Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_06086
- Subject:
- NM_001135040.2
- Aligned Length:
- 3761
- Identities:
- 3404
- Gaps:
- 346
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGCACAGAGCAAGAGGCACGTGTACAGCCGGACGCCCAGCGGCAGCAGGATGAGTGCGGAGGCAAGCGCCCG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GCCTCTGCGGGTGGGCTCCCGTGTAGAGGTGATTGGAAAAGGCCACCGAGGCACTGTGGCCTATGTTGGAGCCA 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 CACTGTTTGCCACTGGCAAATGGGTAGGCGTGATTCTGGATGAAGCAAAGGGCAAAAATGATGGAACTGTTCAA 222
Query 1 ----------------------------------------------------------------------ATGA 4
|.||
Sbjct 223 GGCAGGAAGTACTTCACTTGTGATGAAGGGCATGGCATCTTTGTGCGCCAGTCCCAGATCCAGGTATTTGAAGA 296
Query 5 T-GAG----------------ACAGGCACC-GA-----CAGC-CCGAAAGACC--------------------A 34
| ||| |.||.|||| || |.|| .|.||||.|| |
Sbjct 297 TGGAGCAGATACTACTTCCCCAGAGACACCTGATTCTTCTGCTTCAAAAGTCCTCAAAAGAGAGGGAACTGATA 370
Query 35 CAACTCGGC---GAC--CCAA---GCCCACGCGCCCAGCCAGTACTGGGGTGGCTGGGGCCAGTAGCTCCCTGG 100
||||| || ||| .||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 CAACT--GCAAAGACTAGCAAACTGCCCACGCGCCCAGCCAGTACTGGGGTGGCTGGGGCCAGTAGCTCCCTGG 442
Query 101 GCCCCTCTGGCTCAGCGTCAGCAGGTGAGCTGAGCAGCAGTGAGCCCAGCACCCCGGCTCAGACTCCGCTGGCA 174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 443 GCCCCTCTGGCTCAGCGTCAGCAGGTGAGCTGAGCAGCAGTGAGCCCAGCACCCCGGCTCAGACTCCGCTGGCA 516
Query 175 GCACCCATCATCCCCACGCCGGTCCTCACCTCTCCTGGAGCAGTCCCCCCGCTTCCTTCCCCATCCAAGGAGGA 248
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 517 GCACCCATCATCCCCACGCCGGTCCTCACCTCTCCTGGAGCAGTCCCCCCGCTTCCTTCCCCATCCAAGGAGGA 590
Query 249 GGAGGGACTAAGGGCTCAGGTGCGGGACCTGGAGGAGAAACTAGAGACCCTGAGACTGAAACGGGCAGAAGACA 322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 GGAGGGACTAAGGGCTCAGGTGCGGGACCTGGAGGAGAAACTAGAGACCCTGAGACTGAAACGGGCAGAAGACA 664
Query 323 AAGCAAAGCTAAAAGAGCTGGAGAAACACAAAATCCAGCTGGAGCAGGTGCAGGAATGGAAGAGCAAAATGCAG 396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 665 AAGCAAAGCTAAAAGAGCTGGAGAAACACAAAATCCAGCTGGAGCAGGTGCAGGAATGGAAGAGCAAAATGCAG 738
Query 397 GAGCAGCAGGCCGACCTGCAGCGGCGCCTCAAGGAGGCGAGAAAGGAAGCCAAGGAGGCGCTGGAGGCAAAGGA 470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 739 GAGCAGCAGGCCGACCTGCAGCGGCGCCTCAAGGAGGCGAGAAAGGAAGCCAAGGAGGCGCTGGAGGCAAAGGA 812
Query 471 ACGCTATATGGAGGAGATGGCTGATACTGCTGATGCCATTGAGATGGCCACTTTGGACAAGGAGATGGCTGAAG 544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 813 ACGCTATATGGAGGAGATGGCTGATACTGCTGATGCCATTGAGATGGCCACTTTGGACAAGGAGATGGCTGAAG 886
Query 545 AGCGGGCTGAGTCCCTGCAGCAGGAGGTGGAGGCACTGAAGGAGCGGGTGGACGAGCTCACTACTGACTTAGAG 618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 AGCGGGCTGAGTCCCTGCAGCAGGAGGTGGAGGCACTGAAGGAGCGGGTGGACGAGCTCACTACTGACTTAGAG 960
