Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_07198
• Subject: NM_027807.3
• Aligned Length: 2565
• Identities: 2122
• Gaps: 225

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCGCTCTCTCGCGTGGGCAGGCCGGGGTGACCATGTAGCTGGAAAGCCCGAGGAAGCACGGCTGCCCGGGAC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GAGCTCGGCGCTGACGGCACGCCGCTCCGGCGTCCCCCGCATCCCCCGCCGCGGCCTGCGGGGTCCTGCTGGGA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  ACCCCGGCCTCTCGAGGAGGCCTGGCCCCGAGCGCCGCCAAGTCTCGCCCCGTCTCGCGAGAGTCCAAGTTGAG  222

Query    1  ---ATGGCGACGTCTAATCTGTTAAAGAATAAAGGTTCTCTTCAGTTTGAAGACAAATGGGATTTTATGCGCCC  71
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||||..||
Sbjct  223  AACATGGCGACGTCTAATCTGTTAAAGAATAAAGGTTCTCTCCAGTTTGAAGACAAGTGGGACTTCATGCATCC  296

Query   72  GATTGTTTTGAAGCTTTTACGCCAGGAATCTGTTACAAAACAGCAGTGGTTTGATCTGTTTTCGGATGTGCATG  145
            .||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||
Sbjct  297  AATTGTTTTGAAGCTTTTACGCCAGGAATCTGTAACAAAACAGCAGTGGTTTGATCTATTTTCGGATGTACATG  370

Query  146  CAGTCTGTCTTTGGGATGATAAAGGCCCAGCAAAAATTCATCAGGCTTTAAAAGAAGATATTCTTGAGTTTATT  219
            |.||||||||.|||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTGTCTGTCTCTGGGATGATAAAGGCTCATCAAAAATTCATCAGGCTTTAAAAGAAGATATTCTTGAGTTTATT  444

Query  220  AAGCAGGCACAGGCACGAGTACTGAGCCATCAAGATGATACGGCTTTGCTAAAAGCATATATTGTTGAATGGCG  293
            |||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAGCAAGCACAGGCTCGTGTACTGAGCCATCAAGATGACACAGCTTTGCTGAAGGCATATATTGTTGAATGGCG  518

Query  294  AAAGTTCTTTACACAATGTGATATTTTACCAAAACCTTTTTGTCAACTAGAGATTACTTTAATGGGTAAACAGG  367
            .||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|.|||.||.||||||||||..
Sbjct  519  GAAATTCTTCACACAGTGTGATATTTTACCAAAACCTTTTTGTCAATTAGAGGTGACTCTATTGGGTAAACAAA  592

Query  368  GCAGCAATAAAAAATCAAATGTGGAAGACAGTATTGTTCGAAAGCTTATGCTTGATACATGGAATGAGTCAATC  441
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||.
Sbjct  593  GCAGCAATAAAAAATCAAATATGGAAGACAGTATTGTTCGAAAGCTCATGCTTGATACGTGGAATGAGTCGATT  666

Query  442  TTTTCAAACATAAAAAACAGACTCCAAGATAGTGCAATGAAGCTGGTACATGCTGAGAGATTGGGAGAAGCTTT  515
            ||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||
Sbjct  667  TTTTCAAATATAAAGAACAGACTCCAGGACAGTGCAATGAAGCTGGTGCATGCTGAGAGATTAGGGGAAGCTTT  740

Query  516  TGATTCTCAGCTGGTTATTGGAGTAAGAGAATCCTATGTTAACCTTTGTTCTAATCCTGAGGATAAACTTCAAA  589
            ||||||.||||||||.||.||.||..||||.|||||||||||.|||||.||.||.||.|||||.||.|||||.|
Sbjct  741  TGATTCCCAGCTGGTCATCGGGGTGCGAGAGTCCTATGTTAATCTTTGCTCCAACCCCGAGGACAAGCTTCAGA  814

Query  590  TTTATAGGGACAATTTTGAGAAGGCATACTTGGATTCAACAGAGAGATTTTATAGAACACAAGCACCCTCGTAT  663
            |.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct  815  TCTATAGGGATAATTTTGAGAAGGCATACTTGGACTCAACAGAGAGGTTTTATAGAACACAGGCACCCTCATAT  888

Query  664  TTACAACAAAATGGTGTACAGAATTATATGAAATATGCAGATGCTAAATTAAAAGAAGAAGAAAAACGAGCACT  737
            |||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  889  TTACAGCAAAATGGTGTGCAGAATTACATGAAATATGCAGATGCTAAATTAAAAGAAGAAGAAAAAAGAGCACT  962

