Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_05418
• Subject: XM_017001084.1
• Aligned Length: 1860
• Identities: 1436
• Gaps: 408

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGATGAAACAGCTGAGCAGAACAGTTCTTTAGCTGTCGGCCTAAATGACCAACTTCATGACCTCTCAAGGTC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TCGCTCCCCGGCTGCACGCAGCTCAGCTTCCAACATTCGGGAAAGGCGTGCCCGGATCGCGAGGGGCCGCTGGG  148

Query    1  --------------------ATGCACCGCGGCGGGCAGCCTTTGAAAAAGCGGC--GCGG-CTCGTTCAA---G  48
                                |.|   |||.|.||||.||         .|||||  |||| ||||...||   |
Sbjct  149  ACCGAGTCCCGGACGTCGCGACG---CGCAGGGGGCTGC---------TGCGGCCGGCGGTCTCGGGAAAAGTG  210

Query   49  ATGG--CGGAGCTCGACCA----------GTTGCCTGACGAGAGCTCTTCAGCAAAAGCCCTTGTCAGTTTAAA  110
            |.||  ||||| .||.|||          |||.|..||  |..|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  211  AGGGGACGGAG-GCGCCCAAGCAACGTGGGTTTCGGGA--ACTGCTCTTCAGCAAAAGCCCTTGTCAGTTTAAA  281

Query  111  AGAAGGAAGCTTATCTAACACGTGGAATGAAAAGTACAGTTCTTTACAGAAAACACCTGTTTGGAAAGGCAGGA  184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  282  AGAAGGAAGCTTATCTAACACGTGGAATGAAAAGTACAGTTCTTTACAGAAAACACCTGTTTGGAAAGGCAGGA  355

Query  185  ATACAAGCTCTGCTGTGGAAATGCCTTTCAGAAATTCAAAACGAAGTCGACTTTTTTCTGATGAAGATGATAGG  258
            ||||||||||||||||||||||                                                    
Sbjct  356  ATACAAGCTCTGCTGTGGAAAT----------------------------------------------------  377

Query  259  CAAATAAATACAAGGTCACCTAAAAGAAACCAGAGGGTTGCAATGGTTCCACAGAAATTTACAGCAACAATGTC  332
                                                                 |||||||||||||||||||||
Sbjct  378  -----------------------------------------------------GAAATTTACAGCAACAATGTC  398

Query  333  AACACCAGATAAGAAAGCTTCACAGAAGATTGGTTTTCGATTACGTAATCTGCTCAAGCTTCCTAAAGCACATA  406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  399  AACACCAGATAAGAAAGCTTCACAGAAGATTGGTTTTCGATTACGTAATCTGCTCAAGCTTCCTAAAGCACATA  472

Query  407  AATGGTGTATATACGAGTGGTTCTATTCAAATATAGATAAACCACTTTTTGAAGGTGATAATGACTTCTGTGTA  480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  473  AATGGTGTATATACGAGTGGTTCTATTCAAATATAGATAAACCACTTTTTGAAGGTGATAATGACTTCTGTGTA  546

Query  481  TGTCTAAAGGAATCTTTTCCTAATTTGAAAACAAGAAAGTTAACAAGAGTAGAATGGGGAAAAATTCGGCGGCT  554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  547  TGTCTAAAGGAATCTTTTCCTAATTTGAAAACAAGAAAGTTAACAAGAGTAGAATGGGGAAAAATTCGGCGGCT  620

Query  555  TATGGGAAAACCACGGAGATGTTCTTCTGCATTTTTTGAGGAAGAGAGATCAGCATTAAAACAGAAACGGCAGA  628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  621  TATGGGAAAACCACGGAGATGTTCTTCTGCATTTTTTGAGGAAGAGAGATCAGCATTAAAACAGAAACGGCAGA  694

Query  629  AAATAAGGCTCTTACAACAAAGGAAAGTTGCAGATGTTTCACAATTCAAAGATCTCCCAGATGAAATTCCTTTG  702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  695  AAATAAGGCTCTTACAACAAAGGAAAGTTGCAGATGTTTCACAATTCAAAGATCTCCCAGATGAAATTCCTTTG  768

Query  703  CCTCTGGTTATTGGAACGAAAGTTACAGCACGATTACGTGGTGTTCATGATGGTTTGTTCACTGGACAAATAGA  776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  769  CCTCTGGTTATTGGAACGAAAGTTACAGCACGATTACGTGGTGTTCATGATGGTTTGTTCACTGGACAAATAGA  842

