Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06819
• Subject: NM_001161838.1
• Aligned Length: 1241
• Identities: 1086
• Gaps: 10

Alignment

Query    1  ATGATTCTTCACAGATTAAAAGAAAGATTTCAGCTTTCCTTAAGACAAGACAAAGAGAAAAACCAGGAGATCCA  74
            ||||||.||.||||.|||||||||||..||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGATTATTTACAGGTTAAAAGAAAGGCTTCAGCTTTCCTTAAGACAAGATAAAGAGAAAAACCAGGAGATCCA  74

Query   75  CCTATCGCCCATCACATTACAGCCAGCACTGTCCGAGGCAAAGACAGTCCACAGCATGGTCCAACCTGAGCAGG  148
            ||||||.|||||..||...||||.|||||..||.|||||.|||||...|||||||||||||||.||.||.||||
Sbjct   75  CCTATCACCCATTGCACGGCAGCAAGCACAATCGGAGGCCAAGACGACCCACAGCATGGTCCAGCCCGATCAGG  148

Query  149  CCCCAAAGGTACTGAATGTTGTCGTGGACCCTCAAGGCCGAGGTGCTCCTGAGA-TCAAAGCTACCACCGCTAC  221
            |.||||||||.|||||.||.||.||||||||||||||||.|.|..||||||||| ||.||.| |.||||.|.||
Sbjct  149  CGCCAAAGGTGCTGAACGTGGTTGTGGACCCTCAAGGCCAATGCACTCCTGAGATTCGAAAC-AGCACCTCCAC  221

Query  222  CTCTGTTTGCCCTTCTCCTTTCAAAATGAAGCCCATAGGACTTCAAAAGAGAAGAGGGTCCAACGTATCTCTTA  295
            ||||||.|||||||||||.||||.||||||||||||||||||.||..||.||.||||.|||||.||||||||||
Sbjct  222  CTCTGTCTGCCCTTCTCCCTTCAGAATGAAGCCCATAGGACTCCAGGAGCGACGAGGTTCCAATGTATCTCTTA  295

Query  296  CATTGGACATGAGTAGCTTGGGGAACATTGAACCCTTTGT----GTCTATACCAACACCACGGGAGAAGGTAGC  365
            |..||||||||||||||.||||.|...|.|||||||||||    ||||    ||||.||.||||||||||||||
Sbjct  296  CGCTGGACATGAGTAGCCTGGGCAGTGTGGAACCCTTTGTGGCCGTCT----CAACCCCCCGGGAGAAGGTAGC  365

Query  366  AATGGAGTATCTGCAGTCAGCCAGCCGAATTCTCACAAGGTCTCAGCTGAGGGACGTCGTGGCAAGTTCACATT  439
            .|||||.||.||||||||||||||||||.||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||.||..
Sbjct  366  CATGGAATACCTGCAGTCAGCCAGCCGAGTTCTCACACGGTCACAGCTGAGGGACGTCGTGGCAAGTTCCCACC  439

Query  440  TACTCCAAAGTGAATTCATGGAAATACCAATGAACTTTGTGGATCCCAAAGAAATTGATATTCCGCGTCATGGA  513
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||
Sbjct  440  TACTTCAAAGTGAATTCATGGAAATACCAATGAATTTTGTGGATCCCAAAGAAATTGATATTCCACGTCACGGA  513

Query  514  ACTAAAAATCGCTATAAGACCATTTTACCAAATCCCCTCAGCAGAGTGTGTTTAAGACCAAAAAATGTAACCGA  587
            |||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||
Sbjct  514  ACTAAAAATCGTTATAAGACCATTTTGCCAAATCCCCTCAGCAGAGTGTGCTTAAGACCAAAAAATATAACCGA  587

Query  588  TTCATTGAGCACCTACATTAATGCTAATTATATTAGGGGCTACAGTGGCAAGGAGAAAGCCTTCATTGCCACGC  661
            |||.|||||.||.|||||.||||||||.||||||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  588  TTCCTTGAGTACTTACATAAATGCTAACTATATTCGGGGCTACAGTGGTAAGGAGAAAGCCTTCATTGCCACCC  661

Query  662  AGGGCCCCATGATCAACACCGTGGATGATTTCTGGCAGATGGTTTGGCAGGAAGACAGCCCTGTGATTGTTATG  735
            |||||||||||||||||||.|||.||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||.|||
Sbjct  662  AGGGCCCCATGATCAACACTGTGAATGACTTCTGGCAGATGGTGTGGCAAGAAGACAGTCCCGTGATTGTGATG  735

Query  736  ATCACAAAACTCAAAGAAAAAAATGAGAAATGTGTGCTATACTGGCCGGAAAAGAGAGGGATATATGGAAAAGT  809
            |||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.||.||.||
Sbjct  736  ATCACGAAACTCAAAGAGAAAAATGAGAAATGTGTGCTCTACTGGCCAGAAAAGAGAGGGATTTACGGCAAGGT  809

Query  810  TGAGGTTCTGGTTATCAGTGTAAATGAATGTGATAACTACACCATTCGAAACCTTGTCTTAAAGCAAGGAAGCC  883
            ||||||||||||.|.|.||||.|..||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct  810  TGAGGTTCTGGTCACCGGTGTGACCGAATGTGATAACTACACCATCCGCAACCTCGTCTTAAAGCAAGGAAGTC  883

Query  884  ACACCCAACATGTGAAGCATTACTGGTACACCTCATGGCCTGATCACAAGACTCCAGACAGTGCCCAGCCCCTC  957
            |||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  884  ACACCCAACATGTGAAGCACTACTGGTACACTTCATGGCCGGATCATAAGACTCCAGACAGTGCCCAGCCCCTT  957

Query  958  CTACAGCTCATGCTGGATGTAGAAGAAGACAGACTTGCTTCCCAGGGCCGAGGGCCTGTGGTTGTCCACTGCAG  1031
            ||.|||||||||.|||||||.||||||||||||||.||.||..|.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  958  CTGCAGCTCATGTTGGATGTGGAAGAAGACAGACTGGCCTCTGAAGGCCGAGGGCCTGTGGTTGTCCACTGCAG  1031

Query 1032  TGCAGGAATAGGTAGAACAGGGTGTTTTATTGCTACATCCATTGGCTGTCAACAGCTGAAAGAAGAAGGAGTTG  1105
            |||.||.||.||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||..||||||||||||||||||
Sbjct 1032  TGCGGGGATTGGGAGAACTGGGTGTTTCATCGCTACATCCATTGGCTGTCAACAATTGAAAGAAGAAGGAGTTG  1105

Query 1106  TGGATGCACTAAGCATTGTCTGCCAGCTTCGTATGGATAGAGGTGGAATGGTGCAAACCAGTGAGCAGTATGAA  1179
            |.||.||||||||.||||||||||||||||||.|.||.||.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 1106  TAGACGCACTAAGTATTGTCTGCCAGCTTCGTGTAGACAGGGGTGGTATGGTCCAAACCAGCGAGCAGTATGAA  1179

Query 1180  TTTGTGCACCATGCTCTGTGCCTGTATGAGAGCAGACTTTCAGCAGAGACTGTCCAG  1236
            |||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||.||||.||||||.||
Sbjct 1180  TTTGTGCACCATGCTCTGTGCCTGTTCGAGAGCAGACTTTCACCAGAAACTGTCGAG  1236