Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06606
• Subject: NM_001037127.2
• Aligned Length: 2683
• Identities: 2068
• Gaps: 338

Alignment

Query    1  ATGAGAGAGCTCGTCAACATTCCACTGGTACATATTCTTACTCTGGTTGCCTTCAGCGGAACTGAGAAACTTCC  74
            |||||||||||.|||||||||||||||.||||.||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGAGAGCTTGTCAACATTCCACTGTTACAGATGCTCACCCTGGTTGCCTTCAGCGGGACTGAGAAACTTCC  74

Query   75  AAAAGCTCCTGTCATCACCACTCCTCTTGAAACAGTGGATGCCTTAGTTGAAGAAGTGGCTACTTTCATGTGTG  148
            ||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct   75  AAAAGCCCCTGTCATCACCACGCCTCTTGAAACTGTAGATGCCTTGGTTGAAGAAGTAGCGACTTTCATGTGTG  148

Query  149  CAGTGGAATCCTACCCCCAGCCTGAGATTTCCTGGACTAGAAATAAAATTCTCATTAAACTCTTTGACACCCGG  222
            |.||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.
Sbjct  149  CCGTGGAATCCTACCCTCAGCCCGAGATTTCTTGGACCAGAAATAAAATTCTCATTAAGCTGTTTGACACCCGC  222

Query  223  TACAGCATCCGGGAGAATGGGCAGCTCCTCACCATCCTGAGTGTGGAAGACAGTGATGATGGCATTTACTGCTG  296
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  223  TACAGCATCCGGGAGAATGGTCAGCTCCTCACCATTCTGAGCGTGGAAGACAGTGATGATGGCATCTACTGCTG  296

Query  297  CACGGCCAACAATGGTGTGGGAGGAGCTGTGGAGAGTTGTGGAGCCCTGCAAGTGAAGATGAAACCTAAAATAA  370
            ||..|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CATAGCCAACAATGGAGTGGGAGGAGCCGTGGAGAGTTGTGGTGCCCTGCAAGTGAAGATGAAACCTAAAATAA  370

Query  371  CTCGTCCTCCCATAAATGTGAAAATAATAGAAGGATTAAAAGCAGTCCTACCATGTACTACAATGGGTAATCCC  444
            |||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.||.||.||.|||||.||||||||.|||
Sbjct  371  CTCGTCCTCCCATTAATGTAAAAATAATAGAGGGATTGAAGGCAGTTCTGCCGTGCACTACGATGGGTAACCCC  444

Query  445  AAACCATCAGTGTCTTGGATAAAGGGAGACAGCCCTCTCAGGGAAAATTCCCGAATTGCAGTTCTTGAATCTGG  518
            ||||||||.|||||.|||||.|||||.||||...|||||||||||||||||.||||.|||||||||||||||||
Sbjct  445  AAACCATCTGTGTCCTGGATCAAGGGGGACAATGCTCTCAGGGAAAATTCCAGAATCGCAGTTCTTGAATCTGG  518

Query  519  GAGCTTGAGGATTCATAACGTACAAAAGGAAGATGCAGGACAGTATCGATGTGTGGCAAAAAACAGCCTCGGGA  592
            ||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||.||.|
Sbjct  519  GAGCTTAAGGATCCATAATGTGCAAAAGGAAGATGCAGGACAGTACCGCTGTGTGGCCAAAAACAGCCTGGGCA  592

Query  593  CAGCATATTCCAAAGTGGTGAAGCTGGAAGTTGAGGAAGAAAGTGAACCCGAACAAGATACTAAAGTTTTTGCC  666
            ||||.||.||||||.||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||.||.||..|||||||||||||.
Sbjct  593  CAGCTTACTCCAAACTGGTGAAGCTGGAAGTGGAGGAAGACAGAGAACCTGAGCAGGACGCTAAAGTTTTTGCA  666

Query  667  AGGATCCTGCGGGCTCCTGAATCCCACAATGTCACCTTTGGCTCCTTTGTGACCCTGCACTGTACAGCAACAGG  740
            ||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|.|||.|||||||.|||
Sbjct  667  AGAATCCTGCGTGCTCCTGAATCCCACAATGTCACCTTTGGTTCCTTTGTAACCCTACGCTGCACAGCAATAGG  740

Query  741  CATTCCTGTCCCCACCATCACCTGGATTGAAAACGGAAATGCTGTTTCTTCTGGGTCCATTCAAGAGAGTGTGA  814
            |||.||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct  741  CATCCCTGTCCCCACCATCAGCTGGATTGAAAACGGAAATGCTGTTTCTTCAGGTTCCATTCAAGAGAGTGTGA  814

Query  815  AAGACCGAGTGATTGACTCAAGACTGCAGCTGTTTATCACCAAGCCAGGACTCTACACATGCATAGCTACCAAT  888
            |||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAGACCGAGTGATTGACTCAAGACTCCAGCTCTTCATCACAAAGCCAGGACTCTACACATGCATAGCTACCAAT  888

