Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_07314
• Subject: NM_001135192.1
• Aligned Length: 3033
• Identities: 2498
• Gaps: 183

Alignment

Query    1  ATGCCGGACCAGATCTCCGTGTCGGAATTCGTGGCCGAGACCCATGAGGACTACAAGGCGCCCACGGCCTCCAG  74
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct    1  ATGCCGGACCAGATCTCCGTGTCGGAATTCGTGGCCGAGACCCATGAGGACTACAAGGCGCCCACGGCCTCTAG  74

Query   75  CTTCACCACCCGCACGGCGCAGTGCCGGAACACTGTGGCGGCCATCGAGGAGGCTTTGGACGTGGACCGGATGG  148
            |||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CTTCACCACGCGCACGGCCCAGTGCCGGAACACCGTGGCGGCCATCGAGGAGGCTTTGGACGTGGACCGGATGG  148

Query  149  TTCTTTACAAAATGAAGAAATCCGTGAAAGCAATCAACAGCTCTGGGCTGGCTCACGTGGAAAATGAAGAGCAG  222
            ||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.|.||||||||||||.||||||||.||.||.||.|||
Sbjct  149  TTCTCTACAAAATGAAGAAATCTGTGAAGGCAATCAATATCTCTGGGCTGGCACACGTGGAGAACGAGGAACAG  222

Query  223  TACACCCAGGCTCTGGAGAAGTTTGGCGGCAACCGTGTATGCAGAGATGACCCAGATTTAGGAAGTGCGTTCCT  296
            |||||||||||||||||||||||.||.||||||.||||.|||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||
Sbjct  223  TACACCCAGGCTCTGGAGAAGTTCGGTGGCAACTGTGTGTGCAGAGATGATCCAGACTTAGGAAGCGCGTTTCT  296

Query  297  GAAGTTCTCAGTGTTTACAAAGGAGTTGACAGCACTTTTCAAAAACCTGATTCAGAATATGAACAACATAATCT  370
            |||||||||.|||||.||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||
Sbjct  297  GAAGTTCTCTGTGTTCACCAAGGAGTTGACGGCACTCTTCAAAAACCTGATTCAGAACATGAACAACATCATCT  370

Query  371  CCTTCCCTTTGGACAGTTTGCTGAAGGGGGACCTGAAAGGAGTGAAAGGGGATCTGAAAAAGCCTTTTGATAAA  444
            |.|||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  371  CGTTCCCTTTGGACAGTTTGCTGAAAGGAGATCTGAAAGGAGTAAAAGGGGATCTGAAAAAGCCCTTTGATAAA  444

Query  445  GCTTGGAAGGACTATGAAACAAAAATAACCAAGATAGAAAAGGAGAAAAAGGAACACGCCAAGCTCCATGGGAT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||
Sbjct  445  GCTTGGAAGGACTATGAAACAAAAATAACCAAAATAGAAAAGGAGAAAAAGGAGCATGCCAAGCTCCACGGGAT  518

Query  519  GATTCGGACTGAAATAAGCGGAGCGGAAATTGCCGAAGAGATGGAAAAGGAGAGGCGCTTCTTCCAGCTACAGA  592
            ||||||.||||||||||||||.||.||.|||||.||.||||||||.|||||.||.||.|||||||||||.||||
Sbjct  519  GATTCGTACTGAAATAAGCGGGGCTGAGATTGCAGAGGAGATGGAGAAGGAAAGACGGTTCTTCCAGCTGCAGA  592

Query  593  TGTGCGAGTATCTGCTGAAGGTCAACGAAATCAAGATTAAAAAGGGAGTAGATTTACTTCAGAATCTGATCAAA  666
            ||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||.|.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.
Sbjct  593  TGTGTGAGTACCTGCTGAAGGTCAATGAAATCAAGGTGAAAAAGGGAGTGGATTTGCTTCAGAATCTGATCAAG  666

Query  667  TACTTTCATGCCCAATGCAATTTTTTTCAGGATGGACTCAAAGCCGTGGAAAGCCTCAAACCTTCCATTGAAAC  740
            ||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||.|.|||||.||.|||||||||||.||||||||.||.||
Sbjct  667  TACTTTCACGCCCAGTGCAATTTTTTCCAGGATGGATTGAAAGCAGTAGAAAGCCTCAAGCCTTCCATCGAGAC  740

