Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_05915
• Subject: NM_001278544.1
• Aligned Length: 1778
• Identities: 1569
• Gaps: 196

Alignment

Query    1  ATGAAGAATTCCAGGACATGGGCTTGGAGGGCGCCGGTGGAGCTATTTCTTCTCTGTGCTGCCCTGGGCTGTCT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CAGTTTGCCTGGCTCCAGAGGTGAAAGGCCACATTCCTTTGGGTCAAATGCAGTCAACAAGAGCTTTGCTAAGA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GCAGACAGATGCGGAGTGTGGATGTTACCCTGATGCCCATTGATTGTGAGCTGTCTAGTTGGTCCTCTTGGACC  222
                    |||...|.| ||.|||  ||.|||  |||  ||.|.|     ||.|||.|..|.|  ||||     
Sbjct    1  --------ATGGACACT-TGTATG--ACTCTG--GCC--TTCACT-----CTCTCTGGGCGTT--TCTT-----  47

Query  223  ACATGTGACCCCTG-----TCAGAAGAAAAGGTACAGGTATGCCTACTTGCTCCAGCCCTCTCAGTTCCATGGG  291
             ||||      |||     |||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   48  -CATG------CTGCTTTCTCA---------GTACAGGTATGCCTACTTGCTCCAGCCCTCTCAGTTCCATGGG  105

Query  292  GAACCGTGCAACTTCTCTGACAAGGAAGTCGAAGACTGTGTTACCAACAGACCATGCAGAAGTCAAGTGCGATG  365
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  106  GAACCGTGCAACTTCTCTGACAAGGAAGTCGAAGACTGTGTTACCAACAGACCATGCAGAAGTCAAGTGCGATG  179

Query  366  TGAAGGCTTTGTGTGTGCACAGACAGGAAGGTGTGTAAACCGCAGACTTCTTTGCAATGGGGACAATGACTGTG  439
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  180  TGAAGGCTTTGTGTGTGCACAGACAGGAAGGTGTGTAAACCGCAGACTTCTTTGCAATGGGGACAATGACTGTG  253

Query  440  GAGACCAGTCAGATGAAGCAAACTGTAGAAGGATTTATAAAAAATGTCAGCATGAAATGGACCAATACTGGGGA  513
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  254  GAGACCAGTCAGATGAAGCAAACTGTAGAAGGATTTATAAAAAATGTCAGCATGAAATGGACCAATACTGGGGA  327

Query  514  ATTGGCAGTCTGGCCAGTGGGATAAATTTGTTCACAAACAGTTTTGAGGGCCCAGTTCTTGATCACAGGTATTA  587
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  328  ATTGGCAGTCTGGCCAGTGGGATAAATTTGTTCACAAACAGTTTTGAGGGCCCAGTTCTTGATCACAGGTATTA  401

Query  588  TGCAGGTGGATGCTCCCCGCATTACATCCTGAACACGAGGTTTAGGAAGCCCTACAATGTGGAAAGCTACACGC  661
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  402  TGCAGGTGGATGCTCCCCGCATTACATCCTGAACACGAGGTTTAGGAAGCCCTACAATGTGGAAAGCTACACGC  475

Query  662  CACAGACCCAAGGCAAATACGAATTCATATTAAAAGAGTATGAATCATACTCAGATTTTGAACGCAATGTCACA  735
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  476  CACAGACCCAAGGCAAATACGAATTCATATTAAAAGAGTATGAATCATACTCAGATTTTGAACGCAATGTCACA  549

Query  736  GAGAAAATGGCAAGCAAGTCTGGTTTCAGTTTTGGTTTTAAAATACCTGGAATATTTGAACTTGGCATCAGTAG  809
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  550  GAGAAAATGGCAAGCAAGTCTGGTTTCAGTTTTGGTTTTAAAATACCTGGAATATTTGAACTTGGCATCAGTAG  623

Query  810  TCAAAGTGATCGAGGCAAACACTATATTAGGAGAACCAAACGATTCTCTCATACTAAAAGCGTATTTCTGCATG  883
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  624  TCAAAGTGATCGAGGCAAACACTATATTAGGAGAACCAAACGATTCTCTCATACTAAAAGCGTATTTCTGCATG  697

Query  884  CACGCTCTGACCTTGAAGTAGCACATTACAAGCTGAAACCCAGAAGCCTCATGCTCCATTACGAGTTCCTTCAG  957
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  698  CACGCTCTGACCTTGAAGTAGCACATTACAAGCTGAAACCCAGAAGCCTCATGCTCCATTACGAGTTCCTTCAG  771

