Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_07177
- Subject:
- NM_013359.2
- Aligned Length:
- 2197
- Identities:
- 1579
- Gaps:
- 422
Alignment
Query 1 ------------------------------------------------------------------ATGACCAC 8
||||||||
Sbjct 1 ATGATTTCACCTTCACTTGAACTGCTTCATTCAGGACTCTGCAAATTCCCTGAAGTAGAAGGAAAAATGACCAC 74
Query 9 GTTCAAGGAGGCAATGACCTTCAAGGACGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAAGAGCTGGGGCTGCTGGACCTTG 82
.|||||.||||||.||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.||
Sbjct 75 ATTCAAAGAGGCAGTGACATTCAAGGATGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAGGAGCTGGGGCTGCTGGACCCTG 148
Query 83 CTCAGAGGAAGCTGTATCGAGATGTGATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGT-GGGACATCAAGCATT 155
|.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||| |||| |||||.||||
Sbjct 149 CCCAGAGGAAGCTGTACCGAGATGTGATGCTAGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTAGGGA-ATCAACCATT 221
Query 156 CCACAGGGATACTTTCCACTTCCTAAGGGAA-GAAAAGATTTGGATGATGAAGACAGCAATCCAAAGGGAAGGG 228
||||...|||||||||||||| ||.|||||| ||||||.||||||.||||||||||.|||.||||||.||||||
Sbjct 222 CCACCAAGATACTTTCCACTT-CTTAGGGAAGGAAAAGTTTTGGAAGATGAAGACAACAAGCCAAAGAGAAGGG 294
Query 229 AATTCAGGAGACAAGATCCAAACTGAGATGGAGACTGTTTCAGAAGCAGGAACACATCAAGAGTGGTCCTTCCA 302
||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||..||
Sbjct 295 AATTCAGGAGGCAAGATCCAAATTGAGATGGAGACTGTTCCAGAAGCAGGACCACATGAAGAGTGGTCCTGTCA 368
Query 303 GCAAATCTGGGAAAAAATTGCAAGTGATTTAACCAGGTCTCAAGACTTGGTGATAAATAGCTCTCAGTTCTCCA 376
||||||.||||||.|||||||||||||..||||||||||||||.|||...|.|..||.|||||||||||||.||
Sbjct 369 GCAAATATGGGAACAAATTGCAAGTGACCTAACCAGGTCTCAAAACTCCATAAGGAACAGCTCTCAGTTCTTCA 442
Query 377 AAGAAGGTGATTTCCCCTGCCAGACTGAGGCAGGACTATCTGTAATTCAC--ACAAGACAGAAATCTTCCCAGG 448
|||||||||||.||||||||||||.|||||||.||||||||.|||.|||| .|| |||||||.|||.||...
Sbjct 443 AAGAAGGTGATGTCCCCTGCCAGATTGAGGCAAGACTATCTATAAGTCACGTGCA--ACAGAAACCTTACCGTT 514
Query 449 GCAATGGATATAAACCATCCTTCAGTGATGTCTCCCTCTTTGATTTTCATCAACAATTACACTCAGGAGAGAAA 522
|.||||.||.|||||..||||||||||||||.||..||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 515 GTAATGAATGTAAACAGTCCTTCAGTGATGTTTCTGTCTTTGATCTTCATCAACAATCACACTCAGGAGAGAAA 588
Query 523 TCTCATACGTGTGATGAGTGTGGAAAGAACTTTTGTTACATCTCAGCCCTTCGTATTCATCAGAGAGTCCACAT 596
||||||||.||||.||||||||||||.|.|||.|||||||.|.|||||||||.||||||||||||||||||.||
Sbjct 589 TCTCATACATGTGGTGAGTGTGGAAAAAGCTTCTGTTACAGCCCAGCCCTTCATATTCATCAGAGAGTCCATAT 662
Query 597 GGGAGAGAAATGCTATAAGTGTGACGTGTGTGGTAAGGAATTCAGTCAGAGTTCACATCTGCAAACTCATCAGA 670
||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|.||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 GGGAGAAAAATGCTATAAGTGTGATGTGTGTGGTAAGGAATTTAATCAGAGCTCACATCTGCAAACTCATCAGA 736
Query 671 GAGTCCACACTGGAGAGAAACCGTTCAAATGTGTGGAATGTGGGAAAGGCTTCAGTCGTAGATCAGCACTTAAT 744
|||||||.||||||||||||||.||||||||||.|.|||||||||||||||||..|.|||||||||||||||||
Sbjct 737 GAGTCCATACTGGAGAGAAACCATTCAAATGTGGGCAATGTGGGAAAGGCTTCCATAGTAGATCAGCACTTAAT 810
Query 745 GTTCATCACAAATTACACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGCGGGAAGGCCTTCATTCACGATTC 818
||||||..||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 811 GTTCATTGCAAATTGCACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGTGGGAAAGCCTTCATTCATGATTC 884
Query 819 CCAGCTTCAAGAACATCAGAGAATCCATACGGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAAGAGCTTCT 892
.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 885 ACAGCTTCAAGAACATCAGAGAATCCATACTGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAAGAGCTTCC 958
Query 893 GTGGTAGATCAAGACTTAATAGGCATTCCATGGTTCACACGGCAGAGAAACCATTCCGATGTGATACGTGTGAT 966
|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||.|||||||||.||||||||||.||||..
