Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06380
• Subject: XR_001754840.1
• Aligned Length: 2669
• Identities: 2085
• Gaps: 583

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  CATGCTCATCACGCTGTGCTACCTGTACCTGTGGGCGCGCTGGGGTCGCCGGCCGGCTGAGCTCGTGCGCGCCA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CGGTGCGGCGGCTGCGTGCCTCGCGCTGTTCCTTCACCTTCTGCGGCGCGGCCGCGCAGCCCCCGGGCGCCCGC  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  GTGTGCCTGAGCCGTGGCGGCCGCGTCTTCTGCGTCAGCGACAGCCAGTCCATTGAAGACTTGAACAAGTGGGC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  CCTATTTCTTGTGTCTCCTTTTATACTTGAAGCAGAACACATAGCATTTGTGACGGAGAGCATTTGGGTACAAA  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  GTGAGAATTTACAGAGATCATCCTCTTCAGAAACAATTGTCAAGTGGTCAGACTGTTGTTTGCCATTAGCTTGC  370

Query    1  ------------------------------------------------------------------------AT  2
                                                                                    ||
Sbjct  371  AGACCTGGGGATCCTTATCGGCTAATTGCTGAAGCAAGTGTGGACAACTTCAGCAAGCTGGGGGTGGCGTTCAT  444

Query    3  GGAAGATAGACTCCACATGGATAATGGACTGGTACCCCAAAAGATTGTGTCGGTGCACTTGCAGGACTCCACTC  76
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GGAAGATAGACTCCACATGGATAATGGACTGGTACCCCAAAAGATTGTGTCGGTGCACTTGCAGGACTCCACTC  518

Query   77  TGAAGGAAGTTAAGGATCAGGTCTCAAACAAGCAAGCCCAGATCCTAGAGCCGAAGCCTGAACCTTCTCTTGAG  150
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGAAGGAAGTTAAGGATCAGGTCTCAAACAAGCAAGCCCAGATCCTAGAGCCGAAGCCTGAACCTTCTCTTGAG  592

Query  151  ATTAAGCCTGAGCAGGACGGTATGGAGCATGTTGGCAGAGATGACCCAAAGGCTCTTGGTGAAGAACCCAAACA  224
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATTAAGCCTGAGCAGGACGGTATGGAGCATGTTGGCAGAGATGACCCAAAGGCTCTTGGTGAAGAACCCAAACA  666

Query  225  AAGGAGAGGCAGTGCCTCTGGGAGTGAGCCTGCTGGGGACAGTGACAGGGGAGGGGGCCCCGTTGAGCATTATC  298
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAGGAGAGGCAGTGCCTCTGGGAGTGAGCCTGCTGGGGACAGTGACAGGGGAGGGGGCCCCGTTGAGCATTATC  740

Query  299  ACCTCCATCTGTCTAGTTGCCACGAGTGTCTGGAACTTGAGAACAGCACCATTGAGTCAGTCAAGTTTGCGTCT  372
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ACCTCCATCTGTCTAGTTGCCACGAGTGTCTGGAACTTGAGAACAGCACCATTGAGTCAGTCAAGTTTGCGTCT  814

Query  373  GCCGAGAACATTCCAGACCTTCCCTACGATTATAGCAGCAGTTTGGAGAGTGTTGCTGATGAGACCTCCCCCGA  446
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GCCGAGAACATTCCAGACCTTCCCTACGATTATAGCAGCAGTTTGGAGAGTGTTGCTGATGAGACCTCCCCCGA  888

Query  447  AAGAGAAGGGAGGAGAGTCAACCTCACGGGAAAGGCACCCAACATCCTCCTCTATGTGGGCTCCGACTCCCAGG  520
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAGAGAAGGGAGGAGAGTCAACCTCACGGGAAAGGCACCCAACATCCTCCTCTATGTGGGCTCCGACTCCCAGG  962

Query  521  AAGCCCTCGGCCGGTTCCACGAGGTCCGGTCTGTGCTGGCCGACTGTGTGGACATTGACAGTTATATTCTCTAC  594
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AAGCCCTCGGCCGGTTCCACGAGGTCCGGTCTGTGCTGGCCGACTGTGTGGACATTGACAGTTATATTCTCTAC  1036

