Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_07685
• Subject: NM_001113486.1
• Aligned Length: 1781
• Identities: 1475
• Gaps: 109

Alignment

Query    1  -----------------ATGGAG----AGGGAC--------------------------CGGAT--------CT  19
                             | ||||    |.||||                          |||||        |.
Sbjct    1  ATGAAGAAGTCCTACTCA-GGAGTCACACGGACCTCCAGCGGTCGCCTCCGGAGGCTTGCGGATCCCACTGGCC  73

Query   20  CAGCCTTGAAAAGATCTTTTGAGGTCGAGGAGGTCGAGACACCCAACTCCACCCCACCCCGGAGGGTCCAGACT  93
            |||||||.||.|||||.|||||.|||||||||.|.|||.|.|||||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct   74  CAGCCTTAAAGAGATCGTTTGAAGTCGAGGAGATTGAGCCGCCCAACTCCACGCCACCCCGGAGGGTCCAGACC  147

Query   94  CCCCTACTCCGAGCCACTGTGGCCAGCTCCACCCAGAAATTCCAGGACCTGGGCGTGAAGAACTCAGAACCCTC  167
            ||.||.|||||.|||||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||.|
Sbjct  148  CCTCTGCTCCGCGCCACGGTGGCCAGCTCCAGCCAGAAATTCCAGGACCTGGGGGTGAAGAACTCAGAGCCCGC  221

Query  168  GGCCCGCCATGTGGACTCCCTAAGCCAACGCTCCCCCAAGGCGTCCCTGCGGAGGGTGGAGCTCTCGGGCCCCA  241
            .|||||||.|||.||||||||.|||||.||||||||||||.|.||||||||||||||||||||..||||..|||
Sbjct  222  TGCCCGCCTTGTAGACTCCCTGAGCCAGCGCTCCCCCAAGCCTTCCCTGCGGAGGGTGGAGCTGGCGGGAGCCA  295

Query  242  AGGCGGCCGAGCCGGTGTCCCGGCGCACTGAGCTGTCCATTGACATCTCGTCCAAGCAGGTGGAGA--ACG---  310
            |||||.|.|||||..||||.||.|||||.|||.|.|||||.||||||||.||||||||||||||||  |||   
Sbjct  296  AGGCGCCTGAGCCCATGTCTCGACGCACAGAGATCTCCATCGACATCTCCTCCAAGCAGGTGGAGAGCACGGCC  369

Query  311  -CCGGGGCCATCGGCCCGTCCCGGTTCGGGCTCAAGAGGGCCGAGGTGTTGGGCCACAAGACGCCAGAACCGGC  383
             |||..||   |||.||.||.||||||||.||.||||||||.||.||..|||||||||||||.|||||.||.|.
Sbjct  370  TCCGCTGC---CGGGCCCTCACGGTTCGGCCTTAAGAGGGCTGAAGTCCTGGGCCACAAGACCCCAGAGCCTGT  440

Query  384  CCCTCGGAGGACGGAGATCACCATCGTCAAACCCCAGGAGTCAGCCCACCGGAGGATGGAGCCCCCTGCCTCCA  457
            ||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||..|.|||.|||.|||||.||||||||||||
Sbjct  441  CCCTCGGAGGACGGAGATCACCATTGTCAAGCCTCAGGAGTCAGTGCTCCGCAGGGTGGAGACCCCTGCCTCCA  514

Query  458  AGGTCCCCGAGGTGCCCACTGCC---CCTGCCACCGACGCAGCCCCCAAGAGGGTGGAGATCCAGATGCCCAAG  528
            ||.|.|||||||   .|.|||||   ||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||.||||||||
Sbjct  515  AGATTCCCGAGG---GCTCTGCCGTGCCTGCCACAGATGCAGCCCCCAAGAGGGTAGAGATCCAGGTGCCCAAG  585

Query  529  CCTGCTGAGGCGCCCA-----CCGCCCCCAGCCCAG-CCCAGACCTTGGAGAATTCAGAGCCTGCCCCTGTGTC  596
            ||.||||||||.||||     ||||.|||      | ||||||||.|||||||.||.|||   |||||..||||
Sbjct  586  CCAGCTGAGGCACCCAACTGTCCGCTCCC------GTCCCAGACCCTGGAGAACTCCGAG---GCCCCGATGTC  650

Query  597  TCAGCTGCAGAGCAGGCTGGAGCCCAAGCC--CCAGCCCCCTGTGGCTGAGGCTACACCC----CGGAGCCAGG  664
            |||.||||||||||||||||||||||.|||  ||        ||||||||||    .|||    ||||.|||||
Sbjct  651  TCAACTGCAGAGCAGGCTGGAGCCCAGGCCTTCC--------GTGGCTGAGG----TCCCATATCGGAACCAGG  712

Query  665  AGGCCACTGAGGCGGCTCCCAGCTGCGTTGGCGACATGGCCGACACCCCCAGAGATGCCGGGCTCAAGCAGGCG  738
            |.|.|.|.||||.|.||||||||||.||||||||||||||.||||.|||.|||||||||..||||||||||||.
Sbjct  713  AAGACTCCGAGGTGACTCCCAGCTGTGTTGGCGACATGGCTGACAACCCTAGAGATGCCATGCTCAAGCAGGCC  786

