Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06446
• Subject: NM_001258215.1
• Aligned Length: 2586
• Identities: 2325
• Gaps: 258

Alignment

Query    1  ATGGCACATACTTTTAGAGGATGCTCATTGGCATTTATGTTTATAATCACGTGGCTGTTGATTAAAGCAAAAAT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCACATACTTTTAGAGGATGCTCATTGGCATTTATGTTTATAATCACGTGGCTGTTGATTAAAGCAAAAAT  74

Query   75  AGATGCGTGCAAGAGAGGCGATGTGACTGTGAAGCCTTCCCATGTAATTTTACTTGGATCCACTGTCAATATTA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AGATGCGTGCAAGAGAGGCGATGTGACTGTGAAGCCTTCCCATGTAATTTTACTTGGATCCACTGTCAATATTA  148

Query  149  CATGCTCTTTGAAGCCCAGACAAGGCTGCTTTCACTATTCCAGACGTAACAAGTTAATCCTGTACAAGTTTGAC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CATGCTCTTTGAAGCCCAGACAAGGCTGCTTTCACTATTCCAGACGTAACAAGTTAATCCTGTACAAGTTTGAC  222

Query  223  AGAAGAATCAATTTTCACCATGGCCACTCCCTCAATTCTCAAGTCACAGGTCTTCCCCTTGGTACAACCTTGTT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AGAAGAATCAATTTTCACCATGGCCACTCCCTCAATTCTCAAGTCACAGGTCTTCCCCTTGGTACAACCTTGTT  296

Query  297  TGTCTGCAAACTGGCCTGTATCAATAGTGATGAAATTCAAATATGTGGAGCAGAGATCTTCGTTGGTGTTGCTC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGTCTGCAAACTGGCCTGTATCAATAGTGATGAAATTCAAATATGTGGAGCAGAGATCTTCGTTGGTGTTGCTC  370

Query  371  CAGAACAGCCTCAAAATTTATCCTGCATACAGAAGGGAGAACAGGGGACTGTGGCCTGCACCTGGGAAAGAGGA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CAGAACAGCCTCAAAATTTATCCTGCATACAGAAGGGAGAACAGGGGACTGTGGCCTGCACCTGGGAAAGAGGA  444

Query  445  CGAGACACCCACTTATACACTGAGTATACTCTACAGCTAAGTGGACCAAAAAATTTAACCTGGCAGAAGCAATG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CGAGACACCCACTTATACACTGAGTATACTCTACAGCTAAGTGGACCAAAAAATTTAACCTGGCAGAAGCAATG  518

Query  519  TAAAGACATTTATTGTGACTATTTGGACTTTGGAATCAACCTCACCCCTGAATCACCTGAATCCAATTTCACAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TAAAGACATTTATTGTGACTATTTGGACTTTGGAATCAACCTCACCCCTGAATCACCTGAATCCAATTTCACAG  592

Query  593  CCAAGGTTACTGCTGTCAATAGTCTTGGAAGCTCCTCTTCACTTCCATCCACATTCACATTCTTGGACATAGTG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCAAGGTTACTGCTGTCAATAGTCTTGGAAGCTCCTCTTCACTTCCATCCACATTCACATTCTTGGACATAGTG  666

Query  667  AGGCCTCTTCCTCCGTGGGACATTAGAATCAAATTTCAAAAGGCTTCCGTGAGCAGATGTACCCTTTATTGGAG  740
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGGCCTCTTCCTCCGTGGGACATTAGAATCAAATTTCAAAAGGCTTCTGTGAGCAGATGTACCCTTTATTGGAG  740

Query  741  AGATGAGGGACTGGTACTGCTTAATCGACTCAGATATCGGCCCAGTAACAGCAGGCTCTGGAATATGGTTAATG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGATGAGGGACTGGTACTGCTTAATCGACTCAGATATCGGCCCAGTAACAGCAGGCTCTGGAATATGGTTAATG  814

Query  815  TTACAAAGGCCAAAGGAAGACATGATTTGCTGGATCTGAAACCATTTACAGAATATGAATTTCAGATTTCCTCT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TTACAAAGGCCAAAGGAAGACATGATTTGCTGGATCTGAAACCATTTACAGAATATGAATTTCAGATTTCCTCT  888