Query  595  CACCTGCTGGAGGACAGTGCTCTCAGAGACCCGTGGACGGACAACTGTCTGCTGTTGGTCATTGCTACCAGGGA  668
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CACCTGCTGGAGGACAGTGCTCTCAGAGACCCGTGGACGGACAACTGTCTGCTGTTGGTCATTGCTACCAGGGA  1110

Query  669  GTCCATTCCCGAAGACCTGTACCAGAAGTTCATGGCCTATCTTTCTCAGGGAGGGAAGGTGTTGGGCCTGTCTT  742
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GTCCATTCCCGAAGACCTGTACCAGAAGTTCATGGCCTATCTTTCTCAGGGAGGGAAGGTGTTGGGCCTGTCTT  1184

Query  743  CATCCTTCACCTTTGGTGGCTTTCAGGTGACAAGCAAGGGTGCACTGCACAAGACAGTCCAGAACTTGGTTTTC  816
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CATCCTTCACCTTTGGTGGCTTTCAGGTGACAAGCAAGGGTGCACTGCACAAGACAGTCCAGAACTTGGTTTTC  1258

Query  817  TCCAAGGCTGACCAGAGTGAGGTGAAGCTCAGCGTCTTGAGCAGTGGCTGCAGGTACCAGGAAGGCCCCGTCCG  890
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TCCAAGGCTGACCAGAGCGAGGTGAAGCTCAGCGTCTTGAGCAGTGGCTGCAGGTACCAGGAAGGCCCCGTCCG  1332

Query  891  GCTCAGCCCCGGCAGGCTCCAGGGCCACCTGGAGAATGAGGACAAGGACAGGATGATTGTGCATGTGCCTTTTG  964
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GCTCAGCCCCGGCAGGCTCCAGGGCCACCTGGAGAATGAGGACAAGGACAGGATGATTGTGCATGTGCCTTTTG  1406

Query  965  GAACTCGCGGGGGAGAAGCTGTTCTTTGCCAGGTGCACTTAGAACTACCTCCCAGCTCCAACATAGTGCAAACT  1038
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GAACTCGCGGGGGAGAAGCTGTTCTTTGCCAGGTGCACTTAGAACTACCTCCCAGCTCCAACATAGTGCAAACT  1480

Query 1039  CCAGAAGATTTTAACTTGCTCAAGTCAAGCAATTTTAGAAGATACGAAGTCCTTAGAGAGATTCTGACAACCCT  1112
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CCAGAAGATTTTAACTTGCTCAAGTCAAGCAATTTTAGAAGATACGAAGTCCTTAGAGAGATTCTGACAACCCT  1554

Query 1113  TGGCCTCAGCTGTGACATGAAACAAGTTCCTGCCTTAACTCCTCTTTACTTGCTGTCAGCTGCG----------  1176
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
Sbjct 1555  TGGCCTCAGCTGTGACATGAAACAAGTTCCTGCCTTAACTCCTCTTTACTTGCTGTCAGCTGCGGAGGCTCTTC  1628

Query 1177  ---------------------------------------GAGGAAATCAGGGATCCTCTTATGCAGTGGCTTGG  1211
                                                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TCAACACAGGAGTCAGAGTGGGGTGATCCTGCTCCAACAGAGGAAATCAGGGATCCTCTTATGCAGTGGCTTGG  1702

Query 1212  GAAACATGTGGACTCCGAGGGAGAAATAAAATCCGGCCAGCTCTCTCTTAGATTTGTTTCATCCTACGTGTCTG  1285
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GAAACATGTGGACTCCGAGGGAGAAATAAAATCCGGCCAGCTCTCTCTTAGATTTGTTTCATCCTACGTGTCTG  1776

Query 1286  AAGTAGAAATAACCCCATCTTGTATACCTGTGGTGACCAACATGGAGGCCTTCTCATCAGAACATTTCAACTTA  1359
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  AAGTAGAAATAACCCCATCTTGTATACCTGTGGTGACCAACATGGAGGCCTTCTCATCAGAACATTTCAACTTA  1850

