Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_07198
• Subject: NM_001161618.1
• Aligned Length: 2565
• Identities: 2049
• Gaps: 306

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCGCTCTCTCGCGTGGGCAGGCCGGGGTGACCATGTAGCTGGAAAGCCCGAGGAAGCACGGCTGCCCGGGAC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GAGCTCGGCGCTGACGGCACGCCGCTCCGGCGTCCCCCGCATCCCCCGCCGCGGCCTGCGGGGTCCTGCTGGGA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  ACCCCGGCCTCTCGAGGAGGCCTGGCCCCGAGCGCCGCCAAGTCTCGCCCCGTCTCGCGAGAGTCCAAGTTGAG  222

Query    1  ---ATGGCGACGTCTAATCTGTTAAAGAATAAAGGTTCTCTTCAGTTTGAAGACAAATGGGATTTTATGCGCCC  71
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||||..||
Sbjct  223  AACATGGCGACGTCTAATCTGTTAAAGAATAAAGGTTCTCTCCAGTTTGAAGACAAGTGGGACTTCATGCATCC  296

Query   72  GATTGTTTTGAAGCTTTTACGCCAGGAATCTGTTACAAAACAGCAGTGGTTTGATCTGTTTTCGGATGTGCATG  145
            .||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||
Sbjct  297  AATTGTTTTGAAGCTTTTACGCCAGGAATCTGTAACAAAACAGCAGTGGTTTGATCTATTTTCGGATGTACATG  370

Query  146  CAGTCTGTCTTTGGGATGATAAAGGCCCAGCAAAAATTCATCAGGCTTTAAAAGAAGATATTCTTGAGTTTATT  219
            |.||||||||.|||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTGTCTGTCTCTGGGATGATAAAGGCTCATCAAAAATTCATCAGGCTTTAAAAGAAGATATTCTTGAGTTTATT  444

Query  220  AAGCAGGCACAGGCACGAGTACTGAGCCATCAAGATGATACGGCTTTGCTAAAAGCATATATTGTTGAATGGCG  293
            |||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAGCAAGCACAGGCTCGTGTACTGAGCCATCAAGATGACACAGCTTTGCTGAAGGCATATATTGTTGAATGGCG  518

Query  294  AAAGTTCTTTACACAATGTGATATTTTACCAAAACCTTTTTGTCAACTAGAGATTACTTTAATGGGTAAACAGG  367
            .||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|.|||.||.||||||||||..
Sbjct  519  GAAATTCTTCACACAGTGTGATATTTTACCAAAACCTTTTTGTCAATTAGAGGTGACTCTATTGGGTAAACAAA  592

Query  368  GCAGCAATAAAAAATCAAATGTGGAAGACAGTATTGTTCGAAAGCTTATGCTTGATACATGGAATGAGTCAATC  441
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||.
Sbjct  593  GCAGCAATAAAAAATCAAATATGGAAGACAGTATTGTTCGAAAGCTCATGCTTGATACGTGGAATGAGTCGATT  666

Query  442  TTTTCAAACATAAAAAACAGACTCCAAGATAGTGCAATGAAGCTGGTACATGCTGAGAGATTGGGAGAAGCTTT  515
            ||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||
Sbjct  667  TTTTCAAATATAAAGAACAGACTCCAGGACAGTGCAATGAAGCTGGTGCATGCTGAGAGATTAGGGGAAGCTTT  740

Query  516  TGATTCTCAGCTGGTTATTGGAGTAAGAGAATCCTATGTTAACCTTTGTTCTAATCCTGAGGATAAACTTCAAA  589
            ||||||.||||||||.||.||.||..||||.|||||||||||.|||||.||.||.||.|||||.||.|||||.|
Sbjct  741  TGATTCCCAGCTGGTCATCGGGGTGCGAGAGTCCTATGTTAATCTTTGCTCCAACCCCGAGGACAAGCTTCAGA  814

Query  590  TTTATAGGGACAATTTTGAGAAGGCATACTTGGATTCAACAGAGAGATTTTATAGAACACAAGCACCCTCGTAT  663
            |.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct  815  TCTATAGGGATAATTTTGAGAAGGCATACTTGGACTCAACAGAGAGGTTTTATAGAACACAGGCACCCTCATAT  888

Query  664  TTACAACAAAATGGTGTACAGAATTATATGAAATATGCAGATGCTAAATTAAAAGAAGAAGAAAAACGAGCACT  737
            |||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||                                      
Sbjct  889  TTACAGCAAAATGGTGTGCAGAATTACATGAAATAT--------------------------------------  924

