Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_07048
• Subject: NM_001354704.2
• Aligned Length: 2094
• Identities: 1708
• Gaps: 381

Alignment

Query    1  ATGAGGCTCGCCGTGGGAGCCCTGCTGGTCTGCGCCGTCCTGGGGCTGTGTCTGGCTGTCCCTGATAAAACTGT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GAGATGGTGTGCAGTGTCGGAGCATGAGGCCACTAAGTGCCAGAGTTTCCGCGACCATATGAAAAGCGTCATTC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CATCCGATGGTCCCAGTGTTGCTTGTGTGAAGAAAGCCTCCTACCTTGATTGCATCAGGGCCATTGCGGCAAAC  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GAAGCGGATGCTGTGACACTGGATGCAGGTTTGGTGTATGATGCTTACCTGGCTCCCAATAACCTGAAGCCTGT  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  GGTGGCAGAGTTCTATGGGTCAAAAGAGGATCCACAGACTTTCTATTATGCTGTTGCTGTGGTGAAGAAGGATA  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  GTGGCTTCCAGATGAACCAGCTTCGAGGCAAGAAGTCCTGCCACACGGGTCTAGGCAGGTCCGCTGGGTGGAAC  444
                       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -----------ATGAACCAGCTTCGAGGCAAGAAGTCCTGCCACACGGGTCTAGGCAGGTCCGCTGGGTGGAAC  63

Query  445  ATCCCCATAGGCTTACTTTACTGTGACTTACCTGAGCCACGTAAACCTCTTGAGAAAGCAGTGGCCAATTTCTT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   64  ATCCCCATAGGCTTACTTTACTGTGACTTACCTGAGCCACGTAAACCTCTTGAGAAAGCAGTGGCCAATTTCTT  137

Query  519  CTCGGGCAGCTGTGCCCCTTGTGCGGATGGGACGGACTTCCCCCAGCTGTGTCAACTGTGTCCAGGGTGTGGCT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  138  CTCGGGCAGCTGTGCCCCTTGTGCGGATGGGACGGACTTCCCCCAGCTGTGTCAACTGTGTCCAGGGTGTGGCT  211

Query  593  GCTCCACCCTTAACCAATACTTCGGCTACTCAGGAGCCTTCAAGTGTCTGAAGAATGGTGCTGGGGATGTGGCC  666
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  212  GCTCCACCCTTAACCAATACTTCGGCTACTCGGGAGCCTTCAAGTGTCTGAAGGATGGTGCTGGGGATGTGGCC  285

Query  667  TTTGTCAAGCACTCGACTATATTTGAGAACTTGGCAAACAAGGCTGACAGGGACCAGTATGAGCTGCTTTGCCT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  286  TTTGTCAAGCACTCGACTATATTTGAGAACTTGGCAAACAAGGCTGACAGGGACCAGTATGAGCTGCTTTGCCT  359

Query  741  GGACAACACCCGGAAGCCGGTAGATGAATACAAGGACTGCCACTTGGCCCAGGTCCCTTCTCATACCGTCGTGG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  360  GGACAACACCCGGAAGCCGGTAGATGAATACAAGGACTGCCACTTGGCCCAGGTCCCTTCTCATACCGTCGTGG  433

Query  815  CCCGAAGTATGGGCGGCAAGGAGGACTTGATCTGGGAGCTTCTCAACCAGGCCCAGGAACATTTTGGCAAAGAC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  434  CCCGAAGTATGGGCGGCAAGGAGGACTTGATCTGGGAGCTTCTCAACCAGGCCCAGGAACATTTTGGCAAAGAC  507

Query  889  AAATCAAAAGAATTCCAACTATTCAGCTCTCCTCATGGGAAGGACCTGCTGTTTAAGGACTCTGCCCACGGGTT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  508  AAATCAAAAGAATTCCAACTATTCAGCTCTCCTCATGGGAAGGACCTGCTGTTTAAGGACTCTGCCCACGGGTT  581

Query  963  TTTAAAAGTCCCCCCCAGGATGGATGCCAAGATGTACCTGGGCTATGAGTATGTCACTGCCATCCGGAATCTAC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  582  TTTAAAAGTCCCCCCCAGGATGGATGCCAAGATGTACCTGGGCTATGAGTATGTCACTGCCATCCGGAATCTAC  655

Query 1037  GGGAAGGCACATGCCAAGAAGCCCCAACAGATGAATGCAAGCCTGTGAAGTGGTGTGCGCTGAGCCACCACGAG  1110
            |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  656  GGGAAGGCACATGCCCAGAAGCCCCAACAGATGAATGCAAGCCTGTGAAGTGGTGTGCGCTGAGCCACCACGAG  729