Query  889  AAGCTACATCTTTATAAGGGAAGTTGGAGTGATTGGAGTGAATCATTGAGAGCACAAACACCAGAAGAAGAGCC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAGCTACATCTTTATAAGGGAAGTTGGAGTGATTGGAGTGAATCATTGAGAGCACAAACACCAGAAGAAGAGCC  962

Query  963  TACTGGGATGTTAGATGTCTGGTACATGAAACGGCACATTGACTACAGTAGACAACAGATTTCTCTTTTCTGGA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TACTGGGATGTTAGATGTCTGGTACATGAAACGGCACATTGACTACAGTAGACAACAGATTTCTCTTTTCTGGA  1036

Query 1037  AGAATCTGAGTGTCTCAGAGGCAAGAGGAAAAATTCTCCACTATCAGGTGACCTTGCAGGAGCTGACAGGAGGG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGAATCTGAGTGTCTCAGAGGCAAGAGGAAAAATTCTCCACTATCAGGTGACCTTGCAGGAGCTGACAGGAGGG  1110

Query 1111  AAAGCCATGACACAGAACATCACAGGACACACCTCCTGGACCACAGTCATTCCTAGAACCGGAAATTGGGCTGT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAAGCCATGACACAGAACATCACAGGACACACCTCCTGGACCACAGTCATTCCTAGAACCGGAAATTGGGCTGT  1184

Query 1185  GGCTGTGTCTGCAGCAAATTCAAAAGGCAGTTCTCTGCCCACTCGTATTAACATAATGAACCTGTGTGAGGCAG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GGCTGTGTCTGCAGCAAATTCAAAAGGCAGTTCTCTGCCCACTCGTATTAACATAATGAACCTGTGTGAGGCAG  1258

Query 1259  GGTTGCTGGCTCCTCGCCACGTCTCTGCAAACTCAGAGGGCATGGACAACATTCTGGTGACTTGGCAGCCTCCC  1332
            |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GGTTGCTGGCTCCTCGCCAGGTCTCTGCAAACTCAGAGGGCATGGACAACATTCTGGTGACTTGGCAGCCTCCC  1332

Query 1333  AGGAAAGATCCCTCTGCTGTTCAGGAGTACGTGGTGGAATGGAGAGAGCTCCATCCAGGGGGTGACACACAGGT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AGGAAAGATCCCTCTGCTGTTCAGGAGTACGTGGTGGAATGGAGAGAGCTCCATCCAGGGGGTGACACACAGGT  1406

Query 1407  CCCTCTAAACTGGCTACGGAGTCGACCCTACAATGTGTCTGCTCTGATTTCAGAGAACATAAAATCCTACATCT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                      
Sbjct 1407  CCCTCTAAACTGGCTACGGAGTCGACCCTACAATGTGTCTGCTCTGATTTCA----------------------  1458

Query 1481  GTTATGAAATCCGTGTGTATGCACTCTCAGGGGATCAAGGAGGATGCAGCTCCATCCTGGGTAACTCTAAGCAC  1554
                                                                                      
Sbjct 1459  --------------------------------------------------------------------------  1458

Query 1555  AAAGCACCACTGAGTGGCCCCCACATTAATGCCATCACAGAGGAAAAGGGGAGCATTTTAATTTCATGGAACAG  1628
                                                                                      
Sbjct 1459  --------------------------------------------------------------------------  1458

Query 1629  CATTCCAGTCCAGGAGCAAATGGGCTGCCTCCTCCATTATAGGATATACTGGAAGGAACGGGACTCCAACTCCC  1702
                                                                                      
Sbjct 1459  --------------------------------------------------------------------------  1458

Query 1703  AGCCTCAGCTCTGTGAAATTCCCTACAGAGTCTCCCAAAATTCACATCCAATAAACAGCCTGCAGCCCCGAGTG  1776
                          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459  --------------GAAATTCCCTACAGAGTCTCCCAAAATTCACATCCAATAAACAGCCTGCAGCCCCGAGTG  1518

