Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_07193
- Subject:
- NM_001369603.1
- Aligned Length:
- 1772
- Identities:
- 1484
- Gaps:
- 265
Alignment
Query 1 ATGGCTGAAGCGGCCACGGGCTTTCTGGAGCAGCTCAAGTCCTGCATAGTTTGGTCTTGGACGTATCTGTGGAC 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 CGTGTGGTTCTTCATCGTGCTATTCCTGGTCTACATCCTGCGGGTGCCTTTGAAAATCAACGACAACTTGAGCA 148
.|.||..|| |
Sbjct 1 ------------------------------------------------ATGGATTAT----------------A 10
Query 149 CAGTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACACCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCA 222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 11 CAGTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACACCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCA 84
Query 223 GGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAG 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 85 GGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTATTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAG 158
Query 297 CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAACAATTCTAATTCCAGTAACGGGGACTCAG 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 159 CCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTGACAACAACTCTTCCAACAATTCTAATTCCAGTAACGGGGACTCAG 232
Query 371 ATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATAC 444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 233 ATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGCAAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATAC 306
Query 445 AATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGAGCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCA 518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 307 AATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGAGCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCA 380
Query 519 GACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATCTGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAA 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 GACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATCTGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAA 454
Query 593 ACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAATGAAATTAGGTCCAGAGTTGAAGTTCCC 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 455 ACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCATGAAGCCTTGGAGATAAATG-------------------------- 502
Query 667 CTAATTGCTTCCTCTACCATCTGGGAGATAAAATTGTTACCAAAGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGA 740
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 503 -------------------------------------------AGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGA 533
Query 741 AGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAGAAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACC 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 AGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAGAAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACC 607
Query 815 GACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGATCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTG 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 608 GACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGATCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTG 681
Query 889 TACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGCCAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGA 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 682 TACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGCCAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGA 755
Query 963 TTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTATGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTAC 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 756 TTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTATGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTAC 829
Query 1037 AAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGC 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 AAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTAGCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGC 903
Query 1111 TACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCT 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 904 TACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGCTGTCTCTGACAAATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCT 977
Query 1185 GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAGCTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACC 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 978 GAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAGCTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACC 1051
Query 1259 TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATAT 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1052 TACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATCCTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATAT 1125
Query 1333 GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGCTTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1126 GCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGCTTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCAC 1199
Query 1407 TTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTATTTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAG 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTATTTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAG 1273
Query 1481 ACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTT 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274 ACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTACCCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTT 1347
Query 1555 ACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTT 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1348 ACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCTGACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTT 1421
Query 1629 CGCAAAAGCTATGATTGACATTTTCTGCTCGGCAGAGTTCAGGGACTGGAATTGC------AAGAGTATTTTCA 1696
||||||||| |||| |||.|| |||....|||| || |.| ||.|||
Sbjct 1422 CGCAAAAGC------------TTTC--CTCAGC-----------ACTTTGTTTGCCCCCTTAA-ACT-TTGTCA 1468
Query 1697 TGCGTGTTGAAGATGAACTGGAAATC--CCTCCGGCACCTCAATTT----CAACATTTCCAAAAC----- 1755
|| ||..||.||||.|.| ||||| ||.| ||.|.| ||.|| .|.||.||
Sbjct 1469 TG---------GAGAAAGTGGAGAGCATCCTCC--CATC-CAGTCTGTGGCACCA--GCTAACACGGATC 1524