Query 1360  GAGATCTATCGCCAAAATCTGCAGACCAAGCAGTTGGGGAAAGTAATTTTGTTTGCCGAAGTGACCCCCACAAC  1433
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GAGATCTATCGCCAAAATCTGCAGACCAAGCAGTTGGGGAAAGTAATTTTGTTTGCCGAAGTGACCCCCACAAC  1924

Query 1434  GATGCGTCTCCTGGATGGGCTGATGTTTCAGACACCGCAGGAAATGGGCTTAATAGTGATCGCGGCCCGGCAGA  1507
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  GATGCGTCTCCTGGATGGGCTGATGTTTCAGACACCGCAGGAAATGGGCTTAATAGTGATCGCGGCCCGGCAGA  1998

Query 1508  CCGAGGGCAAAGGACGGGGAGGGAATGTGTGGCTGAGCCCTGTGGGATGTGCTCTTTCTACTCTGCTCATCTCC  1581
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CCGAGGGCAAAGGACGGGGAGGGAATGTGTGGCTGAGCCCTGTGGGATGTGCTCTTTCTACTCTGCTCATCTCC  2072

Query 1582  ATTCCACTGAGATCCCAGCTGGGACAGAGGATCCCGTTTGTCCAGCATCTGATGTCCGTGGCTGTCGTGGAAGC  1655
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  ATTCCACTGAGATCCCAGCTGGGACAGAGGATCCCGTTTGTCCAGCATCTGATGTCCGTGGCTGTCGTGGAAGC  2146

Query 1656  AGTGAGGTCCATTCCCGAGTATCAGGATATCAACTTACGAGTGAAGTGGCCCAACGATATTTATTACAGTGACC  1729
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  AGTGAGGTCCATTCCCGAGTATCAGGATATCAACTTACGAGTGAAGTGGCCCAACGATATTTATTACAGTGACC  2220

Query 1730  TCATGAAGATCGGCGGAGTTCTGGTTAACTCAACACTCATGGGAGAAACATTTTATATACTTATTGGCTGTGGA  1803
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  TCATGAAGATCGGCGGAGTTCTGGTTAACTCAACACTCATGGGAGAAACATTTTATATACTTATTGGCTGTGGA  2294

Query 1804  TTTAATGTGACTAACAGTAACCCTACCATCTGCATCAACGACCTCATCACAGAATACAATAAACAACACAAGGC  1877
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  TTTAATGTGACTAACAGTAACCCTACCATCTGCATCAACGACCTCATCACAGAATACAATAAACAACACAAGGC  2368

Query 1878  AGAACTGAAGCCCTTAAGAGCCGATTATCTCATCGCCAGAGTCGTGACTGTGCTGGAGAAACTGATCAAAGAGT  1951
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AGAACTGAAGCCCTTAAGAGCCGATTATCTCATCGCCAGAGTCGTGACTGTGCTGGAGAAACTGATCAAAGAGT  2442

Query 1952  TTCAGGACAAAGGGCCCAACAGCGTCCTTCCCCTTTATTACCGATACTGGGTCCACAGTGGTCAGCAAGTCCAT  2025
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  TTCAGGACAAAGGGCCCAACAGCGTCCTTCCCCTTTATTACCGATACTGGGTCCACAGTGGTCAGCAAGTCCAT  2516

Query 2026  CTGGGCAGCGCAGAGGGACCAAAGGTGTCCATCGTTGGCCTGGACGATTCTGGCTTCCTCCAGGTTCACCAGGA  2099
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
Sbjct 2517  CTGGGCAGCGCAGAGGGACCAAAGGTGTCCATCGTTGGCCTGGACGATTCTGGCTTCCTCC-------------  2577

Query 2100  GGGCGGCGAGGTTGTGACTGTGCACCCGGACGGCAACTCCTTCGACATGCTGAGAAACCTCATCCTCCCCAAAC  2173
                                                                                      
Sbjct 2578  --------------------------------------------------------------------------  2577

Query 2174  GGCGG  2178
                 
Sbjct 2578  -----  2577