Query 1777  ACATATGTCCTGTGGATGACAGCTCTGACAGCTGCTGGTGAAAGTTCCCACGGAAATGAGAGGGAATTTTGTCT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1519  ACATATGTCCTGTGGATGACAGCTCTGACAGCTGCTGGTGAAAGTTCCCACGGAAATGAGAGGGAATTTTGTCT  1592

Query 1851  GCAAGGTAAAGCCAATTGGATGGCGTTTGTGGCACCAAGCATTTGCATTGCTATCATCATGGTGGGCATTTTCT  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1593  GCAAGGTAAAGCCAATTGGATGGCGTTTGTGGCACCAAGCATTTGCATTGCTATCATCATGGTGGGCATTTTCT  1666

Query 1925  CAACGCATTACTTCCAGCAAAAGGTGTTTGTTCTCCTAGCAGCCCTCAGACCTCAGTGGTGTAGCAGAGAAATT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667  CAACGCATTACTTCCAGCAAAAGGTGTTTGTTCTCCTAGCAGCCCTCAGACCTCAGTGGTGTAGCAGAGAAATT  1740

Query 1999  CCAGATCCAGCAAATAGCACTTGCGCTAAGAAATATCCCATTGCAGAGGAGAAGACACAGCTGCCCTTGGACAG  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741  CCAGATCCAGCAAATAGCACTTGCGCTAAGAAATATCCCATTGCAGAGGAGAAGACACAGCTGCCCTTGGACAG  1814

Query 2073  GCTCCTGATAGACTGGCCCACGCCTGAAGATCCTGAACCGCTGGTCATCAGTGAAGTCCTTCATCAAGTGACCC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1815  GCTCCTGATAGACTGGCCCACGCCTGAAGATCCTGAACCGCTGGTCATCAGTGAAGTCCTTCATCAAGTGACCC  1888

Query 2147  CAGTTTTCAGACATCCCCCCTGCTCCAACTGGCCACAAAGGGAAAAAGGAATCCAAGGTCATCAGGCCTCTGAG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1889  CAGTTTTCAGACATCCCCCCTGCTCCAACTGGCCACAAAGGGAAAAAGGAATCCAAGGTCATCAGGCCTCTGAG  1962

Query 2221  AAAGACATGATGCACAGTGCCTCAAGCCCACCACCTCCAAGAGCTCTCCAAGCTGAGAGCAGACAACTGGTGGA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963  AAAGACATGATGCACAGTGCCTCAAGCCCACCACCTCCAAGAGCTCTCCAAGCTGAGAGCAGACAACTGGTGGA  2036

Query 2295  TCTGTACAAGGTGCTGGAGAGCAGGGGCTCCGACCCAAAGCCAGAAAACCCAGCCTGTCCCTGGACGGTGCTCC  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037  TCTGTACAAGGTGCTGGAGAGCAGGGGCTCCGACCCAAAGCCCGAAAACCCAGCCTGTCCCTGGACGGTGCTCC  2110

Query 2369  CAGCAGGTGACCTTCCCACCCATGATGGCTACTTACCCTCCAACATAGATGACCTCCCCTCACATGAGGCACCT  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2111  CAGCAGGTGACCTTCCCACCCATGATGGCTACTTACCCTCCAACATAGATGACCTCCCCTCACATGAGGCACCT  2184

Query 2443  CTCGCTGACTCTCTGGAAGAACTGGAGCCTCAGCACATCTCCCTTTCTGTTTTCCCCTCAAGTTCTCTTCACCC  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2185  CTCGCTGACTCTCTGGAAGAACTGGAGCCTCAGCACATCTCCCTTTCTGTTTTCCCCTCAAGTTCTCTTCACCC  2258

Query 2517  ACTCACCTTCTCCTGTGGTGATAAGCTGACTCTGGATCAGTTAAAGATGAGGTGTGACTCCCTCATGCTC  2586
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2259  ACTCACCTTCTCCTGTGGTGATAAGCTGACTCTGGATCAGTTAAAGATGAGGTGTGACTCCCTCATGCTC  2328