Query  741  GCTGTCTACGGATCTTCACACGATCAAACAGGCCCAGGATGAAGAAAGAAGGCAGTTGATACAGCTTCGAGATA  814
            |||.||.|||||.||.|||||         .|||||||||||.|||.|..|.|||.|||||||.||||||||||
Sbjct  741  GCTCTCCACGGACCTCCACAC---------CGCCCAGGATGAGGAACGGCGACAGCTGATACAACTTCGAGATA  805

Query  815  TTTTGAAATCCGCATTGCAGGTTGAACAGAAAGAG---------GACTCCCAAATTCGTCAGAGCACAGCTTAT  879
            |||||||.||.|||||||||||.||||||||||||         |||||.|||.||||.||.||.|||||.||.
Sbjct  806  TTTTGAAGTCAGCATTGCAGGTGGAACAGAAAGAGTCTAGGAGAGACTCACAACTTCGCCAAAGTACAGCCTAC  879

Query  880  AGCTTACATCAGCCTCAGGGAAACAAGGAACATGGGACCGAGCGGAACGGCAGCCTCTACAAGAAGAGTGACGG  953
            |||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.|||.|||||||.|.|||||||||||||||.||.||
Sbjct  880  AGCTTACATCAACCTCAGGGAAACAAGGAGCATGGAACAGAGAGGAACGGGAACCTCTACAAGAAGAGCGATGG  953

Query  954  GATCCGAAAAGTGTGGCAGAAAAGGAAATGTTCAGTTAAAAATGGTTTTCTGACCATATCCCATGGTACCGCTA  1027
            ||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||.||.||.||.|
Sbjct  954  GATCCGGAAAGTGTGGCAGAAGAGGAAGTGTTCCGTTAAAAATGGCTTCCTCACCATCTCCCACGGCACTGCCA  1027

Query 1028  ACCGGCCTCCTGCAAAGCTCAACCTGCTAACCTGCCAGGTGAAGACCAACCCTGAGGAGAAGAAGTGCTTTGAC  1101
            |||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||
Sbjct 1028  ACCGGCCACCTGCCAAGCTCAACCTGCTAACCTGCCAGGTGAAGACCAATCCTGAGGAGAAGAAGTGTTTCGAC  1101

Query 1102  CTTATTTCACATGACAGAACTTACCACTTTCAAGCTGAAGATGAACAGGAATGTCAAATATGGATGTCTGTGCT  1175
            ||.||.|||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1102  CTCATATCACATGACAGGACGTACCACTTCCAAGCGGAAGACGAACAAGAATGTCAGATATGGATGTCTGTACT  1175

Query 1176  GCAAAATAGCAAAGAAGAAGCTTTAAACAATGCATTTAAGGGGGATGACAATACTGGAGAAAATAACATCGTCC  1249
            |||.||.|||||.|||||||||.|.|||||.||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1176  GCAGAACAGCAAGGAAGAAGCTCTGAACAACGCCTTTAAGGGTGATGACAACACTGGAGAAAATAACATCGTCC  1249

Query 1250  AAGAACTGACAAAGGAGATCATCTCAGAAGTGCAGAGGATGACGGGCAATGACGTCTGCTGTGACTGTGGGGCG  1323
            ||||.|||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.
Sbjct 1250  AAGAGCTGACCAAGGAGATCATCTCGGAGGTGCAGAGGATGACGGGCAATGACGTGTGCTGCGACTGTGGGGCA  1323

Query 1324  CCAGATCCTACATGGCTTTCCACCAACCTGGGCATCCTGACCTGCATCGAGTGTTCCGGAATCCACCGAGAGCT  1397
            ||||||||.||.|||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||||||||.|||||
Sbjct 1324  CCAGATCCGACGTGGCTCTCTACCAACCTGGGCATCCTGACTTGCATCGAGTGCTCTGGGATCCACCGGGAGCT  1397

Query 1398  GGGGGTTCATTATTCCAGGATGCAGTCCCTGACCTTAGATGTACTGGGAACATCTGAGCTGCTGCTCGCCAAGA  1471
            ||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||.||||||||.|||||.|||||||
Sbjct 1398  GGGGGTTCATTACTCCAGGATGCAGTCCCTGACATTAGATGTATTGGGAACGTCTGAGCTTCTGCTTGCCAAGA  1471

Query 1472  ATATTGGGAATGCAGGCTTTAATGAGATCATGGAATGTTGCCTACCAGCTGAGGACTCAGTCAAACCCAACCCA  1545
            ||||.||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||..||||||||.|||||||.|||||||||
Sbjct 1472  ATATCGGGAATGCAGGCTTTAATGAAATTATGGAGTGTTGCCTACCGTCTGAGGACCCAGTCAAGCCCAACCCA  1545