Query  738  ACGTTATTTAGAAACAAGACGAGAATGTAACTCCGTTGAAGCACTCATGGAATGCTGTGTAAATGCCCTGGTGA  811
                                                       |||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  925  -------------------------------------------CTCATGGAATGCTGTGTAAATGCGCTGGTGA  955

Query  812  CATCATTTAAAGAGACTATCTTAGCTGAGTGCCAAGGCATGATCAAGAGAAATGAAACTGAAAAATTACATTTA  885
            |.||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||.
Sbjct  956  CCTCCTTTAAAGAGACTATTTTAGCAGAATGCCAAGGCATGATCAAGCGAAATGAAACTGAAAAGTTACATTTG  1029

Query  886  ATGTTTTCATTGATGGACAAAGTTCCTAATGGTATAGAGCCAATGTTGAAAGACTTGGAGGAACATATCATTAG  959
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.||.||
Sbjct 1030  ATGTTTTCCTTGATGGACAAAGTTCCTAATGGGATAGAGCCGATGTTGAAGGACTTGGAGGAGCATATTATAAG  1103

Query  960  TGCTGGCCTGGCAGATATGGTAGCAGCTGCTGAAACTATTACTACTGACTCTGAGAAATACGTTGAGCAGTTAC  1033
            |||.|||||.|||||.|||||.||.||.||||||||.||.|||||||||||||||||.||.||.|||||.||||
Sbjct 1104  TGCGGGCCTAGCAGACATGGTGGCCGCAGCTGAAACCATCACTACTGACTCTGAGAAGTATGTGGAGCAATTAC  1177

Query 1034  TTACACTATTTAATAGATTTAGTAAACTCGTCAAAGAAGCTTTTCAAGATGATCCACGATTTCTTACTGCAAGA  1107
            |||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||.||||||||||||
Sbjct 1178  TTACACTGTTTAATAGATTCAGTAAACTGGTCAAAGAAGCTTTTCAGGATGATCCTCGTTTCCTTACTGCAAGA  1251

Query 1108  GATAAGGCGTATAAAGCAGTTGTTAATGATGCTACCATATTTAAACTTGAATTACCTTTGAAGCAGAAGGGGGT  1181
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||
Sbjct 1252  GATAAGGCATATAAAGCAGTTGTTAATGATGCTACTATATTTAAACTTGAATTGCCTTTGAAGCAAAAAGGAGT  1325

Query 1182  GGGATTAAAAACTCAGCCTGAATCAAAATGCCCTGAGCTGCTTGCCAATTACTGTGACATGTTGCTAAGAAAAA  1255
            |||.||.||||||||||||||.|||||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||.||||.||||
Sbjct 1326  GGGGTTGAAAACTCAGCCTGAGTCAAAATGCCCCGAGTTGCTTGCCAATTACTGTGACATGTTGTTAAGGAAAA  1399

Query 1256  CACCATTAAGCAAAAAACTAACCTCTGAAGAGATTGAAGCAAAGCTTAAAGAAGTGCTCTTGGTACTTAAGTAT  1329
            |.||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1400  CGCCATTAAGCAAAAAACTAACATCTGAGGAGATTGAAGCAAAGCTTAAAGAAGTGCTCTTGGTACTTAAATAT  1473

Query 1330  GTACAGAACAAAGATGTTTTTATGAGGTATCATAAAGCTCATTTGACACGACGTCTTATATTAGACATCTCTGC  1403
            |||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|.||.||||||||.|||||.|||||||||||
Sbjct 1474  GTACAAAACAAAGATGTTTTTATGAGGTATCACAAAGCTCATCTTACCCGACGTCTCATATTGGACATCTCTGC  1547

Query 1404  CGATAGTGAAATTGAAGAAAACATGGTAGAGTGGCTAAGAGAAGTTGGTATGCCAGCGGATTATGTAAACAAGC  1477
            .||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||
Sbjct 1548  TGATAGTGAGATTGAAGAAAACATGGTAGAGTGGCTAAGAGAAGTTGGTATGCCAGCAGATTATGTGAACAAGC  1621

Query 1478  TTGCTAGAATGTTTCAGGACATAAAAGTATCTGAAGATTTGAACCAAGCTTTTAAGGAAATGCACAAAAATAAT  1551
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622  TTGCTAGAATGTTTCAGGACATAAAAGTATCTGAAGACTTGAACCAAGCTTTTAAGGAAATGCACAAAAATAAT  1695

