Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_07648
- Subject:
- NM_001190854.1
- Aligned Length:
- 1790
- Identities:
- 1243
- Gaps:
- 346
Alignment
Query 1 ATGAGCAACTACAGTGTGTCACTGGTTGGCCCAGCTCCTTGGGGTTTCCGGCTGCAGGGCGGTAAGGATTTCAA 74
|||||||||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||
Sbjct 1 ATGAGCAACTACAGTGTGTCATTGGTCGGCCCAGCTCCTTGGGGTTTCCGGCTCCAAGGTGGCAAGGATTTCAA 74
Query 75 CATGCCTCTGACAATCTCTAGTCTAAAAGATGGCGGCAAGGCAGCCCAGGCAAATGTAAGAATAGGCGATGTGG 148
||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||.|.||||||.||||.||||||||.||.||||
Sbjct 75 CATGCCTCTGACAATCTCTAGTCTGAAGGATGGTGGCAAGGCATCTCAGGCACATGTCAGAATAGGGGACGTGG 148
Query 149 TTCTCAGCATTGATGGAATAAATGCACAAGGAATGACTCATCTTGAAGCCCAGAATAAGATTAAGGGTTGTACA 222
||||||||||.|||||.||.|.||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||.||||||.
Sbjct 149 TTCTCAGCATCGATGGGATCAGTGCACAGGGAATGACGCATCTTGAAGCCCAGAACAAGATTAAGGCTTGTACG 222
Query 223 GGCTCTTTGAATATGACTCTGCAAAGAGCATCTGCTGCACCCAAGCCTGAGCCGGTTCCTGTTCAAAAGGGAGA 296
|||||.||||||||||||||.||||||||.||.||||||.|||||..||||||||||
Sbjct 223 GGCTCCTTGAATATGACTCTACAAAGAGCTTCAGCTGCAGCCAAGAGTGAGCCGGTT----------------- 279
Query 297 ACCTAAAGAAGTAGTTAAACCTGTGCCCATTACATCTCCTGCTGTGTCCAAAGTCACTTCCACAAACAACATGG 370
||| |||||
Sbjct 280 ------------------------------------TCC------GTCCA------------------------ 287
Query 371 CCTACAATAAGGCACCACGGCCTTTTGGTTCTGTGTCTTCACCAAAAGTCACATCCATCCCATCACCATCGTCT 444
Sbjct 288 -------------------------------------------------------------------------- 287
Query 445 GCCTTCACCCCAGCCCATGCGACCACCTCATCACATGCTTCCCCTTCACCCGTGGCTGCCGTCACTCCTCCCCT 518
Sbjct 288 -------------------------------------------------------------------------- 287
Query 519 GTTCGCTGCATCTGGACTGCATGCTAATGCCAATCTTAGTGCTGACCAGTCTCCATCTGCACTGAGCGCTGGTA 592
Sbjct 288 -------------------------------------------------------------------------- 287
Query 593 AAACTGCAGTTAATGTCCCACGGCAGCCCACAGTCACCAGCGTGTGTTCCGAGACTTCTCAGGAGCTAGCAGAG 666
|.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 288 ----------------------GAAGCCCACAGTCACCAGCGTGTGTTCCGAGTCTGCTCAGGAGCTAGCAGAG 339
Query 667 GGACAGAGAAGAGGATCCCAGGGTGACAGTAAACAGCAAAATGGCCCACCAAGAAAACACATTGTGGAGCGCTA 740
||||||||||||||||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 340 GGACAGAGAAGAGGATCCCAGGGTGACATTAAGCAGCAAAATGGCCCACCAAGAAAACACATTGTGGAGCGCAA 413
Query 741 TACAGAGTTTTATCATGTACCCACTCACAGTGATGCCAGCAAGAAGAGACTGATTGAGGATACTGAAGACTGGC 814
.||.|||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||..|.|||||||||||.|||||.|||||||
Sbjct 414 CACGGAGTTTTATCACATACCCACTCACAGTGATGCCAGCAAGAAACGGCTGATTGAGGACACTGAGGACTGGC 487
Query 815 GTCCAAGGACTGGAACAACTCAGTCTCGCTCTTTCCGAATCCTTGCCCAGATCACTGGGACTGAACATTTGAAA 888
|.||..||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||.|||.|
Sbjct 488 GCCCCCGGACTGGAACGACTCAGTCTCGTTCTTTCCGGATCCTTGCCCAGATCACTGGGACTGAGCATCTGACA 561
Query 889 GAATCTGAAGCCGATAATACAAAGAAGGCAAATAACTCTCAGGAGCCTTCTCCGCAGTTGGCTTCCTCGGTAGC 962