Query  739  CCTGCATCACGGAACGAGAAGGCCCCGGTGGACTTCGGCTACGTGGGGATTGACTCCATCCTGGAGCAGATGCG  812
            ||.||.|||||||||||.||||||||..||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  787  CCCGCGTCACGGAACGAAAAGGCCCCCATGGAGTTCGGCTATGTGGGGATCGACTCCATCCTGGAGCAGATGCG  860

Query  813  CCGGAAGGCCATGAAGCAGGGCTTCGAGTTCAACATCATGGTGGTCGGGCAGAGCGGCTTGGGTAAATCCACCT  886
            |.|||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||.|.||.||.|||||.|
Sbjct  861  CAGGAAGGCTATGAAACAGGGCTTCGAGTTTAACATCATGGTGGTTGGGCAGAGCGGCCTCGGGAAGTCCACTT  934

Query  887  TAATCAACACCCTCTTCAAATCCAAAATCAGCCGGAAGTCGGTGCAGCCCACCTCAGAGGAGCGCATCCCCAAG  960
            |||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||
Sbjct  935  TAATCAATACCCTCTTCAAGTCCAAAATCAGCCGGAAGTCGGTGCAGCCCACCTCGGAGGAACGCATCCCCAAG  1008

Query  961  ACCATCGAGATCAAGTCCATCACGCACGATATTGAGGAGAAAGGCGTCCGGATGAAGCTGACAGTGATTGACAC  1034
            ||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009  ACGATCGAAATCAAGTCGATCACCCACGATATTGAAGAGAAGGGGGTTCGAATGAAGCTGACAGTGATTGACAC  1082

Query 1035  ACCAGGGTTCGGGGACCACATCAACAACGAGAACTGCTGGCAGCCCATCATGAAGTTCATCAATGACCAGTACG  1108
            .||.||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 1083  GCCGGGCTTCGGAGACCACATCAACAATGAGAACTGCTGGCAGCCCATTATGAAGTTCATCAATGACCAATATG  1156

Query 1109  AGAAATACCTGCAGGAGGAGGTCAACATCAACCGCAAGAAGCGCATCCCGGACACCCGCGTCCACTGCTGCCTC  1182
            ||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1157  AGAAGTACCTGCAGGAGGAAGTCAACATCAACCGGAAGAAGCGCATTCCCGACACCCGTGTCCACTGCTGCCTC  1230

Query 1183  TACTTCATCCCCGCCACCGGCCACTCCCTCAGGCCCCTGGACATCGAGTTTATGAAACGCCTGAGCAAGGTGGT  1256
            |||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||.|||||.|||||
Sbjct 1231  TACTTCATCCCAGCCACCGGCCACTCGCTCAGGCCCCTGGACATTGAATTCATGAAGCGCCTAAGCAAAGTGGT  1304

Query 1257  CAACATCGTCCCTGTCATCGCCAAGGCGGACACACTCACCCTGGAGGAGAGGGTCCACTTCAAACAGCGGATCA  1330
            .|||||.|||||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1305  GAACATTGTCCCAGTCATCGCCAAGGCTGACACGCTGACCCTGGAGGAGAGGGTCTACTTCAAACAGCGGATCA  1378

Query 1331  CCGCAGACCTGCTGTCCAACGGCATCGACGTGTACCCCCAGAAGGAATTTGATGAGGACTCGGAGGACCGGCTG  1404
            |.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||.|.||.|||||||||
Sbjct 1379  CTGCAGACCTGCTGTCCAACGGCATTGACGTGTACCCGCAGAAGGAGTTTGATGAGGACGCAGAAGACCGGCTG  1452

Query 1405  GTGAACGAGAAGTTCCGGGAGATGATCCCATTTGCTGTGGTGGGCAGTGACCACGAGTACCAGGTCAACGGCAA  1478
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||.|||||
Sbjct 1453  GTGAACGAAAAGTTCCGGGAGATGATCCCATTTGCTGTGGTGGGCAGCGACCATGAGTATCAAGTCAATGGCAA  1526

Query 1479  GAGGATCCTTGGGAGGAAGACCAAGTGGGGTACCATCGAAGTTGAAAACACCACACACTGTGAGTTTGCCTACC  1552
            ||||||.||.||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.||||
Sbjct 1527  GAGGATTCTGGGAAGGAAGACCAAGTGGGGCACTATCGAAGTTGAGAATACCACTCACTGTGAATTTGCTTACC  1600

Query 1553  TGCGGGACCTTCTCATCAGGACGCACATGCAGAACATCAAGGACATCACCAGCAGCATCCACTTCGAGGCGTAC  1626
            |||||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||.||||||||||||.||.|||
Sbjct 1601  TGCGGGATCTCCTTATCAGGACGCACATGCAAAACATCAAAGACATCACCAGCAACATCCACTTCGAAGCCTAC  1674

Query 1627  CGTGTGAAGCGCCTCAACGAGGGCAGCAGCGCCATGGCCAACGGCGTGGA-GGAGAAGGAGCCAGAAGCCCCGG  1699
            ||.|||||.||||||||||||||||.|||||||||||||||||    ||| .|||||||||||.|||||||.||
Sbjct 1675  CGAGTGAAACGCCTCAACGAGGGCAACAGCGCCATGGCCAACG----GGATCGAGAAGGAGCCGGAAGCCCAGG  1744

Query 1700  AGAGG  1704
            |||.|
Sbjct 1745  AGATG  1749