Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_07193
• Subject: NM_001369600.1
• Aligned Length: 1772
• Identities: 1490
• Gaps: 256

Alignment

Query    1  ATGGCTGAAGCGGCCACGGGCTTTCTGGAGCAGCTCAAGTCCTGCATAGTTTGGTCTTGGACGTATCTGTGGAC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CGTGTGGTTCTTCATCGTGCTATTCCTGGTCTACATCCTGCGGGTGCCTTTGAAAATCAACGACAACTTGAGCA  148
                                                       .||  ||||..|.|.|     |.|||     
Sbjct    1  -------------------------------------------ATG--TTTGGCACTGA-----ATCTT-----  19

Query  149  CAGTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACACCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCA  222
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   20  CATTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACACCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCA  93

Query  223  GGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   94  GGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAG  167

Query  297  CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAACAATTCTAATTCCAGTAACGGGGACTCAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  168  CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAACAATTCTAATTCCAGTAACGGGGACTCAG  241

Query  371  ATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATAC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  242  ATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATAC  315

Query  445  AATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGAGCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  316  AATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGAGCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCA  389

Query  519  GACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATCTGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  390  GACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATCTGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAA  463

Query  593  ACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAATGAAATTAGGTCCAGAGTTGAAGTTCCC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                          
Sbjct  464  ACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAATG--------------------------  511

Query  667  CTAATTGCTTCCTCTACCATCTGGGAGATAAAATTGTTACCAAAGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGA  740
                                                       |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  512  -------------------------------------------AGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGA  542

Query  741  AGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAGAAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  543  AGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAGAAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACC  616

Query  815  GACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGATCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  617  GACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGATCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTG  690

Query  889  TACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGCCAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  691  TACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGCCAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGA  764

Query  963  TTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTATGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTAC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  765  TTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTATGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTAC  838

Query 1037  AAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  839  AAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGC  912

Query 1111  TACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  913  TACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCT  986

Query 1185  GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAGCTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  987  GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAGCTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACC  1060

Query 1259  TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATAT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1061  TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATAT  1134

Query 1333  GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGCTTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135  GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGCTTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC  1208

Query 1407  TTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTATTTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1209  TTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTATTTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAG  1282

Query 1481  ACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1283  ACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTT  1356

Query 1555  ACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1357  ACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTT  1430

Query 1629  CGCAAAAGCTATGATTGACATTTTCTGCTCGGCAGAGTTCAGGGACTGGAATTGC------AAGAGTATTTTCA  1696
            |||||||||            ||||  |||.||           |||....||||      || |.| ||.|||
Sbjct 1431  CGCAAAAGC------------TTTC--CTCAGC-----------ACTTTGTTTGCCCCCTTAA-ACT-TTGTCA  1477

Query 1697  TGCGTGTTGAAGATGAACTGGAAATC--CCTCCGGCACCTCAATTT----CAACATTTCCAAAAC-----  1755
            ||         ||..||.||||.|.|  |||||  ||.| ||.|.|    ||.||  .|.||.||     
Sbjct 1478  TG---------GAGAAAGTGGAGAGCATCCTCC--CATC-CAGTCTGTGGCACCA--GCTAACACGGATC  1533