Query  958  AGAGTTAAGCGGCTGCCCCTGGAGTACAGCTACGGGGAATACAGAGATCTCTTCCGTGATTTTGGGACCCACTA  1031
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  772  AGAGTTAAGCGGCTGCCCCTGGAGTACAGCTACGGGGAATACAGAGATCTCTTCCGTGATTTTGGGACCCACTA  845

Query 1032  CATCACAGAGGCTGTGCTTGGGGGCATTTATGAATACACCCTCGTTATGAACAAAGAGGCCATGGAGAGAGGAG  1105
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  846  CATCACAGAGGCTGTGCTTGGGGGCATTTATGAATACACCCTCGTTATGAACAAAGAGGCCATGGAGAGAGGAG  919

Query 1106  ATTATACTCTTAACAACGTCCATGCCTGTGCCAAAAATGATTTTAAAATTGGTGGTGCCATTGAAGAGGTCTAC  1179
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  920  ATTATACTCTTAACAACGTCCATGCCTGTGCCAAAAATGATTTTAAAATTGGTGGTGCCATTGAAGAGGTCTAC  993

Query 1180  GTCAGTCTGGGTGTGTCTGTAGGCAAATGCAGAGGTATTCTGAATGAAATAAAAGACAGAAACAAGAGGGACAC  1253
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  994  GTCAGTCTGGGTGTGTCTGTAGGCAAATGCAGAGGTATTCTGAATGAAATAAAAGACAGAAACAAGAGGGACAC  1067

Query 1254  CATGGTGGAGGACTTGGTGGTCCTGGTACGAGGAGGGGCAAGTGAGCACATCACCACCCTGGCATACCAGGAGC  1327
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068  CATGGTGGAGGACTTGGTGGTCCTGGTACGAGGAGGGGCAAGTGAGCACATCACCACCCTGGCATACCAGGAGC  1141

Query 1328  TGCCGACGGCGGACCTGATGCAGGAGTGGGGAGACGCTGTGCAGTACAACCCAGCCATCATCAAAGTTAAGGTG  1401
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142  TGCCGACGGCGGACCTGATGCAGGAGTGGGGAGACGCTGTGCAGTACAACCCAGCCATCATCAAAGTTAAGGTG  1215

Query 1402  GAGCCTCTGTATGAACTAGTGACAGCCACAGATTTTGCCTATTCCAGCACAGTGAGGCAGAACATGAAGCAGGC  1475
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1216  GAGCCTCTGTATGAACTAGTGACAGCCACAGATTTTGCCTATTCCAGCACAGTGAGGCAGAACATGAAGCAGGC  1289

Query 1476  ACTGGAGGAGTTCCAGAAGGAAGTTAGTTCCTGCCACTGTGCTCCCTGCCAAGGAAATGGAGTCCCTGTCCTGA  1549
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290  ACTGGAGGAGTTCCAGAAGGAAGTTAGTTCCTGCCACTGTGCTCCCTGCCAAGGAAATGGAGTCCCTGTCCTGA  1363

Query 1550  AAGGATCACGCTGTGACTGCATCTGTCCTGTTGGATCCCAAGGCCTAGCCTGTGAGGTCTCCTATCGGAAGAAT  1623
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1364  AAGGATCACGCTGTGACTGCATCTGTCCTGTTGGATCCCAAGGCCTAGCCTGTGAGGTCTCCTATCGGAAGAAT  1437

Query 1624  ACCCCCATTGATGGGAAGTGGAATTGCTGGTCAAATTGGTCTTCATGCTCTGGAAGACGTAAGACAAGACAAAG  1697
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438  ACCCCCATTGATGGGAAGTGGAATTGCTGGTCAAATTGGTCTTCATGCTCTGGAAGACGTAAGACAAGACAAAG  1511

Query 1698  GCAGTGTAACAATCCACCTCCTCAAAATGGGGGTAGCCCCTGTTCAGGCCCTGCTTCAGAAACACTTGACTGCT  1771
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1512  GCAGTGTAACAATCCACCTCCTCAAAATGGGGGTAGCCCCTGTTCAGGCCCTGCTTCAGAAACACTTGACTGCT  1585

Query 1772  CC  1773
            ||
Sbjct 1586  CC  1587