Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06380
• Subject: NM_001352514.2
• Aligned Length: 2619
• Identities: 2177
• Gaps: 441

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCTCATCACGCTGTGCTACCTGTACCTGTGGGCGCGCTGGGGTCGCCGGCCGGCTGAGCTCGTGCGCGCCAC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GGTGCGGCGGCTGCGTGCCTCGCGCTGTTCCTTCACCTTCTGCGGCGCGGCCGCGCAGCCCCCGGGCGCCCGCG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  TGTGCCTGAGCCGTGGCGGCCGCGTCTTCTGCGTCAGCGACAGCCAGTCCATTGAAGACTTGAACAAGTGGGCC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  CTATTTCTTGTGTCTCCTTTTATACTTGAAGCAGAACACATAGCATTTGTGACGGAGAGCATTTGGGTACAAAG  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  TGAGAATTTACAGAGATCATCCTCTTCAGAAACAATTGTCAAGTGGTCAGACTGTTGTTTGCCATTAGCTTGCA  370

Query    1  -----------------------------------------------------------------------ATG  3
                                                                                   |||
Sbjct  371  GACCTGGGGATCCTTATCGGCTAATTGCTGAAGCAAGTGTGGACAACTTCAGCAAGCTGGGGGTGGCGTTCATG  444

Query    4  GAAGATAGACTCCACATGGATAATGGACTGGTACCCCAAAAGATTGTGTCGGTGCACTTGCAGGACTCCACTCT  77
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GAAGATAGACTCCACATGGATAATGGACTGGTACCCCAAAAGATTGTGTCGGTGCACTTGCAGGACTCCACTCT  518

Query   78  GAAGGAAGTTAAGGATCAGGTCTCAAACAAGCAAGCCCAGATCCTAGAGCCGAAGCCTGAACCTTCTCTTGAGA  151
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAAGGAAGTTAAGGATCAGGTCTCAAACAAGCAAGCCCAGATCCTAGAGCCGAAGCCTGAACCTTCTCTTGAGA  592

Query  152  TTAAGCCTGAGCAGGACGGTATGGAGCATGTTGGCAGAGATGACCCAAAGGCTCTTGGTGAAGAACCCAAACAA  225
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TTAAGCCTGAGCAGGACGGTATGGAGCATGTTGGCAGAGATGACCCAAAGGCTCTTGGTGAAGAACCCAAACAA  666

Query  226  AGGAGAGGCAGTGCCTCTGGGAGTGAGCCTGCTGGGGACAGTGACAGGGGAGGGGGCCCCGTTGAGCATTATCA  299
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGGAGAGGCAGTGCCTCTGGGAGTGAGCCTGCTGGGGACAGTGACAGGGGAGGGGGCCCCGTTGAGCATTATCA  740

Query  300  CCTCCATCTGTCTAGTTGCCACGAGTGTCTGGAACTTGAGAACAGCACCATTGAGTCAGTCAAGTTTGCGTCTG  373
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CCTCCATCTGTCTAGTTGCCACGAGTGTCTGGAACTTGAGAACAGCACCATTGAGTCAGTCAAGTTTGCGTCTG  814

Query  374  CCGAGAACATTCCAGACCTTCCCTACGATTATAGCAGCAGTTTGGAGAGTGTTGCTGATGAGACCTCCCCCGAA  447
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CCGAGAACATTCCAGACCTTCCCTACGATTATAGCAGCAGTTTGGAGAGTGTTGCTGATGAGACCTCCCCCGAA  888

Query  448  AGAGAAGGGAGGAGAGTCAACCTCACGGGAAAGGCACCCAACATCCTCCTCTATGTGGGCTCCGACTCCCAGGA  521
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AGAGAAGGGAGGAGAGTCAACCTCACGGGAAAGGCACCCAACATCCTCCTCTATGTGGGCTCCGACTCCCAGGA  962

Query  522  AGCCCTCGGCCGGTTCCACGAGGTCCGGTCTGTGCTGGCCGACTGTGTGGACATTGACAGTTATATTCTCTACC  595
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGCCCTCGGCCGGTTCCACGAGGTCCGGTCTGTGCTGGCCGACTGTGTGGACATTGACAGTTATATTCTCTACC  1036