Query 619 ATCCTCAAGGCTGAGATTGAAGAGAAGGGCTCAGATGGCGCTGCATCCAGTTATCAGCTCAAGCAGCTTGAGGA 692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ATCCTCAAGGCTGAGATTGAAGAGAAGGGCTCAGATGGCGCTGCATCCAGTTATCAGCTCAAGCAGCTTGAGGA 1034
Query 693 GCAGAATGCCCGCCTGAAGGATGCCCTGGTGAGGATGCGGGATCTTTCTTCCTCAGAGAAGCAGGAGCATGTGA 766
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 GCAGAATGCCCGCCTGAAGGATGCCCTGGTGAGGATGCGGGATCTTTCTTCCTCAGAGAAGCAGGAGCATGTGA 1108
Query 767 AGCTCCAGAAGCTCATGGAAAAGAAGAACCAAGAGCTGGAAGTTGTGAGGCAACAGCGGGAGCGTCTGCAGGAG 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1109 AGCTCCAGAAGCTCATGGAAAAGAAGAACCAAGAGCTGGAAGTTGTGAGGCAACAGCGGGAGCGTCTGCAGGAG 1182
Query 841 GAGCTAAGCCAGGCAGAGAGCACCATTGATGAGCTCAAGGAGCAGGTGGATGCTGCTCTGGGTGCTGAGGAGAT 914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183 GAGCTAAGCCAGGCAGAGAGCACCATTGATGAGCTCAAGGAGCAGGTGGATGCTGCTCTGGGTGCTGAGGAGAT 1256
Query 915 GGTGGAGATGCTGACAGATCGGAACCTGAATCTGGAAGAGAAAGTGCGCGAGTTGAGGGAGACTGTGGGAGACT 988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 GGTGGAGATGCTGACAGATCGGAACCTGAATCTGGAAGAGAAAGTGCGCGAGTTGAGGGAGACTGTGGGAGACT 1330
Query 989 TGGAAGCGATGAATGAGATGAACGATGAGCTGCAGGAGAATGCACGTGAGACAGAACTGGAGCTGCGGGAGCAG 1062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1331 TGGAAGCGATGAATGAGATGAACGATGAGCTGCAGGAGAATGCACGTGAGACAGAACTGGAGCTGCGGGAGCAG 1404
Query 1063 CTGGACATGGCAGGCGCGCGGGTTCGTGAGGCCCAGAAGCGTGTGGAGGCAGCCCAGGAGACGGTTGCAGACTA 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 CTGGACATGGCAGGCGCGCGGGTTCGTGAGGCCCAGAAGCGTGTGGAGGCAGCCCAGGAGACGGTTGCAGACTA 1478
Query 1137 CCAGCAGACCATCAAGAAGTACCGCCAGCTGACCGCCAATCTACAGGATGTGAATCGGGAACTGACAAACCAGC 1210
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1479 CCAGCAGACCATCAAGAAGTACCGCCAGCTGACCGCCCATCTACAGGATGTGAATCGGGAACTGACAAACCAGC 1552
Query 1211 AGGAAGCATCTGTGGAGAGGCAACAGCAGCCACCTCCAGAGACCTTTGACTTCAAAATCAAGTTTGCTGAGACT 1284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 AGGAAGCATCTGTGGAGAGGCAACAGCAGCCACCTCCAGAGACCTTTGACTTCAAAATCAAGTTTGCTGAGACT 1626
Query 1285 AAGGCCCATGCCAAGGCAATTGAGATGGAATTGAGGCAGATGGAGGTGGCCCAGGCCAATCGACACATGTCCCT 1358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627 AAGGCCCATGCCAAGGCAATTGAGATGGAATTGAGGCAGATGGAGGTGGCCCAGGCCAATCGACACATGTCCCT 1700
Query 1359 GCTGACAGCCTTCATGCCTGACAGCTTCCTTCGGCCAGGTGGGGACCATGACTGCGTTCTGGTGCTGTTGCTCA 1432
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701 GCTGACAGCCTTCATGCCTGACAGCTTCCTTCGGCCAGGTGGGGACCATGACTGCGTTCTGGTGCTGTTGCTCA 1774
Query 1433 TGCCTCGTCTCATTTGCAGGGCAGAGCTGATCCGGAAGCAGGCCCAGGAGAAGTTTGAACTAAGTGAGAACTGT 1506
||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1775 TGCCTCGTCTCATTTGCAAGGCAGAGCTGATCCGGAAGCAGGCCCAGGAGAAGTTTGAACTAAGTGAGAACTGT 1848
Query 1507 TCAGAGCGGCCTGGGCTGCGAGGAGCTGCTGGGGAGCAACTCAGCTTTGCTGCTGGACTGGTGTACTCGCTGAG 1580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849 TCAGAGCGGCCTGGGCTGCGAGGAGCTGCTGGGGAGCAACTCAGCTTTGCTGCTGGACTGGTGTACTCGCTGAG 1922
