Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06649
• Subject: NM_001164414.1
• Aligned Length: 1947
• Identities: 1590
• Gaps: 252

Alignment

Query    1  ATGTCTCGCAGTCCTGATGCGAAGGAAGACCCTGTGGAGTGCCCTCTTTGCATGGAGCCCTTGGAGATAGATGA  74
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct    1  ATGTCTCGCAGTCCTGATGCAAAGGAAGACCCTGTGGAATGCCCTCTTTGCATGGAGCCCTTGGAAATAGATGA  74

Query   75  TATCAACTTTTTCCCTTGCACCTGTGGCTACCAGATTTGCCGATTTTGTTGGCATCGAATTCGCACTGATGAAA  148
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct   75  TATTAACTTTTTCCCTTGCACCTGTGGCTACCAGATATGCCGATTTTGTTGGCATCGAATTCGCACTGATGAGA  148

Query  149  ATGGGCTTTGTCCTGCATGTAGAAAGCCATATCCAGAAGACCCAGCAGTTTATAAACCACTCTCCCAGGAAGAG  222
            |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.
Sbjct  149  ATGGGCTTTGTCCTGCATGTAGAAAACCATATCCAGAAGATCCAGCAGTTTACAAACCACTTTCCCAGGAAGAA  222

Query  223  CTGCAAAGGATAAAGAATGAGAAAAAACAGAAACAAAATGAGAGAAAACAGAAAATATCAGAAAATCGCAAACA  296
            .|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||.|.|||||
Sbjct  223  TTACAAAGGATAAAGAATGAGAAAAAACAGAAACAAAATGAAAGAAAACAGAAAATCTCAGAAAATAGAAAACA  296

Query  297  TTTGGCTAGTGTACGTGTCGTACAAAAAAACCTCGTCTTTGTTGTAGGTTTATCTCAGCGCCTAGCAGACCCAG  370
            ||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||.|.||.|||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTTGGCTAGTGTACGTGTTGTACAAAAAAACCTTGTGTTTGTTGTAGGTCTGTCACAGCGCCTAGCAGACCCAG  370

Query  371  AGGTTTTAAAACGACCAGAATATTTTGGGAAGTTTGGTAAAATACATAAAGTTGTCATCAATAATAGCACATCA  444
            |.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  371  AAGTTTTAAAACGACCAGAGTATTTTGGGAAGTTTGGTAAAATACATAAAGTTGTCATCAATAATAGCACATCC  444

Query  445  TATGCAGGCTCACAGGGTCCAAGTGCCAGTGCTTATGTAACCTATATCCGGTCAGAAGACGCTCTCAGAGCCAT  518
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct  445  TATGCAGGCTCACAGGGTCCGAGTGCCAGTGCTTATGTAACGTATATCCGGTCAGAAGATGCTCTCAGAGCAAT  518

Query  519  ACAGTGTGTCAACAATGTGGTAGTAGATGGCAGAACACTTAAGGCATCTCTAGGTACAACAAAATACTGCAGTT  592
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||.|||||||||||||.||||||||||
Sbjct  519  ACAGTGTGTCAACAATGTGGTAGTAGATGGCAGGACACTAAAGGCATCTTTAGGTACAACAAAGTACTGCAGTT  592

Query  593  ACTTCTTAAAGAATATGCAGTGTCCAAAACCTGACTGCATGTATCTTCATGAATTGGGGGATGAGGCGGCCAGC  666
            |.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct  593  ATTTCTTAAAGAACATGCAGTGCCCAAAGCCTGACTGCATGTATCTTCATGAATTGGGAGATGAGGCAGCCAGC  666

Query  667  TTCACAAAAGAGGAAATGCAGGCGGGTAAACACCAAGAATATGAACAGAAGCTACTTCAAGAATTATATAAATT  740
            |||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct  667  TTCACAAAAGAGGAAATGCAGGCGGGTAAGCACCAAGAATATGAACAGAAGCTCCTCCAAGAATTATATAAATT  740

Query  741  AAATCCCAATTTTCTTCAGCTATCTACGGGTTCAGTTGATAAAAATAAGAACAAAGTGACACCACTGCAGAG--  812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|.||.||  
Sbjct  741  AAATCCCAATTTTCTTCAGCTATCTACGGGTTCAGTTGATAAGAATAAGAACAAAGTGACACCATTACAAAGGT  814

Query  813  -------CCCCATTGACAAACCTTCAGATTCTCTCAGTATAGGGAACGGTGATAATTCCCAGCAGATATCTAAC  879
                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  815  ATGATACCCCCATTGACAAACCTTCAGATTCTCTCAGTATAGGGAATGGTGATAATTCCCAACAGATATCTAAC  888

Query  880  AGTGATACGCCTTCACCACCACCTGGTTTGTCAAAATCCAATCCAGTCATCCCCATCAGTTCATCCAATCACAG  953
            |||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AGTGATACGCCTTCACCACCACCTGGTTTATCAAAATCCAACCCTGTCATCCCCATCAGTTCATCCAATCACAG  962