Query 1552  AAATTGGCATTACCAGCTGATTCAGTTAATATAAAAATTCTGAATGCTGGCGCCTGGTCAAGAAGTTCTGAGAA  1625
            ||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||.||||||||||.||.|||||.|||||.||.|||||
Sbjct 1696  AAGTTGGCATTACCAGCTGATTCCGTTAATATAAAGATTTTGAATGCTGGTGCTTGGTCTAGAAGCTCCGAGAA  1769

Query 1626  AGTCTTTGTCTCACTTCCTACTGAACTGGAGGACTTGATACCGGAAGTAGAAGAATTCTACAAAAAAAATCATA  1699
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|
Sbjct 1770  AGTCTTTGTCTCACTTCCTACTGAACTGGAGGATTTGATACCTGAAGTAGAAGAATTTTACAAAAAAAATCACA  1843

Query 1700  GTGGTAGAAAATTACATTGGCATCATCTCATGTCAAATGGAATTATAACATTTAAGAATGAAGTTGGTCAATAT  1773
            ||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||
Sbjct 1844  GTGGTAGAAAATTACACTGGCACCATCTCATGTCAAATGGAATTATAACATTTAAAAATGAAGTAGGTCAGTAT  1917

Query 1774  GATTTGGAGGTAACCACGTTTCAGCTCGCTGTATTGTTTGCATGGAACCAAAGACCCAGAGAGAAAATCAGCTT  1847
            ||||||||.|||||||||||||||.|.|||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 1918  GATTTGGAAGTAACCACGTTTCAGTTGGCTGTGTTGTTTGCATGGAACCAAAGGCCTAGAGAGAAAATCAGCTT  1991

Query 1848  TGAAAATCTTAAGCTTGCAACTGAACTCCCTGATGCTGAACTTAGGAGGACTTTATGGTCTTTAGTAGCTTTCC  1921
            |||||||||.||.||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1992  TGAAAATCTAAAACTTGCAACGGAACTCCCAGATGCTGAACTTAGAAGGACTTTATGGTCTTTAGTAGCTTTTC  2065

Query 1922  CAAAACTCAAACGGCAAGTTTTGTTGTATGAACCTCAAGTCAACTCACCCAAAGACTTTACAGAAGGTACCCTC  1995
            |.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||
Sbjct 2066  CCAAGCTCAAACGGCAAGTTTTGTTGTATGACCCTCAAGTCAACTCACCCAAAGATTTTACAGAAGGCACCCTC  2139

Query 1996  TTCTCAGTGAACCAGGAGTTCAGTTTAATAAAAAATGCAAAGGTTCAGAAAAGGGGTAAAATCAACTTGATTGG  2069
            |||||||||||||||||.||||||.|.||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||.||||||||
Sbjct 2140  TTCTCAGTGAACCAGGACTTCAGTCTCATAAAAAATGCAAAAGTACAGAAAAGGGGGAAAATCAATTTGATTGG  2213

Query 2070  ACGTTTGCAGCTCACTACAGAAAGGATGAGAGAAGAAGAGAATGAAGGAATAGTTCAACTACGAATACTAAGAA  2143
            |||.||||||||||||||||||.|.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||.|||||.||||||
Sbjct 2214  ACGCTTGCAGCTCACTACAGAACGAATGAGAGAAGAAGAAAATGAAGGGATAGTCCAACTAAGAATATTAAGAA  2287

Query 2144  CCCAGGAAGCTATCATACAAATAATGAAAATGAGAAAGAAAATTAGTAATGCTCAGCTGCAGACTGAATTAGTA  2217
            ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 2288  CCCAGGAAGCCATCATACAAATAATGAAAATGAGAAAGAAAATTAGCAATGCCCAGCTGCAGACTGAATTAGTA  2361

Query 2218  GAAATTTTGAAAAACATGTTCTTGCCACAAAAGAAAATGATAAAAGAGCAAATAGAGTGGCTAATAGAGCACAA  2291
            ||||||.||||||||||||||.||||.||.|||||.||||||||.|||||.||.||||||||.||.||.||||.
Sbjct 2362  GAAATTCTGAAAAACATGTTCCTGCCTCAGAAGAAGATGATAAAGGAGCAGATGGAGTGGCTGATTGAACACAG  2435

Query 2292  ATACATCAGAAGAGATGAATCTGATATCAACACTTTCATATATATGGCA  2340
            .||||||.|.||.||.||..|.||.||||||||.|||||.||.|||||.
Sbjct 2436  GTACATCCGGAGGGACGAGGCCGACATCAACACCTTCATCTACATGGCC  2484