Query 1581 CCTGCTGCAGGCCACGCTACACCGCTATGAGCATGCCCTCTCTCAGTGCAGTGTGGATGTGTATAAGAAAGTGG 1654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923 CCTGCTGCAGGCCACGCTACACCGCTATGAGCATGCCCTCTCTCAGTGCAGTGTGGATGTGTATAAGAAAGTGG 1996
Query 1655 GCAGCCTGTACCCTGAGATGAGTGCCCATGAGCGCTCCTTGGATTTCCTCATTGAACTGCTGCACAAGGATCAG 1728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1997 GCAGCCTGTACCCTGAGATGAGTGCCCATGAGCGCTCCTTGGATTTCCTCATTGAACTGCTGCACAAGGATCAG 2070
Query 1729 CTGGATGAGACTGTCAATGTGGAGCCTCTCACCAAGGCCATCAAGTACTATCAGCATCTGTACAGCATCCACCT 1802
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2071 CTGGATGAGACTGTCAATGTGGAGCCTCTCACCAAGGCCATCAAGTACTATCAGCATCTGTACAGCATCCACCT 2144
Query 1803 TGCCGAACAGCCTGAGGACTGTACTATGCAGCTGGCTGACCACATTAAGTTCACGCAGAGTGCTCTGGACTGCA 1876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145 TGCCGAACAGCCTGAGGACTGTACTATGCAGCTGGCTGACCACATTAAGTTCACGCAGAGTGCTCTGGACTGCA 2218
Query 1877 TGAGTGTGGAGGTAGGACGGCTGCGTGCCTTCTTGCAGGGTGGGCAGGAGGCTACAGATATTGCCCTCCTGCTC 1950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 TGAGTGTGGAGGTAGGACGGCTGCGTGCCTTCTTGCAGGGTGGGCAGGAGGCTACAGATATTGCCCTCCTGCTC 2292
Query 1951 CGGGATCTGGAAACTTCATGCAGTGACATCCGCCAGTTCTGCAAGAAGATCCGAAGGCGAATGCCAGGGACAGA 2024
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2293 CGGGATCTGGAAACTTCATGCAGTGACATCCGCCAGTTCTGCAAGAAGATCCGAAGGCGAATGCCAGGGACAGA 2366
Query 2025 TGCTCCTGGGATCCCAGCTGCACTGGCCTTTGGACCACAGGTATCTGACACGCTCCTAGACTGCAGGAAACACT 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2367 TGCTCCTGGGATCCCAGCTGCACTGGCCTTTGGACCACAGGTATCTGACACGCTCCTAGACTGCAGGAAACACT 2440
Query 2099 TGACGTGGGTCGTGGCTGTGCTGCAGGAGGTGGCAGCTGCTGCTGCCCAGCTCATTGCCCCACTGGCAGAGAAT 2172
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2441 TGACGTGGGTCGTGGCTGTGCTGCAGGAGGTGGCAGCTGCTGCTGCCCAGCTCATTGCCCCACTGGCAGAGAAT 2514
Query 2173 GAGGGGCTACTTGTGGCTGCTCTGGAGGAACTGGCTTTCAAAGCAAGCGAGCAGATCTATGGGACCCCCTCCAG 2246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 GAGGGGCTACTTGTGGCTGCTCTGGAGGAACTGGCTTTCAAAGCAAGCGAGCAGATCTATGGGACCCCCTCCAG 2588
Query 2247 CAGCCCCTATGAGTGTCTGCGCCAGTCATGCAACATCCTCATCAGTACCATGAACAAGCTGGCCACAGCCATGC 2320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2589 CAGCCCCTATGAGTGTCTGCGCCAGTCATGCAACATCCTCATCAGTACCATGAACAAGCTGGCCACAGCCATGC 2662
Query 2321 AGGAGGGGGAGTATGATGCAGAGCGGCCCCCCAGCAAGCCTCCACCGGTTGAACTGCGGGCTGCTGCCCTTCGT 2394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2663 AGGAGGGGGAGTATGATGCAGAGCGGCCCCCCAGCAAGCCTCCACCGGTTGAACTGCGGGCTGCTGCCCTTCGT 2736
Query 2395 GCAGAGATCACAGATGCTGAAGGCCTGGGTTTGAAGCTCGAAGATCGAGAGACAGTTATTAAGGAGTTGAAGAA 2468
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2737 GCAGAGATCACAGATGCTGAAGGCCTGGGTTTGAAGCTCGAAGATCGAGAGACAGTTATTAAGGAGTTGAAGAA 2810