Query  954  TGCACGGTCCCCTTTTGAAGGGGCAGTAACAGAGTCACAGTCGTTATTCTCAGACATTTTTCGCCATCCCAACC  1027
            |||..||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.|||||||||.|||||||
Sbjct  963  TGCGAGGTCTCCTTTTGAAGGGGCAGTAACAGAGTCACAGTCATTATTCTCAGACAATTTTCGCCACCCCAACC  1036

Query 1028  CTATCCCAAGTGGGCTTCCTCCTTTCCCCAGCTCCCCACAGACATCCAGTGACTGGCCTACAGCACCAGAACCA  1101
            ||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||.|||||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct 1037  CTATACCAAGTGGGCTTCCTCCTTTTCCCAGCTCTCCACAGACACCCAGTGATTGGCCTACAGCTCCAGAACCA  1110

Query 1102  CAGAGCCTCTTCACATCAGAAACAATCCCAGTATCATCCTCTACAGACTGGCAAGCAGCTTTTGGCTTTGGTTC  1175
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||
Sbjct 1111  CAGAGCCTCTTCACATCAGAAACAATCCCAGTTTCATCATCTACAGACTGGCAAGCAGCATTCGGCTTTGGTTC  1184

Query 1176  TTCTAAACAACCAGAGGATGACTTGGGTTTTGATCCCTTCGATGTCACTCGAAAAGCCTTAGCAGACCTGATTG  1249
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TTCTAAACAACCAGAGGATGACTTGGGGTTTGACCCCTTTGATGTCACTCGAAAAGCCTTAGCAGACCTGATTG  1258

Query 1250  AGAAGGAACTGTCCGTTCAAGACCAACCTTCCCTTTCGCCCACATCTCTTCAGAACTCCTCTTCACACACTACA  1323
            ||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||.|||||||||||.
Sbjct 1259  AGAAGGAACTATCCGTCCAAGATCAACCTTCCCTTTCCCCCACATCTCTTCAGAACGCCTCCTCACACACTACG  1332

Query 1324  ACCGCCAAAGGTCCAGGCTCTGGATTCCTGCATCCTGCTGCAGCTACAAATGCCAATTCTCTCAATAGTACCTT  1397
            |||||||||||.||||||||||||||||||||..||||||||.|||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1333  ACCGCCAAAGGGCCAGGCTCTGGATTCCTGCACTCTGCTGCACCTACAAATGCCAACTCTCTCAATAGTACCTT  1406

Query 1398  TTCAGTCTTGCCCCAGAGGTTCCCTCAATTTCAGCAGCACCGAGCGGTTTATAATTCATTCAGTTTTCCAGGCC  1471
            ||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||.||||||||||||
Sbjct 1407  TTCAGTCTTGCCACAGAGGTTCCCTCAATTTCAGCAGCACCGAGCAGTTTATAATTCGTTCGGTTTTCCAGGCC  1480

Query 1472  AGGCAGCCCGCTATCCTTGGATGGCCTTTCCACGCAATAGCATCATGCACTTGAACCACACAGCAAACCCCACC  1545
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGGCAGCCCGCTATCCTTGGATGGCCTTTCCACGCAATAGCATCATGCACTTGAACCACACAGCAAACCCCACC  1554

Query 1546  TCAAATAGTAATTTCTTGGACTTGAATCTCCCGCCACAGCACAACACAGGTCTGGGAGGGATCCCTGTAGCAGG  1619
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||
Sbjct 1555  TCAAATAGTAATTTCTTGGACTTGAATCTCCCGCCACAGCACAACACAGGTCTGGGAGGGATCCCCATAGCAGG  1628

Query 1620  ----------------GGAA-----------------GAAGAGGTGAAGGTTTCGACCATGC----CACTGTC-  1655
                            ||||                 .||||           ||||.||.|    |||||.| 
Sbjct 1629  TATTCCAGCATCTTCAGGAAACACTTTAGACTCTATTCAAGA-----------CGACAATCCTCCACACTGGCT  1691

Query 1656  --AACCTCTTCCCATTCA-----TTACA-ACAAGGAC--------AGCAGCCT----ACAAGTCTCCACACTAC  1709
              ||     |||| |.||     |.||| |.|.||||        .||.||||    ||||    ||.||..||
Sbjct 1692  AAAA-----TCCC-TACAGGCCCTCACAGAGATGGACGGCCCCAGCGCTGCCTCGTCACAA----CCCCATCAC  1755

Query 1710  TGTGGCC-------------------------------------------------------------------  1716
            .|.|.||                                                                   
Sbjct 1756  AGCGCCCCCTTCAGCACACAGATCCCTCTGCACAGAGCCAGTTGGAACCCCTACCCACCTCCTTCAAATCCCTC  1829

Query 1717  --------------------------------------------------------------------------  1716
                                                                                      
Sbjct 1830  CAGCTTCCACTCTCCACCCCCAGGCTTCCAGACAGCCTTCAGACCCCCCAGCAAAACCCCCACAGATCTGCTAC  1903

Query 1717  -----------------------  1716
                                   
Sbjct 1904  AGAGTTCCACACTGGACCGCCAC  1926