Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_04697
• Subject: NM_001177791.1
• Aligned Length: 1724
• Identities: 1416
• Gaps: 94

Alignment

Query    1  ATG------GCC--------GC---GTC------------GGAGGACGGGAGCGGCTGCCTC-GTGTCGCGGGG  44
            |||      |||        ||   |||            |||.||.|..||...||||..| ||| |||    
Sbjct    1  ATGCAAACAGCCAACCAGATGCTAAGTCTGAACTTCAGAAGGATGAAGTCAGGCACTGCAGCAGTG-CGC----  69

Query   45  CCGCTCGCAGAGTGACCCCAGCGTCCTCACCGACTCCTCGGCCACCTCCTCCGCGGACGCCG-GGGAGAACCCA  117
            .|||.|||      ||.|||                 ||||      ||||||.|||    | |||    ||||
Sbjct   70  ACGCGCGC------ACGCCA-----------------TCGG------CCTCCGGGGA----GTGGG----CCCA  106

Query  118  -----------GATGAGATGGACCAAACGCCCCCGGCGCGTCCTGAATATCTGGTCTCAGGGATTCGAACTCCC  180
                       |||||||||||||||||.|||||.||.||..|.||...|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  107  GCCGCTGTGGTGATGAGATGGACCAAACTCCCCCAGCACGCTCAGAGCCTCTGGTCTCAGGGATTCGAACTCCC  180

Query  181  CCTGTGAGGAGGAACAGCAAACTGGCCACCCTGGGCAGGATCTTCAAACCCTGGAAATGGAGGAAAAAGAAAAA  254
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  181  CCTGTGAGGAGGAACAGCAAGCTGGCCACCCTGGGCAGGATCTTCAAACCTTGGAAATGGAGGAAAAAGAAAAA  254

Query  255  CGAAAAACTGAAGCAGACAACGTCAGCGCTGGAGAAGAAGATGGCCGGCAGGCAAGGCCGAGAGGAGCTCATCA  328
            |||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||
Sbjct  255  CGAGAAACTGAAGCAGACGACGTCAGCGCTGGAGAAGAAGATGGCTGGCAGGCAAGGCCGGGAGGAACTCATCA  328

Query  329  AGAAGGGGCTGCTGGAGATGATGGAGCAGGATGCTGAAAGCAAAACTTGCAACCCCGATGGAGGACCCCGATCT  402
            ||.||||.||||||||||||||||||||.|||.||||||..||..|.||||..|||.|.|.|||..|||.|.||
Sbjct  329  AGCAGGGACTGCTGGAGATGATGGAGCAAGATTCTGAAAATAAGGCATGCAGTCCCAAGGAAGGCTCCCAACCT  402

Query  403  GTACAGAGTGAACCACCCACTCCCAAGTCGGAGACGCTGACTTCAGAAGATGCCCAGCCCGGAAGCCCCTTGGC  476
            ||.||||||||.||.|||.||..|.||..||||||||||||.||.||.|..|||||||||||||||||||.|||
Sbjct  403  GTGCAGAGTGAGCCGCCCGCTGGCGAGCAGGAGACGCTGACCTCGGAGGGCGCCCAGCCCGGAAGCCCCTCGGC  476

Query  477  CACTGGGACGGACCAGGTCTCCCTGGACAAGCCACTGTCCTCAGCTGCCCACTTGGACGATGCAGCCAAGATGC  550
            ||.|||.||.||.|||||.||||.|||..|||..||||||||.|.|||.||..||||.|||.|||||||.||.|
Sbjct  477  CAGTGGAACAGATCAGGTGTCCCAGGATGAGCTTCTGTCCTCCGATGCTCATCTGGATGATACAGCCAATATAC  550

Query  551  CTTCTGCATCCAGTGGTGAAGAAGCAGACGCTGGCAGCCTCCTGCCCACCACCAATGAGCTCTCCCAAGCCTTA  624
            |.||||||||||.||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||..||||||.|||.|||||||||
Sbjct  551  CGTCTGCATCCACTGCGGAAGAAGCAGACGCTGGCAGCCTCCTGCCCACCACTGATGAGCCCTCTCAAGCCTTA  624

Query  625  GCTGGGGCTGACTCCCTGGACAGTCCTCCCAGACCTCTGGAGAGATCCGTGGGCCAGCTCCCCAGCCCCCCACT  698
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||.|||.||||||||||||||||.|||||
Sbjct  625  GCTGGGTCTGACTCCCTGGACAGTCCTCCCAGATCCCTGGAGAGATCTGTGAGCCAGCTCCCCAGCCCTCCACT  698

Query  699  GCTGCCCACTCCGCCACCCAAGGCAAGCTCCAAAACCACAAAAAATGTCACAGGCCAAGCCACACTCTTCCAAG  772
            |||||||||.||||||||||||||.|||||.|||.|||||||||||||||||||.|||||..|.||||||||||
Sbjct  699  GCTGCCCACCCCGCCACCCAAGGCCAGCTCTAAAGCCACAAAAAATGTCACAGGACAAGCTGCGCTCTTCCAAG  772