Query 2469 GTCACTCAAGATTAAGGGAGAGGAGCTAAGTGAGGCCAATGTGCGGCTGAGCCTCCTGGAGAAGAAGTTGGACA 2542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2811 GTCACTCAAGATTAAGGGAGAGGAGCTAAGTGAGGCCAATGTGCGGCTGAGCCTCCTGGAGAAGAAGTTGGACA 2884
Query 2543 GTGCTGCCAAGGATGCAGATGAGCGCATCGAGAAAGTCCAGACTCGGCTGGAGGAGACCCAGGCACTGCTGCGA 2616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2885 GTGCTGCCAAGGATGCAGATGAGCGCATCGAGAAAGTCCAGACTCGGCTGGAGGAGACCCAGGCACTGCTGCGA 2958
Query 2617 AAGAAGGAGAAAGAGTTTGAGGAGACAATGGATGCACTCCAGGCTGACATCGACCAGCTGGAGGCAGAGAAGGC 2690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2959 AAGAAGGAGAAAGAGTTTGAGGAGACAATGGATGCACTCCAGGCTGACATCGACCAGCTGGAGGCAGAGAAGGC 3032
Query 2691 AGAACTAAAGCAGCGTCTGAACAGCCAGTCCAAACGCACGATTGAGGGACTCCGGGGCCCTCCTCCTTCAGGCA 2764
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3033 AGAACTAAAGCAGCGTCTGAACAGCCAGTCCAAACGCACGATTGAGGGACTCCGGGGCCCTCCTCCTTCAGGCA 3106
Query 2765 TTGCTACTCTGGTCTCTGGCATTGCTGGTGGAGCCATCCCTGGGCAGGCTCCAGGGTCTGTGCCAGGCCCAGGG 2838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3107 TTGCTACTCTGGTCTCTGGCATTGCTGGTGGAGCCATCCCTGGGCAGGCTCCAGGGTCTGTGCCAGGCCCAGGG 3180
Query 2839 CTGGTGAAGGACTCACCACTGCTGCTTCAGCAGATCTCTGCCATGAGGCTGCACATCTCCCAGCTCCAGCATGA 2912
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3181 CTGGTGAAGGACTCACCACTGCTGCTTCAGCAGATCTCTGCCATGAGGCTGCACATCTCCCAGCTCCAGCATGA 3254
Query 2913 GAACAGCATCCTCAAGGGAGCCCAGATGAAGGCATCCTTGGCATCCCTGCCCCCTCTGCATGTTGCAAAGCTAT 2986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3255 GAACAGCATCCTCAAGGGAGCCCAGATGAAGGCATCCTTGGCATCCCTGCCCCCTCTGCATGTTGCAAAGCTAT 3328
Query 2987 CCCATGAGGGCCCTGGCAGTGAGTTACCAGCTGGAGCGCTGTATCGTAAGACCAGCCAGCTGCTGGAGACATTG 3060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3329 CCCATGAGGGCCCTGGCAGTGAGTTACCAGCTGGAGCGCTGTATCGTAAGACCAGCCAGCTGCTGGAGACATTG 3402
Query 3061 AATCAATTGAGCACACACACGCACGTAGTAGACATCACTCGCACCAGCCCTGCTGCCAAGAGCCCGTCGGCCCA 3134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3403 AATCAATTGAGCACACACACGCACGTAGTAGACATCACTCGCACCAGCCCTGCTGCCAAGAGCCCGTCGGCCCA 3476
Query 3135 ACTTATGGAGCAAGTGGCTCAGCTTAAGTCCCTGAGTGACACCGTCGAGAAGCTCAAGGATGAGGTCCTCAAGG 3208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3477 ACTTATGGAGCAAGTGGCTCAGCTTAAGTCCCTGAGTGACACCGTCGAGAAGCTCAAGGATGAGGTCCTCAAGG 3550
Query 3209 AGACAGTATCTCAGCGCCCTGGAGCCACAGTACCCACTGACTTTGCCACCTTCCCTTCATCAGCCTTCCTCAGG 3282
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3551 AGACAGTATCTCAGCGCCCTGGAGCCACAGTACCCACTGACTTTGCCACCTTCCCTTCATCAGCCTTCCTCAGG 3624
Query 3283 GCCAAGGAGGAGCAGCAGGATGACACAGTCTACATGGGCAAAGTGACCTTCTCATGTGCGGCTGGTTTTGGACA 3356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3625 GCCAAGGAGGAGCAGCAGGATGACACAGTCTACATGGGCAAAGTGACCTTCTCATGTGCGGCTGGTTTTGGACA 3698
Query 3357 GCGACACCGGCTGGTGCTGACCCAGGAGCAGCTGCACCAGCTTCACATTCGCCTCATCTCC 3417
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 3699 GCGACACCGGCTGGTGCTGACCCAGGAGCAGCTGCACCAGCTTCACAGTCGCCTCATCTCC 3759