Query  596  ACCTGCTGGAGGACAGTGCTCTCAGAGACCCGTGGACGGACAACTGTCTGCTGTTGGTCATTGCTACCAGGGAG  669
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ACCTGCTGGAGGACAGTGCTCTCAGAGACCCGTGGACGGACAACTGTCTGCTGTTGGTCATTGCTACCAGGGAG  1110

Query  670  TCCATTCCCGAAGACCTGTACCAGAAGTTCATGGCCTATCTTTCTCAGGGAGGGAAGGTGTTGGGCCTGTCTTC  743
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TCCATTCCCGAAGACCTGTACCAGAAGTTCATGGCCTATCTTTCTCAGGGAGGGAAGGTGTTGGGCCTGTCTTC  1184

Query  744  ATCCTTCACCTTTGGTGGCTTTCAGGTGACAAGCAAGGGTGCACTGCACAAGACAGTCCAGAACTTGGTTTTCT  817
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ATCCTTCACCTTTGGTGGCTTTCAGGTGACAAGCAAGGGTGCACTGCACAAGACAGTCCAGAACTTGGTTTTCT  1258

Query  818  CCAAGGCTGACCAGAGTGAGGTGAAGCTCAGCGTCTTGAGCAGTGGCTGCAGGTACCAGGAAGGCCCCGTCCGG  891
            ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCAAGGCTGACCAGAGCGAGGTGAAGCTCAGCGTCTTGAGCAGTGGCTGCAGGTACCAGGAAGGCCCCGTCCGG  1332

Query  892  CTCAGCCCCGGCAGGCTCCAGGGCCACCTGGAGAATGAGGACAAGGACAGGATGATTGTGCATGTGCCTTTTGG  965
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTCAGCCCCGGCAGGCTCCAGGGCCACCTGGAGAATGAGGACAAGGACAGGATGATTGTGCATGTGCCTTTTGG  1406

Query  966  AACTCGCGGGGGAGAAGCTGTTCTTTGCCAGGTGCACTTAGAACTACCTCCCAGCTCCAACATAGTGCAAACTC  1039
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  AACTCGCGGGGGAGAAGCTGTTCTTTGCCAGGTGCACTTAGAACTACCTCCCAGCTCCAACATAGTGCAAACTC  1480

Query 1040  CAGAAGATTTTAACTTGCTCAAGTCAAGCAATTTTAGAAGATACGAAGTCCTTAGAGAGATTCTGACAACCCTT  1113
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CAGAAGATTTTAACTTGCTCAAGTCAAGCAATTTTAGAAGATACGAAGTCCTTAGAGAGATTCTGACAACCCTT  1554

Query 1114  GGCCTCAGCTGTGACATGAAACAAGTTCCTGCCTTAACTCCTCTTTACTTGCTGTCAGCTGCGGAGGAAATCAG  1187
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GGCCTCAGCTGTGACATGAAACAAGTTCCTGCCTTAACTCCTCTTTACTTGCTGTCAGCTGCGGAGGAAATCAG  1628

Query 1188  GGATCCTCTTATGCAGTGGCTTGGGAAACATGTGGACTCCGAGGGAGAAATAAAATCCGGCCAGCTCTCTCTTA  1261
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GGATCCTCTTATGCAGTGGCTTGGGAAACATGTGGACTCCGAGGGAGAAATAAAATCCGGCCAGCTCTCTCTTA  1702

Query 1262  GATTTGTTTCATCCTACGTGTCTGAAGTAGAAATAACCCCATCTTGTATACCTGTGGTGACCAACATGGAGGCC  1335
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GATTTGTTTCATCCTACGTGTCTGAAGTAGAAATAACCCCATCTTGTATACCTGTGGTGACCAACATGGAGGCC  1776

