Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06696
• Subject: NM_001177875.1
• Aligned Length: 2268
• Identities: 2097
• Gaps: 159

Alignment

Query    1  ATGGAGCGAAGAGCCTGGAGTCTGCAGTGCACTGCTTTCGTCCTCTTTTGCGCTTGGTGTGCACTGAACAGTGC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  AAAAGCGAAAAGGCAATTTGTCAATGAATGGGCAGCGGAGATCCCCGGGGGCCCGGAAGCAGCCTCGGCCATCG  148
                                                                                  ||  
Sbjct    1  ----------------------------------------------------------------------AT--  2

Query  149  CCGAGGAGCTGGG--CTATGACCTT-------TTGGGTCAGATTGGTTCACTTGAAAATCACTACTTATTCAAA  213
                ||.|..|||  ||||..|.||       ||..|.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    3  ----GGGGAAGGGATCTATTTCTTTCTTGTTCTTCAGCCAAATTGGTTCACTTGAAAATCACTACTTATTCAAA  72

Query  214  CATAAAAACCACCCCAGAAGGTCTCGAAGGAGTGCCTTTCATATCACTAAGAGATTATCTGATGATGATCGTGT  287
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   73  CATAAAAACCACCCCAGAAGGTCTCGAAGGAGTGCCTTTCATATCACTAAGAGATTATCTGATGATGATCGTGT  146

Query  288  GATATGGGCTGAACAACAGTATGAAAAAGAAAGAAGTAAACGTTCAGCTCTAAGGGACTCAGCACTAAATCTCT  361
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  147  GATATGGGCTGAACAACAGTATGAAAAAGAAAGAAGTAAACGTTCAGCTCTAAGGGACTCAGCACTAAATCTCT  220

Query  362  TCAATGATCCCATGTGGAATCAGCAATGGTACTTGCAAGATACCAGGATGACGGCAGCCCTGCCCAAGCTGGAC  435
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  221  TCAATGATCCCATGTGGAATCAGCAATGGTACTTGCAAGATACCAGGATGACGGCAGCCCTGCCCAAGCTGGAC  294

Query  436  CTTCATGTGATACCTGTTTGGCAAAAAGGCATTACGGGCAAAGGAGTTGTTATCACCGTACTGGATGATGGTTT  509
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  295  CTTCATGTGATACCTGTTTGGCAAAAAGGCATTACGGGCAAAGGAGTTGTTATCACCGTACTGGATGATGGTTT  368

Query  510  GGAGTGGAATCACACGGACATTTATGCCAACTATGATCCAGAGGCTAGCTATGATTTTAATGATAATGACCATG  583
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  369  GGAGTGGAATCACACGGACATTTATGCCAACTATGATCCAGAGGCTAGCTATGATTTTAATGATAATGACCATG  442

Query  584  ATCCATTTCCCCGATATGATCCCACAAACGAGAACAAACACGGGACCAGATGTGCAGGAGAAATTGCCATGCAA  657
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  443  ATCCATTTCCCCGATATGATCCCACAAACGAGAACAAACACGGGACCAGATGTGCAGGAGAAATTGCCATGCAA  516

Query  658  GCAAATAATCACAAATGCGGGGTTGGAGTTGCATACAATTCCAAAGTTGGAGGCATAAGAATGCTGGATGGCAT  731
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  517  GCAAATAATCACAAATGCGGGGTTGGAGTTGCATACAATTCCAAAGTTGGAGGCATAAGAATGCTGGATGGCAT  590

Query  732  TGTGACGGATGCTATTGAGGCCAGTTCAATTGGATTCAATCCTGGACACGTGGATATTTACAGTGCAAGCTGGG  805
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  591  TGTGACGGATGCTATTGAGGCCAGTTCAATTGGATTCAATCCTGGACACGTGGATATTTACAGTGCAAGCTGGG  664

Query  806  GCCCTAATGATGATGGGAAAACTGTGGAGGGGCCTGGCCGGCTAGCCCAGAAGGCTTTTGAATATGGTGTCAAA  879
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  665  GCCCTAATGATGATGGGAAAACTGTGGAGGGGCCTGGCCGGCTAGCCCAGAAGGCTTTTGAATATGGTGTCAAA  738

Query  880  CAGGGGAGACAGGGGAAGGGGTCCATCTTCGTCTGGGCTTCGGGAAACGGGGGGCGTCAGGGAGATAATTGTGA  953
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  739  CAGGGGAGACAGGGGAAGGGGTCCATCTTCGTCTGGGCTTCGGGAAACGGGGGGCGTCAGGGAGATAATTGTGA  812

Query  954  CTGTGATGGCTACACAGACAGCATCTACACCATCTCCATCAGCAGTGCCTCCCAGCAAGGCCTATCCCCCTGGT  1027
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  813  CTGTGATGGCTACACAGACAGCATCTACACCATCTCCATCAGCAGTGCCTCCCAGCAAGGCCTATCCCCCTGGT  886

Query 1028  ACGCTGAGAAGTGCTCCTCCACACTGGCCACCTCTTACAGCAGCGGAGATTACACCGACCAGAGAATCACGAGC  1101
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  887  ACGCTGAGAAGTGCTCCTCCACACTGGCCACCTCTTACAGCAGCGGAGATTACACCGACCAGAGAATCACGAGC  960

Query 1102  GCTGACCTGCACAATGACTGCACGGAGACGCACACAGGCACCTCGGCCTCTGCACCTCTGGCTGCTGGCATCTT  1175
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  961  GCTGACCTGCACAATGACTGCACGGAGACGCACACAGGCACCTCGGCCTCTGCACCTCTGGCTGCTGGCATCTT  1034

