTCTGCATCCAGTGGTGAAGAAGCAG  577
            ..|||..||||||||.|.|||.||..||||.|||.|||||||.||.||.||||||||||.||..||||||||||
Sbjct  489  TGAGCTTCTGTCCTCCGATGCTCATCTGGATGATACAGCCAATATACCGTCTGCATCCACTGCGGAAGAAGCAG  562

Query  578  ACGCTGGCAGCCTCCTGCCCACCACCAATGAGCTCTCCCAAGCCTTAGCTGGGGCTGACTCCCTGGACAGTCCT  651
            |||||||||||||||||||||||||..||||||.|||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  563  ACGCTGGCAGCCTCCTGCCCACCACTGATGAGCCCTCTCAAGCCTTAGCTGGGTCTGACTCCCTGGACAGTCCT  636

Query  652  CCCAGACCTCTGGAGAGATCCGTGGGCCAGCTCCCCAGCCCCCCACTGCTGCCCACTCCGCCACCCAAGGCAAG  725
            ||||||.|.|||||||||||.|||.||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct  637  CCCAGATCCCTGGAGAGATCTGTGAGCCAGCTCCCCAGCCCTCCACTGCTGCCCACCCCGCCACCCAAGGCCAG  710

Query  726  CTCCAAAACCACAAAAAATGTCACAGGCCAAGCCACACTCTTCCAAGCCTCCAGCATGAAGA-----GTGCCGA  794
            |||.|||.|||||||||||||||||||.|||||..|.||||||||||.|.||||||||||||     |.|||| 
Sbjct  711  CTCTAAAGCCACAAAAAATGTCACAGGACAAGCTGCGCTCTTCCAAGGCCCCAGCATGAAGAACAATGAGCCG-  783

Query  795  CCCTTCCCTCCGGGGCCAGCTCTCCACACCCACGGGGTCTCCGCATCTCACCACGGTCCACCGGCCTCTTCCCC  868
                .|.|||.|.||.|||||..||||.|||||.|||||.||.|||.|||||||.|||||||||||.||.||||
Sbjct  784  ----GCTCTCAGAGGACAGCTTGCCACCCCCACAGGGTCCCCTCATGTCACCACTGTCCACCGGCCACTGCCCC  853

Query  869  CAAGCCGCGTCATTGAGGAGCTGCACAGGGCGCTGGCCACGAAGCACCGCCAGGACAGTTTTCAAGGAAGAGAA  942
            |.||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||..|.|||
Sbjct  854  CCAGCCGCGTGATGGAGGAGCTGCATAGGGCACTGGCTACAAAGCACCGTCAGGACAGTTTTCAAGGGCGGGAA  927

Query  943  AGTAAAGGGTCTCCAAAGAAGCGGCTGGATGTCCGTCTGTCGAGAACGTCCAGCGTGGAGCGGGGCAAGGAGAG  1016
            .|.|.|||||||||||||||||||.|||||||.||||||||.||.|||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  928  TGCAGAGGGTCTCCAAAGAAGCGGATGGATGTGCGTCTGTCTAGGACGTCCAGCATGGAGCGGGGCAAGGAGAG  1001

Query 1017  GGAGGAGGCTTGGAGCTTTGACGGGGCATTGGAGAACAAGCGAACTGCCGCTAAGGAATCTGAGGAGAACAAGG  1090
            |||.|||||.|||||||||||||||||.|..|||||||||.|.||.||..|.||.||.||.|||||||||||||
Sbjct 1002  GGACGAGGCGTGGAGCTTTGACGGGGCCTCAGAGAACAAGTGGACGGCTACCAAAGACTCCGAGGAGAACAAGG  1075

Query 1091  AGAACCTGATCATAAATTCTGAACTCAAAGACGACTTGCTTTTGTATCAGGACGAGGAGGCGCTGAACGACTCC  1164
            ||||.|||||..|.|..||.||.|||||.||.|||.||||..||||||||||||||||||||||.||.||||||
Sbjct 1076  AGAATCTGATGCTGAGCTCCGAGCTCAAGGATGACATGCTCCTGTATCAGGACGAGGAGGCGCTCAATGACTCC  1149

Query 1165  ATTATTTCTGGAACACTGCCACGGAAATGCAAGAAGGAGCTCCTGGCCGTGAAGCTAAGGAACCGGCCAAGCAA  1238
            ||.||.||.|||||..||||..|||||||||||||||||.|.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1150  ATCATCTCGGGAACTTTGCCGAGGAAATGCAAGAAGGAGTTGCTGGCAGTGAAGCTGAGGAACCGGCCGAGCAA  1223

Query 1239  ACAGGAACTAGAAGACCGGAACATTTTCCCCAGAAGGACTGATGAAGAAAGACAGGAGATCCGGCAGCAGATCG  1312
            .|||||.|||||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||.|
Sbjct 1224  GCAGGAGCTAGAGGACCGGAACATCTTCCCCAGGAGGACCGATGAGGAGAGACAGGAGATCCGACAGCAGATAG  1297

Query 1313  AGATGAAGCTTTCCAAACGGCTGAGCCAAAGACCTGCCGTGGAAGAGCTGGAGAGAAGAAATATCTTGAAACAA  1386
            ||||||||||.||||||.||||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1298  AGATGAAGCTGTCCAAAAGGCTGAGCCAGAGACCCGCCGTGGAGGAACTGGAGAGAAGAAATATCCTGAAACAA  1371

Query 1387  AGGAATGATCAGACAGAGCAGGAAGAAAGAAGAGAAATCAAGCAAAGATTGACAAGAAAGCTTAATCAGAGACC  1460
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1372  AGGAATGATCAGACAGAGCAGGAAGAAAGGAGAGAAATCAAGCAAAGATTAACAAGAAAGCTTAACCAGAGACC  1445

Query 1461  CACTGTTGATGAATTAAGAGACAGAAAAATTCTGATACGATTCAGTGATTACGTGGAAGTAGCAAAAGCGCAGG  1534
            |||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||.|||.||||
Sbjct 1446  CACTGTTGATGAATTGAGAGACAGAAAAATTCTGATCCGTTTCAGTGATTATGTGGAAGTAGCAAGAGCACAGG  1519

Query 1535  ACTATGACAGGAGGGCAGACAAACCCTGGACGAGACTGTCAGCAGCAGATAAGGCAGCAATTCGTAAAGAATTA  1608
            ||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520  ACTATGACAGGAGGGCAGACAAGCCCTGGACAAGACTGTCAGCAGCAGATAAGGCAGCAATTCGTAAAGAATTA  1593

Query 1609  AATGAGTACAAAAGTAATGAAATGGAGGTACATGCATCAAGCAAGCACTTGACAAGATTCCACAGGCCA  1677
            |||||.||.||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1594  AATGAATATAAAAGTAACGAAATGGAGGTACACGCATCCAGCAAGCACTTGACAAGATTCCACAGGCCA  1662