Query  889  AAGCATGGGGAGAAGTTCAGTACTGCCAAGGCTGCAGCCACCATCAGCATAG----------------------  940
            |||||.||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||..|||||||||                      
Sbjct  889  AAGCACGGAGAAAAGTTCAGTACCGCAAAGGCTGCAGCCACTGTCAGCATAGCAGTCCCTCCTCCGTGGTTTTC  962

Query  941  -----------------------CAGAATGG-------------------------------------------  948
                                   ||||||||                                           
Sbjct  963  TATGGATACTTCTTTCCTATGGACAGAATGGAGTAAGTCACAGAAAGACAGCCAAGGCTACTGTGCCCAGTACA  1036

Query  949  --------------------------------------------------------------------------  948
                                                                                      
Sbjct 1037  GAGGGGAGGTGTGTGATGCAGTCCTGGCGAAAGATGCTCTTGTCTTCTTCAACACCTCCTACCGGGACCCCGAG  1110

Query  949  --------------------------------------------------------------------------  948
                                                                                      
Sbjct 1111  GACGCCCAGGAGCTGCTGATCCACACTGCGTGGAATGAGCTGAAGGCTGTGAGTCCACTGTGCCGGCCAGCTGC  1184

Query  949  -------------------------------------------------------------------------A  949
                                                                                     |
Sbjct 1185  TGAGGCTCTGCTGTGTAACCACCTCTTCCAAGAGTGCAGCCCTGGAGTGGTACCTACTCCCATGCCCATTTGCA  1258

Query  950  GAGAGTACTGCTTGGCAGTAAAGGAGCTCTTCTGCGCAAAAGAATGGCTGGTAATGGAAGAGAAGACCCACAGA  1023
            |||||||||||.||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||.||.||||||||..|||.|||||.|.
Sbjct 1259  GAGAGTACTGCCTGGCGGTAAAGGAGCTCTTCTGTGCAAAGGAATGGCAGGCAATGGAAGGAAAGGCCCACCGG  1332

Query 1024  GGACTCTACAGATCCGAGATGCATTTGCTGTCC-GTGCCAGAATGCAGCAAGCTTCCCAGCATGCATTGGGACC  1096
            ||.|||||||||||.|.|||||||.|.|| ||| ||.|||||.|||||||||||||||||||||||..||||||
Sbjct 1333  GGCCTCTACAGATCTGGGATGCATCTCCT-TCCGGTACCAGAGTGCAGCAAGCTTCCCAGCATGCACCGGGACC  1405

Query 1097  CCACGGCCTGTGCCAGACTGCCACATCTAG------------------------CATTCCCACCAATGACGTCC  1146
            ||||.|||||..|.|||||||||.||.|||                        |||||||..||||.||||||
Sbjct 1406  CCACAGCCTGCACAAGACTGCCATATTTAGATTATAAAAAAGAAAACATAACAACATTCCCGTCAATAACGTCC  1479

Query 1147  TCAAAGCCAAGTGTGGACATTCCAAATCTGCCTTCCTCCTCCTCTTCTTCCTTCTCTGTCTCACCTACATACTC  1220
            ||.|.|||.||.|.||||||||||||.||||||.|||||.||   ||||||||..|.|||||.|||.|.|||||
Sbjct 1480  TCCAGGCCGAGCGCGGACATTCCAAACCTGCCTGCCTCCACC---TCTTCCTTTGCCGTCTCGCCTGCGTACTC  1550

Query 1221  CATGACTGTAATAATCTCCATCATGTCCAGCTTTGCAATATTTGTGCTTCTTACCATAACTACTCTCTATTGCT  1294
            ||||||.||.||.|||||||||.|||||||||||||..|.||||..|||||.|||||..|||||||||||||||
Sbjct 1551  CATGACCGTCATCATCTCCATCGTGTCCAGCTTTGCCCTGTTTGCTCTTCTCACCATCGCTACTCTCTATTGCT  1624

Query 1295  GCCGAAGAAGAAAACAATGGAAAAATAAGAAAAGAGAATCAGCAGCAGTAACCCTCACCACACTGCCTTCTGAG  1368
            |||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||.||..|.||.||.|||||||||||..|||||||.|||
Sbjct 1625  GCCGAAGGAGGAAAGAATGGAAAAATAAGAAAAGAGAGTCGACCGCGGTGACCCTCACCACGTTGCCTTCCGAG  1698

Query 1369  CTCTTACTAGATAGACTTCATCCCAACCCCATGTACCAGAGGATGCCGCTCCTTCTGAACCCCAAATTGCTCAG  1442
            |||.|.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||||||||
Sbjct 1699  CTCCTGCTGGATAGGCTCCATCCCAACCCCATGTACCAGAGGATGCCACTCCTTCTGAATCCTAAGTTGCTCAG  1772

Query 1443  CCTGGAGTATCCAAGGAATAACATTGAATATGTGAGAGACATCGGAGAGGGAGCGTTTGGAAGGGTGTTTCAAG  1516
            ||||||||||||.||||||||||||||.|||||..||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||||
Sbjct 1773  CCTGGAGTATCCGAGGAATAACATTGAGTATGTCCGAGACATCGGAGAGGGGGCGTTTGGAAGAGTCTTCCAAG  1846