Query  773  CCTCCAGCATGAAGA-----GTGCCGACCCTTCCCTCCGGGGCCAGCTCTCCACACCCACGGGGTCTCCGCATC  841
            .|.||||||||||||     |.||||     .|.|||.|.||.|||||..||||.|||||.|||||.||.|||.
Sbjct  773  GCCCCAGCATGAAGAACAATGAGCCG-----GCTCTCAGAGGACAGCTTGCCACCCCCACAGGGTCCCCTCATG  841

Query  842  TCACCACGGTCCACCGGCCTCTTCCCCCAAGCCGCGTCATTGAGGAGCTGCACAGGGCGCTGGCCACGAAGCAC  915
            |||||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||.||.||||||
Sbjct  842  TCACCACTGTCCACCGGCCACTGCCCCCCAGCCGCGTGATGGAGGAGCTGCATAGGGCACTGGCTACAAAGCAC  915

Query  916  CGCCAGGACAGTTTTCAAGGAAGAGAAAGTAAAGGGTCTCCAAAGAAGCGGCTGGATGTCCGTCTGTCGAGAAC  989
            ||.|||||||||||||||||..|.|||.|.|.|||||||||||||||||||.|||||||.||||||||.||.||
Sbjct  916  CGTCAGGACAGTTTTCAAGGGCGGGAATGCAGAGGGTCTCCAAAGAAGCGGATGGATGTGCGTCTGTCTAGGAC  989

Query  990  GTCCAGCGTGGAGCGGGGCAAGGAGAGGGAGGAGGCTTGGAGCTTTGACGGGGCATTGGAGAACAAGCGAACTG  1063
            |||||||.||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|..|||||||||.|.||.|
Sbjct  990  GTCCAGCATGGAGCGGGGCAAGGAGAGGGACGAGGCGTGGAGCTTTGACGGGGCCTCAGAGAACAAGTGGACGG  1063

Query 1064  CCGCTAAGGAATCTGAGGAGAACAAGGAGAACCTGATCATAAATTCTGAACTCAAAGACGACTTGCTTTTGTAT  1137
            |..|.||.||.||.|||||||||||||||||.|||||..|.|..||.||.|||||.||.|||.||||..|||||
Sbjct 1064  CTACCAAAGACTCCGAGGAGAACAAGGAGAATCTGATGCTGAGCTCCGAGCTCAAGGATGACATGCTCCTGTAT  1137

Query 1138  CAGGACGAGGAGGCGCTGAACGACTCCATTATTTCTGGAACACTGCCACGGAAATGCAAGAAGGAGCTCCTGGC  1211
            |||||||||||||||||.||.||||||||.||.||.|||||..||||..|||||||||||||||||.|.|||||
Sbjct 1138  CAGGACGAGGAGGCGCTCAATGACTCCATCATCTCGGGAACTTTGCCGAGGAAATGCAAGAAGGAGTTGCTGGC  1211

Query 1212  CGTGAAGCTAAGGAACCGGCCAAGCAAACAGGAACTAGAAGACCGGAACATTTTCCCCAGAAGGACTGATGAAG  1285
            .||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||.|
Sbjct 1212  AGTGAAGCTGAGGAACCGGCCGAGCAAGCAGGAGCTAGAGGACCGGAACATCTTCCCCAGGAGGACCGATGAGG  1285

Query 1286  AAAGACAGGAGATCCGGCAGCAGATCGAGATGAAGCTTTCCAAACGGCTGAGCCAAAGACCTGCCGTGGAAGAG  1359
            |.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||.||||||||||.|||||.||||||||.||.
Sbjct 1286  AGAGACAGGAGATCCGACAGCAGATAGAGATGAAGCTGTCCAAAAGGCTGAGCCAGAGACCCGCCGTGGAGGAA  1359

Query 1360  CTGGAGAGAAGAAATATCTTGAAACAAAGGAATGATCAGACAGAGCAGGAAGAAAGAAGAGAAATCAAGCAAAG  1433
            ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1360  CTGGAGAGAAGAAATATCCTGAAACAAAGGAATGATCAGACAGAGCAGGAAGAAAGGAGAGAAATCAAGCAAAG  1433

Query 1434  ATTGACAAGAAAGCTTAATCAGAGACCCACTGTTGATGAATTAAGAGACAGAAAAATTCTGATACGATTCAGTG  1507
            |||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct 1434  ATTAACAAGAAAGCTTAACCAGAGACCCACTGTTGATGAATTGAGAGACAGAAAAATTCTGATCCGTTTCAGTG  1507

Query 1508  ATTACGTGGAAGTAGCAAAAGCGCAGGACTATGACAGGAGGGCAGACAAACCCTGGACGAGACTGTCAGCAGCA  1581
            ||||.|||||||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1508  ATTATGTGGAAGTAGCAAGAGCACAGGACTATGACAGGAGGGCAGACAAGCCCTGGACAAGACTGTCAGCAGCA  1581

Query 1582  GATAAGGCAGCAATTCGTAAAGAATTAAATGAGTACAAAAGTAATGAAATGGAGGTACATGCATCAAGCAAGCA  1655
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 1582  GATAAGGCAGCAATTCGTAAAGAATTAAATGAATATAAAAGTAACGAAATGGAGGTACACGCATCCAGCAAGCA  1655

Query 1656  CTTGACAAGATTCCACAGGCCA  1677
            ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1656  CTTGACAAGATTCCACAGGCCA  1677