Query  738  ACGTTATTTAGAAACAAGACGAGAATGTAACTCCGTTGAAGCACTCATGGAATGCTGTGTAAATGCCCTGGTGA  811
            .||.||.|||||||||.|||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  963  CCGATACTTAGAAACACGACGAGAGTGTAACTCTGTGGAAGCACTCATGGAATGCTGTGTAAATGCGCTGGTGA  1036

Query  812  CATCATTTAAAGAGACTATCTTAGCTGAGTGCCAAGGCATGATCAAGAGAAATGAAACTGAAAAATTACATTTA  885
            |.||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||.
Sbjct 1037  CCTCCTTTAAAGAGACTATTTTAGCAGAATGCCAAGGCATGATCAAGCGAAATGAAACTGAAAAGTTACATTTG  1110

Query  886  ATGTTTTCATTGATGGACAAAGTTCCTAATGGTATAGAGCCAATGTTGAAAGACTTGGAGGAACATATCATTAG  959
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.||.||
Sbjct 1111  ATGTTTTCCTTGATGGACAAAGTTCCTAATGGGATAGAGCCGATGTTGAAGGACTTGGAGGAGCATATTATAAG  1184

Query  960  TGCTGGCCTGGCAGATATGGTAGCAGCTGCTGAAACTATTACTACTGACTCTGAGAAATACGTTGAGCAGTTAC  1033
            |||.|||||.|||||.|||||.||.||.||||||||.||.|||||||||||||||||.||.||.|||||.||||
Sbjct 1185  TGCGGGCCTAGCAGACATGGTGGCCGCAGCTGAAACCATCACTACTGACTCTGAGAAGTATGTGGAGCAATTAC  1258

Query 1034  TTACACTATTTAATAGATTTAGTAAACTCGTCAAAGAAGCTTTTCAAGATGATCCACGATTTCTTACTGCAAGA  1107
            |||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||.||||||||||||
Sbjct 1259  TTACACTGTTTAATAGATTCAGTAAACTGGTCAAAGAAGCTTTTCAGGATGATCCTCGTTTCCTTACTGCAAGA  1332

Query 1108  GATAAGGCGTATAAAGCAGTTGTTAATGATGCTACCATATTTAAACTTGAATTACCTTTGAAGCAGAAGGGGGT  1181
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||
Sbjct 1333  GATAAGGCATATAAAGCAGTTGTTAATGATGCTACTATATTTAAACTTGAATTGCCTTTGAAGCAAAAAGGAGT  1406

Query 1182  GGGATTAAAAACTCAGCCTGAATCAAAATGCCCTGAGCTGCTTGCCAATTACTGTGACATGTTGCTAAGAAAAA  1255
            |||.||.||||||||||||||.|||||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||.||||.||||
Sbjct 1407  GGGGTTGAAAACTCAGCCTGAGTCAAAATGCCCCGAGTTGCTTGCCAATTACTGTGACATGTTGTTAAGGAAAA  1480

Query 1256  CACCATTAAGCAAAAAACTAACCTCTGAAGAGATTGAAGCAAAGCTTAAAGAAGTGCTCTTGGTACTTAAGTAT  1329
            |.||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1481  CGCCATTAAGCAAAAAACTAACATCTGAGGAGATTGAAGCAAAGCTTAAAGAAGTGCTCTTGGTACTTAAATAT  1554

Query 1330  GTACAGAACAAAGATGTTTTTATGAGGTATCATAAAGCTCATTTGACACGACGTCTTATATTAGACATCTCTGC  1403
            |||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|.||.||||||||.|||||.|||||||||||
Sbjct 1555  GTACAAAACAAAGATGTTTTTATGAGGTATCACAAAGCTCATCTTACCCGACGTCTCATATTGGACATCTCTGC  1628

Query 1404  CGATAGTGAAATTGAAGAAAACATGGTAGAGTGGCTAAGAGAAGTTGGTATGCCAGCGGATTATGTAAACAAGC  1477
            .||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||
Sbjct 1629  TGATAGTGAGATTGAAGAAAACATGGTAGAGTGGCTAAGAGAAGTTGGTATGCCAGCAGATTATGTGAACAAGC  1702

Query 1478  TTGCTAGAATGTTTCAGGACATAAAAGTATCTGAAGATTTGAACCAAGCTTTTAAGGAAATGCACAAAAATAAT  1551
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TTGCTAGAATGTTTCAGGACATAAAAGTATCTGAAGACTTGAACCAAGCTTTTAAGGAAATGCACAAAAATAAT  1776