Query 1336  TTCTCATCAGAACATTTCAACTTAGAGATCTATCGCCAAAATCTGCAGACCAAGCAGTTGGGGAAAGTAATTTT  1409
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TTCTCATCAGAACATTTCAACTTAGAGATCTATCGCCAAAATCTGCAGACCAAGCAGTTGGGGAAAGTAATTTT  1850

Query 1410  GTTTGCCGAAGTGACCCCCACAACGATGCGTCTCCTGGATGGGCTGATGTTTCAGACACCGCAGGAAATGGGCT  1483
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GTTTGCCGAAGTGACCCCCACAACGATGCGTCTCCTGGATGGGCTGATGTTTCAGACACCGCAGGAAATGGGCT  1924

Query 1484  TAATAGTGATCGCGGCCCGGCAGACCGAGGGCAAAGGACGGGGAGGGAATGTGTGGCTGAGCCCTGTGGGATGT  1557
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TAATAGTGATCGCGGCCCGGCAGACCGAGGGCAAAGGACGGGGAGGGAATGTGTGGCTGAGCCCTGTGGGATGT  1998

Query 1558  GCTCTTTCTACTCTGCTCATCTCCATTCCACTGAGATCCCAGCTGGGACAGAGGATCCCGTTTGTCCAGCATCT  1631
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GCTCTTTCTACTCTGCTCATCTCCATTCCACTGAGATCCCAGCTGGGACAGAGGATCCCGTTTGTCCAGCATCT  2072

Query 1632  GATGTCCGTGGCTGTCGTGGAAGCAGTGAGGTCCATTCCCGAGTATCAGGATATCAACTTACGAGTGAAGTGGC  1705
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GATGTCCGTGGCTGTCGTGGAAGCAGTGAGGTCCATTCCCGAGTATCAGGATATCAACTTACGAGTGAAGTGGC  2146

Query 1706  CCAACGATATTTATTACAGTGACCTCATGAAGATCGGCGGAGTTCTGGTTAACTCAACACTCATGGGAGAAACA  1779
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CCAACGATATTTATTACAGTGACCTCATGAAGATCGGCGGAGTTCTGGTTAACTCAACACTCATGGGAGAAACA  2220

Query 1780  TTTTATATACTTATTGGCTGTGGATTTAATGTGACTAACAGTAACCCTACCATCTGCATCAACGACCTCATCAC  1853
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  TTTTATATACTTATTGGCTGTGGATTTAATGTGACTAACAGTAACCCTACCATCTGCATCAACGACCTCATCAC  2294

Query 1854  AGAATACAATAAACAACACAAGGCAGAACTGAAGCCCTTAAGAGCCGATTATCTCATCGCCAGAGTCGTGACTG  1927
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  AGAATACAATAAACAACACAAGGCAGAACTGAAGCCCTTAAGAGCCGATTATCTCATCGCCAGAGTCGTGACTG  2368

Query 1928  TGCTGGAGAAACTGATCAAAGAGTTTCAGGACAAAGGGCCCAACAGCGTCCTTCCCCTTTATTACCGATACTGG  2001
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TGCTGGAGAAACTGATCAAAGAGTTTCAGGACAAAGGGCCCAACAGCGTCCTTCCCCTTTATTACCGATACTGG  2442

Query 2002  GTCCACAGTGGTCAGCAAGTCCATCTGGGCAGCGCAGAGGGACCAAAGGTGTCCATCGTTGGCCTGGACGATTC  2075
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GTCCACAGTGGTCAGCAAGTCCATCTGGGCAGCGCAGAGGGACCAAAGGTGTCCATCGTTGGCCTGGACGATTC  2516

Query 2076  TGGCTTCCTCCAGGTTCACCAGGAGGGCGGCGAGGTTGTGACTGTGCACCCGGACGGCAACTCCTTCGACATGC  2149
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  TGGCTTCCTCCAGGTTCACCAGGAGGGCGGCGAGGTTGTGACTGTGCACCCGGACGGCAACTCCTTCGACATGC  2590

Query 2150  TGAGAAACCTCATCCTCCCCAAACGGCGG  2178
            |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  TGAGAAACCTCATCCTCCCCAAACGGCGG  2619