Query 1111  AGGCTCAAGTGTGATGAGTGGAGTGTTAACAGTGTAGGGAAAATAGAGTGTGTATCAGCAGAGACCACCGAAGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  730  AGGCTCAAGTGTGATGAGTGGAGTGTTAACAGTGTAGGGAAAATAGAGTGTGTATCAGCAGAGACCACCGAAGA  803

Query 1185  CTGCATCGCCAAGATCATGAATGGAGAAGCTGATGCCATGAGCTTGGATGGAGGGTTTGTCTACATAGCGGGCA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  804  CTGCATCGCCAAGATCATGAATGGAGAAGCTGATGCCATGAGCTTGGATGGAGGGTTTGTCTACATAGCGGGCA  877

Query 1259  AGTGTGGTCTGGTGCCNGTCTTGGCAGAAAACTACAATAAGAGCGATAATTGTGAGGATACACCAGAGGCAGGG  1332
            ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  878  AGTGTGGTCTGGTGCCTGTCTTGGCAGAAAACTACAATAAGAGCGATAATTGTGAGGATACACCAGAGGCAGGG  951

Query 1333  TATTTTGCTGTAGCAGTGGTGAAGAAATCAGCTTCTGACCTCACCTGGGACAATCTGAAAGGCAAGAAGTCCTG  1406
            |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  952  TATTTTGCTATAGCAGTGGTGAAGAAATCAGCTTCTGACCTCACCTGGGACAATCTGAAAGGCAAGAAGTCCTG  1025

Query 1407  CCATACGGCAGTTGGCAGAACCGCTGGCTGGAACATCCCCATGGGCCTGCTCTACAATAAGATCAACCACTGCA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1026  CCATACGGCAGTTGGCAGAACCGCTGGCTGGAACATCCCCATGGGCCTGCTCTACAATAAGATCAACCACTGCA  1099

Query 1481  GATTTGATGAATTTTTCAGTGAAGGTTGTGCCCCTGGGTCTAAGAAAGACTCCAGTCTCTGTAAGCTGTGTATG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100  GATTTGATGAATTTTTCAGTGAAGGTTGTGCCCCTGGGTCTAAGAAAGACTCCAGTCTCTGTAAGCTGTGTATG  1173

Query 1555  GGCTCAGGCCTAAACCTGTGTGAACCCAACAACAAAGAGGGATACTACGGCTACACAGGCGCTTTCAGGTGTCT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1174  GGCTCAGGCCTAAACCTGTGTGAACCCAACAACAAAGAGGGATACTACGGCTACACAGGCGCTTTCAGGTGTCT  1247

Query 1629  GGTTGAGAAGGGAGATGTGGCCTTTGTGAAACACCAGACTGTCCCACAGAACACTGGGGGAAAAAACCCTGATC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248  GGTTGAGAAGGGAGATGTGGCCTTTGTGAAACACCAGACTGTCCCACAGAACACTGGGGGAAAAAACCCTGATC  1321

Query 1703  CATGGGCTAAGAATCTGAATGAAAAAGACTATGAGTTGCTGTGCCTTGATGGTACCAGGAAACCTGTGGAGGAG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322  CATGGGCTAAGAATCTGAATGAAAAAGACTATGAGTTGCTGTGCCTTGATGGTACCAGGAAACCTGTGGAGGAG  1395

Query 1777  TATGCGAACTGCCACCTGGCCAGAGCCCCGAATCACGCTGTGGTCACACGGAAAGATAAGGAAGCTTGCGTCCA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1396  TATGCGAACTGCCACCTGGCCAGAGCCCCGAATCACGCTGTGGTCACACGGAAAGATAAGGAAGCTTGCGTCCA  1469

Query 1851  CAAGATATTACGTCAACAGCAGCACCTATTTGGAAGCAACGTAACTGACTGCTCGGGCAACTTTTGTTTGTTCC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1470  CAAGATATTACGTCAACAGCAGCACCTATTTGGAAGCAACGTAACTGACTGCTCGGGCAACTTTTGTTTGTTCC  1543

Query 1925  GGTCGGAAACCAAGGACCTTCTGTTCAGAGATGACACAGTATGTTTGGCCAAACTTCATGACAGAAACACATAT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1544  GGTCGGAAACCAAGGACCTTCTGTTCAGAGATGACACAGTATGTTTGGCCAAACTTCATGACAGAAACACATAT  1617

Query 1999  GAAAAATACTTAGGAGAAGAATATGTCAAGGCTGTTGGTAACCTGAGAAAATGCTCCACCTCATCACTCCTGGA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618  GAAAAATACTTAGGAGAAGAATATGTCAAGGCTGTTGGTAACCTGAGAAAATGCTCCACCTCATCACTCCTGGA  1691

Query 2073  AGCCTGCACTTTCCGTAGACCT  2094
            ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1692  AGCCTGCACTTTCCGTAGACCT  1713