Query  777  TGCTGTGGATACTCTTAATGCTACTTATAGAGTAACTTTTGATAGGACAGGGCTTGGAACCCATACCATCCCTG  850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  843  TGCTGTGGATACTCTTAATGCTACTTATAGAGTAACTTTTGATAGGACAGGGCTTGGAACCCATACCATCCCTG  916

Query  851  ACTATGAAGTTCTCAGTAATGAACCTCATGAGACAATGCCAATTGCTGCCTTTGGACAAAAACAGCGGCCTTCT  924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  917  ACTATGAAGTTCTCAGTAATGAACCTCATGAGACAATGCCAATTGCTGCCTTTGGACAAAAACAGCGGCCTTCT  990

Query  925  CGATTTTTTATGACCCCACCACGGTTACATTATACTCCTCCTCTCCAGTCACCAATTATAGATAATGATCCTTT  998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              
Sbjct  991  CGATTTTTTATGACCCCACCACGGTTACATTATACTCCTCCTCTCCAGTCACCAATTATA--------------  1050

Query  999  ATTAGGACAGTCGCCGTGGAGAAGTAAAATTTCTGGCTCTGACACTGAAACATTAGGTGGTTTTCCAGTAGAAT  1072
                                                                                      
Sbjct 1051  --------------------------------------------------------------------------  1050

Query 1073  TTCTTATCCAAGTGACCAGATTATCAAAAATTCTCATGATTAAAAAGGAACATATCAAGAAATTAAGGGAAATG  1146
                          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1051  --------------ACCAGATTATCAAAAATTCTCATGATTAAAAAGGAACATATCAAGAAATTAAGGGAAATG  1110

Query 1147  AACACAGAAGCAGAAAAATTGAAATCATATTCCATGCCCATCAGCATTGAATTTCAGCGGAGATATGCAACAAT  1220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AACACAGAAGCAGAAAAATTGAAATCATATTCCATGCCCATCAGCATTGAATTTCAGCGGAGATATGCAACAAT  1184

Query 1221  TGTTCTGGAGCTTGAACAGCTGAACAAGGACCTAAACAAAGTTTTGCATAAAGTTCAACAGTATTGCTATGAGC  1294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGTTCTGGAGCTTGAACAGCTGAACAAGGACCTAAACAAAGTTTTGCATAAAGTTCAACAGTATTGCTATGAGC  1258

Query 1295  TTGCTCCAGACCAGGGGCTCCAGCCTGCAGATCAGCCAACAGATATGAGACGCAGGTGTGAGGAAGAAGCACAG  1368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TTGCTCCAGACCAGGGGCTCCAGCCTGCAGATCAGCCAACAGATATGAGACGCAGGTGTGAGGAAGAAGCACAG  1332

Query 1369  GAAATTGTTCGGCATGCAAATTCCTCAACAGGACAGCCCTGCGTTGAAAATGAAAATCTGACAGACTTAATTTC  1442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GAAATTGTTCGGCATGCAAATTCCTCAACAGGACAGCCCTGCGTTGAAAATGAAAATCTGACAGACTTAATTTC  1406

Query 1443  CAGGCTTACAGCTATTTTGTTACAAATTAAGTGTCTAGCAGAAGGAGGAGACCTGAATTCCTTTGAATTCAAAT  1516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CAGGCTTACAGCTATTTTGTTACAAATTAAGTGTCTAGCAGAAGGAGGAGACCTGAATTCCTTTGAATTCAAAT  1480

Query 1517  CACTTACAGACTCATTAAATGATATCAAGAGTACAATAGACGCTTCTAATATCAGTTGCTTTCAGAATAATGTA  1590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CACTTACAGACTCATTAAATGATATCAAGAGTACAATAGACGCTTCTAATATCAGTTGCTTTCAGAATAATGTA  1554

Query 1591  GAAATCCATGTTGCACATATTCAGAGTGGCCTGAGCCAGATGGGAAACTTACATGCCTTTGCAGCAAATAACAC  1664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GAAATCCATGTTGCACATATTCAGAGTGGCCTGAGCCAGATGGGAAACTTACATGCCTTTGCAGCAAATAACAC  1628

Query 1665  CAACAGAGAC  1674
            ||||||||||
Sbjct 1629  CAACAGAGAC  1638