Query 1176  CGCTCTGGCCCTGGAAGCAAACCCAAATCTCACCTGGCGAGATATGCAGCACCTGGTTGTCTGGACCTCTGAGT  1249
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035  CGCTCTGGCCCTGGAAGCAAACCCAAATCTCACCTGGCGAGATATGCAGCACCTGGTTGTCTGGACCTCTGAGT  1108

Query 1250  ATGACCCGCTGGCCAATAACCCTGGATGGAAAAAGAATGGAGCAGGCTTGATGGTGAATAGTCGATTTGGATTT  1323
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1109  ATGACCCGCTGGCCAATAACCCTGGATGGAAAAAGAATGGAGCAGGCTTGATGGTGAATAGTCGATTTGGATTT  1182

Query 1324  GGCTTGCTAAATGCCAAAGCTCTGGTGGATTTAGCTGACCCCAGGACCTGGAGGAGCGTGCCTGAGAAGAAAGA  1397
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183  GGCTTGCTAAATGCCAAAGCTCTGGTGGATTTAGCTGACCCCAGGACCTGGAGGAGCGTGCCTGAGAAGAAAGA  1256

Query 1398  GTGTGTTGTAAAGGACAATGACTTTGAGCCCAGAGCCCTGAAAGCTAATGGAGAAGTTATCATTGAAATTCCAA  1471
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257  GTGTGTTGTAAAGGACAATGACTTTGAGCCCAGAGCCCTGAAAGCTAATGGAGAAGTTATCATTGAAATTCCAA  1330

Query 1472  CAAGAGCTTGTGAAGGACAAGAAAATGCTATCAAGTCCCTGGAGCATGTACAATTTGAAGCAACAATTGAATAT  1545
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1331  CAAGAGCTTGTGAAGGACAAGAAAATGCTATCAAGTCCCTGGAGCATGTACAATTTGAAGCAACAATTGAATAT  1404

Query 1546  TCCCGAAGAGGAGACCTTCATGTCACACTTACTTCTGCTGCTGGAACTAGCACTGTGCTCTTGGCTGAAAGAGA  1619
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405  TCCCGAAGAGGAGACCTTCATGTCACACTTACTTCTGCTGCTGGAACTAGCACTGTGCTCTTGGCTGAAAGAGA  1478

Query 1620  ACGGGATACATCTCCTAATGGCTTTAAGAATTGGGACTTCATGTCTGTTCACACATGGGGAGAGAACCCTATAG  1693
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1479  ACGGGATACATCTCCTAATGGCTTTAAGAATTGGGACTTCATGTCTGTTCACACATGGGGAGAGAACCCTATAG  1552

Query 1694  GTACTTGGACTTTGAGAATTACAGACATGTCTGGAAGAATTCAAAATGAAGGAAGAATTGTGAACTGGAAGCTG  1767
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553  GTACTTGGACTTTGAGAATTACAGACATGTCTGGAAGAATTCAAAATGAAGGAAGAATTGTGAACTGGAAGCTG  1626

Query 1768  ATTTTGCACGGGACCTCTTCTCAGCCAGAGCATATGAAGCAGCCTCGTGTGTACACGTCCTACAACACTGTTCA  1841
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627  ATTTTGCACGGGACCTCTTCTCAGCCAGAGCATATGAAGCAGCCTCGTGTGTACACGTCCTACAACACTGTTCA  1700

Query 1842  GAATGACAGAAGAGGGGTGGAGAAGATGGTGGATCCAGGGGAGGAGCAGCCCACACAAGAGAACCCTAAGGAGA  1915
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701  GAATGACAGAAGAGGGGTGGAGAAGATGGTGGATCCAGGGGAGGAGCAGCCCACACAAGAGAACCCTAAGGAGA  1774

Query 1916  ACACCCTGGTGTCCAAAAGCCCCAGCAGCAGCAGCGTAGGGGGCCGGAGGGATGAGTTGGAGGAGGGAGCCCCT  1989
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1775  ACACCCTGGTGTCCAAAAGCCCCAGCAGCAGCAGCGTAGGGGGCCGGAGGGATGAGTTGGAGGAGGGAGCCCCT  1848

Query 1990  TCCGAGGCCATGCTGCGACTCCTGCAAAGTGCTTTCAGTAAAAACTCACCGCCAAAGCAATCACCAAAGAAGTC  2063
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849  TCCCAGGCCATGCTGCGACTCCTGCAAAGTGCTTTCAGTAAAAACTCACCGCCAAAGCAATCACCAAAGAAGTC  1922

Query 2064  CCCAACTGCAAAGCTCAACATCCCTTATGAAAACTTCTACGAAGCCCTGGAAAAGCTGAACAAACCTTCCCAGC  2137
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923  CCCAAGTGCAAAGCTCAACATCCCTTATGAAAACTTCTACGAAGCCCTGGAAAAGCTGAACAAACCTTCCCAGC  1996

Query 2138  TTAAAGACTCTGAAGACAGTCTGTATAATGACTATGTTGATGTTTTTTATAACACTAAACCTTACAAGCACAGA  2211
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1997  TTAAAGACTCTGAAGACAGTCTGTATAATGACTATGTTGATGTTTTTTATAACACTAAACCTTACAAGCACAGA  2070

Query 2212  GACGACCGGCTGCTTCAAGCTCTGGTGGACATTCTGAATGAGGAAAAT  2259
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2071  GACGACCGGCTGCTTCAAGCTCTGGTGGACATTCTGAATGAGGAAAAT  2118