Sbjct 959 GTGTTAGATCAAGACTTAATAGGCATTCCATGGTTCACACAGGAGAAAAACCATTCAGATGTGATACATGTGGC 1032
Query 967 AAGAGCTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAATAGTCATCGCATGATCCACACAGGAGAGAAACCATACAAATGTGA 1040
||||.|||||||||||||||||||||||||||||||..||||.||||||.||.||||||.||||||||||||||
Sbjct 1033 AAGAACTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAATAGTCATTCCATGGTCCACATAGAAGAGAAGCCATACAAATGTGA 1106
Query 1041 GGAGTGTGGAAAAGGCTTTATTTGTAGGCGAGATCTTTATACGCATCATATGGTCCACACGGGAGAAAAGCCAT 1114
|.|.||||||||||||||.|||||||||||||||.|||.||.||||||.|||||||||||.|||||.||.||||
Sbjct 1107 GCAATGTGGAAAAGGCTTCATTTGTAGGCGAGATTTTTGTAAGCATCAGATGGTCCACACAGGAGAGAAACCAT 1180
Query 1115 ATAATTGTAAAGAGTGTGGGAAGAGCTTCAGATGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGCGAGTCCACAGTGGA 1188
|||||||||||||.||||||||||.||||||||||.||||.|||||||||||.|||||||.|||||||||||||
Sbjct 1181 ATAATTGTAAAGAATGTGGGAAGACCTTCAGATGGTCCTCATGTCTTTTGAACCATCAGCAAGTCCACAGTGGA 1254
Query 1189 GAAAAACCATTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAAGGATTTTACACAAATTCACAATGCTATTCCCACCAGAGATC 1262
.|||||.|.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||.|.|.|.||||||.||||||||
Sbjct 1255 CAAAAATCCTTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAGGGATTTTATACAAATTCACGACGATCTTCCCATCAGAGATC 1328
Query 1263 CCATAGTGGAGAAAAACCATACAAATGTGTGGAGTGTGGGAAGGGCTACAAAAGGAGGTTGGATCTTGACTTTC 1336
|||.|.|||||||||.|||||.||.||||.|||||||||.||||.|||.||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1329 CCACAATGGAGAAAAGCCATATAACTGTGAGGAGTGTGGTAAGGACTATAAAAGGAGGTTGGATCTTGAGTTTC 1402
Query 1337 ACCAGCGCGTCCATACAGGAGAGAAACTGTATAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTTAGTCGGGCCCCATGT 1410
|||||.|.|||||.||.||.||||.||..||||||||||||||||||||.|||||||||.|..|||||.|.|||
Sbjct 1403 ACCAGAGGGTCCACACGGGTGAGAGACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGCAAGAGCTTTGGCTGGGCCTCCTGT 1476
Query 1411 CTTTTGAAACATGAGAGACTCCACAGTGGAGAAAAACCATTCCAATGTGAAGAGTGTGGGAAGAGATTTACTCA 1484
||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||.|||.||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1477 CTTTTGAAACATCAGAGACTCCACAGTGGGGAAAAACCTTTCAAATGTGAAGAGTGTGGAAAGAGATTTACTCA 1550
Query 1485 AAATTCACATCTTCATTCCCATCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGTGAGAAGTGTGGAAAGG 1558
.|.||||||.||||||||||||||||.|...||.|||||||||||||.|||||||||||||.||||||..||||
Sbjct 1551 GAGTTCACAACTTCATTCCCATCAGACATGCCATACTGGAGAAAAGCTATACAAATGTGAGCAGTGTGAGAAGG 1624
Query 1559 GCTACAATAGTAAGTTTAATCTTGATATGCACCAGAAGGTCCACACAGGAGAGAGACCATACAATTGTAAGGAA 1632
|.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||||.|||||||...||||||.||||.||.||||||||||||
Sbjct 1625 GGTACAACAGTAAATTTAATCTTGACATGCACCAGAGGGTCCACGGGGGAGAGCGACCCTATAATTGTAAGGAA 1698
Query 1633 TGTGGGAAGAGCTTTGGCTGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGAGACTGCACAGTGGAGAAAAACCATTCAA 1706
|||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 1699 TGTGGAAAGAGCTTTGGCTGGGCTTCATGTCTTTTGAAACATCAGAGACTCCACAGTGGAGAAAAGCCATTGAA 1772
Query 1707 ATGTGAAGAGTGTGGGAAAAGATTTACTCAGAATTCACAGCTTCATTCTCATCA--AAG----AGTGCACACTG 1774
||.|| |||||||||||.||||.|||||||||||||||||||||||..||||| ||| .||| |
Sbjct 1773 ATCTG--GAGTGTGGGAAGAGATCTACTCAGAATTCACAGCTTCATTTACATCAGTAAGTCTATGTG------G 1838
Query 1775 GAGAAAAGCCATACAAATGTGATGAGTGTGGGAAGGGCTTCAGCTGGTCCTCAACTCGTCTGACCCATCAGAGA 1848
|||||||||||||
Sbjct 1839 GAGAAAAGCCATA------------------------------------------------------------- 1851
Query 1849 CGCCACAGCAGAGAAACACCTCTCAAATGTGAGCAGCATGGGAAGAACATTGTACAGAATTCATTCTCTAAAGT 1922
Sbjct 1852 -------------------------------------------------------------------------- 1851
Query 1923 GCAAGAAAAAGTTCACAGTGTAGAAAAGCCATACAAATGTGAGGACTGTGGGAAGGGCTACAACAGGCGCTTGA 1996
Sbjct 1852 -------------------------------------------------------------------------- 1851
Query 1997 ATCTTGATATGCATCAGAGGGTCCACATGGGAGAGAAAACATGGAAGTGTAGGGAGTGTGATATGTGCTTTAGT 2070
Sbjct 1852 -------------------------------------------------------------------------- 1851
Query 2071 CAGGCCTCAAGCCTTCGACTTCATCAGAATGTTCATGTTGGAGAAAAACCT 2121
Sbjct 1852 --------------------------------------------------- 1851