Query 1552  AAATTGGCATTACCAGCTGATTCAGTTAATATAAAAATTCTGAATGCTGGCGCCTGGTCAAGAAGTTCTGAGAA  1625
            ||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||.||||||||||.||.|||||.|||||.||.|||||
Sbjct 1777  AAGTTGGCATTACCAGCTGATTCCGTTAATATAAAGATTTTGAATGCTGGTGCTTGGTCTAGAAGCTCCGAGAA  1850

Query 1626  AGTCTTTGTCTCACTTCCTACTGAACTGGAGGACTTGATACCGGAAGTAGAAGAATTCTACAAAAAAAATCATA  1699
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|
Sbjct 1851  AGTCTTTGTCTCACTTCCTACTGAACTGGAGGATTTGATACCTGAAGTAGAAGAATTTTACAAAAAAAATCACA  1924

Query 1700  GTGGTAGAAAATTACATTGGCATCATCTCATGTCAAATGGAATTATAACATTTAAGAATGAAGTTGGTCAATAT  1773
            ||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||
Sbjct 1925  GTGGTAGAAAATTACACTGGCACCATCTCATGTCAAATGGAATTATAACATTTAAAAATGAAGTAGGTCAGTAT  1998

Query 1774  GATTTGGAGGTAACCACGTTTCAGCTCGCTGTATTGTTTGCATGGAACCAAAGACCCAGAGAGAAAATCAGCTT  1847
            ||||||||.|||||||||||||||.|.|||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 1999  GATTTGGAAGTAACCACGTTTCAGTTGGCTGTGTTGTTTGCATGGAACCAAAGGCCTAGAGAGAAAATCAGCTT  2072

Query 1848  TGAAAATCTTAAGCTTGCAACTGAACTCCCTGATGCTGAACTTAGGAGGACTTTATGGTCTTTAGTAGCTTTCC  1921
            |||||||||.||.||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2073  TGAAAATCTAAAACTTGCAACGGAACTCCCAGATGCTGAACTTAGAAGGACTTTATGGTCTTTAGTAGCTTTTC  2146

Query 1922  CAAAACTCAAACGGCAAGTTTTGTTGTATGAACCTCAAGTCAACTCACCCAAAGACTTTACAGAAGGTACCCTC  1995
            |.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||
Sbjct 2147  CCAAGCTCAAACGGCAAGTTTTGTTGTATGACCCTCAAGTCAACTCACCCAAAGATTTTACAGAAGGCACCCTC  2220

Query 1996  TTCTCAGTGAACCAGGAGTTCAGTTTAATAAAAAATGCAAAGGTTCAGAAAAGGGGTAAAATCAACTTGATTGG  2069
            |||||||||||||||||.||||||.|.||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||.||||||||
Sbjct 2221  TTCTCAGTGAACCAGGACTTCAGTCTCATAAAAAATGCAAAAGTACAGAAAAGGGGGAAAATCAATTTGATTGG  2294

Query 2070  ACGTTTGCAGCTCACTACAGAAAGGATGAGAGAAGAAGAGAATGAAGGAATAGTTCAACTACGAATACTAAGAA  2143
            |||.||||||||||||||||||.|.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||.|||||.||||||
Sbjct 2295  ACGCTTGCAGCTCACTACAGAACGAATGAGAGAAGAAGAAAATGAAGGGATAGTCCAACTAAGAATATTAAGAA  2368

Query 2144  CCCAGGAAGCTATCATACAAATAATGAAAATGAGAAAGAAAATTAGTAATGCTCAGCTGCAGACTGAATTAGTA  2217
            ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CCCAGGAAGCCATCATACAAATAATGAAAATGAGAAAGAAAATTAGCAATGCCCAGCTGCAGACTGAATTAGTA  2442

Query 2218  GAAATTTTGAAAAACATGTTCTTGCCACAAAAGAAAATGATAAAAGAGCAAATAGAGTGGCTAATAGAGCACAA  2291
            ||||||.||||||||||||||.||||.||.|||||.||||||||.|||||.||.||||||||.||.||.||||.
Sbjct 2443  GAAATTCTGAAAAACATGTTCCTGCCTCAGAAGAAGATGATAAAGGAGCAGATGGAGTGGCTGATTGAACACAG  2516

Query 2292  ATACATCAGAAGAGATGAATCTGATATCAACACTTTCATATATATGGCA  2340
            .||||||.|.||.||.||..|.||.||||||||.|||||.||.|||||.
Sbjct 2517  GTACATCCGGAGGGACGAGGCCGACATCAACACCTTCATCTACATGGCC  2565