Query 1546  GGCAGCGACATGAATGCAAGAAAGGACTACATCACAGCCAAGTACATCGAGAGGAGATACGCAAGGAAGAAGCA  1619
            |||||.|||||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||.||||.|||||
Sbjct 1546  GGCAGTGACATGATTGCAAGGAAGGACTACATCACAGCCAAGTACATGGAGAGGAGATATGCACGGAAAAAGCA  1619

Query 1620  CGCGGATAACGCGGCGAAGCTTCACAGTCTTTGCGAGGCCGTCAAAACGAGAGATATTTTTGGATTGCTCCAAG  1693
            .||.||.|.||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||.|||||||
Sbjct 1620  TGCCGACACCGCGGCGAAGCTCCACAGCCTTTGCGAGGCCGTCAAGACCAGAGACATTTTTGGGTTACTCCAAG  1693

Query 1694  CTTATGCTGATGGTGTGGATCTTACGGAAAAAATCCCACTGGCCAACGGACATGAGCCGGATGAAACGGCCCTC  1767
            |||||||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.||.||||||
Sbjct 1694  CTTATGCTGATGGTGTGGACCTGACAGAGAAAATCCCACTGGCCAATGGGCATGAGCCAGATGAGACAGCCCTC  1767

Query 1768  CACCTTGCAGTCAGATCCGTGGATCGAACCTCTCTTCACATTGTAGACTTTTTAGTTCAGAACAGTGGGAACCT  1841
            ||.||||||||||||||.|||||.||.||.||.|||||||||||||||||..|.||.|||||||||||||||||
Sbjct 1768  CATCTTGCAGTCAGATCTGTGGACCGGACTTCCCTTCACATTGTAGACTTCCTGGTCCAGAACAGTGGGAACCT  1841

Query 1842  GGATAAACAGACAGGGAAAGGCAGCACAGCCCTGCACTACTGCTGCCTGACCGACAATGCCGAGTGCCTCAAGT  1915
            |||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||.
Sbjct 1842  GGATAAACAGACAGGCAAGGGCAGCACAGCCCTGCACTACTGCTGCCTGACAGACAATGCTGAGTGCCTCAAGC  1915

Query 1916  TGCTCCTGCGGGGGAAGGCCTCCATCGAGATAGCAAACGAGTCAGGAGAGACTCCGCTGGACATTGCCAAGCGC  1989
            |.|||||||||||.||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||.||||||||||.|||||.
Sbjct 1916  TCCTCCTGCGGGGAAAAGCCTCCATTGAGATAGCCAATGAGTCAGGAGAGACCCCGTTGGACATTGCTAAGCGG  1989

Query 1990  CTCAAGCACGAGCACTGTGAGGAGCTGCTGACCCAAGCCTTATCTGGAAGATTTAATTCTCACGTTCACGTTGA  2063
            |||||||||||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.||.||..|.|||||.||.||.||||||||.||
Sbjct 1990  CTCAAGCACGAACACTGTGAGGAACTGCTCACTCAGGCCTTGTCGGGGCGGTTTAACTCCCATGTTCACGTCGA  2063

Query 2064  ATATGAATGGCGACTACTCCACGAAGACCTGGATGAAAGTGATGACGACATGGATGAGAAATTGCAGCCCAGTC  2137
            .|||||||||||.||.||.|||||.|||||||||||.||.||.|||||..||||.|||||..|.|||||.||||
Sbjct 2064  GTATGAATGGCGGCTGCTGCACGAGGACCTGGATGAGAGCGACGACGATGTGGACGAGAAGCTACAGCCTAGTC  2137

Query 2138  CCAACCGGCGGGAAGACCGGCCCATCAGCTTCTACCAGCTGGGCTCCAACCAGCTTCAGTCTAACGCTGTATCT  2211
            |||||||.|||||.||||||||..|.|||||||||||||||||.||||.||||.|||||||.||.|||||.|||
Sbjct 2138  CCAACCGACGGGAGGACCGGCCTGTTAGCTTCTACCAGCTGGGGTCCAGCCAGTTTCAGTCCAATGCTGTGTCT  2211

Query 2212  TTGGCCAGAGATGCTGCAAACCTTGCCAAGGACAAGCAGA-GGGCTTTCATGCCCAGCATCTTGCAGAATGAGA  2284
            ||||||||||||.||||||||||..||||||||||||||| ||||||| ..|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212  TTGGCCAGAGATACTGCAAACCTCACCAAGGACAAGCAGAGGGGCTTT-GGGCCCAGCATCTTGCAGAATGAGA  2284