Query 1517  CAAGGGCACCAGGCTTACTTCCCTATGAACCTTTCACTATGGTGGCAGTAAAGATGCTCAAAGAAGAAGCCTCG  1590
            |||||||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.|||||.|||||.
Sbjct 1847  CAAGGGCCCCTGGCTTGCTGCCTTATGAACCTTTCACTATGGTGGCCGTGAAGATGCTTAAGGAAGAGGCCTCT  1920

Query 1591  GCAGATATGCAAGCGGACTTTCAGAGGGAGGCAGCCCTCATGGCAGAATTTGACAACCCTAACATTGTGAAGCT  1664
            |||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 1921  GCAGACATGCAAGCGGACTTTCAGAGGGAGGCGGCCCTCATGGCAGAGTTTGACAACCCCAACATTGTGAAACT  1994

Query 1665  ATTAGGAGTGTGTGCTGTCGGGAAGCCAATGTGCCTGCTCTTTGAATACATGGCCTATGGTGACCTCAATGAGT  1738
            .|||||.||||||||.||.||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995  CTTAGGTGTGTGTGCCGTTGGGAAGCCGATGTGTCTGCTCTTTGAATATATGGCCTATGGTGACCTCAATGAGT  2068

Query 1739  TCCTCCGCAGCATGTCCCCTCACACCGTGTGCAGCCTCAGTCACAGTGACTTGTCTATGAGGGCTCAGGTCTCC  1812
            |||||||.||.||||||||.|||||.||.|||||||||||.|||||||||.||||.|.||||||||.|||.||.
Sbjct 2069  TCCTCCGAAGTATGTCCCCGCACACTGTTTGCAGCCTCAGCCACAGTGACCTGTCCACGAGGGCTCGGGTGTCT  2142

Query 1813  AGCCCTGGGCCCCCACCCCTCTCCTGTGCTGAGCAGCTTTGCATTGCCAGGCAGGTGGCAGCTGGCATGGCTTA  1886
            ||||||||.||.|||||.||.||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2143  AGCCCTGGTCCTCCACCACTGTCCTGTGCAGAACAGCTCTGCATTGCCAGGCAGGTGGCAGCTGGCATGGCCTA  2216

Query 1887  CCTCTCAGAACGTAAGTTTGTTCACCGAGATTTAGCCACCAGGAACTGCCTGGTGGGCGAGAACATGGTGGTGA  1960
            |||.|||||.||.||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||.||||.|||||||||||
Sbjct 2217  CCTTTCAGAGCGCAAGTTTGTCCACCGGGACTTAGCTACCAGGAACTGCCTGGTTGGGGAGACCATGGTGGTGA  2290

Query 1961  AAATTGCCGACTTTGGCCTCTCCAGGAACATCTACTCAGCAGACTACTACAAAGCTAATGAAAACGACGCTATC  2034
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||.|||.|||.|||||.|||
Sbjct 2291  AAATTGCAGACTTTGGCCTCTCCAGGAACATCTATTCCGCAGACTACTACAAAGCTGATGGAAATGACGCCATC  2364

Query 2035  CCTATCCGTTGGATGCCACCAGAGTCCATTTTTTATAACCGCTACACTACAGAGTCTGATGTGTGGGCCTATGG  2108
            ||||||||.||||||||.||.|||||.||.||.||.|||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||
Sbjct 2365  CCTATCCGCTGGATGCCGCCCGAGTCTATCTTCTACAACCGCTACACCACTGAGTCGGATGTATGGGCCTATGG  2438

Query 2109  CGTGGTCCTCTGGGAGATCTTCTCCTATGGCCTGCAGCCCTACTATGGGATGGCCCATGAGGAGGTCATTTACT  2182
            .|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2439  TGTGGTCCTCTGGGAGATCTTCTCCTATGGGCTGCAGCCCTACTATGGAATGGCCCACGAGGAGGTCATTTACT  2512

Query 2183  ACGTGCGAGATGGCAACATCCTCTCCTGCCCTGAGAACTGCCCCGTGGAGCTGTACAATCTCATGCGTCTATGT  2256
            |.|||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||.||||||||.||||||||.||.|||
Sbjct 2513  ATGTGAGAGATGGCAACATCCTCGCCTGCCCTGAGAACTGCCCCTTGGAACTGTACAACCTCATGCGCCTGTGT  2586

Query 2257  TGGAGCAAGCTGCCTGCAGACAGACCCAGTTTCACCAGTATTCACCGAATTCTGGAACGCATGTGTGAGAGGGC  2330
            |||||||||||||||||.||.||||||||.|||..||||||.|||.|.||.|||.|.||||||||.|||||.||
Sbjct 2587  TGGAGCAAGCTGCCTGCTGATAGACCCAGCTTCTGCAGTATCCACAGGATCCTGCAGCGCATGTGCGAGAGAGC  2660

Query 2331  AGAGGGAACTGTGAGTGTC  2349
            |||||||||.|||.|||||
Sbjct 2661  AGAGGGAACGGTGGGTGTC  2679