|||||||||...||.|||||.|||||||||||||.|.|.|||||||||||||.|||...|||.||.||.|.|||
Sbjct 562 GAATCTGAAAATGACAATACGAAGAAGGCAAATAGCACCCAGGAGCCTTCTCAGCAACCGGCGTCATCTGGAGC 635
Query 963 TTCCACACGGAGCATGCCCGAGAGCCTGGACAGCCCAACCTCTGGCAGACCAGGGGTTACCAGCCTCACAACTG 1036
|||..|.|.||||..|.|.|||.|||..||.||||||...||..||||.||...|||..|..|||||....|.|
Sbjct 636 TTCACCTCTGAGCGCGTCTGAGGGCCCCGAGAGCCCAGGTTCCAGCAGGCCCTCGGTGGCTGGCCTCCGCTCCG 709
Query 1037 CAGCTGCCTTCAAGCCTGTAGGATCCACTGGCGTCATCAAGTCACCAAGCTGGCAACGGCCAAACCAAGGAGTA 1110
|.|||||.||||||||||||||||||||..||| ||||||||||.||||||||.||.||||||||||.||.|
Sbjct 710 CTGCTGCTTTCAAGCCTGTAGGATCCACCAGCG---TCAAGTCACCTAGCTGGCAGCGTCCAAACCAAGCAGCA 780
Query 1111 CCTTCCACTGGAAGAATCTCAAACAGCGCTGCTTACTCAGGATCAGTGGCACCAGCCAACTCAG-CTTTGGGAC 1183
|||||.|||||.|||||.|||||||..||...||..|||||..|||.||| | ||.||||.|
Sbjct 781 CCTTCTACTGGGAGAATTTCAAACAATGCACGTTCTTCAGGTACAGGGGC-------------GTCTGTGGGGC 841
Query 1184 AAACCCAGCCAAGTGACCAGGACACTTTAGTGCAAAGAGCTGAGCACATTCCAGCAGGGAAACGAACTCCGATG 1257
...||||||||||||||||.|||||..|.|||||.|||||.||.|||||||||||.||.||.||.||.||.|||
Sbjct 842 CTCCCCAGCCAAGTGACCAAGACACACTTGTGCAGAGAGCGGAACACATTCCAGCGGGCAAGCGGACCCCCATG 915
Query 1258 TGCGCCCATTGTAACCAGGTCATCAGAGGACC-ATTCTTAGTGGCACTGGGGAAATCTTGGCACCCAGAAGAAT 1330
||.|||||.||.|||||.||.|||||.||||| .||||| |||||.||||||||.||.|||||.||||||||||
Sbjct 916 TGTGCCCACTGCAACCAAGTTATCAGGGGACCTTTTCTT-GTGGCTCTGGGGAAGTCCTGGCATCCAGAAGAAT 988
Query 1331 TCAACTGCGCTCACTGCAAAAATACAATGGCCTACATTGGATTTGTAGAGGAGAAAGGAGCCCTGTATTGTGAG 1404
|.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||.|||||.||||||
Sbjct 989 TTAACTGTGCTCATTGCAAAAACACAATGGCCTACATAGGCTTTGTAGAGGAGAAGGGAGCACTGTACTGTGAG 1062
Query 1405 CTGTGCTATGAGAAATTCTTTGCCCCTGAATGTGGTCGATGCCAAAGGAAGATCCTTGGAGAAGTCATCAATGC 1478
||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 CTATGCTATGAGAAGTTCTTTGCTCCTGAATGTGGCCGGTGCCAAAGGAAGATCCTTGGAGAAGTCATCAATGC 1136
Query 1479 GTTGAAACAAACTTGGCATGTTTCCTGTTTTGTGTGTGTAGCCTGTGGAAAGCCCATTCGGAACAATGTTTTTC 1552
.|||||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||.||||||||.|
Sbjct 1137 TTTGAAGCAGACCTGGCATGTGTCCTGTTTTGTGTGTGTGGCCTGTGGAAAACCCATTCGTAATAATGTTTTCC 1210
Query 1553 ACTTGGAGGATGGTGAACCCTACTGTGAGACTGATTATTATGCCCTCTTTGGTACTATATGCCATGGATGTGAA 1626
|||||||.|||||.||.||||||||||||||.||.||.||.|||||.|||||.||.|||||.|.||||||||||
Sbjct 1211 ACTTGGAAGATGGCGAGCCCTACTGTGAGACAGACTACTACGCCCTTTTTGGAACAATATGTCGTGGATGTGAA 1284
Query 1627 TTTCCCATAGAAGCTGGTGACATGTTCCTGGAAGCTCTGGGCTACACCTGGCATGACACTTGCTTTGTATGCTC 1700
||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1285 TTCCCCATAGAGGCTGGTGACATGTTCCTGGAAGCTCTGGGATACACTTGGCATGATACTTGCTTTGTGTGCTC 1358
Query 1701 AGTGTGTTGTGAAAGTTTGGAAGGTCAGACCTTTTTCTCCAAGAAGGACAAGCCCCTGTGTAAGAAACATGCTC 1774
.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.||.||||||||||
Sbjct 1359 TGTGTGTTGTGAAAGTTTGGAAGGGCAGACATTTTTCTCCAAGAAGGACAAGCCACTTTGCAAAAAACATGCTC 1432
Query 1775 ATTCTGTGAATTTT 1788
||||||||||||||
Sbjct 1433 ATTCTGTGAATTTT 1446