Query 2285  CTTACGGAGCCCTCCTGAGTGGCAGCCCACCTCCCGCCCAGCCTGCAGCCCCCAGCACCACCAGCGCCCCCCCG  2358
            |.||.||||||.||||||||||||||||.||..||.|||||.|...|.|||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 2285  CCTATGGAGCCATCCTGAGTGGCAGCCCGCCCTCCTCCCAGTCAATACCCCCCAGCACCACCAGCGCACCCCCG  2358

Query 2359  CTTCCTCCACGGAATGTTGGCAAAG-------------------------------------------------  2383
            ||.||.||.||||||||||||||||                                                 
Sbjct 2359  CTCCCACCTCGGAATGTTGGCAAAGTTCAGACAGCCACCTCAGCTAACACCCTGTGGAAGACAAACTCTGTAGG  2432

Query 2384  --------------------------------------------------------------------------  2383
                                                                                      
Sbjct 2433  TGTGGACGGTATCAGCAGGCAGCGATCTTCGTCAGATCTGCCAGCTGTCCACCCACCGCTGCCCCCTCTTCGAG  2506

Query 2384  ------------ATCCCCTGACCCCCACGCCGCCCCCACCCGTTGCCAAGACGCCCAGC-GTAA---TGGAAGC  2441
                        |||||||||||.||||.||.|||||.||.||.||.||||    ||.| |.||   |.|||||
Sbjct 2507  TGACATCTACCAATCCCCTGACCACCACACCACCCCCTCCTGTGGCTAAGA----CATCAGGAACTCTAGAAGC  2576

Query 2442  CTTGAGCCAGCCGAGCAAG-CCTGCCCCGCCTGGGATCTCACAGATCAGGCCCCCACCTCTGCCCCCACAGCCG  2514
            |.|||.||||||||||||| ||| |||..|||||||.||||||||.||.||||||.||.|||||.||.|||||.
Sbjct 2577  CATGAACCAGCCGAGCAAGTCCT-CCCAACCTGGGACCTCACAGAGCAAGCCCCCGCCCCTGCCACCTCAGCCA  2649

Query 2515  CCCAGCCGCCTCCCGCAGAAGAAGCCTGCGCCGGGGGCTGACAAGTCCACCCCACTGACCAACAAAGGCCAACC  2588
            |||||||||||.||.||||||||.||.||..|.|||.||||||||.|.|||||.||||||||||||||.||.||
Sbjct 2650  CCCAGCCGCCTGCCTCAGAAGAAACCAGCTTCCGGGACTGACAAGCCAACCCCGCTGACCAACAAAGGACAGCC  2723

Query 2589  GAGAGGACCTGTGGATCTCTCTGCAACGGAAGCTCTGGGTCCTCTGTCCAATGCTATGGTCCTGCAGCCCCCTG  2662
            ||||||||||                  ||||||..|||||||||||||||.||.||||.||||||||||||.|
Sbjct 2724  GAGAGGACCT------------------GAAGCTTCGGGTCCTCTGTCCAACGCCATGGCCCTGCAGCCCCCAG  2779

Query 2663  CACCCATGCCTAGGAAGTCGCAGGCAACCAAGTTGAAGCCTAAGCGGGTGAAAGCGCTCTATAACTGTGTGGCT  2736
            |||||||||||||||||||.|||||.|||||||..|||||.|||||.||||||||.|||||.|||||.||||||
Sbjct 2780  CACCCATGCCTAGGAAGTCACAGGCGACCAAGTCAAAGCCCAAGCGAGTGAAAGCACTCTACAACTGCGTGGCT  2853

Query 2737  GACAACCCCGATGAGCTCACCTTCTCCGAGGGGGATGTGATCATCGTGGACGGGGAGGAGGACCAGGAGTGGTG  2810
            ||||||||.||.|||||.||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||
Sbjct 2854  GACAACCCAGACGAGCTGACTTTCTCTGAGGGCGACGTGATCATTGTGGATGGGGAAGAGGATCAGGAGTGGTG  2927

Query 2811  GATTGGCCACATTGATGGAGATCCTGGTCGCAAAGGCGCATTCCCGGTGTCATTTGTGCACTTTATCGCTGAC  2883
            |||.||||||||.||||||||.||..|.||||||||.||.||.||.||.||.||||||||||||||.||||||
Sbjct 2928  GATCGGCCACATCGATGGAGAGCCCAGCCGCAAAGGAGCGTTTCCCGTATCGTTTGTGCACTTTATTGCTGAC  3000